조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 공장용 건축물을 신축하여 사업에 계속하여 직접 사용하였는지 여부

사건번호 조심 2019지2079 선고일 2019-11-25 조세심판원

[요지] 청구법인은 2016.4.19.부터 원재료를 매입한 실적과 2016.11.15. ㈜0000에 대한 컨테이넌 납품실적 이외에 최초 사용일부터 2년간 별다른 사업실적이 없는 것으로 보이지만, 청구법인은 신설법인으로서 컨테이너 발주 실적에 따라 사업추진이 이루어지는 형태로 사업을 영위하고 있다고 보이고, 컨테이너 제품제조를 위하여 일반적인 제조업 공장과 같은 공장설비가 필요하다고 보이지 아니하므로 단순히 매출실적이 없다거나, 설비 매입실적이 없다는 사유로 영업활동 등 사업을 영위하지 아니하였다고 단정하기는 어렵다 할 것이고, 청구법인이 2016년도에 원재료를 구입한 실적, ㈜0000과 여러 차례 컨테이너 주택에 대한 매출세금계산서를 발행하였다가 이를 취소한 사실이 있는 점, 그 이후에도 ㈜0000과 계속 거래를 하는 등 영업실적이 확인되고 있는 점 등을 감안하면, 청구법인이 지속적으로 사업을 영위하기 위한 노력을 하고 있다고 보는 것으로 판단됨.

[주 문] OOO이 2019.3.8. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분과 2017년~2018년도분 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2015.3.26. 설립된 중소기업으로서, 2015.7.10. OOO 외 1필지 토지 3,365㎡를 취득하고 그 중 2,866㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 지방세특례제한법 제58조의3에 따라 창업중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산으로 감면신청을 하여 취득세의 100분의 75를 감면받고 나머지 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 2015.7.10. 신고납부하였다.
  • 나. 청구법인은 2015.9.23. 이 건 토지상에 공장용 건축물 493.02㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 신축하고 창업중소기업이 취득하는 부동산으로 감면신청을 하여 취득세의 100분의 75를 감면받고, 나머지 취득세 OOO원 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 2015.10.29. 신고납부하였고, 건물 신축에 따른 이 건 토지의 지목변경(답→대지)에 대하여도 취득세의 100분의 75를 감면받고 나머지 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 2015.10.29. 신고납부하였다.
  • 다. 처분청은 2018년 11월 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 날부터 유예기간 2년 내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 이 건 부동산의 취득가격(이 건 토지의 지목변경 포함) OOO원을 과세표준으로 하여 아래 <표1> 및 <표2>와 같이 감면한 취득세 등 OOO원을 2019.3.8. 청구법인에게 부과고지하였다. <표1> 취득세 등 부과내역 <표2> 재산세 등 부과내역
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.5.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 청구법인은 신설법인으로서 사업을 개시한 이후 매출이 부진하였을 뿐 사업을 계속하여 영위하고 있었고, 청구법인이 보유한 제조시설은 대부분 고정식이 아닌 이동식으로서 처분청이 세무조사를 할 당시 충청남도 천안시 남동구 소재 공사 현장에서 사용 중이었으므로 공장에는 제조시설이나 기구가 없을 수밖에 없으며, 공장용 건축물의 일부에 이동용 기능성 냉장판매시설 등 제품생산의 원자재를 보관하는 창고로 사용하였다. 처분청에서도 청구법인의 과세전적부심사청구에 대하여 2016년도에는 법인장부 등을 근거로 이 건 부동산을 취득목적대로 사용한 것으로 보아 감면한 재산세 등을 추징하지 아니하였던 점, 2017년도에 ㈜OOO과 컨테이너주택 납품계약을 체결하고 공사를 진행하고 있었던 점 등에 비추어 지속적으로 사업을 추진하고 있었음에도, 처분청에서 1회 공장을 방문하여 조사를 실시한 후 감면받은 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
  • 나. 처분청 의견

(1) 첫째, 청구법인은 사업을 개시한 이후 사업을 계속하여 영위하고 있었고, 제품의 특성상 이동식 생산설비를 보유하고 있기에 조사일 현재는 공장에는 제조시설이나 기구가 없을 수밖에 없다고 주장하지만 청구법인이 제출한 2015〜2017년도 재무상태표 등에는 토지와 건물 외에 제조업을 영위하기 위한 기계기구 등의 기장내역이 없고, 회계장부상의 유일한 매출인 2016.11.15. OOO과 청구법인이 제시한 ‘발주사실관계 확인서’ 외에는 청구법인이 이 건 부동산을 해당 사업에 계속해서 직접 사용하였다고 볼만한 증거를 제시하지 못하고 있다.

