조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 취득한 이 건 대체건축물이 취득세가 면제되는 기부채납용 부동산에 해당하는지 여부

사건번호 조심 2019지2572 선고일 2020-09-01 조세심판원

[요지] ㅇㅇㅇㅇ시와 청구법인이 작성한 이 건 협약서에서 이 건 대체건축물에 대한 기부채납의 시기 등이 명확하지 아니한 것으로 보이고, 이 건 판결서 내용에서 이 건 대체차고지에 대하여 무상귀속 대상이 아니라고 판단하였는바, 그 지상의 이 건 대체건축물을 그 부속토지와 분리하여 기부채납하는 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 대체건축물을 ㅇㅇㅇㅇ시에 귀속을 조건으로 취득한 것이 아니라고 보아 이 건 처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 OOO 택지개발사업(이하 “이 사건 사업”이라 한다)의 시행자로서 2008.8.8. 국토교통부로부터 고시 제2008-393호로 개발계획 승인을 받고, 2010.11.3. 그 실시계획을 승인 받아 이 사건 사업을 시행하고 있다.
  • 나. 청구법인은 이 사건 사업의 토지 이용계획에 따라 OOO와 국토교통부의 조정을 거쳐 2016.5.26. ‘OOO공영차고지 대체차고지 조성사업 협약서’(이하 “이 건 협약서”라 한다)를 작성하고, OOO에 위치한 OOO공영차고지 토지 56,233㎡(이하 “기존차고지”라 한다)와 그 지상 건축물(4개동 연면적 4,991.01㎡, 이하 “기존건축물”이라 한다)을 귀속하였다.
  • 다. 청구법인은 2018.3.23. 기존차고지의 도로 맞은 편에 위치한 OOO 차고지 56,233㎡(이하 “이 건 대체차고지”라 한다) 상에OOO 외 4개 동의 건축물(연면적 4,950.24㎡, 이하 “이 건 대체건축물”이라 한다)을 신축하고, 처분청에 지방세특례제한법제73조의2 제1항의 기부채납용 부동산 등에 대한 감면대상으로 신고하여 취득세 등 합계 OOO을 감면받은 후, 소유권보존등기를 마쳤다.
  • 라. 처분청은 2019.5.24. 이 건 대체건축물의 취득은 기부채납용 부동산이 아니라고 보아 2019.6.17. 청구법인에게 이미 감면한 취득세 등 합계 OOO을 부과·고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 이 건 대체건축물은 지방세특례제한법 제73조의2의 기부채납용 부동산 등에 대한 감면 규정에 적법한 부동산에 해당하여 취득세 면제 대상임에도 지방세법 제9조 제2항의 비과세 규정에 해당하지 않아 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 이 건 처분을 한 것은 위법·부당하다.

(1) 지방세특례제한법제73조의2 기부채납용 부동산 등에 대한 감면 규정 ‘입법취지’ 지방세법제9조에서 기부채납 부동산에 대한 비과세는 조건 없이 무상으로 소유권을 국가등에 이전하는 경우 세부담을 완화하여 주고자 하는 것이 근본취지이나, 본 건과 같이 국가등의 소유재산과 교환 등 반대급부를 조건으로 기부채납하는 경우까지 비과세하는 것은 입법취지에 불부합에 따라 반대급부 없는 기부채납에 대하여는 종전과 같이 지방세법에 근거를 두되, 반대급부가 있는 경우에는 2016년부터 지방세특례제한법규정으로 이관하여 신설되었고, 다만 2018.12.31.까지 면제규정에 대해서도 일몰기한을 적용하는 것과 관련하여 종전에 비과세 대상에서 일시에 과세전환하는 것은 민간투자 사업 위축 우려가 있어 바람직하지 않으며, 또한 정부에서 기부채납을 통한 민간투자를 장려하고 있으므로 당분간 비과세를 유지하도록 하였으며, 현재에는 2021.12.31까지 감면규정을 연장하되, 단계적으로 감면을 축소하여 종국에는 배제할 수 있도록 하고 있다.

