쟁점부동산을 영농에 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 경매로 매각하거나 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016.11.9. 농어업경경체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 농업회사법인으로, 2017.3.21. OOO 9-1 외 1필지 토지 281.4㎡ 및 건축물 1,139.84㎡(지하 2층〜지상 6층, 이하 “쟁점1부동산”이라 한다)과 같은 곳 9-6 토지 47.6㎡ 및 건축물 79.34㎡(이하 “쟁점2부동산”이라 하고, 쟁점1부동산과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 각각OOO만원에 매매로 취득하고, 2017.3.22. 쟁점1부동산 중 6층 10.03㎡(부속토지 포함)를 제외한 부분과 쟁점2부동산에 대하여 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 사유로 지방세특례제한법 제11조 제1항 제2호에 따라 취득세 등 합계 OOO원을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점1부동산 중 6층 22.95㎡(부속토지 포함, 이하 “쟁점사용부분”이라 한다)를 영농에 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 2018.6.12. 경매로 매각하였고, 쟁점1부동산 중 나머지 부분과 쟁점2부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징대상이 된 것으로 보아 2018.8.29. 청구법인에게 쟁점1부동산의 쟁점사용부분에 대한 취득세OOO원을, 쟁점1부동산의 나머지 부분에 대한 취득세 OOO을, 쟁점2부동산에 대한 취득세 OOO원을 각각 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.11.23. 이의신청을 거쳐 2019.5.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 실내 미세먼지를 흡수하고 산소를 발생시키는 장치를 도입한 빌딩농업을 하기 위해 관련 특허를 매입하는 한편, 쟁점부동산을 근저당권 채무(OOO억원)를 인수하는 조건으로 매입하였다. 청구법인은 쟁점1부동산 6층에서 9개의 Aqua Soil Ponics 시스템을 구매해서 약초(새싹인삼, 명월초)를 재배해 성공적으로 수확하였고, 이후 Aqua Soil Ponics 공법을 적용하여 양액을 사용하지 않고 발효장치를 이용한 식물 재배법을 상용화하려던 단계에서 쟁점부동산이 경락되어 사업에 실패하게 되었던 것이다. 그런데 직후 전소유자의 채권자가 쟁점부동산에 대해 경매를 신청하는 바람에 쟁점부동산의 일부는 영농에 사용하던 상태로, 나머지 임대 중인 부분은 영농에 사용하지 못하다가 최종적으로 제3자에게 소유권을 넘기게 되었다(처분청이 현지확인할 당시는 쟁점부동산에 대한 경락이 확정되어 철수하던 단계로, 확인한 면적보다 더 넓은 면적에서 영농을 하고 있었다). 청구법인은 최선을 다해 근저당권 채무를 변제한 후 쟁점부동산을 정상적으로 사용하려고 하였으나 그 채권자 등 정체불명의 수인의 무등록 대부업자 일행이 수차례 채권양도를 하거나 이자 정산을 거부하거나 실제 채권자를 숨기는 방법으로 의도적으로 청구법인으로 하여금 채무변제를 할 수 없게 만들어 쟁점부동산이 최종적으로 경락되게 하였고, 이로 인해 청구법인은 OOO의 연체이자금 상당의 손해를 입게 하였다. 이에 대해 청구법인이 채권자들을 고소하였으나 수사가 미진하여 결국 불기소되었다. 또한, 쟁점부동산의 기존 임차인들의 임대차기간이 짧게는 6개월, 길게는 1년 이상 남아 있어 청구법인이 쟁점부동산을 법률상 직접 사용할 수 없었고, 위와 같이 2017.4.6. 쟁점부동산에 대해 경매가 개시된 이후로는 임차인들이 임대차보증금을 배당받기 위하여 점유를 유지(유치권)함에 따라 그 임대부분을 명도 받지 못하여 이를 사실상 사용하지 못하였다. 이러한 법률상 사실상 이유로 청구법인이 쟁점부동산을 영농에 직접 사용하지 못하거나 사용하다가 경매로 매각하게 된 불가피한 사정이 있으므로 이러한 사정을 감안하여 추징 대상 해당여부를 판단함이 실질과세원칙에 부합한다. 뿐만 아니라 쟁점부동산을 경락받은 ㈜OOO가 2018년 6월 쟁점부동산에 대한 취득세를 납부한 이상, 동일 부동산에 대하여 청구법인에게 부과된 취득세는 이중과세에 해당하여 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점사용부분은 청구법인이 취득한 날이 2017.3.21.이고 경매로 매각된 날이 2018.6.12.로 역수상 청구법인이 취득한 날부터 3년 미만인 상태에서 매각되었는바, 지방세특례제한법 제11조 제3항 제2호에서 추징사유로 정한 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각하는 경우’에 해당하여 정당한 사유와 상관없이 이에 대한 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다. 나머지 부분은 처분청 현장 확인시 청구법인이 취득일부터 1년이 경과하도록 영농에 직접 사용하지 아니하였음을 확인하였으므로 감면된 취득세는 추징대상에 해당한다. 