일반적 경과조치에 따라 개정전 법률을 적용하여 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2019지2535 / 조심2019지3776

[주 문] OOO이 2019.3.14. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.11.30. OOO 토지(구 OOO 외 11필지, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고, 그 지상에 청구법인과 OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 지하 2층, 지상 11〜20층 아파트 30개동 총 2,320세대 및 근린생활시설(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축·분양하는 사업을 시행하여 2016.2.26. 이 건 건축물에 대한 사용승인을 받았다.
• 나. 청구법인과 OOO은 2016.4.19. 이 건 건축물에 대한 취득신고 시 공동주택에 대하여는 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의2 제2항에 따라 신축하는 주거용 건축물로서 에너지절약형 친환경주택으로 하여 취득세의 100분의 10을 경감한 취득세 등 합계 OOO원을, 근린생활시설에 대하여는 지방세법제11조 제1항 제3호의 세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 다. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 이 건 건축물에 대한 신축비용의 일부OOO를 누락한 사실을 확인하고 이에 대하여 청구법인과 OOO에게 과세예고 통지를 하자, 청구법인과 OOO은 2017.7.31. 위 누락가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 신고ㆍ납부하였다.
• 라. 청구법인은 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정 된 것) 제33조 제1항(이하 “종전 규정”이라 한다)이 폐지되기 전에 이 건 건축물 중 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택(1,176세대, 이하 “이 건 공동주택”이라 한다)에 대한 사업계획승인을 받아 건축 중이었으므로 종전 규정이 실효된 이후에 이 건 공동주택을 취득하였다 하더라도 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정 된 것) 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 취지로 2019.1.24. 취득세 등 합계 OOO원의 환급을 요청하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.3.14. 거부통지를 하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2019.5.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 전용면적 60㎡ 이하 소규모 공동주택의 취득에 대한 취득세 감면 규정은 법령 개정 및 근거 법령의 변경에도 불구하고 20여 년 넘게 존속되어 온 것으로 그 감면의 계속에 대한 납세자의 신뢰가 구축되기 충분했고, 청구법인은 종전 규정을 신뢰하여 이 건 건축물을 착공하였으나 완공까지 시일이 소요되는 사이에 종전 규정의 개정(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것, 이하 “개정 규정”이라 한다)으로 개정 법률이 시행되어 개정 규정에 따라서는 취득세 감면을 받지 못하는 불측의 손해를 입게 되었으며, 이러한 경우, 개정 법령의 일반적 경과규정을 납세자 보호를 위해 유리한 종전 법령을 적용하도록 하는 특칙으로 해석(대법원 1994.5.24. 선고 93누5666 전원합의체 판결 등)하여 착공 당시의 종전 규정에 따라 여전히 감면 규정을 적용받을 수 있게 하는 법리가 존재한바, 청구법인의 이 건 건축물 취득은 위의 법리가 적용될 요건에 정확히 부합하므로 종전 규정에 따라 이 건 공동주택의 취득에 대한 취득세 등 합계 OOO원을 면제하는 것이 타당함에도 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 개정 규정인 지방세특례제법제33조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다”고 규정하고 같은 법 부칙 제6조에서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 오늘날에 있어서 조세는 국가의 재정수요를 충족시킨다고 하는 본래의 기능 외에도 소득의 재분배, 자원의 적정배분, 경기의 조정 등 여러 가지 기능을 가지고 있으므로, 국민의 조세부담을 정함에 있어서 재정·경제·사회정책 등 국정전반에 걸친 종합적인 정책판단을 필요로 하고, 조세법규를 어떠한 내용으로 규정할 것인지에 관하여는 입법자가 국가재정, 사회경제, 국민소득, 국민생활 등의 실태에 관하여 정확한 자료를 기초로 하여 정책적, 기술적인 판단에 의하여 정하여야 하는 문제이므로 이는 입법자의 입법형성적 재량에 기초한 정책적, 기술적 판단에 맡겨져 있다(헌법재판소 2016헌바420, 2018.2.22. 선고, 헌법재판소 2000헌바54, 2001.12.20. 선고, 같은 취지)고 할 수 있는바, 구지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되어 2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙 제6조가 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정함으로써 위 개정 지방세법 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다고 판시(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결 및 2013.9.12. 선고 2012두12662 판결, 같은 뜻임)한바, 종전 규정에서 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않은 점, 종전 규정에서 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어 감면기한에 대한 일몰 규정을 두고 있었던바, 그렇다면 감면기한(2014.12.31.) 이후에는 감면이 종료되거나 감면률이 축소될 수도 있음을 충분히 예측할 수 있었던 상황이므로, 청구법인이 2014.12.31. 일몰기한 만료로 감면이 자동 종료된 후에 이 건 공동주택을 취득한다 하더라고 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰한 것을 정당한 것으로 볼 수 없고, 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것은 아니므로 신뢰보호원칙에 위배된다고 볼 수 없는 점, 지방세에 대한 감면규정의 신설, 유지, 종료 및 축소 여부에 대한 판단은 입법자의 재량에 기초한 정책적 판단사항으로, 기존에 감면되고 있던 규정의 일부가 폐지 또는 축소될 수 있음을 충분히 예측할 수 있었던 점, 청구법인이 제시한 대법원 판례(대법원 1994.5.24. 선고 93누5666 전원합의체 판결)는 감면기한에 대한 일몰규정을 별도로 규정하고 있지 않았던 구 지방세법의 감면조문에 대한 판례로 구지방세특례제한법제71조 제2항에서 일몰 규정을 별도로 규정하고 있던 이 건과는 사안이 달라 그대로 원용하기에는 적절하지 않은 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 이 건 공동주택을 신축하는 중에 소규모 공동주택에 대한 취득세 감면규정의 감면시한이 종료된 데 대하여 일반적 경과규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 정당한지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부 개정된 것) 제33조(주택 공급 확대를 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. ＜부 칙＞(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정되기 전의 것) 제33조(주택 공급 확대를 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

