청구법인이 벤처기업집적시설을 신축한 후 그 중 일부를 벤처기업집적시설 입주대상 기업이 아닌 법인에게 임대함에 따라 임대부분에 대하여 감면한 취득세를 추징한 처분이 적법한지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO 내 업무시설 등을 신축·공급하는 사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)을 시행하기 위해 구성된 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 회원사로서, 2011.11.23. OOO 외 6필지 토지 237.99㎡(이하 “제1토지”라 한다)를, 2013.1.17. 제1토지와 같은 지번의 토지 237.9912㎡(이하 “제2토지”라 하고, 제1토지와 합하여 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 2011.12.20. 및 2013.1.23. 지방세특례제한법제58조 제1항에 따라 벤처기업집적시설을 개발 조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산으로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았다.
• 나. OOO은 2014.2.3. 이 건 토지를 포함한 5,149㎡ 토지상에 지하 2층, 지상 8층의 벤처기업집적시설(이하 “OOO”라 한다)을 건축하였고, 청구법인은 참여지분에 따라 OOO(건물 958.2㎡, 이하 “이 건 건물”이라 한다)를 취득(원시취득)한 후, 이 건 토지와 동일한 사유로 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았다.
• 다. 처분청은 청구법인이 2018.11.17. OOO(이하 “임차법인”이라 한다)와 이 건 건물의 일부(전용면적 479.1㎡, 전체 면적의 45%)에 대한 임대차 계약(기간: 2018.11.16.～2020.11.15.)을 체결하여 임대한 사실을 확인하고, 임차법인은 벤처기업집적시설에 입주할 수 없는 법인에 해당되므로 당해 임대부분에 대하여 지방세특례제한법제58조 제1항의 단서조항에서 규정한 벤처기업육성에 관한 특별조치법(이하 “벤처기업법”이라 한다) 제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우로서 추징대상에 해당되는 것으로 보아 이 건 토지 중 임대부분의 안분면적에 대하여 감면한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을, 이 건 건물 중 임대부분에 대하여 감면한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 2019.7.10. 청구법인에게 부과고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2011.10.26. 사업자명을 OOO 외 12개사로 하여 벤처기업집적시설 사업시행자 지정을 받았고, OOO를 신축하고, 청구법인이 이 건 건물을 취득하여 일부를 임대한 것으로서, 지방세특례제한법제58조에서 규정한 벤처기업 등에 대한 과세특례에 대한 추징사유를 살펴보면, 첫째 감면대상 자산을 취득한 후 3년 이내에 벤처기업집적시설 등으로 개발·조성하지 아니한 경우, 둘째 벤처기업법에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 동안 벤처기업집적시설로의 사용기간을 충족한 경우에는 추징사유에서 해제됨을 알 수 있는바, 이 건 토지의 경우에는 그 취득일로부터 3년 이내에 벤처기업집적시설의 건축을 개시하였으므로 그 시점부터는 토지를 용도에 맞게 사용하였을 뿐만 아니라 경기도지사가 벤처기업집적시설로 지정한 2011.10.26.부터 5년의 부과제척기간이 경과하였으므로, 처분청에서 청구법인에게 이 건 토지에 대한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 토지의 취득일로부터 3년 이내에 벤처기업집적시설의 건축을 개시하였으므로 그 시점부터는 토지를 용도에 맞게 사용하였을 뿐만 아니라 경기도지사가 벤처기업집적시설로 지정한 2011.10.26.부터 5년의 부과제척기간이 경과하였으므로 처분청에서 이 건 토지에 대한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하나, 벤처기업집적시설의 경우 취득세 등을 면제하는 혜택을 주고 있는 것은 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 높이는 데 기여함을 목적으로 하여 제정된 벤처기업법의 입법취지에 부응하기 위하여 벤처기업을 세제상 우대하기 위한 목적에서 비롯된 것이라 할 것으로, 이러한 벤처기업법의 입법취지와 이 사건 감면규정 단서의 추징사유 등을 종합하여 볼 때, 벤처기업법상의 벤처기업집적시설의 지정요건을 충족한 것의 의미는 당해 부동산을 벤처기업 등에게 분양하거나 임대하는 등 목적사업을 이행한 경우라고 해석되는바(대법원 2007.3.16. 선고, 2007두1545 판결 참조), 청구법인은 합리적 이유 없이 토지와 건물을 구분하여 이 건 토지 부분에 대해서는 2011.10.26. OOO가 벤처기업집적시설을 지정한 사실이 있어 그날로부터 5년의 부과제척기간이 경과하였다고 주장하지만, 지방세기본법 시행령제19조 제2항 제3호 나목에 따르면 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 비과세 또는 감면받은 세액을 부과할 수 있는 사유가 발생한 날이고, 지방세법제20조 제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감 받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유 발생일부터 30일 이내에 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있으므로, 비과세 또는 감면의 경우에는 그 추징사유가 발생한 날부터 30일이 경과한 날이 부과제척기간의 기산일이 되는 것이고, 지방세특례제한법제58조 단서에 따라 벤처기업법 제17조의3 또는 제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에는 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세가 추징되는 것이므로 그 추징요건 성립 여부의 판단기준이 되는 벤처기업집적시설 용도로의 사용기간의 기산일은 벤처기업법 소정의 요건을 갖춘 날인데, 이는 당해 부동산을 벤처기업 등에게 분양하거나 임대하는 등 목적사업을 이행하는 정도에 이르러야 할 것이므로 사업부지 상에 벤처기업집적시설용 건물이 존재하지 않는 상태에서는 어떠한 경우에도 그 요건을 갖출 수 없다는 점과 벤처기업법 제18조 제2항 본문 및 각호에서 벤처기업집적시설은 그 지정받은 날부터 1년 이내에 입주요건을 갖추도록 규정하고 있는 점을 종합하여 보면, 경기도지사가 2011.10.26. 청구법인에게 이 건 토지만을 대상으로 벤처기업집적시설 지정서를 교부하였더라도 이 건 건물이 완공되기 이전이므로 그 지정서 교부 사실이 벤처기업법에 따른 소정의 요건을 갖추는 것이라고 볼 수 없고, 오히려 동 지정서는 OOO가 완공된 이후인 2014.3.11. 변경·교부된 바 있어 청구법인은 적어도 그 변경 지정일(2014.3.11.) 이후 1년 이내에 비로소 벤처기업법 소정의 요건을 갖추게 되었다고 봄이 타당하므로, 그로부터 유예기간 5년 이내인 2018.11.16. 청구법인이 이 건 건물 중 일부를 임대하여 추징 사유가 발생하였음이 명백한 이상, 이 건 토지에 대한 취득세 추징과 관련하여 부과제척기간이 경과하였다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 벤처기업집적시설을 신축한 후 그 중 일부를 벤처기업집적시설 입주대상 기업이 아닌 법인에게 임대함에 따라 임대부분에 대하여 감면한 취득세를 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제58조(벤처기업 등에 대한 과세특례) ① 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 지정이 취소되거나 벤처기업육성에 관한 특별조치법제17조의3 또는 제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세와 재산세를 추징한다.

