쟁점토지가 양도일 현재 농지가 아니라고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인의 부친 OOO(이하 “피상속인”이라 한다)은 2018.4.21. 사망한 자로 1965년 2월에 취득한 OOO 답 2,672㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2014년 1월경부터 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에게 임대하다가, 2017.9.5. OOO에게 OOO에 양도하고 아래 <표1>과 같이 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO을 신고납부하였다. <표1> 피상속인의 양도소득세 신고내역 (단위: 천원)
• 나. 처분청은 2019.9.30.∼2019.10.19. 기간 동안 피상속인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 피상속인이 쟁점토지를 경작지 외의 용도로 사용하다가 양도 직전에 일시적으로 농작물을 재배한 것처럼 위장하였으므로 쟁점토지가 양도 당시 농지가 아니어서 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한다고 보아 이 건 양도소득세 경정일 현재 사망한 피상속인의 납세의무를 청구인에게 승계시켜 2020.1.9. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.2.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 피상속인은 쟁점토지를 52년 7개월간 보유하면서 임차인이 야적 장으로 사용한 3년 7개월을 제외한 나머지 기간 동안 계속해서 농지로 사용하였고, 양도 당시에도 OOO을 재배하고 있었는바 쟁점토지는 양도일 현재 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상 농지에 해당한다. (가) 피상속인은 약 49년간 농작물 재배 용지로 사용한 쟁점토지를 OOO에게 2014년 1월부터 임대하였고, OOO은 쟁점토지를 야적장으로 사용하다가 피상속인과 협의하에 공장 구내식당에서 소비할 OOO을 쟁점토지에서 재배하기로 하였으며, 이에 따라 2017년 8월에 쟁점토지에 대한 복토공사를 실시한 후 약 2개월간 OOO을 재배하였다. (나) 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제5항에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상 농지인지 여부는 양도일 현재를 기준으로 판단해야 하고, 처분청의 의견과 같이 양도일 이전부터 상당기간 농지로 사용되어야 한다고 해석하는 것은 조세법률주의에 어긋나는 법해석이다. (다) 처분청은 쟁점토지의 양도 당시 OOO이 재배된 사실은 인정하면서도 자의적으로 경작기간이 짧다는 이유로 쟁점토지에서의 OOO 재배행위를 가장행위로 보았다. 그러나, 가장행위란 “제3자를 속이기 위하여 상대편과 짜고 허위표시를 함으로써 성립되는 법률행위, 예를 들어 증여한 것을 매매로 가장하는 것” 등을 말하는 것으로 실제 경작한 사실이 확인된다면 이를 양도소득세 감면을 받기 위한 가장행위로 볼 수 없다.

(2) 농지법제2조에서 전·답·과수원, 그 밖에 법적 지목을 불구하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지를 농지로 규정하고 있고, 경작기간에 따라 농지에 해당하는지 여부를 판단하고 있지는 않다.

(3) 조특법 시행령 제66조 제4항에서는 시 소재의 농지가 공업지역에 편입되어 향후 농지로서의 기능을 회복할 여지가 없더라도 3년의 유예기간을 주어 공업지역 편입일부터 3년 내에 양도하는 경우에는 자경농민에 대한 감면을 적용하고 있다. 이에 따라 피상속인도 쟁점토지의 공업지역 편입일로부터 3년 이내에 쟁점토지를 양도하고 편입일까지 발생한 양도소득에 대한 세액감면을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는 양도일 이전에 OOO의 야적장으로 사용되던 토지로 농지로서의 기능을 잃었을 뿐만 아니라, 향후 OOO 개발사업 실시계획에 따라 공장부지로 조성될 예정이었는바 쟁점토지양도일 직전 2∼3개월간 OOO을 재배한 행위는 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용받기 위한 가장행위에 불과하다. (가) 조특법 제69조에서 자경농지에 대한 양도소득세를 감면하는 입법취지는 농업을 육성하기 위해 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 주기 위한 것으로, 대법원은 양도일 직전 상당기간 농작물 재배 외의 다른 용도로 사용되어 오다가 양도소득세를 면제받기 위하여 일시 경작을 가장한 행위에 지나지 않는 경우에는 양도 당시 실제 농지로 볼 수 없다고 판결(대법원 2007.4.12. 선고, 2007두1668 판결)하였다. (나) OOO은 2014년 1월부터 쟁점토지를 피상속인으로부터 임차하여 계속해서 야적장으로 사용하다가 양도일 직전인 2017년 8월초부터 양도일 이후인 2017년 10월초까지 약 2개월간 OOO을 재배하였는데, OOO은 제조업을 영위하는 법인으로서 농작물을 직접 재배할 이유가 없었고, 처분청의 조사과정에서도 쟁점토지를 야적장 용도로 매수하였다고 답변하였다. (다) 처분청의 세무조사 당시 청구인은 피상속인이 OOO에게 쟁점토지를 임대하면서 특약사항으로 “임대에 따른 피해가 발생할 경우 OOO이 책임을 지기로 하였다”고 진술하였는데, OOO은 피상속인의 양도소득세 부담을 줄여주기 위해 쟁점토지의 양수일 직전 2개월간 쟁점토지에서 OOO을 재배한 것으로 추정된다. (라) 따라서, 쟁점토지에서 이루어진 2017년 8월초부터 2017년 10월까지의 OOO 재배는 양도소득세를 감면받기 위한 가장행위에 해당하므로 쟁점토지는 양도 당시 농지에 해당한다고 볼 수 없다.