(2) 지방세특례제한법제73조의2 기부채납용 부동산 등에 대한 ‘감면대상자’ 기부채납은 국가등 외의 자가 재산의 소유권을 무상으로 국가등에 이전하여 국가등이 이를 취득하는 것을 말하여, 기부채납용 부동산 및 사회기반시설을 취득하는 자 중에서 국가등에 지방세법제9조 제2항에 따라 반대급부 없이 무상 귀속용 과세물건을 취득하는 경우에는 지방세법상 비과세 대상자가 되는 것이나, 국가등이 소유하고 있는 부동산을 무상으로 양여받는 조건으로 취득하는 경우에는 지방세특례제한법 제73조의2 규정에 따른 면제대상자가 되는 것이다.

(3) 청구법인과 OOO는 국토교통부의 조정을 거쳐 2016.5.26. 이 건 협약서를 작성한 후 그 내용에 따라 OOO에 무상으로 기부채납할 목적으로 기존건축물과 동일 규모의 이 건 대체건축물을 일시 취득하였는바, 이 건 대체건축물은 비록 기존건축물을 반대급부로 무상 양여 받아 지방세법제9조 제2항 제2호 감면규정은 적용 받지 못한다 하더라도, “국가등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 중에서 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산을 무상으로 양여받는 조건으로 취득하는 부동산”에 해당하므로 지방세특례제한법제73조의2 감면규정에 지극히 적법한 부동산에 해당한다 할 것이다.

(4) 처분청은 지방세법제9조 제2항 및 대법원 판결(2019.3.28. 선고 2018두66364 판결)에 비추어 이 건 대체건축물은 “국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설의 취득”에 해당하지 않아 감면을 배제하여야 한다는 의견이나, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인은 기부채납에 반대급부가 있는 경우에 해당하므로 지방세법 감면규정을 적용한 것이 아니라 지방세특례제한법 감면규정을 적용하여 감면대상에 해당한다는 주장이고, 처분청이 들고 있는 대법원 사건은 대체차고지 토지는 공공시설로 볼 수 없어 서울시에 무상귀속 되는 토지에 해당하지 아니한다는 판결로, 그 토지위에 신축한 이 건 대체건축물을 무엇으로 볼 것인지에 대한 판결도 아닐뿐더러 이 건 대체건축물이 공공시설에 해당하지 않아 서울시에 무상 귀속되지 않는다 하더라도, 이 건 대체건축물을 기부채납하고 반대급부로 기존차고지 시설물을 무상으로 양여 받아 지방세특례제한법 감면대상에 해당한다는 청구 주장의 당부를 판단함에 있어 아무런 영향을 미치지 않는 판결이라 할 것(이 건 협약서 제3조 제4항에서 “OOO공영차고지 및 계획차고지가 무상귀속 대상이 아니라고 판단되는 경우에는 OOO공영차고지의 시설물은 보상금 산정 대상에서 제외한다”는 규정은 이 건 대체건축물을 청구법인 비용으로 신축하여 서울시에 제공함에 따라 기존건축물에 대한 보상금은 산정하지 아니한다는 것으로 중복보상을 방지하고자 조문화한 것임)이다. 더욱이 청구법인은 기존건축물에 대한 철거 권한을 확보함에 따라 2019.8.7. 취득세 등을 신고·납부하였고 이로 인해 기존건축물과 이 건 대체건축물 모두 취득세를 납부하여야 하는 모순이 발생하였으며, 본 사건과 매우 유사한 위례택지개발사업지구 내 군부대 이전사업 또한 기부 대 양여 사업으로서 청구법인은 기존 군부대시설을 무상으로 양여 받고 동일 규모의 군부대 대체시설을 신축하여 기부채납하는 경우, 지방세특례제한법제73조의2 규정을 적용하여 신축시설물에 취득세 100%를 감면받고 있는 사실과 비교하더라도 매우 이해하기 힘든 점으로, 위 감면규정의 적법여부를 검토하지 않고 곧바로 지방세법제9조 제2항 감면규정에 적법하지 않는다고 보는 것은 잘못이 있다 할 것이다.