(2) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제17조의3(집적지역의 지정 요건) 집적지역은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 해당 기관이 보유한 교지나 부지의 연면적에 대한 지정 면적의 비율이 대통령령으로 정하는 비율을 초과하지 아니할 것

2. 지정 면적이 3천 제곱미터 이상일 것

3. 집적지역개발계획이 실현 가능할 것 제18조(벤처기업집적시설의 지정 등) ① 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우 시ㆍ도지사(지방자치법제175조에 따른 서울특별시ㆍ광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상 대도시의 경우에는 그 시장을 말한다. 이하 이 조, 제18조의4 및 제26조에서 같다)로부터 그 지정을 받을 수 있다. 지정받은 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.

② 제1항에 따라 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날(건축 중인 건축물은 건축법제22조에 따른 건축물의 사용승인을 받은 날을 말한다)부터 1년 이내에 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 입주하게 하되, 입주한 기업 중에서 벤처기업이 4개 이상(수도권정비계획법제2조 제1호에 따른 수도권 외의 지역은 3개 이상)일 것

2. 연면적의 100분의 70(수도권정비계획법제2조 제1호에 따른 수도권 외의 지역은 100분의 50) 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것

3. 제2호에 해당하지 아니하는 지정 면적은 벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설이 사용하게 할 것

(3) 지방세기본법 제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

(4) 지방세기본법 시행령 제19조(부과의 제척기간의 기산일) ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호에서 정한 날을 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다.

