청구인이 이 건 부동산 취득당시 대체취득에 따른 취득세 감면제외 대상인 부재부동산 소유자에 해당하는지 여부

[주 문] OOO이 2019.9.16. 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2019.5.1. OOO 토지 461㎡ 및 지상의 건축물 140㎡와 OOO 토지 461㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법제11조 제1항 제7호 및 제8호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 청구인은 2019.8.12. 이 건 부동산의 취득이 지방세특례제한법제73조 제1항에 의한 토지수용 등으로 인한 대체취득 감면대상에 해당한다고 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.9.16. 청구인에게 거부통지(이하 “이 건 거부처분”이라 한다)를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.9.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 부동산임대업을 위하여 2009.11.1. 사업자등록을 하고 청구인과 청구인의 배우자가 사내이사 및 대표이사로 재직중인 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에 청구인 소유의 OOO 토지 및 지상건축물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 임대한 후 실질적으로 임대사업을 운영하였으므로 부재부동산 소유자로 볼 수 없어 이 건 거부처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2009.11.1. 사업장 소재지를 쟁점부동산으로, 업태는 부동산업으로, 종목은 임대업으로 하여 사업자등록을 하였으나, 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 사실상 임대업을 하였는지에 대하여 부가가치세 납부 등 구체적인 증빙자료를 제출하지 못하고 있고, 임대업을 하면서 임대한 것은 청구인과 청구인의 배우자가 사내이사 및 대표이사로 재직중인 OOO과 자본금 명목으로 OOO원의 전세 설정을 한 것 밖에 없어 사업인정고시일 현재 1년전부터 사실상 임대업을 하였다고 보기에는 무리가 있어 부재부동산 소유자로 볼 수 있어 이 건 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구인이 부재부동산 소유자에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. OOO OOO (다) 청구인은 2009.10.23. 쟁점부동산 소재지에 대하여 OOO과 부동산 전세계약을 아래와 같이 체결하였고, 그 계약의 효력은 수용시점까지 지속되었다. OOO (라) 청구인은 2009.11.1. 쟁점부동산을 사업장 소재지로 하여 아래와 같이 사업자등록을 하였다. OOO (마) 2009년부터 2018년까지 OOO의 임차보증금 명세서를 보면 청구인에게 지급한 임차보증금 OOO원이 기재되어 있는 것이 아래와 같이 확인된다. OOO (바) 청구인은 2019.5.1. 이 건 부동산을 매매로 취득(2019.3.22. 매매계약 체결)하고, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법제11조제1항 제7호 및 제8호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (사) 한국도로공사가 2019.8.8. 청구인에게 발급한 부동산 등 매수, 수용, 철거확인서에 따르면, 한국도로공사는 2018.3.23. OOOㆍOOO고속도로 사업인정고시를 받고, 2019.6.26. 청구인에게 OOO원을 보상한 후 청구인 소유의 OOO 토지(이하 “종전부동산”이라 한다)를 수용한 것으로 확인된다. OOO (아) 청구인은 2019.8.12. 이 건 부동산의 취득이 지방세특례제한법제73조에 의한 토지수용 등으로 인한 대체취득 감면대상에 해당한다고 보아 취득세 등의 경정청구를 하였으나, 처분청은 이를 청구인이 부재부동산 소유자에 해당한다고 보아 2019.9.9. 거부처분 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법제73조 제1항에서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률, 도시개발법 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산등이 매수, 수용 또는 철거된 자가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 제2항에서 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제34조 제2항에서 법 제73조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자"란 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등 관계 법령에 따른 사업고시지구 내에 매수ㆍ수용 또는 철거되는 부동산을 소유하는 자로서 다음 각 호에 따른 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 사업자등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 사업자등록을 한 경우라도 사실상 사업을 하고 있지 아니한 사업자를 말한다고 규정하고 있다. 처분청은 청구인이 부가가치세 납부자료 등 구체적인 증빙자료 등을 제출하지 못한 것을 사유로 하여 사실상 사업을 하였다고 볼 수 없다는 의견이나, 청구인이 사실상 사업을 하고 있는지 여부의 판단은 사업인정고시일(2018.3.23.) 현재 1년전부터 계속하여 수용부동산인 종전부동산 소재지에 사업자등록을 두고 사실상 사업을 하고 있는 사업자인지를 확인하여 결정하여야 할 것인바, 청구인은 2009.11.1.부터 한국도로공사에 수용된 종전부동산과 동일한 시에 소재한 쟁점부동산을 사업장소재지로 하여 사업자등록을 하고, 종전부동산이 수용될 때 까지 계속하여 휴ㆍ폐업 등을 하지 아니하고 계속하여 사업을 운영한 점, 청구인과 청구인이 재직중인 OOO은 서로 다른 인격체이고, 임차인인 OOO의 법인장부에는 2009년부터 종전부동산이 한국도로공사에 수용될 때까지 10년 이상 계속하여 쟁점부동산에 대한 임차보증금 OOO원을 청구인에게 지급한 것으로 기재되어 있으며, 처분청이 주장하는 부가가치세 납부실적 등은 부재부동산 소유자에 해당하는지 여부의 판단과는 직접적인 연관성이 없다고 보여지는 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 청구인을 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 사실상 사업을 하지 않은 경우로 보아 청구인에게 한 이 건 거부처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제73조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면) ① 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률, 도시개발법 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(관광진흥법 제55조 제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및 농어촌정비법 제56조에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조 제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(관광진흥법에 따른 조성계획 고시일 및 농어촌정비법에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조 제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액 합계액이 종전의 부동산등의 가액 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대해서는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지 외의 부동산등

