청구인이 쟁점토지를 취득한 후, 청구인이 대표이사로 있는 법인명의로 쟁점토지상에 쟁점건축물을 신축하여 소유권보존등기를 한 경우 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호에서 규정한 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2015지1885

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 OOO와 공동으로 2016.2.22. OOO 공장용지 9,918㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 취득하고, 지방세특례제한법제78조 제4항에서 규정하고 있는 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등 OOO원을 감면받았다.
• 나. 청구인은 2017.3.27. 배우자 OOO과 공동으로 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)을 설립한 후, 쟁점법인의 명의로 쟁점토지상에 2018.12.3. 산업용 건축물인 공장 2개동 1,103.73㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 신축하여 소유권보존등기를 하였다.
• 다. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 규정한 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아 2019.2.8. 청구인에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2019.2.22. 이의신청을 거쳐 2019.6.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 지방세특례제한법 제78조에는 취득세 감면대상에서 개인과 법인을 구분한 내용이 전혀 없고, 개인사업자가 산업단지 내 토지를 취득하여 사업을 영위한 던 중 사업양수도 방법에 의하여 법인으로 전환한 후 동 토지에 전환된 법인이 아닌 개인 명의로 건축물을 건축하여 사용검사를 받은 경우라면 상기 규정에 의한 취득세 등의 면제 대상이 되지 않는다(지방세정팀-3438, 2005.10.26.) 할 것이고, 개인사업자가 산업단지 내 공장용 부동산을 취득한 후 공장용 건축물을 신축하여 공장으로 사용하던 중 조세특례제한법 제32조에 규정된 사업양수도에 따라 법인으로 전환한 경우라면 법인전환에 따라 소유권이 이전되는 것은 정당한 사유가 있는 것으로 보아 기 감면된 취득세 등은 추징되지 않는다(지방세정팀-3438, 2005.10.26.)라고 판단한바, 사업양수도 방법에 의한 법인으로 전환한 경우가 아니더라도 취득세 감면규정의 입법 취지를 감안할 때 청구인이 쟁점토지를 취득하였으나, 쟁점토지상의 쟁점건축물은 청구인이 대표이사로 있는 쟁점법인을 설립하여 취득하였는바, 쟁점토지를 취득한 후 쟁점건축물 준공까지 포괄적으로 동일인이 직접 사용한 것으로 볼 수 있다 할 것이므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호에서 말하는 직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 의미하는 바, 청구인이 쟁점법인의 대표이사라 하더라고 청구인과 쟁점법인은 별개의 권리의무 주체로서 쟁점법인과 개인을 동일시 할 수 없으며, 청구인이 쟁점토지를 취득한 후 청구인을 대표이사로 하는 쟁점법인을 설립하여 그 법인으로 하여금 쟁점건축물을 신축한 것을 청구인이 직접 사용한 것과 동일하게 취급할 수는 없다 할 것이며, 처분청이 지방세특례제한법제78조 제5항 제1호에 따라 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 청구인에게 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 정당하다(조심 2015지1885, 2016.5.17., 같은 뜻임).

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구인이 쟁점토지를 취득한 후, 청구인이 대표이사로 있는 법인 명의로 쟁점토지상에 쟁점건축물을 신축하여 소유권보존등기를 한 경우 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 규정한 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률 등

(1) 지방특례제한법(2016.1.1. 법률 제13637호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(2) 지방특례제한법 부칙(2015.1.1. 법률 제12955호로 개정된 것) 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제13637호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구인은 2015.12.24. 주식회사 OOO에 위치한 쟁점토지에 대한 용지매매계약을 체결하였다. (나) 청구인은 2016.2.22. 쟁점토지를 OOO원에 취득하고 지방세특례제한법제78조 제4항 및 부칙 제25조에 따라 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등 OOO원을 감면받았다. (다) 청구인이 대표이사로 있는 쟁점법인의 등기사항일부증명서에는 회사 성립연월일이 2017.3.27.이며, 대표이사는 청구인, 사내이사 OOO(청구인의 배우자), 감사 OOO으로 기재되어 있고, 쟁점법인의 지분은 청구인 50%, 배우자 OOO 50%로 되어 있다. (라) 청구인은 2017.4.11. 쟁점토지 소재지인 OOO의 입주 계약을 쟁점법인으로 변경하였다. (마) 쟁점건축물의 등기부등본 및 건축물대장에 의하면, 쟁점법인이 2018.12.3. 쟁점토지상에 쟁점건축물을 신축하여 사용승인을 득하고, 2018.12.14. 소유권보존등기 한 것으로 나타난다. (바) 등기사항전부증명서에 의하면, 주식회사 OOO은 2016.2.22. 청구인을 채무자로 하고 채권최고액을 OOO원으로 하여 쟁점토지에 근저당설정등기를 하였고, 2018.6.5. 쟁점법인을 채무자로 하고 채권최고액을 OOO원으로 하여 쟁점건축물에 근저당설정등기를 한 사실이 나타난다. (사) 처분청은 쟁점토지의 취득자와 쟁점건축물의 취득자가 다르다는 사실을 확인한 후, 청구인이 지방세특례제한법제78조 제5항 제1호에서 정한 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당 된다고 판단하고, 2019.2.8. 청구인에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과․고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제78조 제4항에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제2조 제8호에서 "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하였다고 주장하나, 청구인은 쟁점토지를 취득한 후, 쟁점토지상에 건축물을 청구인이 대표이사로 있는 쟁점법인의 명의로 소유권보존등기한 것으로 나타나는 점, 청구인은 쟁점토지상의 입주기업을 쟁점법인으로 변경한 점, 쟁점법인은 청구인과 그 배우자가 설립한 법인이나 청구인과는 별개의 법인격을 가지고 있는 점, 직접 사용이라 함은 쟁점토지 소유자가 해당 토지를 사업 목적에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있어 쟁점법인이 쟁점토지를 사용하는 것을 청구인이 직접 사용한 것과 동일하게 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 쟁점토지에 대한 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.