대한민국이 청구법인에게 쟁점새만금토지의 소유권이전등기를 한 것은 그 공부상 명의자를 청구법인으로 하되 자신의 감독ㆍ승인 하에서 제한적으로 이를 관리하도록 하여 쟁점새만금토지의 효율적 이용을 도모하기 위함이었다고 보이므로 쟁점새만금토지를 종합부동산세의 과세대상으로 보아 종합부동산세 및 농어촌특별세를 과세한 이 사건 처분들은 잘못이 있는 것으로 판단됨
대한민국이 청구법인에게 쟁점새만금토지의 소유권이전등기를 한 것은 그 공부상 명의자를 청구법인으로 하되 자신의 감독ㆍ승인 하에서 제한적으로 이를 관리하도록 하여 쟁점새만금토지의 효율적 이용을 도모하기 위함이었다고 보이므로 쟁점새만금토지를 종합부동산세의 과세대상으로 보아 종합부동산세 및 농어촌특별세를 과세한 이 사건 처분들은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2019.11.25. 청구법인에게 한 2019년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 <별지1>의 토지를 종합부동산세 과세대상에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 각하한다. [이 유]
(1) 종합부동산세법제12조 제1항은 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납부의무자, 곧 토지의 사실상 소유자가 종합부동산세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있는데, 이때 ‘사실상 소유자’라 함은 공부상 소유자로 등재되어 있는지 여부를 불문하고 ‘당해 재산에 대한 실질적인 소유권을 가진 자’를 의미OOO하는데, 쟁점OOO토지는 그 지배․관리․처분권한이 모두 국가에게 있으므로 국세기본법제14조 제1항, 종합부동산세법제12조 제1항 및 지방세법제109조에 따라 종합부동산세 비과세 대상에 해당한다. (가) 쟁점OOO토지 등을 대상으로 한 OOO사업의 경우 유례 없이 큰 규모로 진행된 국가차원의 간척사업이었던 만큼 1987년 12월 경 대통령의 지시에 따라 정부사업으로 추진하게 되었고, 이에 따라 대한민국(농식품부)이 사업시행자의 자격으로 간척사업에 따른 토지를 전부 취득하는 것으로 하고 청구법인은 조사설계, 공사발주에 관한 사항, 공사감리 등 OOO사업의 공사시행에 관련된 업무만을 수탁하였다. (나) 농식품부의 2011.5.6.자 ‘OOO 3, 4호 방조제에 대한 분할준공인가필증’에서도 준공인가조건으로 쟁점OOO토지를 청구법인의 명의로 등기하되, 사용 및 처분시에 농식품부장관의 승인을 받아야 하며 사용ㆍ처분으로 발생한 수익금은 농지관리기금에 납입하여 OOO방조제 등 시설물 유지관리에 사용하도록 조건을 부여하였다. (다) 쟁점OOO토지가 속해 있는 OOO 3, 4호 방조제 공사에 투입된 사업비는 전액 농지관리기금에서 지급된 것인데, 한국 농어촌공사법 및 농지관리기금법에 따르면 이러한 농지관리기금의 실질적인 관리․운용 주체는 농식품부장관으로 대표되는 대한민국이고 청구법인은 농식품부장관으로부터 그 관리․운용에 관한 업무의 일부만을 위탁 받아 수행하는 지위에 있을 뿐이고, 농식품부 훈령인 ‘매립지등의 관리․처분에 관한 규정’ 제4조 제2항에 따르면 임대, 매각 및 직접사용 대상 매립지 등은 기금수탁관리자인 청구법인 명의로 등기한다고 규정(이렇게 규정하고 있는 이유는 쟁점새만큼토지를 국유화할 경우 국유재산법제28조에 따라 지방자치단체에게 그 관리를 위임해야 하는데, 그 경우 지방자치단체가 농식품부와 협의하지 않고 임의를 이를 관리․처분하여 당초 매립목적에 맞게 이용하는 것이 어려울 수 있기 때문이다)하고 있어 이에 따라 형식적으로 쟁점OOO토지를 청구법인 명의로 등기한 것일 뿐 이에 대한 실질적인 지배․관리․처분권한은 모두 대한민국에게 있다. (라) 2013.9.12. OOO사업 추진 및 지원에 관한 특별법이 제정됨에 따라 쟁점OOO토지 등을 대상으로 실시된 ‘OOO 구간 관광레저용지개발사업’이 농식품부에서 OOO개발청으로 이관되었는데, 이에 청구법인은 국토교통부(이하 “국토부”라 한다)에 청구법인이 쟁점OOO토지 등에 대한 개발권한을 가지고 있는지 여부를 질의하였고, 청구법인에게 농업기반시설 유지관리재원 마련을 위한 수익사업의 시행권한만 있을 뿐 그 외 쟁점OOO토지의 개발사업과 관련한 사업시행자를 지정하거나 개발계획 등의 승인을 신청할 권한 등은 존재하지 않는다는 회신을 받았다. (사) 종합부동산세법의 입법 목적이 고액의 부동산 보유자에 대하여 종합부동산세를 부과하여 부동산보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 것임을 고려하면 청구법인 명의로 소유권이전등기한 쟁점OOO토지는 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모해야 할 필요성이 없고, 만약 이 사건 처분들이 유지된다면 그 세금을 결국 농지관리기금으로 부담해야 하는데 이는 국가 전체의 세입이 늘어나는 것이 아니고 국고인 농지관리기금에서 국가의 재정으로 이전되는 무용한 결과를 초래한다는 점도 고려되어야 한다.