• 가. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도ㆍ특별자치도 내의 지역
• 나. 가목 외의 지역으로서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별자치시ㆍ시ㆍ군ㆍ구와 잇닿아 있는 특별자치시ㆍ시ㆍ군ㆍ구 내의 지역
• 다. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도와 잇닿아 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 내의 지역. 다만, 소득세법 제104조의2 제1항에 따른 지정지역은 제외한다.

2. 농지(제6조 제1항에 따른 자경농민이 농지 경작을 위하여 총 보상금액의 100분의 50 미만의 가액으로 취득하는 주택을 포함한다)

• 가. 제1호에 따른 지역
• 나. 가목 외의 지역으로서 소득세법 제104조의2 제1항에 따른 지정지역을 제외한 지역

② 제1항에도 불구하고 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상을 취득하는 경우와 대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다.

③ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 환매권을 행사하여 매수하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령 제34조(수용 시의 초과액 산정기준) ① 법 제73조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 초과액의 산정 기준과 산정 방법은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제73조 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 부동산등(이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)의 대체취득이 지방세법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득에 해당하는 경우의 초과액: 대체취득한 부동산등의 사실상의 취득가격에서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등의 보상금액을 뺀 금액

2. 부동산등의 대체취득이 지방세법제10조 제5항 각 호에 따른 취득 외의 취득에 해당하는 경우의 초과액: 대체취득한 부동산등의 취득세 과세표준(지방세법 제10조에 따른 과세표준을 말한다)에서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등의 매수ㆍ수용ㆍ철거 당시의 보상금액을 뺀 금액

② 법 제73조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자"란 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등 관계 법령에 따른 사업고시지구 내에 매수ㆍ수용 또는 철거되는 부동산을 소유하는 자로서 다음 각 호에 따른 지역에 계약일(사업인정고시일 전에 체결된 경우로 한정한다) 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우라도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다. 이 경우 상속으로 부동산을 취득하였을 때에는 상속인과 피상속인의 거주기간을 합한 것을 상속인의 거주기간으로 본다.

1. 매수 또는 수용된 부동산이 농지인 경우: 그 소재지 시ㆍ군ㆍ구 및 그와 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역

2. 매수ㆍ수용 또는 철거된 부동산이 농지가 아닌 경우: 그 소재지 구[자치구가 아닌 구를 포함하며, 도농복합형태의 시의 경우에는 동(洞) 지역만 해당한다. 이하 이 호에서 같다]ㆍ시(자치구가 아닌 구를 두지 아니한 시를 말하며, 도농복합형태의 시의 경우에는 동 지역만 해당한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ읍ㆍ면 및 그와 잇닿아 있는 구ㆍ시ㆍ읍ㆍ면 지역

(3) 부가가치세법 제29조(과세표준) ⑩ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 임대용역을 공급하는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우

2. 과세되는 부동산 임대용역과 면세되는 주택 임대용역을 함께 공급하여 그 임대구분과 임대료 등의 구분이 불분명한 경우

3. 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우