(2) 둘째, 청구법인은 기타 구조용 금속제품 제조업(기능성 컨테이너, 이동용 주택 등)을 영위하는 법인으로 이 건 토지의 매입과 관련하여 전 소유자와의 분쟁 및 업종 변경 등으로 사업초기 매출실적이 부진하였으나 2016년부터 현재까지 제조활동을 지속하고 있으며 이 건 부동산을 임대하거나 다른 용도에 사용한 사실이 없으므로 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하나, 2015년〜2017년 사업기간 중 청구법인의 유일한 매출인 2016.11.15. 컨테이너 제조매출과 관련한 2016년도 제조원가명세서를 살펴보면, 일용급여와 외주가공비 외 이 건 부동산에서 제조를 했다고 볼만한 전력비 등이 전혀 발생하지 않은 점을 볼 때, 이 건 부동산 외의 장소에서 외주가공과 일용직 근로자 채용을 통하여 제조매출이 발생한 것을 짐작할 수 있어 이 건 부동산을 사실상 직접 사용했다고 볼 수 없고, 설령 이 건 부동산에 대한 최초 직접 사용일을 2015.9.23. 이 건 건축물의 취득일이 아닌 공장등록일인 2016.5.30.로 늦추어 보더라도 유예기간(2018.5.30.)이 지난 2018년 8월 이후의 제조활동을 근거로 이 건 부동산을 해당 사업에 직접 사용하였다는 청구법인의 주장은 이유 없다 할 것이다.

(3) 셋째, 청구법인은 처분청이 이 건 부동산에 단 1회 방문과 법인장부를 근거로 한 이 건 처분은 청구법인에 대한 실질적인 조사와 영업의 특성을 고려하지 않은 부당한 처분이라고 주장하지만 납세자는 지방세기본법제144조에 따라 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하고 보존하여야 할 의무가 있으며, 처분청이 이를 근거로 청구법인이 작성한 회계장부를 이 건 처분의 근거자료로 판단한 점에 대하여 아전인수식으로 해석하여 과세하였다는 청구법인의 주장은 이유 없다 할 것이며, 유예기간이 경과한 시점에 처분청의 현장방문 여부 및 횟수로 과세의 적법성을 문제 삼을 수 없다 할 것이다.

(4) 따라서, 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 이내에 취득목적대로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

3. 조사내용

  • 가. 쟁 점 청구법인이 공장용 건축물을 신축하여 사업에 계속하여 직접 사용하였는지 여부
  • 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산(지방세법제127조 제1항 제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

1. 2016년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)

② 2016년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업에 직접 사용(임대는 제외한다)하는 사업용 재산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일부터 5년간 재산세(지방세법제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 감면 대상 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위는 제100조 제3항 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다. 다만, 제100조 제3항 제20호의 업종 중 체육시설의 설치·이용에 관한 법률에 따라 골프장을 경영하는 기업과 같은 조 제6항에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 취득세, 재산세 및 등록면허세 감면대상이 되는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위에서 제외한다. 제100조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

1. 광업

2. 제조업

3. 건설업

4. 음식점업

5. 출판업

(2) 지방세기본법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제144조(장부 등의 비치와 보존) ① 납세자는 이 법 및 지방세관계법에서 규정하는 바에 따라 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.

② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인의 법인등기사항전부증명서상 설립 및 변경등기 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 법인등기 변동 내역 (나) 처분청이 제출한 청구법인의 업체현황은 다음과 같다.

○ 공장주소: OOO

○ 최초 등록일: 2016.5.30.

