쟁점건축물의 부속토지가 본점 사업용 부동산으로서 취득세 등의 중과세율 적용대상에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.8.28. OOO 토지 1,183㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 기업부설연구소의 부속토지로 사용할 부분 406㎡에 대하여는 지방세특례제한법제46조 제3항을 적용하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 감면(이하 “이 건 감면”이라 한다)받았고, 그 외 제조시설 및 창고의 부속토지로 사용할 부분 777㎡에 대하여는지방세법제11조 제1항 제7호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 청구법인은 2015.6.12. 이 건 토지 지상에 건축물 1,992㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하여 취득한 후 지방세법제11조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 다. 처분청은 2019.7.11. 청구법인이 당초 기업부설연구소로 사용할 것으로 하여 감면받았던 토지 중 기업부설연구소로 사용중인 건축물 229.76㎡의 부속토지를 제외한, 주식회사 OOO에 임대중인 건축물 493.74㎡의 부속토지에 대하여는 기업부설연구소용이 아닌 것으로 보아 지방세법제11조 제1항 제7호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였고, 이 건 건축물 중 2층 연구소장실, 사무실, 휴게실 등 249.75㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)의 부속토지에 대하여는 본점사업용 부동산으로 보아 지방세법제13조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과ㆍ고지(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 OOO이 2019.4.25. 인정한 기업부설연구소 변경신고 처리결과에 따르면 이 건 건축물 2층 973.25㎡ 중 주식회사 OOO에 임대중인 493.74㎡를 제외한 479.51㎡에 대하여 연구독립공간이라고 명시되어 있고, 처분청은 이 건 건축물 중 2층 연구소장실, 사무실, 휴게실을 본점 사업용으로 보고 있으나, 사무실과 휴게실은 청구법인의 책임연구원 OOO 등 5명이 전담하여 사용하는 책상과 의자 사무용품 등이 실제하고 있는 부분과 이들이 전담으로 사용하는 식음료 공간이 있어 다른 사무실과 독립적으로 구분된 배타적 공간이라 할 수 있고, 연구소장실은 연구소장이 연구전담요원들과 수시로 의견을 나누고, 연구결과 성과를 전시할 뿐만 아니라 연구와 관련된 외부인사를 접견하는 독립적인 장소로 사용하고 있어 다른 사무실과 독립적으로 구분된 배타적 공간이라고 할 수 있으므로 기업부설연구소 감면적용 대상이 아닌 본점 사업용 부동산으로 본 이 건 취득세 등 부과처분은 잘못이 있다.
• 나. 처분청 의견 기업부설연구소에 대한 감면 취지는 기업의 연구조직을 효율적으로 육성 지원하기 위한 것으로 일정요건을 갖춘 기업의 부설연구소와 연구개발전담부서에 대하여만 엄격히 감면을 적용해야 하는 것으로, 청구법인처럼 일부 사무실이 연구시설로 사용중인 것은 부인할 수 없으나, 쟁점건축물은 손님을 접대하기 위한 공간과 연구시설이 같은 공간에서 이루어져 있고, 이 건 건축물에 청구법인의 별도 사장실이나 사무공간이 없는 점 등을 고려해 볼 때 쟁점건축물은 기업부설연구소만의 전용공간이라고 보기는 어렵다고 할 것이므로 쟁점건축물의 부속토지를 대도시내 본점 사업용 부동산 신축에 따른 중과세율 적용대상으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점건축물의 부속토지가 본점 사업용 부동산으로서 취득세 등의 중과세율 적용대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2001.1.12. OOO을 본점소재지로 하고 대기오염방지기기류 제조업도소매업, 환경기자재 제조업도소매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2015.8.20. 이 건 건축물로 본점을 이전하였다. (나) 청구법인은 2014.8.28. 이 건 토지를 취득한 후 기업부설연구소의 부속토지로 사용할 부분 406㎡에 대하여 지방세특례제한법제46조 제3항에 따라 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 감면받았다. (다) 청구법인은 2016.6.14. OOO으로부터 아래와 같이 기업부설연구소의 인정을 받았다. (라) OOO은 2017.4.3. 청구법인의 기업부설연구소 변경신고에 대하여 아래와 같이 처리결과를 통보하였다. (마) 처분청은 2019.5.10. 및 2019.5.14. 이 건 건축물에 출장하여 당초 기업부설연구소를 사용예정이었던 2층 973.25㎡ 중 493.74㎡는 주식회사 OOO에게 임대중이고, 229.76㎡는 기업부설연구소로 사용중이며, 쟁점건축물 249.75㎡는 청구법인이 아래와 같이 대도시내의 본점사업용 부동산으로 사용중인 것으로 조사하였다. (바) 청구법인은 2019년 12월말 현재 직원의 근무현황을 아래와 같이 제출하였다. (사) 처분청은 2019.7.11. 청구법인에게 주식회사 OOO에게 임대하여 사용중인 건축물의 부속토지에 대하여는 지방세법제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을, 쟁점건축물의 부속토지에 대하여는 지방세법제13조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴 본다. 지방세특례제한법제46조 제1항에서 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 제1항에도 불구하고 중소기업기본법제2조 제1항에 따른 중소기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 l00분의 75를 경감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제23조 제1항에서 법 제46조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있고, 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제2조에서 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다고 규정하면서 그 제6호에서 "연구시설"이란 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설을 말한다고 규정하고 있으며, 지방세법제13조 제1항에서수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점건축물의 부속토지가 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 독립적이고 배타적 연구시설으로 취득세 등의 감면대상이라고 주장하나, 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제2조 제6호에서 연구시설의 정의를 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설을 말하고 있는 바, 청구법인은 이 건 건축물을 본점사업장으로 등록하고, 이 건 건축물 이외에 별도의 본점 사업용 부동산이 존재하지 않는 점, 쟁점건축물은 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간이 아니라 연구원과 연구원이 아닌 자가 공동으로 사용중인 사실이 처분청의 출장복명서, 청구법인이 제출한 직원현황 등에 의하여 확인되는 점, 쟁점건축물을 기업부설연구소의 전용공간으로 본다면, 청구법인은 본점사무를 수행하는 공간이 없어 불합리한 것으로 보이는 점, 취득세의 중과세대상이 되는 대도시내 본점 사업용 부동산에 해당하는지 여부는 법인의 본점으로서의 기능을 수행하는 장소로 사용되는지 여부를 기준으로 판단되어야 하는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점건축물을 신축하여 본점사업용으로 사용한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점건축물의 부속토지에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지·유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세특례제한법 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항에도 불구하고 중소기업기본법제2조 제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 l00분의 75를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 75를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다.

(3) 지방세특례제한법 시행령 제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(건축법에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다. 제14조의4(기업부설연구소등의 준수사항) 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.

1. 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일로부터 3년이 경과하지 아니한 중소기업기본법 제2조 제2항에 따른 소기업의 기업부설연구소등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)

2. 건축법에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물, 건축물의 용도가 주거용인 건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것

3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항

(5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

6. "연구시설"이란 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설을 말한다. 제17조(기업부설연구소 등의 준수사항) ① 법 제14조의4 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 법 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 "기업부설연구소등"이라 한다)를 설립 또는 설치한 기업은 해당 기업부설연구소등에서 근무하는 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보할 것

2. 기업부설연구소등의 직원 및 연구시설은 같은 소재지에 있을 것

(6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙 제3조(기업부설연구소의 신청 등) ① 법 제14조의2 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 기업은 별지 제1호서식의 기업부설연구소 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 영 제27조 제1항에 따른 한국산업기술진흥협회(이하 "협회"라 한다)에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.