3. 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우: 다음 각 목에서 정한 날

• 가. 법 또는 지방세관계법에서 비과세 또는 감면받은 세액을 신고납부하도록 규정된 경우에는 그 신고기한의 다음 날

(5) 지방세법 제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO 일반연구용지 A-1-1 필지 중 이 건 토지 상에 업무시설 등을 신축 및 공급할 목적으로 OOO 등 다수의 법인으로 구성된 OOO의 회원사 중 하나이다. (다) 지분변경 합의서에 따르면, OOO 회원사들은 2012.11.7. 이 건 사업에 대한 OOO의 보유 지분 0.885160%를 청구법인으로 이전하는 내용으로 합의한 것으로 나타난다. (다) OOO는 2011.10.26. 청구법인에게 벤처기업집적시설지정서(지정번호 제2011-5호)를 교부하였고, 이후 2014.3.11. 시설명 및 지정면적 등을 변경하여 재교부한 사실이 있다. (라) 청구법인은 2011.11.23. 이 건 사업 추진을 위해 제1토지를, 2013.1.17. 제2토지를 각각 취득(매매)하고, 2011.12.20. 및 2013.1.23. 지방세특례제한법제58조 제1항에 따라 벤처기업집적시설을 개발 조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산으로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등 합계 OOO원을 감면받았다. (마) 청구법인은 2014.2.3. 이 건 토지상에 OOO가 건축된 후 사업 지분에 따라 이 건 건물을 취득(원시취득)하였으며, 이 건 토지와 동일한 사유로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등 합계 OOO원을 감면받았다. (바) 청구법인은 2018.11.17. 임차법인과 이 건 부동산의 일부(전용 479.1㎡, 전체 면적의 45%)에 대한 임대차 계약(기간: 2018.11.16. ~ 2020.11.15.)을 체결한 사실이 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제58조 제1항에서 벤처기업법에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 2020.12.31.까지 경감하되, ① 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우, ② 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 지정이 취소되는 경우, ③ 벤처기업법 제17조의3 또는 제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세와 재산세를 추징한다고 규정하고 있다. (나) 첫째, 청구법인은 이 건 토지상에 벤처기업집적시설을 건축한 이상, 감면한 취득세 추징대상에 해당되지 아니한다고 주장하나, 지방세특례제한법제58조 제1항 단서의 3가지 추징요건 중 어느 하나의 추징요건을 충족하는 경우에는 추징대상에 해당된다고 보아야 할 것으로, 청구법인은 2014.2.3. 이 건 건물을 취득한 후 5년 이내인 2018.11.17. 벤처기업집적시설 입주대상이 아닌 임차법인인 OOO와 임대차계약을 체결하여 임대하였으므로 이 건 건물을 5년 이내에 다른 용도로 사용한 것으로 보아야 할 것이다. (다) 둘째, 청구법인은 최초 벤처기업집적시설지정을 받은 날(2011.10.26.)부터 5년이 경과하였으므로 부과제척기간 도과로 인하여 감면한 취득세를 추징할 수 없다고 주장하나, 청구법인이 주장하는 사유는 부과제척기간에 관한 것이 아니라 벤처기업집적시설지정을 받은 날부터 5년 유예기간이 경과한 후에 임대한 것이므로 추징요건을 갖추지 못하였다고 주장한 것으로 보이고, 벤처기업법 제18조 제1항 및 제2항의 규정을 종합하면, 벤처기업업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우 시ㆍ도지사로부터 그 지정을 받을 수 있고, 지정을 받은 날(건축물을 건축중인 경우에는 사용승인을 받은 날)부터 1년 이내에 제2항 각 호에서 정하는 입주기업요건 등을 충족하도록 규정하고 있으므로, 청구법인의 경우에도 2014.2.3. OOO를 신축하여 청구법인 지분에 해당하는 이 건 건물을 취득한 후 2014.3.11. 벤처기업집적시설지정서를 재교부받은 날에 비로소 벤처기업집적시설지정요건을 갖추었다고 할 것이고, 이 날로부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우에는 추징대상에 해당된다 할 것으로서, 청구법인이 2014.3.11.로부터 5년 이내에 2018.11.17. 벤처기업집적시설에 입주할 수 없는 임차법인에게 이를 임대한 이상 당해 임대시점에서 이 건 건물을 다른 용도로 사용한 것으로 보아 추징대상에 해당된다 할 것이다. (라) 따라서, 처분청이 이 건 토지 중 청구법인 소유 건축물의 임대부분에 대하여 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.