(3) 지방세특례제한법 시행령 제15조(주택건설사업자의 범위 등) ① 법 제33조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 주택건설사업자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 해당 건축물의 사용승인서를 내주는 날 이전에부가가치세법 제8조에 따라 건설업 또는 부동산매매업의 사업자등록증을 교부받거나 같은 법 시행령 제8조에 따라 고유번호를 부여받은 자

(4) 경기도 도세감면조례(1995.1.18. 경기도조례 제2518호로 제정된 것) 제13조(공동주택에 대한 감면) ① 공공단체·주택건설사업자(부가가치세법 제5조의 규정에 의하여 건설업 또는 부동산매매업으로 사업자등록증을 당해 건축물의 사용검사일까지 교부받거나 동법시행령 제8조의 규정에 의한 고유번호를 부여받은 자를 말한다) 또는 주택건설촉진법 제44조 제3항의 규정에 의한 고용자가 분양할 목적으로 전용면적 60제곱미터이하인 5세대 이상의 공동주택(아파트·연립주택·다세대주택을 말하며, 그 부대복리시설을 포함한다)을 건축하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2월이내에 보존등기를 하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

② 제1항 본문의 규정에 의하여 취득세와 등록세의 과세면제대상이 되는 공동주택(그 부속토지를 포함한다)을 최초로 분양받아 1가구1주택이 되는 경우와 임대주택법에 의한 임대사업자가 임대할 목적으로 분양받는 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의하여 취득세와 등록세를 감면한다. 다만, 부동산의 취득일부터 2월(공동주택을 분양하는 자가 법령의 규정이나 천재·지변 기타 이에 준하는 불가피한 사유로 소유권이전등기를 할 수 없는 경우에는 이전등기가 가능한 날부터 2월)이내에 이전등기를 하지 아니하거나 임대할 목적으로 취득한 후 임대이외의 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 전용면적 40제곱미터이하인 공동주택에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

