조세심판원 심판청구

농업협동조합 감면부동산을 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정될 수 있는지 여부

사건번호 조심 2019지2081 선고일 2020-04-21 조세심판원

[요지] 청구법인이 작성하여 처분청에 제출한 착공연기신청서에 의하면 쟁점토지상의 건축공사가 지연된 이유는 건축주인 청구법인의 내부사정에 불과한 것으로 보이고 쟁점토지 위에 신축 예정인 근린생활시설의 설계과정에 상당한 기간이 필요하다고도 보기 어려운 점, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 건축물의 신축을 위한 각종 업무를 지속적으로 수행하였다는 자료도 제시되지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2016.7.26. OOO 전 2,350㎡를, 2016.7.29. OOO 외 1필지 답 2,480㎡(이하 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 각 취득하고, 2016.9.22. 쟁점토지를 지방세특례제한법제14조 제3항에 따른 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.
  • 나. 처분청은 2018.11.23. 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점토지를 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 사실을 확인하고2019.2.13. 청구법인에게 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 부과·고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.5.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 지방세특례제한법제178조 제1호의 고유 업무에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유의 의미를 해석함에 있어서 획일적으로 ‘취득일로부터 1년 내에 착공하지 아니한 경우 정당한 사유가 있는지 여부’만을 기준으로 추징하고 있으나, 이는 법문언을 형식적으로 해석하는 오류를 범한 것이다. (가) 이 건 처분의 근거규정인 지방세특례제한법제178조는 지나치게 획일적인 포괄적 추징 규정으로 조세법률주의의 하부원칙인 엄격해석의 원칙에 위배된다. (나) 대법원은 취득 후 1년 내 고유 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유의 존부가 문제된 사건에서 해당 법인이 영리법인인지 비영리법인인지 여부, 고유 목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법률상·사실상의 장애사유 및 그 장애의 정도 등을 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다고 판시하였다(대법원 1995.12.8. 선고 95누5257 판결 참조). 이에 따르면 ‘1년 내 직접 사용’이라는 문언에 구속되지 말아야 하고, 고유 업무에 직접 사용할 건물을 신축하는 경우 그 건물의 부속 토지가 타용도로 사용되지 아니하였다면 신축예정 건물의 부속토지를 고유 업무에 직접 사용하였는지 여부는 준공된 건물을 고유 업무에 직접 사용하는지 여부에 따라 판단하여야 한다.

(2) 착공시점에 따라 쟁점토지를 고유 업무에 직접 사용하였는지 여부를 판단하는 것은 불합리하다. (가) 처분청은 해당 토지를 취득한 때로부터 1년 내에 착공을 하지 않았을 경우 정당한 사유가 없다면 감면세액을 추징하고 있는데, 이와 같이 해석할 경우 해당 건물이 준공되어 고유 업무에 직접 사용하면 건물은 취득세 등의 감면대상인데 반하여, 그 부속 토지는 과세대상이 되는 기이한 현상이 발생하게 된다. (나) 신축건물 부속토지의 용도는 해당 건물의 용도에 따라 판단하여야 할 것이나, 위 대법원 판결은 해당 토지 취득시부터 착공시까지, 착공시부터 준공시까지, 건물 준공 이후 고유 업무에 직접 사용하는 기간까지 등으로 정당한 사유 판단 기준을 세분화하는 결과를 초래하여 토지의 용도에 관한 감면 판단의 기준을 획일적인 기간 기준으로 왜곡하고 있고 그 결과 형식적인 과세가 될 수밖에 없다. (다) 지방세특례제한법제178조의 정당한 사유 유무를 판단하는 이유는 해당 토지에 대한 감면을 유지하여 줄 정당한 사유가 있는가를 판단하기 위함이라 할 것인데, 착공시점을 기준으로 한 정당한 사유 존부에 관한 기존 해석은 입법취지를 고려하지 아니한 것이어서 납세자 사이의 조세 불평등을 초래한다. (라) 쟁점토지는 취득일부터 착공일까지 다른 목적으로 사용된 사실이 없고, 오로지 건물의 부속토지로 사용하고자 하는 목적으로 건물까지 착공하였으므로, 쟁점토지를 고유 업무에 직접 사용한 사실이 인정되어야 하고 나아가 정당한 사유 역시 인정되어야 한다. 따라서 쟁점토지를 취득한 때로부터 1년 이내에 청구법인의 사업목적이나 용도에 직접 사용할 수 없었던 정당한 사유를 인정할 수 없다고 보아 부과한 이 건 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 금지되며, 특히 감면요건 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합된다(대법원 2004.5.28. 선고 2003도7392 판결 참조). (가) 지방세특례제한법제14조 제3항은 농업협동조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하고 있고, 지방세특례제한법에서 특별히 추징규정을 정하지 않은 경우에는 같은 법 제178조에 따라 추징할 것을 규정하고 있다. (나) 지방세특례제한법제14조 제3항에 따라 농업협동조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등 면제 후 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 사실을 확인한 경우에는 지방세특례제한법제178조에 따라 감면된 취득세를 추징하여야 할 것이고, 이에 따른 처분에 잘못이 있다고 할 수 없다.

