① 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 2년 이내 임대한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부 ② 무신고가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.12.12. OOO 소재 토지상에 건축물 3,882.40㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 신축한 후, 2014.12.29. 지방세특례제한법제37조 제2호에 따른 OOO이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산 중 1층 일부 13.86㎡(이하 “쟁점제①부동산”이라 한다), 4층 일부 386.51㎡(이하 “쟁점제②부동산 ”이라 한다) 및 4층 일부 355.52㎡(이하 “쟁점제③부동산”이라 하고, 쟁점제①․②․③부동산을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득일부터 2년이 경과되지 않은 시점에 각각 임대하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아 2018.12.7. 청구법인에게 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)과 2016ㆍ2017ㆍ2018년 건축물분 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.3.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점제①부동산을 타인에게 임대하였으나, 진료환자의 편의시설로 사용한 것으로 청구법인의 목적사업용도에 부합하게 사용한 것이고, 쟁점제②․③부동산은 청구법인의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 협력업체에 임대한 것으로 고유업무에 사용하였다고 볼 수 있다. 설령, 부동산 임대사업에 사용하였다고 하더라도 고유업무에 사용한 날부터 2년이 경과한 유상임대계약을 체결한 시점부터 타 용도로 사용하였다고 봄이 타당하므로 처분청의 이 건 취득세 등의 부과처분은 부당하다. 또한, 취득세를 추징한다고 하더라도 청구법인은 2014.12. 처분청에 이 건 부동산에 대한 취득세 감면신청서를 제출하면서 취득세 신고서를 비롯한 관련 증빙서류 일체를 제출하였고, 처분청은 청구법인이 신청한 취득세 감면신청에 대하여 감면결정 하였다고 통지하면서 취득세 납부세액을 OOO원으로 하는 고지서를 송부하였음에도 불구하고, 취득세 전액감면을 받은 OOO을 그 사용일부터 2년 이상 의료업 용도로 사용하지 아니하고 임대용도로 사용한 일부 면적에 대하여 당초 감면했던 취득세를 부과하면서 지방세기본법제53조의2 제1항에 의거 무신고가산세(20%)를 부과한 것은 가산세 부과를 면제할 정당한 사유가 있다고 보아 이를 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2015.11.24. 쟁점제①부동산을 주식회사 OOO에 임대하였고, 임차인은 구강위생용품 등을 불특정 다수에게 판매하는 것을 주된 목적으로 월 매출액의 10%에 해당하는 금액을 임차료로 청구인에게 지급하고 관리비, 제세공과금, 각종 분담금 등을 납부하면서 직접 관리·운영하고 있으며, 쟁점제②부동산을 의료용 영상장비 개발업체인 주식회사 OOO에게 2016.3.25.부터 임대하였고, 쟁점제③부동산은 주식회사 OOO에게 2016.4.27.부터 임대하였으므로, 청구법인이 쟁점부동산을 ‘직접 사용’ 하였다고 볼 수 없다고 할 것이다. 청구법인은 쟁점제②·③부동산이 유상임대계약을 체결한 시점부터 타 용도로 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 지방세특례제한법제37조의 감면규정은 의료기관에게 세제혜택을 주어 원활한 설립을 할 수 있도록 지원하려는 것으로서 이를 다른 용도로 사용하거나 타인에게 임대를 주는 경우까지 그 혜택을 주려는 취지가 아님이 분명하므로 그와 같은 경우에는 추징대상에 해당된다 할 것이고 그 임대가 무상이라 하더라도 달리 볼 수 있는 것은 아니므로(대법원 2010.8.26. 선고 2009두21963 판결 참조), 청구법인이 쟁점부동산을 무상으로 임대하였더라도 추징대상에서 제외된다고 볼 수 없다. 또한, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하면서 취득세 감면요건이 충족되어 처분청으로부터 취득세를 적법하게 감면받았다 하더라도 사후에 추징사유가 발생함에 따라 처분청이 기 감면된 취득세 등을 추징하는 과정에서 가산세가 부과되었고, 지방세법 및 지방세기본법에 따른 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 의거 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의와 과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 부지는 지방세기본법제57조 제1항에서 규정한 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당된다고는 볼 수 없다 할 것으로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 2년 이내 임대한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

② 무신고가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2003.8.30. OOO에 본점을 설치하고 고등교육법에 의한 치의학 및 관련 의학 등에 관한 교육·연구와 진료를 통하여 치의학 발전을 도모하고 국민구강보건향상에 기여함을 목적으로 진료사업 및 임상연구 등을 시작하였다. ＜표1＞ 청구법인의 등기부상 목적 및 사업 (나) 청구법인은 2014.12.12. OOO에 전문의료시설로 사용하기 위하여 이 건 부동산을 신축하였다. (다) 청구법인은 2014.12.29. OOO원을 과세표준으로 하고 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 감면받았다. (라) 청구법인은 2015.1.5. OOO 등기를 하고 2015.2.25. OOO 개설허가를 받았다. (마) 청구법인이 이 건 부동산을 임대한 현황은 다음과 같다. ＜표2＞ 쟁점부동산 임대현황 (바) 청구법인은 2015.11.24. 쟁점제①부동산을 구강관리용품을 판매하는 주식회사 OOO에 임대하였다. ＜표3＞ 청구법인과 주식회사 OOO 체결된 임대차 계약서 주요내용 (사) 청구법인은 2016.3.25. 주식회사 OOO에게 쟁점제②부동산을 무상으로 임대하였고, 임차인 주식회사 OOO는 해당 장소를 디지털 영상 미팅 장소, 신제품 3D 프린터 임상 자문회의실 및 전시실 용도로 사용하였으며, 주식회사 OOO는 2016.6.30. 청구법인과 업무협약을 체결하고 2017.2.1.부터 보증금 OOO원 연임대료 OOO원을 청구법인에게 지급하는 조건으로 계약을 변경하였다. ＜표4＞ 청구법인과 주식회사 OOO간에 체결된 업무협약서 주요내용 (아) 청구법인은 2016.4.27. 주식회사 OOO과 업무협약을 체결하고 쟁점제③부동산을 무상으로 임대하였고, 임차인 주식회사 OOO은 해당 장소를 업무협력 공간으로 사용하였으며 2017.3.1.부터 보증금 OOO원 연임대료 OOO원을 청구법인에게 지급하는 조건으로 계약을 변경하였다. ＜표5＞ 청구법인과 주식회사 OOO간에 체결된 업무협약서 주요내용