(2) 설령 종합부동산세 과세기준일 현재 청구법인이 쟁점OOO토지를 소유하고 있다고 보더라도, 종합부동산세법제12조, 지방세법제106조 제1항 제3호 사목 및 같은 법 시행령 제102조 제7항 제3호에 따르면 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 농어촌정비사업 시행자가 다른 사람에게 공급할 목적으로 소유하고 있는 토지는 분리과세대상으로 종합부동산세 과세대상이 아닌바, 위 규정들이 규정하는 시행자의 범위에 위탁시행자도 포함된다고 보이므로 청구법인이 다른 사람에게 임대ㆍ매각의 방법으로 공급하기 위하여 소유한 쟁점OOO토지는 당연히 분리과세대상에 해당하고 따라서 종합부동산세 과세대상이 아니다.
① 쟁점OOO토지가 종합부동산세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부
② 쟁점OOO토지가 분리과세대상 토지라는 청구주장의 당부
(1) 농식품부의 ‘OOO간척종합개발사업 분할준공보고서’, OOO위원회가 2011.3.16. 심의ㆍ확정한 OOO종합개발계획, 청구이유서 및 처분청의 직권취소 결의서 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) OOO사업의 시행과정 및 쟁점OOO토지가 청구법인 명의로 소유권이전등기된 배경은 다음과 같다.
1. 대한민국은 1991.8.13. OOO 간 방조제33km를 축조하고 방조제 내부를 매립하여 간척 토지 28,300ha와 담수호 11,800ha를 조성하기로 하는 내용의 OOO사업 시행계획을 확정하고, 사업시행자로 농식품부장관을, 위탁사업시행자로 청구법인을 지정하였는데, 농식품부의 1991.8.13.자 공문에 따르면 위탁업무의 범위는 OOO사업의 조사설계, 공사발주에 관한 사항, 공사감리 등 농식품부가 정하는 공사시행에 관련되는 업무에 한정한다고 되어 있다.
2. OOO사업이 진행되던 중, 2007.12.27. OOO사업 촉진을 위한 특별법이 제정되어 당초 100% 농업용지로 개발될 예정이었던 OOO부지를 농업용지, 산업용지 및 관광용지 등 용도별로 종합개발하는 것으로 계획이 변경되었고, 2011.3.16. 확정된 ‘OOO종합개발계획’에 따라 OOO 3, 4호 방조제 구간 중 일부 구간의 용도가 ‘관광․레저용지’ 또는 ‘기타용지’로 전환되었다.
3. 2010년경 OOO사업 중 일부 공사가 완료되었고, 대한민국은 방조제 등의 등록 및 유지관리, 선착장과 해경초소의 이관 등을 위하여 분할준공인가가 필요하다고 판단하여 행정구역이 결정된 OOO 3, 4호 방조제 및 그 주변 외곽시설을 분할하여 준공처리하고 그에 관하여 지목 등록 및 등기를 하는 것을 추진하게 되었는데, 해당 토지와 시설을 모두 대한민국 소유로 등기․소유하여 국유화할 경우 장기임대를 통한 민간자본유치가 어려워질 수 있고 지방자치단체가 국유재산을 관리하게 되면 토지 및 시설의 임의처분이 이루어질 가능성이 있다는 문제가 제기되었다.