  • 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제73조 제1항 및 제2항에서 지방세법 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 감면하되, “국가등에 귀속등을 이행하지 아니하는 조건이 변경된 경우에는 그 감면된 취득세를 추징”한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 이 건 대체차고지 상의 이 건 대체건축물을 OOO에 기부채납하기로 하였는지 여부를 보면, 청구법인과 OOO 사이에 기존차고지 및 이 건 대체차고지의 무상귀속 여부와 관련하여 이견이 있어서 국토교통부의 조정을 거쳐 2016.5.26. 그 지상의 시설물 등에 관한 이 건 협약서를 작성하면서 이 건 대체차고지상 시설물을 기부채납하기로 하였다면, 이후 분쟁의 소지를 제거하기 위하여 해당 협약서에 기부채납의 시기 및 조건을 명확히 기재하였어야 할 것이나, 이 건 대체건축물의 기부채납 여부 및 조건이나 시기 등에 관한 내용이 전혀 없고, 또한, 이 건 협약서의 내용을 보면 OOO는 이 건 대체차고지와 기존차고지를 서로 양여 및 무상귀속하려 했던 것으로 해석되나 이에 상반된 이견으로 청구법인이 “무상귀속의무부존재확인”의 소를 제기하였는바, 이 건 협약서는 양여와 기부 물건 및 조건을 위한 협약서라기 보다는 향후 분쟁을 전제한 상태에서 이 건 대체차고지의 마련을 속행하고, 분쟁결과에 따라 “무상귀속 대상이 아니라고 판단되는 경우에는 송파공영차고지의 시설물은 보상금 산정 대상에서 제외한다”는 내용처럼 후속조치를 명시한 협약서로 보기에 더 적합해 보인다고 하겠다. 나아가, 청구법인과 OOO 간에 이견이 좁혀지지 않자 청구법인이 이 건 대체차고지 무상귀속 여부에 대하여 제기한 “무상귀속의무부존재확인” 사건의 최종판결에서는 “이 사건 대체차고지가 관리청이 될 피고에게 무상귀속되지 않는다 하여 원고가 막대한 이익을 누린다는 사정은 보이지 않고, 피고가 일부 비용을 지출해야 할 사정은 있으나, 그것만으로는 원고에게 이 사건 대체차고지를 무상귀속 시켜야 할 의무를 부담시킬 수는 없다”(대법원 2019.3.28. 선고 2018두 66364 판결)고 판시하였다. 결론적으로 이 건 협약서에 이 건 대체건축물에 대한 기부채납의 시기 및 조건이 명확히 기재되어 있지도 않을 뿐만 아니라, 위 판결에 의하여 이 건 대체차고지가 무상귀속의 대상이 아니라는 판결이 확정되었는바, 처분청이 이 건 대체건축물을 기부채납 대상이 아니라고 보아 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 청구법인이 취득한 이 건 대체건축물이 취득세가 면제되는 기부채납용 부동산에 해당하는지 여부
  • 나. 관련 법률

(1) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것) 제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 취득세를 부과한다.

(2) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정된 것) 제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

(3) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ① 지방세법 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에서 "귀속등"이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 2018년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

