이 건 부동산 중 쟁점법인에 대한 임대차면적에 대하여 창업중소기업 등 세액감면을 배제하고 취득세 등을 부과(추징)한 처분의 당부

[참조결정] 조심2017지0385 / 조심2012지0586

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.10.1. OOO 외 2필지 토지 2,660㎡를, 2016.12.12. 같은 동 OOO 외 1필지 토지 10,624㎡(이상의 부동산을 합쳐서 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 매매로 각각 취득하고 지방세특례제한법 제58조의3 제1항 제2호에 따라 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산으로 하여 취득세를 감면받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2017.6.12. 자회사인 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)에게 이 건 부동산의 일부(해당 면적: 100㎡)를, 2018.6.4. OOO에게 기타의 일부(해당 면적: 50㎡)를 각각 임대한 사실을 확인하고 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 2년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용한 것으로 보아 2019.7.22. 해당 부분(150㎡)에 대하여 기감면한 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO(가산세 포함, 이하 “취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과(추징)ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점법인은 2015.1.15. 제조업 등을 목적사업으로 하여 청구법인 및 해외투자자가 각각 50% 출자하여 특정 사업분야(차대동력계 사업)을 위하여 설립된 조인트벤처 회사로서 이 건 부동산의 일부(100㎡)를 임차하여 영업을 개시하였다. 그러나, 청구법인은 2016.3.29. 위 해외투자자로부터 지분 50%를 인수하여 쟁점법인 지분 100%를 보유하게 되었으나 해외투자자의 이탈로 최초의 설립목적(목적사업)인 차대동력계 사업을 영위할 수 없게 되었다. 청구법인은 쟁점법인이 영업을 계속할 수 없는 상황이 되었으나 쟁점법인이 보유한 고액의 은행차입금 및 OOO대의 장비수출건이 신용장거래로 계약되어 있어 쟁점법인을 청산하거나 매각할 수 없었고, 청구법인은 쟁점법인의 지주회사로서 해당 은행차입금 및 장비수출계약을 청구법인의 명의로 변경하고자 하였으나, 청구법인의 경영악화 및 발주처의 동의를 얻지 못하여 그 상황을 유지할 수 밖에 없었다. 쟁점법인이 이 건 부동산으로 이전한 후부터 현재까지 사실상 영업이 불가능한 상태이고 쟁점법인의 임직원은 고용보험상 자회사의 소속이지만 대내외적으로 청구법인의 직원으로 근무하고 있는바, 이러한 쟁점법인의 운영방식이나 경영상황 등을 미루어 볼 때 임대사실만 가지고 청구법인이 이 건 부동산 중 일부를 직접 사용하지 않은 것으로 보아 청구법인에게 취득세 등을 부과(추징)한 이 건 처분은 부당하다. 나.처분청 의견 지방세특례제한법제2조 제1항 제8호에서 ‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 의미한다고 규정하고, 같은 법 제58조의3 제1항에서 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다)하는 경우 감면받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다. 청구법인이 2016.12.12. 이 건 부동산을 취득하고 2년 이내에 쟁점법인과 이 건 부동산 중 일부(100㎡)를 임대차하는 계약을 체결하였는바, 청구법인과 쟁점법인과는 별개의 법인격이므로 자회사가 임차·운영한 경우 이를 직접 사용으로 볼 수 없고, 청구법인이 해당 부동산 중 일부를 자회사에게 임대하였다고 하더라도 달리 보기 어려우므로 청구법인이 임대용으로 사용하여 다른 용도로 사용한 것에 해당한다(조심 2017지385, 2017.6.28., 같은 뜻임). 청구법인이 주장하는 자회사의 내부사정 및 경영악화 등의 사유는 이 건 부동산을 취득한 후 법인 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유 등에 의하여 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다(조심 2012지586, 2012.10.16., 같은 뜻임). 따라서, 청구법인이 이 건 부동산 중 일부를 그 취득일부터 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적(임대)으로 사용한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 부동산 중 쟁점법인에 대한 임대차면적에 대하여 창업중소기업 등 세액감면을 배제하고 취득세 등을 부과(추징)한 처분의 당부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2014.2.25. 중소기업OOO으로부터 벤처기업확인을 받았다. (나) 청구법인은 2016.12.12. 이 건 부동산을 취득(매매)하고, 지방세특례제한법제58조의3 제1항에 따라 창업벤처중소기업이 해당 사업을 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산으로 하여 해당 취득세를 감면받았다. (다) 청구법인은 이 건 부동산에 건축물(공장 2,944.68㎡, A․B동)을 신축하고 2017.7.13. 