(2) 지방세특례제한법제178조 제1호의 “직접 사용”의 개념은 소유주체가 직접 목적 사업을 정하여진 사업에 사용하는 경우를 의미하고, 그 판단기준은 해당 재산의 소유 주체와 사용자의 동일성 여부, 정관 목적사업으로 정하여진 사업에 사용되고 있는지 여부 등에 의하여 판단하여야 할 것이다. (가) 지방세특례제한법제14조가 특별한 추징에 관한 규정을 정하지 않고 있으므로, 같은 법 제178조 제1호를 적용하여 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우 감면된 취득세를 추징하여야 한다. (나) 특히 건축물과 관련하여, 대법원은 건축물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위가 아니라 이를 위한 준비행위에 불과하고 취득세 감면 규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 개발 사업용 건축물의 용도로 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 판시하였다(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결 참조). (다) 이 건의 경우 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 유예기간 1년이 경과한 취득일로부터 2년 2개월경이 지난 시점에서야 비로소 착공하여 해당 용도로 직접 사용하지 못한 사실이 확인된다. 또한 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 것에 관한 법령상의 금지나 사실상의 제한 등 외부적인 사유나 고유 업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘기게 된 내부적인 사유 등을 인정할 수 있는 증거자료 역시 확인되지 아니한다. 따라서 쟁점토지를 취득한 때로부터 1년 이내에 청구법인의 사업목적이나 용도에 직접 사용할 수 없었던 정당한 사유를 인정할 수 없다고 보아 부과한 이 건 처분은 부당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 농업협동조합 감면부동산을 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정될 수 있는지 여부
  • 나. 관련 법률 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14474호로 개정되기 전의 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제14조[농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면] ③ 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다), 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다. 제178조[감면된 취득세의 추징] 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 과세근거로 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 출장결과보고서(2018.11.27.)의 주요 내용은 아래와 같고, 보고서에 첨부되어 있는 현장사진 및 항공사진에 의하면 2015년 7월∼2018년 1월경 기간 동안 쟁점토지를 농지나 나대지로 사용 중인 사실과 2018년 11월경 쟁점토지 위에 철골 구조의 건축물을 신축중인 사실이 각 확인된다. (나) 건축신고(신축)필증 교부사항 알림(2016.9.26. 및 2016.9.28.)을 보면, 청구법인은 쟁점토지 중 OOO(2,321㎡) 지상에 제1종 근린생활시설(연면적: 262.8㎡)을, OOO 외 1필지(2,468㎡) 지상에 제2종 근린생활시설(연면적: 298㎡)을 각 신축할 예정인 사실이 나타난다. (다) 청구법인의 착공연기신청서(2017.8.18.)와 착공신고서OOO에 의하면, 청구법인은 2017.8.18. 건축주 사정을 이유로 기재하여 착공연기를 신청한 후 2018년 8월 및 2018년 9월경 착공신고서를 제출한 사실이 확인된다.

(2) 청구법인은 청구주장에 관한 증빙으로 쟁점토지를 업무용토지로 계상한 계정명세서 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 다른 용도로 사용하지 아니하였으므로 결과적으로 고유 업무에 사용할 목적으로 건축물을 신축하였다면 1년 내에 직접 사용이라는 관련 법령의 문언에 구속되지 않아야 하므로 청구법인이 쟁점토지를 사업 목적에 직접 사용할 수 없었던 정당한 사유를 인정할 수 없다고 본 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 지방세특례제한법제178조 본문 및 제1호에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있고, 이 때 정당한 사유란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되는바(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 작성하여 처분청에 제출한 착공연기신청서(2017.8.18.)에 의하면 쟁점토지상의 건축공사가 지연된 이유는 건축주인 청구법인의 내부사정에 불과한 것으로 보이고 쟁점토지 위에 신축 예정인 근린생활시설의 설계과정에 상당한 기간이 필요하다고도 보기 어려운 점, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 건축물의 신축을 위한 각종 업무를 지속적으로 수행하였다는 자료도 제시되지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)