농업회사법인 감면부동산을 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

[참조결정] 조심2018지1103 / 조심2018지0362

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.1.28.～2015.11.27. 기간 동안 OOO 외 32필지 토지 63,389㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 매매로 취득하고, 지방세특례제한법제11호 제2항에 따라 농업법인이 영농 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 50을 감면받았다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사결과, 청구법인이 이 건 부동산을 정당한 사유 없이 취득일부터 1년(이하 “유예기간”이라 한다)이 경과할 때까지 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 것을 확인하고, OOO원을 과세표준으로 하여 2019.1.9. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함, 청구외 기계장비 취득 신고 누락분 취득세 등 OOO원 포함, 이 건 부동산 관련 추징분 취득세 등 합계 OOO원)을 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.3.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 농림사업지침에 따라 사업대상자 확정 전 사업부지를 매입 또는 임대하여야 함에 따라 2015.1.28.～2015.11.27. 기간 동안 이 건 부동산을 매입하였고, 일부 미 매입부지는 착공 전 매입 또는 임대하는 것을 전제로 하여 사업대상자에 선정되었으며, 2016.3.8. 처분청으로부터 ‘OOO 사업대상자 선정’ 통보를 받고 사업을 진행하던 중 2016년 4월경 OOO 농민회 및 생산자단체에서 민원이 발생하여 처분청은 청구법인에게 민원해결 전까지 사업중지를 요청하였고, 청구법인은 2016년 4월부터 2016년말까지 토론회를 여러 차례 개최하는 등 사업 재개를 위해 노력하여 2016.12.31. 마지막 토론회에서 사업진행에 대한 합의를 하였으며, 처분청은 ‘OOO 신축사업’ 재개를 승인하였는바, 청구법인은 예상치 못한 민원제기로 인하여 이 건 부동산을 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못하였으나, 이를 해결하기 위해 최선의 노력한 것이므로지방세특례제한법제11조 제3항에 따른 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제11조 제3항에 따른 정당한 사유란 법령에 의한 금지․제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 목적사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 부동산의 취득 목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 그 사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 하여야 할 것(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임)으로서, 이 건 부동산에 대한 직불금 지급자료에 의하면 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 이후에도 2017년까지 이 건 부동산에 대한 직불금이 청구외 OOO 등에게 지급된 사실이 확인되고, 직불금은농업소득의 보전에 관한 법률에 따라 해당 농지에서 논농업에 종사하는 농업인 등에게 지급하는 것이며, 직불금을 수령한 제3자가 이를 반환하거나, 처분청이 현장조사를 통해 회수한 사실이 없는바, 청구법인이 이 건 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 것인 점(조심 2018지1103, 2018.9.20., 같은 뜻임), 청구법인이 ‘첨단온실 사업대상자’로 선정된 시점(2016.3.8.) 및 사업추진을 반대하는 지역 농민회의 민원이 발생한 시점(2016.4.1.)에 이미 이 건 부동산 중 대부분 필지가 그 유예기간이 이미 경과하였고, 청구법인이 해당 사업에 사용할 모든 사업부지의 취득이 유예기간 내에 이루어지지 못할 것이라고 예상하고 있어, 이 건 부동산을 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못할 것이라는 사실을 알았거나 알 수 있었을 것으로 보이는 점(조심 2018지362, 2018.4.11. 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인이 이 건 부동산을 정당한 사유 없이 유예기간 내 해당 사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 농업회사법인 감면부동산을 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2015.1.1. 법률 제12955호로 일부개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다.

② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2015년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(2) 농업소득의 보전에 관한 법률(2012.1.26. 법률 제11230호로 제정된 것) 제4조(농업소득의 보전을 위한 직접지불금) ① 농림축산식품부장관은 세계무역기구 설립을 위한 마라케쉬협정에 따른 국내보조 감축약속 면제기준과 범위에서 농업인등의 소득안정을 위하여 농업인등에게 소득보조금(이하 "농업소득보전직접지불금"이라 한다)을 지급하여야 한다.

② 농업소득보전직접지불금은 매년 지급하고 고정직접지불금과 변동직접지불금으로 구분하여 지급한다. 제6조(농업소득보전직접지불금 지급대상자) ① 농업소득보전직접지불금의 지급대상이 될 수 있는 자는 제5조에 따른 농업소득보전직접지불금 지급대상 농지에서 논농업 또는 밭농업에 종사(휴경하는 경우를 포함한다)하는 농업인등으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자여야 한다.

1. 후계농업경영인, 전업농업인 등으로서 농림축산식품부령으로 정하는 요건에 해당하는 자

2. 논농업에 종사하는 농업인등으로서 2005년 1월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간 중 쌀소득등보전직접지불금을 1회 이상 정당하게 지급받은 자

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농업소득보전직접지불금의 지급대상자가 될 수 없다. 다만, 제3호와 제4호의 경우에는 해당하는 농지분에 한하여 지급대상자가 될 수 없다.