사용승인을 받았다. (라) 청구법인은 자회사와 이 건 부동산 중 일부(해당 면적: 100㎡)에 대하여 임대차계약(계약일 미상, 보증금 OOO, 월세 OOO, 잔금일 2017.6.12.)을 체결하였고, OOO과 이 건 부동산 가운데 일부(50㎡)에 대하여 임대차계약(계약일: 2018.6.4., 보증금: OOO, 계약기간: 2018.6.4.부터 12개월)을 체결한 것으로 나타난다. (마) 쟁점법인의 2017ㆍ2018년 손익계산서를 살펴보면 당기순이익은 각각 OOO으로 나타난다. (바) 쟁점법인의 4대 사회보험 사업장가입자 명부(2019.10.16. 발급)에 따르면 OOO 총 6명이고, 이 가운데 OOO은 2015년에, OOO는 2016년에, OOO는 2018년에, OOO은 2019년에 각각 자격을 취득한 것으로 되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제58조의3 제1항 제2호에서 2016년 12월 31일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 같은 항에서 단서규정으로 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용․처분(임대를 포함한다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징하도록 규정하고 있다. (나) 지방세특례제한법에서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지․제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2009.1.15. 선고 2006두14926 판결, 같은 뜻임). (다) 청구법인은 쟁점법인의 운영방식이나 경영상황 등을 고려한다면 쟁점법인의 직원들은 사실상 청구법인의 직원으로서 근무하고 있으므로 청구법인이 쟁점법인에게 이 건 부동산을 임대하기로 계약한 것을 이유로 취득세 등을 부과(추징)한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 2017.6.12. 자회사인 쟁점법인에게 이 건 부동산 중 일부(100㎡)를 임대하기로 하는 임대차계약을 체결하였고, 쟁점법인의 주사무소를 해당 부동산으로 이전하였으므로 해당 임대면적은 실제 임대목적물로서 사용된 것으로 볼 수 있는 점, 해외투자자의 이탈로 쟁점법인의 최초의 목적사업인 차대동력계 사업을 영위할 수 없게 되자 그 직원들은 모회사인 청구법인의 직원으로 근무하였다고 주장하나, 해당 직원들은 쟁점법인의 4대 사회보험 사업장 가입명부에 등재되어 있는 점, 청구법인의 투자환경의 변화나 쟁점법인의 경영상의 어려움 등은 양 법인의 내부사정에 불과하므로 이를 지방세법령에 따른 정당한 사유로 보기도 어려운 점 등에 비추어 이 건 부동산 가운데 쟁점법인에 대한 임대면적(100㎡)에 대하여도 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다. 따라서, 쟁점법인에 대한 임대면적에 대하여 창업중소기업 등 세액감면을 배제하고 취득세 등을 부과(추징)한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 일부 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ③ 2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부 개정된 것) 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산(지방세법 제127조 제1항 제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

1. 2016년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)

2. 2016년 12월 31일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 “창업벤처중소기업”이라 한다)

② 2016년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업에 직접 사용(임대는 제외한다)하는 사업용 재산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일부터 5년간 재산세(지방세법 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.(중략)

④ 제1항부터 제3항까지의 감면 대상 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위는 제100조 제3항 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다. 다만, 제100조 제3항 제20호의 업종 중 체육시설의 설치·이용에 관한 법률에 따라 골프장을 경영하는 기업과 같은 조 제6항에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 취득세, 재산세 및 등록면허세 감면대상이 되는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위에서 제외한다.

⑤ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 제2항에 따른 감면기간이 지나기 전에 조세특례제한법 제31조 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제2항을 적용받을 수 있다. 다만, 통합 전에 취득한 사업용재산에 대해서만 적용한다.(중략)