○ 공장용지면적: 2,866㎡

○ 제조시설 면적: 493.020㎡

○ 업종: 기타 구조용 금속제품 제조업

○ 주생산품: 기능성 컨테이너 (다) 청구법인의 결산서상 유형자산 현황은 아래 <표4>와 같으며, 매출액을 보면 2015년에는 매출실적이 없으며, 2016년 OOO원(제품매출 OOO원, 임대료수입: OOO원), 2017년 OOO원(전액 임대료 수입임)인 것으로 확인된다. <표4> 유동자산 현황 (라) 처분청 담당공무원이 2018.11.22. 이 건 부동산의 이용실태를 조사하고 작성한 출장복명서상 조사내용은 다음과 같다.

1. 서류검토내용을 보면, 최초 사업계획은 LED제품 제조이었으나 2016년 컨테이너 제조로 변경하였고, 제조업에 필요한 기계기구 구입내역이 없으며, 2016년 컨테이너 매출 1건 OOO원 외에 매출이 전혀 없는 것으로 조사하였다.

2. 현지조사내용을 보면, 조사일 현재 공장 이용현황은 창고 및 공실로 제조시설은 없었으며, OOO 와 220-17 건물을 연결하는 무허가 건축물 있다(OOO이 설치하였다고 함)

3. 대표자 면담내용을 보면, 최초 일반용 전기조명장치(LED제품) 제조를 하려 하였으나, 토지 매입시 전소유자와의 분쟁 때문에 오랜 시간이 경과되어 무산되었으며, OOO과 협업하여 컨테이너 하우스 제조업으로 사업목적을 변경하였으나, OOO 직원에게 OOO 명함을 제공하였는데 그 직원이 거래처에 사기 등 사고를 치고 사라져 해결하느라 사업을 진행하지 못하였다고 진술한 것으로 기재되어 있다. (마) 이 건 토지의 경우, 청구법인은 2015.7.13. OOO 토지 1,818㎡와 220-18 토지 1,547㎡에 대한 소유권 이전등기를 한 후 이를 합병과 분할을 하여 220-17는 499㎡로, 220-18은 2,286㎡로 변경한 후 2015.10.29. 220-18 토지상에 이 건 공장용 건축물을 신축하여 소유권 보존등기를 한 것으로 등기사항전부증명서에서 확인된다. (바) 처분청의 과세예고에 대하여 청구법인이 과세전적부심사청구를 하자 처분청은 청구법인의 계정별 원장에서 ① 2016.4.19.〜2016.12.31.기간 동안 꾸준히 원재료 매입실적이 있고, ② 공구와 기구매입 영수증이 있으며, ③ 공장등록과 관련하여 사회경제과 담당 직원이 2016.5.27. 현장 출장 후 작성한 보고서에서 공구와 기구로 보이는 제조시설이 확인되고, ④ 2016.11.15. OOO로부터 2건의 컨테이너 주택을 납품하기로 계약을 체결(1건은 추후 취소됨)한 점을 근거로 2016년 재산세 등은 채택 결정을 하였고, 이러한 결정에 따라 이 건 부동산에 대하여 2016년도분 재산세 등은 추징대상에서 제외하였다. (사) 청구법인은 2015.4.27. 일반용 전기조명장치제조업으로 창업 사업계획승인을 받았다가 2016.4.7. 기타 구조용 금속제품제조업으로 변경승인을 받고, 2016.5.30. 공장등록을 하였으며, 창업 사업계획 승인시 첨부한 사업계획서에는 “기존의 컨테이너 제조에서 컨테이너의 활용도를 산업현장이나 생활전반에 활용할 수 있도록 사용 환경에 맞는 기능성 컨테이너 제작이 목적으로, 농막용 컨테이너, 창고형 컨테이너, 냉동컨테이너, 컨테이너하우스, 컨테이너를 활용한 커피숖 등 사업용 건테이너를 제작”하는 것을 목적으로 한다고 기재되어 있다. (아) 청구법인은 2016.5.1.〜2016.12.31. 사이에 매출실적이 있다는 증빙으로 매출전자세금계산서 목록을 제출하였으며, 그 중 제품매출과 관련하여 2016.11.15. OOO에게 OOO의 매출세금계산서 5장을 발행하였다가 2016.11.17. 그 중 4매를 취소하였고, 2016.11.15. 발행한 공급가액 OOO원의 매출세금계산서만 취소되지 아니하였으며, 이에 대한 증빙으로 2016.11.15. OOO과 작성한 2동의 컨테이너주택 건축 계약서를 제시하고 있다. (자) 청구법인은 2016년도에 원재료 총 OOO원을 구입하였으며, 그 중 OOO원을 원재료비로 대체하였다는 계정별 원장을 제시하고 있다. (차) OOO의 실제 운영자라는 OOO이 2019.4.22. 작성한 사실관계확인서에는 “2017년 4월경 청구법인에게 이동형 기능성 냉장판매시설 하우스 9동을 발주하였다가 2018.12.3. 1동만을 발주한 사실이 있다”고 기재되어 있다. (카) 청구법인은 2018.8.28. OOO 공장 공장동 및 사무동 신축공사 중 경비동 추가공사에 대한 하도급계약(계약금액: OOO원)을 체결하였고, 2018.12.7. OOO과 OOO 공장 신축공사 중 컨테이너 공사에 대한 하도급계약을 체결하였다는 계약서를 각각 제출하였다. (타) 청구법인은 이 건 건축물을 사무실과 공장으로 사용하고 있다는 증빙으로 현장 사진 15매를 제시하였으며, 당해 사진에는 이 건 건축물 내부에서 컨테이너를 조립하는 모습, 각종 공구 등이 비치되어 있는 모습들이 촬영되어 있으나, 구체적인 촬영일시 등을 표시되어 있지 아니한다. (파) 청구법인이 이 건 부동산을 사업장 소재지로 하여 공장 설립을 한 날부터 현재까지의 제품생산 관련 매출 및 매입 현황은 아래 <표5> 및 <표6>과 같다. <표5> 제품 매출내역 <표6> 제품 생산 관련 매입내역