(2) 조특법 시행규칙 제27조는 농지법의 개념을 준용하고 있지 아니하고, 농지법은 경작 중이 아닌 토지도 농지로 볼 수 있는 경우를 열거하고 있지만, 세법은 실지로 경작되는 경우에만 농지로 보고 있다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 양도일 현재 농지가 아니라고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기부등본을 보면 피상속인은 1965.2.11. 매매를 원인으로 쟁점토지를 취득하여 2017.8.31. OOO에게 공공용지의 협의 취득을 원인으로 하여 소유권을 이전한 사실이 나타난다.

(2) OOO이 고시(OOO)한 OOO 개발사업 실시계획(변경)을 보면 쟁점토지를 포함한 OOO 일원 11,786㎡는 사업시행자를 OOO으로 하여 2010.3.25.～2018.12.31. 기간 동안 공장부지로 조성될 예정이었던 것으로 나타나고, 이에 따라 쟁점토지의 용도지역은 2016.7.28. 보전녹지지역에서 일반공업지역으로 변경된 사실이 나타난다.

(3) 피상속인은 쟁점토지에 양도에 따른 양도소득금액 OOO 중 쟁점토지의 취득일(1965.2.11.)부터 일반공업지역 편입일(2016.7.28.)까지 발생한 양도소득 OOO을 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상으로 하여 OOO을 감면세액으로 신고하였다.

(4) 처분청은 피상속인의 양도소득세 신고에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 아래 <표2>와 같이 경정하였다. <표2> 처분청의 경정내역 (단위: 천원) * 처분청, 쟁점토지의 양도에 대하여 공익사업용 토지 등에 대한 감면 직권 적용

(5) 처분청이 이 건 심판청구와 관련하여 제출한 입증자료는 다음과 같다. (가) 처분청은 2019.9.30.∼2019.10.19. 기간 동안 피상속인에 대한 양도소득세 조사를 실시하였고, 조사종결 보고서의 주요 내용은 다음과 같다. (나) 처분청이 제출한 문답서에 나타난 처분청의 세무조사시 청구인과의 주요 문답내용(2019.10.11.)은 다음과 같다. (다) 처분청이 통보한 질문서에 대한 OOO의 회신내용(2019년 10월 작성)은 아래와 같다.

(6) 청구인은 양도 당시 쟁점토지에서 OOO 농사를 지었다고 주장하며 증빙으로 쟁점토지의 로드뷰 사진 2매 및 작물재배 사진 8매를 제출하였다.

(7) 국세통합전산망에서 조회되는 쟁점토지 양도 직전 10년간 피상속인의 종합소득은 없고, 청구인은 “피상속인이 농부로서 OOO에 거주하면서 계속해서 농사를 지었다고 주장”하며 OOO이 발행한 “조합원 탈퇴증명서”를 제출하였는데, 해당 증명서상 피상속인은 1979.5.19. 조합에 가입하여 2018.4.16. 탈퇴한 것으로 나타난다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, “조특법상 감면대상인 농지”라 함은 공부상 지목에 관계없이 양도일 현재 실제로 경작에 사용한 토지를 말하는 것(대법원 1989.2.14. 선고 88누 6252 판결, 같은 뜻임)이고, 청구인은 임차인이 쟁점토지에서 농작물을 재배하였으므로 쟁점토지는 양도 당시 농지에 해당한다고 주장하나, 쟁점토지의 임차인 OOO은 쟁점토지를 야적장으로 사용하기 위해 임차하였다고 처분청에 회신하였으며, OOO 개발사업의 시행자로서 쟁점토지 일대를 공장부지로 조성하기 위해 매입한 것으로 나타나는 점, 제조업을 영위하는 OOO이 매월 OOO의 임대료를 지불하고 임차한 쟁점토지를 3년 7개여월간 야적장으로 사용하다가 쟁점토지를 매입하기 2달 전부터 경작지로 사용할만한 합리적인 이유가 없어 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지가 양도 당시 실질적으로 경작에 사용된 농지에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점토지를 양도 당시 농지에 해당하지 않는다고 보아 청구인에 대한 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재소득세법제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제 자유도시 조성을 위한 특별법제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
• 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다. (각 호 생략)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것 (3) 조세특례제한법 시행규칙(2017.12.29. 시행규칙 제649호로 개정되기 전의 것) 제27조(농지의 범위) ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다.

1. 양도자가 8년(한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것. 이 경우 법 제70조의2 제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우로서 영 제66조 제4항에 따른 농지에 해당하는지를 확인하는 경우 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제24조의3제3항 에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 해당 농지등을 소유한 것으로 본다.

• 가. 전자정부법 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기사항증명서 또는 토지대장 등본의 확인
• 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

• 가. 전자정부법 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
• 나. 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인 (4) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (5) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 (6) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. (7) 농지법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "농지"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

• 가. 전ㆍ답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 대통령령으로 정하는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 초지법에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다.