② 제1항의 경우 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 국가등에 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 그 면제된 취득세를 추징한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 이 사건 사업의 시행자로서 2008.8.5. 국토해양부 고시 제2008-393호로 개발계획을 승인받고, 2010.11.3. 국토해양부 고시 제2010-754호로 실시계획을 승인받았다. (나) 청구법인과 OOO 사이에 이 건 대체차고지가 OOO에 무상귀속되는 ‘공공시설’에 해당하는지 여부에 관하여 이견이 발생함에 따라 청구법인과 OOO는 국토교통부의 조정을 거쳐 2016.5.26. 이 건 협약서인 “OOO공영차고지 대체차고지 조성사업 협약서”를 작성하였는바, 그 협약서의 주요 내용은 다음과 같다. OOO (다) 청구법인은 OOO를 상대로 OOO행정법원에 이 건 대체차고지에 대하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제65조에 따라 “무상귀속의무부존재확인”의 소를 제기하였고(OOO행정법원 2017구합59208), 법원은 2017.11.2. 원고인 청구법인에게 승소판결을 하였고, 이에 OOO가 OOO고등법원 2017누85551호로 항소하였으나, 2018.11.14. 항소기각 판결(이하 “이 건 판결”이라 한다)을 받았고, 이후 대법원 2018두66364호로 상고하였으나, 2019.3.28. 상고기각(심리불속행)이 되었는바, 이 건 판결서에 나타난 주요 판단내용은 다음과 같다. OOO (라) 청구법인은 이 사건 사업의 토지이용계획에 따라 2018.3.23. 이 건 대체차고지 상에 이 건 대체건축물을 준공하여 2018.5.2. 소유권보존등기를 하였는바, 그 건축물대장상의 내역은 다음과 같다. OOO (마) OOO(주차계획과)가 기존차고지 상의 기존건축물에서 이 건 대체차고지 상의 이 건 대체건축물로의 이주 및 인수인계와 관련하여 청구법인에게 발송한 문서의 주요 내용은 다음과 같다. OOO (바) 이 건 대체차고지 및 대체건축물은 OOO 조례에 따라 ‘OOO시설관리공단’에서 운영하고 있고, OOO시설관리공단은 기존건축물에 있던 차고지운영위원회의 인적·물적 설비를 이 건 대체건축물로 이전하도록 한 후 기존차고지의 운영 방식과 동일하게 관리하고 있다. (사) 청구법인이 2020.7.22. 당원 조세심판관회의 시 입증자료로 제출한 OOO(주차계획과)의 ‘이 건 대체차고지 상의 사무동 및 정비동 증축’ 관련 문서(OOO 홈페이지 게시자료)를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다. OOO (아) 청구법인은 2019.6.4. OOO로부터 기존차고지 상의 건축물에 대한 철거 동의를 받고, 2019.8.7. 기존건축물에 대한 취득 신고를 하면서 이 건 대체건축물의 취득가격을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다. (자) 처분청은 이 건 대체차고지 및 대체건축물에 대하여 지방세법제109조 제2항(국가, 지방자치단체 등이 1년 이상 공용 또는 공공용으로 사용하는 재산에 대한 비과세) 규정에 따라 2018년도 및 2019년도 재산세를 각 비과세하였다. (차) 2015.12.29. 지방세법제9조 단서 개정 및 제2호 내용 신설에 따른 지방세특례제한법제73조의2의 신설과 관련한 ‘2016년도 행정자치부 지방세특례제한법 적용요령’을 보면 다음과 같이 되어 있다. OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 대체건축물이 지방세특례제한법제73조의2 제1항에서 규정한 ‘지방세법제9조 제2항에 따른 부동산’으로서 취득세 면제대상에 해당한다고 주장하나, 위 규정의 입법 취지는 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세를 면제하겠다는 데에 있으므로, 위 규정에 의하여 취득세가 면제되기 위해서는 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시에 그 취득자가 당해 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 한다고 할 것(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결, 같은 뜻임)인바, OOO와 청구법인이 작성한 이 건 협약서에서 이 건 대체건축물에 대한 기부채납의 시기 등이 명확하지 아니한 것으로 보이고, 이 건 판결서 내용에서 이 건 대체차고지에 대하여 무상귀속 대상이 아니라고 판단하였는바, 그 지상의 이 건 대체건축물을 그 부속토지와 분리하여 기부채납하는 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 대체건축물을 OOO에 귀속을 조건으로 취득한 것이 아니라고 보아 이 건 처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)