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령에 비추어 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제58조의3 제1항 제1호 및 제2항에서 2016년 12월 31일까지 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 사업용 재산에 대하여 창업일로부터 5년간 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하되, 다만 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징하도록 규정하고 있다. (나) 이 건의 경우를 보면, 처분청은 청구법인이 공장용 건축물을 신축한 후 유예기간 2년 이내에 매출실적 1건 OOO원에 불과한 점, 제품제조와 관련한 공구 등 매입실적이 확인되지 아니하는 점, 현장 조사시 제조시설이 확인되지 아니하는 점 등을 근거로 공장용 건축물 신축이후 2년 이내에 사업을 영위하지 아니한 것으로 보아야 한다는 의견이나, 처분청에서 재산세에 대한 과세전적부심사 결정을 하면서 청구법인이 2016년도에 지속적으로 원재료를 구매한 실적이 있고, 공구와 기구를 구매한 실적이 있다고 확인하고 있는 점 등을 근거로 사업이 진행되고 있는 것으로 보아 2016년도분 재산세 추징대상에서 제외하는 결정을 한 점에 비추어 2년 이내 사업용에 사용하지 아니하였다는 사유로 추징하기는 어렵다 할 것이고, 최초 사용일로부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당되는지 여부를 살펴보면, 청구법인은 2016.4.19.부터 원재료를 매입한 실적과 2016.11.15. OOO에 대한 컨테이넌 납품실적 이외에 최초 사용일부터 2년간 별다른 사업실적이 없는 것으로 보이지만, 청구법인은 신설법인으로서 컨테이너 발주 실적에 따라 사업추진이 이루어지는 형태로 사업을 영위하고 있다고 보이고, 컨테이너 제품제조를 위하여 일반적인 제조업 공장과 같은 공장설비가 필요하다고 보이지 아니하므로 단순히 매출실적이 없다거나, 설비 매입실적이 없다는 사유로 영업활동 등 사업을 영위하지 아니하였다고 단정하기는 어렵다 할 것이고, 청구법인이 2016년도에 원재료를 구입한 실적, OOO과 여러 차례 컨테이너 주택에 대한 매출세금계산서를 발행하였다가 이를 취소한 사실이 있는 점, 그 이후에도 OOO과 계속 거래를 하는 등 영업실적이 확인되고 있는 점 등을 감안하면, 청구법인이 지속적으로 사업을 영위하기 위한 노력을 하고 있다고 보는 것이 합리적이라고 하겠다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)