1. 농업 외의 종합소득금액이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 자

2. 논농업 또는 밭농업에 이용하는 농지면적이 1천제곱미터 미만인 자

3. 농지법 제11조 제1항에 따라 농지처분 명령을 받은 자

4. 자기의 소유가 아닌 농지를 무단으로 점유하는 자 제8조(농업소득보전직접지불금 지급대상자 등록) ① 농업소득보전직접지불금을 받으려는 자는 매년 농림축산식품부장관이 정하는 날까지 농지 소재지 관할 읍장·면장 또는 동장(이하 "읍·면장"이라 한다)에게 등록을 신청하여야 한다. 다만, 경작농지가 같은 시(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법에 따른 행정시를 포함한다. 이하 같다)·군·구(자치구를 말한다. 이하 같다) 내의 2개 이상 읍·면·동에 있는 경우에는 면적이 가장 넓은 농지 소재지의 읍·면장에게 신청하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 법인등기사항증명서에 의하면 청구법인은 생산성 향상을 위한 기업적 농업경영과 농산물의 생산가공 및 유통사업을 목적으로 2011.4.15. 설립된 것으로 나타난다. (나) 청구법인의 사업계획서에 의하면 청구법인은 이 건 부동산을 포함하여 총 73필지 토지를 매입하여 유리온실을 제작한 후 토마토 및 온실재배용 작물을 재배․수확할 목적으로 이 건 부동산을 취득한 것으로 나타나고, 아래 ＜표1＞과 같이 2015.1.28.～2015.11.27. 기간 동안 이 건 부동산 매매로 취득하고지방세특례제한법제11조 제2항에 따라 농업법인이 영농․유통․가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세의 100분의 50을 감면받은 것으로 나타난다. ＜표1＞ 이 건 부동산 취득 내역 (다) 이 건 부동산의 필지별 면적과 처분청이 제출한 농업소득보전직접지불금 지급 내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 이 건 부동산의 필지별 면적 및 직불금 지급 내역 (라) 2016.4.1.자 OOO 보도내용에 의하면 청구법인의 대표이사 OOO는 2016년 12월에 토마토를 정식해 2017년 3월부터 생산할 계획이라고 발표한 것으로 확인된다. (마) 2016.4.6.자 OOO 보도내용, 2016.4.8.자 OOO 보도내용 등에 의하면 OOO 농민회는 토마토 유리온실 건립에 반대 입장을 표명한 것으로 나타나고, 청구법인은 2016.4.1. OOO 농민회의 민원이 제기되어 2016.12.5.까지 민원 해결을 위해 토론회를 개최하는 등 노력을 다하였으므로 이 건 부동산을 유예기간 내 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 주장하면서 ‘첨단온실사업 추진현황’ 등을 제출하였으며, 첨단온실사업 추진현황에 의하면, 2016.4.4. OOO의 입장표명 이후 2016.4.6.～2016.8.31. 기간 동안 청구법인과 처분청은 농민회, 농업경영인회, 토마토농가 등 농업단체들과 32회의 면담을 가지고 총 8회의 간담회 및 관외지역 농업전문기관 등 방문을 한 것으로 나타나고, 2016.12.5. 농민회 등과 첨단온실 토론회를 개최한 결과 상생발전 등을 통하여 사업을 추진하기로 합의한 후 2017.1.11. 이 건 부동산에 공사 착공을 하여 2017.11.30. 첨단온실을 준공하였으며, 심리일 현재 토마토 등을 생산하고 있는 것으로 나타난다. ＜첨단온실․지역냉난방사업 추진현황＞ (바) 처분청은 OOO의 토마토 유리온실사업이 농민들의 반대로 무산되었다는 내용인 2013.3.8.자 OOO 보도내용, 2013.3.30.자 OOO 보도내용 등을 제시하면서 2013년경 경기도 지역 농민회 반발 관련 언론 보도자료에 비추어 청구법인이 첨단온실사업에 대해 지역 농민회 반발이 있을 것을 예상할 수 있었다는 의견이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 이 건 부동산에 대한 직불금 지급자료에 의하면 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 이후에도 2017년까지 이 건 부동산에 대한 직불금이 청구외 OOO 등에게 지급된 사실이 확인되고, 직불금은농업소득의 보전에 관한 법률에 따라 해당 농지에서 논농업에 종사하는 농업인 등에게 지급하는 것이며, 직불금을 수령한 제3자가 이를 반환하거나, 처분청이 현장조사를 통해 회수한 사실이 없는바, 청구법인이 유예기간 내에 이 건 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 봄이 타당한 점, 청구법인은 이 건 부동산을 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 ‘첨단온실 사업대상자’로 선정된 시점(2016.3.8.) 및 사업추진을 반대하는 지역 농민회의 민원이 발생한 시점(2016.4.1.)에 이미 이 건 부동산 중 대부분 필지가 그 유예기간이 이미 경과한 것으로 나타나고, 2016.4.1.자 OOO 보도내용에 의하면 청구법인의 대표이사 OOO는 이 건 부동산 취득 후 1년이 도과한 2016년 12월에 토마토를 정식해 2017년 3월부터 생산할 계획이라고 발표한 것으로 확인되므로 청구법인은 민원이 발생하기 이전에 이미 이 건 부동산을 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못할 것을 예상하였던 것으로 보여 2016년 4월경 지역농민의 민원발생 사실이나, 농림사업지침에 따라 사업대상자 확정 전 사업부지를 매입하여야 했다는 사실 등이 이 건 부동산을 유예기간 내에 고유목적에 사용할 수 없었던 법령상․사실상의 장애에 해당한다고 보기는 어렵고, 청구법인은 취득 당시 향후 이 건 부동산을 유예기간 내에 목적사업에 직접 사용하지 못할 것이라는 사실을 알았거나 알 수 있었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.