4. 이에 따라 대한민국(농식품부)은 2011.5.6. OOO 3, 4호 방조제 구간에 대하여 아래 <표2>의 조건을 부여하여 분할준공인가를 하였고, 2011.6.10. 쟁점OOO토지가 포함된 토지 3,104,505.5㎡에 관하여 원시취득자인 대한민국 명의로 소유권보존등기가 경료된 후 같은 날 쟁점OOO토지에 관하여 2011.5.6.자 양여를 원인으로 한 청구법인 명의의 소유권이전등기가 이루어졌다. OOO
5. 청구법인과 농식품부는 2018.8.31. ‘OOO관광레저용지 개발사업’의 시행법인인 OOO관광레저 주식회사에게 위 사업대상 부지(쟁점OOO토지 중 OOO 토지, OOO 토지, OOO 토지가 포함되어 있다)를 공급하는 내용의 계약을 체결하였는데, 여기에는 위 부지의 공급자가 농식품부 및 청구법인이라고 기재되어 있다(위 사업대상 부지 공급에 따른 계약금 OOO원은 2018.8.31. 청구법인 소속의 OOO사업단 계좌로 납입받아 같은 날 농지관리기금 계좌로 이체되었다). (나) OOO시장은 쟁점OOO토지를 지방세법제106조 제1항에 따른 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에 해당하는 것으로 보아 2018.8.10.과 2018.9.20. 청구법인에게 2015년부터 2017년까지 토지분 재산세 OOO원과 2018년 및 2019년 토지분 재산세 OOO원을 각 부과ㆍ고지하였고, 이에 따라 처분청은 종합부동산세법제12조 제1항을 근거로 청구법인에게 위 <표1>의 처분 등을 하였다. (다) 청구법인은 이에 대하여 2020.2.10. 아래 <표3>과 같이 이 사건 처분들 중 쟁점OOO토지분에 해당하는 종합부동산세 및 농어촌특별세를 취소해달라는 취지의 이 사건 심판청구를 하였다. OOO (라) 한편, 청구법인은 2018.11.5. OOO지방법원 OOO호로 2015년부터 2017년까지 토지분 재산세OOO원 등에 대한 취소소송을 제기하였는데, OOO법원은 청구법인이 쟁점OOO토지의 사실상 소유자라고 볼 수 없다는 이유로 2020.6.17. 위 재산세 부과처분 등의 취소판결을 하였고, 대법원은 2020.11.5. OOO호로 이를 확정하였다(청구법인이 2020.6.16. OOO지방법원 OOO호로 제기한 2018년 및 2019년 토지분 재산세 OOO원 등에 대한 취소소송은 현재 진행 중에 있다). (마) 처분청은 위 대법원 OOO호 판결에 따라 청구법인에 대한 쟁점OOO토지의 재산세 부과처분 등이 취소되자 쟁점OOO토지가 종합부동산세 과세대상이 아닌 것으로 하여 2020.12.8. 2016년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원과 2017년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 직권으로 취소하였다OOO
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선 직권으로 이 사건 심판청구의 적법여부에 대하여 살피건대, 이 사건 처분들 중 2016년 및 2017년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세의 경정ㆍ고지분은 처분청이 2020.12.8. 이를 직권취소한 사실이 확인되므로 이에 대한 심판청구는 심리일 현재 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 부적법한 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점OOO토지의 사실상 소유자임을 전제로 이 사건 처분들이 정당하다는 의견이나, 종합부동산세법제12조 및 지방세법제107조 제1항은 재산을 사실상 소유하고 있는 자가 종합부동산세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있는데, 여기에서 정한 종합부동산세 납세의무자인 ‘사실상 소유자’란 공부상 소유자로 등재한 여부를 불문하고 재산에 대한 실질적인 소유권, 즉 그 재산을 배타적으로 사용ㆍ수익ㆍ처분할 수 있는 권능을 가진 자를 말한다고 할 것인바OOO, 쟁점OOO토지에 대한 분할준공인가조건(위 <표2> 기재)은 청구법인이 쟁점OOO토지를 사용ㆍ수익ㆍ처분하려면 반드시 농식품부장관의 승인을 받아야한다고 규정하고 있는데 청구법인에게 쟁점OOO토지에 대한 공부상 소유권뿐 아니라 사실상 소유권도 온전히 이전하기로 하였다면 위 조건이 부가될 이유가 없어보이고, 쟁점OOO토지를 국유화할 경우 민간자본유치의 어려움과 지방자치단체에 의한 국유재산 관리의 문제를 이유로 국유지로 보유하지 않고 청구법인에게 소유권이전등기를 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 대한민국이 청구법인에게 쟁점OOO토지의 소유권이전등기를 한 것은 그 공부상 명의자를 청구법인으로 하되 자신의 감독ㆍ승인 하에서 제한적으로 이를 관리하도록 하여 쟁점OOO토지의 효율적 이용을 도모하기 위함이었다고 보이므로 청구법인이 쟁점OOO토지의 실제 소유자라는 전제 하에 쟁점OOO토지를 종합부동산세의 과세대상으로 보아 종합부동산세 및 농어촌득별세를 과세한 이 사건 처분들은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점①이 인용됨에 따라 쟁점②는 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 부적법하거나 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.