쟁점1부동산 3층(OOO)은 전소유자와 사이의 임대기간이 종료되어 청구법인이 그 임대보증금을 반환하면 언제든지 직접 사용할 수 있는 상태에 있었고 임대기간이 종료되지 않은 부분도 청구법인이 쟁점부동산 취득당시부터 그 임대차 계약 내용을 인지하고 있었으므로 이를 인도받아 청구법인의 목적사업에 사용하는데 중대한 장애가 될 수 있음을 충분히 알 수 있었으므로 이러한 이유는 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 될 수 없다. 설령, 청구법인의 주장대로 임차인 보호를 정당한 사유로 인정한다 하더라도, 쟁점부동산은 청구법인이 취득한 2017.3.21.로부터 3년 이내인 2018.6.12. 및 2018.4.2. 각각 경매로 매각되었으므로 지방세특례제한법 제11조 및 제3항 제2호에서 추징사유로 정하고 있는 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각한 경우’에 해당하므로 이에 대한 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산을 영농에 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 경매로 매각하거나 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 지방세특례제한법 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2016.11.9. OOO를 본점소재지로 하고 생산성 향상을 위한 기업적 농업경영과 농업을 주된 사업으로 하여 설립된 후, 2017.2.21. 본점을 OOO빌딩)으로 이전하였다. (나) 청구법인은 2017.3.21. OOO에 쟁점1부동산을 매매로 취득하고, 그 다음날 처분청에 취득세 신고를 하면서 지상 건축물 6층 10.03㎡(부속토지 포함)를 제외한 부분에 대하여 ‘농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다는 사유로 지방세특례제한법제11조 제1항의 규정에 따라 취득세 등을 면제받았다. (다) 그 후 쟁점1부동산에 대하여 2017.4.6. OOO로 부동산경매가 개시되었고 2018.6.12. 주식회사 OOO에게 낙찰되어 그 소유권이 이전되었다. (라) 청구법인이 쟁점1부동산을 매수할 당시 전소유자인 OOO과 임차인들 사이의 임대차계약내용은 아래 ＜표1＞ 기재와 같다. OOO (마) 청구법인은 2017.3.21. OOO원에 쟁점2부동산을 매매로 취득하고, 그 다음날 처분청에 취득세 신고를 하면서 쟁점2부동산 전부에 대하여 ‘농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다는 사유로 지방세특례제한법제11조 제1항의 규정에 따라 취득세를 면제받았다. (바) 쟁점2부동산에 대하여 2017.4.25. OOO로 부동산경매가 개시되고 2018.4.2. OOO에게 낙찰되어 소유권이 이전되었다. (사) 쟁점2부동산에 대하여 전소유자인 OOO과 임차인 사이의 임대차 계약 내용은 아래 ＜표2＞ 기재와 같다. OOO (아) 처분청은 2018.4.20. 및 2018.5.2. 쟁점부동산에 대해 현장조사를 실시하여 쟁점2부동산은 공실상태이고, 쟁점1부동산은 아래 ＜표3＞과 같이 사용되고 있었다고 보고하였고, 2018.8.9. 다시 현장조사를 실시하여 쟁점1부동산 중 6층 22.95㎡는 영농에 직접 사용되고 나머지 부분은 영농에 직접 사용되지 아니하였다고 보고하였다. OOO (자) 청구법인은 쟁점부동산을 매수하자마자 쟁점부동산의 근저당권 채권자(OOO사)가 경매개시신청을 하여 쟁점부동산이 경락되었고, 그 과정에서 채권자가 불법 대부업자에게 채권을 양도하거나 과도한 이자를 요구하는 등으로 청구법인으로부터 채권변제받기를 거부하여 청구법인이 경락을 피할 수 없었으며, 청구법인이OOO 등의 사기 및 대부업법 위반행위 등에 대해 고소하고 경매절차하자에 대해 특별항고하였으나 해결되지 못하였다는 주장내용을 뒷받침하는 증빙으로 등기부등본, 고소장, 진술서, 감정평가보완명령신청서, 서울중앙지방법원 2018.11.19.자 OOO결정, 특별항고이유서 등을 제출하였다. (차) 청구법인은 OOO와 산학협력 협약을 체결하여 쟁점부동산에서 스마트팜연구개발을 하였고, 처분청이 현장 조사할 당시는 경매절차가 완료되어 인도명령을 받은 이후라 영농 흔적을 거의 치운 상태였으나 쟁점부동산의 더 광범위한 면적에서 영농을 하였다고 주장하면서 청구주장을 뒷받침 하는 증빙으로 산학협력협약서, 사진, 강제집행 예정안내 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 지방세특례제한법 제11조에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되(제1항), 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(제3항 제1호) 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(제3항 제2호) 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 취득한 날부터 3년 이내에 쟁점부동산이 경매로 매각된 이상 지방세특례제한법 제11조 제3항 제2호의 취득세 등의 추징요건을 충족하는 것으로 보이고, 해당 추징 규정에서 달리 추징 배제 대상을 두고 있지 아니하므로 쟁점부동산은 취득세 등의 추징 대상에 해당한다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.