2. 전용면적 40제곱미터초과 60제곱미터이하인 공동주택에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실을 인정할 수 있다. (가) 청구법인과 OOO은 2016.2.26. 이 건 건축물을 사용승인을 받고, 2016.4.19. 이 건 건축물 중 공동주택에 대하여는 취득세 등 합계 OOO원을, 근린생활시설에 대하여는 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (나) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과 이 건 건축물에 대한 신축비용의 일부OOO를 누락한 사실을 확인하고 2017.7.26. 청구법인과 OOO에게 과세예고 통지를 하였으며, 청구법인과 OOO은 2017.7.31. 위 금액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (다) 청구법인이 이 건 공동주택의 준공과 관련하여 추진한 일련의 사업진행 현황은 다음과 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 이 건 공동주택을 취득한 것에 대해서는 일반적 경과조치를 적용할 수 없다는 의견이나, 일반적 경과조치는 특정한 경우에 대해서만 적용하는 개별 경과규정과 달리 납세자에게 불리하게 개정한 규정에 대해서 포괄적으로 적용하는 것이고, 다만 불리하게 개정했다고 해서 무조건 적용하는 것이 아니라 장래 일정한 기간 내에 과세요건을 충족하는 경우에 감면한다는 등 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있는 규정을 납세자에게 불리하게 개정한 경우에만 적용하는 것이므로 종전 규정의 입법 취지 및 규정 내용 등을 종합하여 종전 규정에서 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있는지 여부를 판단하여야 할 것인바(대법원 2013.9.12. 선고 2012두12662 판결 및 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결, 같은 뜻임), 종전 규정의 입법 취지는 소형공동주택의 공급 확대를 통한 서민의 주거안정을 도모하는 데에 있고, 경기도 도세감면조례에서 1995.1.18. 같은 내용을 규정한 이래로 20년 이상 별다른 개정 없이 계속 유지되어 온 점, 종전 규정은 소규모 공동주택의 분양·임대(공급)를 목적으로 취득하는 부동산에 대해서 취득세를 면제하겠다고 명시적으로 규정하고 있고, 이러한 감면목적을 달성하기 위해서는 주택법령 등에 따른 허가 및 승인을 받아 그 내용과 절차에 따라 공동주택을 건축·분양하여야 하므로 종전 규정은 당초 허가된 소규모 공동주택을 착공하여 준공하기까지 그 취득세를 면제하겠다는 취지로 봄이 상당한 점 등에 비추어 이 건 공동주택의 착공 당시에 시행 중이던 종전 규정에서는 주택법령 등에 따라 허가·착공된 소규모 공동주택에 대해서 그 취득세를 면제하겠다는 등의 신뢰보호와 관련된 내용이 담겨 있다고 보이므로 일반적 경과조치에 따라 종전규정을 적용하는 것이 타당하다고 하겠다. 다만, 종전 규정에 대해서 일반적 경과조치를 적용하는 경우라 하더라도 납세의무자가 종전 규정의 시행기간 내에 소규모 공동주택의 취득과 밀접하게 관련된 착공 등의 원인행위로 나아감으로써 새로운 법률관계를 형성하거나 법적 지위를 취득한 경우에 대해서만 그 신뢰가 보호할 정도에 이르렀다고 보아 종전 규정을 적용할 수 있다 하겠는바, 청구법인의 경우 개정 규정이 시행되기 이전인 2011.8.1. 주택건설사업에 관한 사업승인허가를 양수받고, 2012.10.31. 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하여 2012.11.30. 그 소유권이전등기를 경료하였으며, 2013.8.31. 이 건 공동주택에 대한 착공신고서를 제출하고 2013.9.27. 입주자 모집 승인을 받아 건축공사를 진행하였으므로 일단 착공에 따른 건축공사가 이루어지면 특별한 사정이 없는 한 그 취득에까지 이를 수밖에 없는 점, 청구법인은 착공 당시 이 건 공동주택에 대하여 주택법령에 따른 사업계획승인을 받아 주택법령 상의 주택건설사업자라는 새로운 법적 지위를 갖게 되었을 뿐만 아니라 건축주로서 건축법령에서 정한 모든 의무를 부담하여야 하는 등 새로운 법률관계도 형성되었다고 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 개정 규정이 시행되기 이전에 이 건 공동주택의 착공에 따른 일련의 취득 원인행위를 시행하여 건축을 완료하면 취득세를 면제받을 수 있다고 기대할 만한 사정이 있었다고 볼 수 있고, 나아가 청구법인의 종전 규정에 대한 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 보는 것이 타당하다(조심 2019지2535, 2020.1.17. 및 2019지3776, 2019.12.24. 외 다수, 같은 뜻임) 하겠다. 따라서, 청구법인이 종전 규정에 따라 이 건 공동주택을 착공하여 건축공사가 이루어진데 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.