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴 본다. 지방세특례제한법제2조 제1항 제1호에서 고유업무는 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다고 규정하고 있고, 같은 조 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제37조 제2호에서OOO 설치법에 따라 설치된 OOO이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 각각 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 청구법인은 이 건 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하나, 쟁점부동산을 취득일부터 2년 이내에 구강관리용품의 판매, 치과의료기기 개발 등을 영위하는 회사에 임대한 사실이 확인되어 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 지방세법제20조 제3항에서 취득세를 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 30일 이내에 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 세액을 신고․납부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제21조 제1항에서 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 산출세액에지방세기본법제53조부터 제55조까지 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고 있으며,지방세기본법제57조 제1항에서 지방자치단체의 장은 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 천재지변 등으로 인한 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 청구법인은 이 건 취득세 등을 과세하면서 가산세를 포함한 처분이 부당하다고 주장하나, 취득세는 이른바 신고ㆍ납부 확정방식의 지방세로서 납세자가 스스로 과세표준 및 세액을 확정하여 법정기한 내에 신고․납부하여야 하는 점, 청구법인은 쟁점부동산에 대하여 감면받은 취득세 등을 추징사유 발생일부터 30일 이내에 이를 신고ㆍ납부하지 아니한 점, 가산세는 납세의무자가 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과하는 행정상 제재로서 그 의무를 위반하면 정당한 사유 등 특별한 사정이 없는 한 당연히 부과되는 것인 점 등에 비추어 처분청이 가산세를 포함한 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.11.19. 법률 제12844호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제37조(공공의료기관에 대한 감면) 다음 각 호의 법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다)를, 해당 법인에 대해서는 주민세 재산분 및 종업원분을 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다.

1. 서울대학교병원 설치법에 따라 설치된 서울대학교병원

2. 서울대학교치과병원 설치법에 따라 설치된 서울대학교치과병원

3. 국립대학병원 설치법에 따라 설치된 국립대학병원

4. 암관리법에 따라 설립된 국립암센터

5. 국립중앙의료원의 설립 및 운영에 관한 법률에 따라 설립된 국립중앙의료원

6. 국립대학치과병원 설치법에 따라 설립된 국립대학치과병원 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세법(2014.11.19. 법률 제12844호로 개정된 것) 제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조의2부터 제53조의4까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

(3) 지방세기본법(2014.11.19. 법률 제12844호로 개정된 것) 제53조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 지방세관계법의 해당 지방세의 세목으로 한다.

③ 제2항에도 불구하고 지방세를 감면하는 경우에 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니한다. 제53조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세법에 따라 산출한 세액(이하 "산출세액"이라 한다)을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

② 제1항에도 불구하고 사기나 그 밖의 부정한 행위로 법정신고기한까지 산출세액을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 세목에 대하여 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 지방세특례제한법 제6조 제3항, 제9조 제3항, 제22조 제3항 본문, 제29조 제2항 제2호 나목, 제41조 제3항 본문, 제43조 제3항 본문, 제50조 제3항 본문, 제62조 제1항, 제89조 제3항 본문 및 제92조 제2항에 따라 등록면허세가 면제되는 경우

2. 지방세특례제한법 제7조 제1항ㆍ제2항 및 제9조 제2항ㆍ제3항에 따라 취득세가 면제되는 경우

④ 제1항 및 제2항에 따른 가산세의 계산 및 그 밖에 가산세 부과 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제53조의3(과소신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 산출세액을 신고한 경우로서 신고하여야 할 산출세액보다 적게 신고(이하 "과소신고"라 한다)한 경우에는 과소신고분(신고하여야 할 산출세액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

② 제1항에도 불구하고 사기나 그 밖의 부정한 행위로 과소신고한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다.

1. 사기나 그 밖의 부정한 행위로 인한 과소신고분(이하 "부정과소신고분"이라 한다) 세액의 100분의 40에 상당하는 금액

2. 과소신고분 세액에서 부정과소신고분 세액을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 신고 당시 소유권에 대한 소송으로 상속재산으로 확정되지 아니하여 과소신고한 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다.

④ 제1항 및 제2항에 따른 부정과소신고분, 가산세액의 계산 및 그 밖에 가산세의 부과에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제53조의4(납부불성실 가산세) 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)한 경우에는 다음의 계산식에 따라 산출한 금액을 가산세로 부과한다. 제54조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 그 가산세를 부과하지 아니한다. 제26조(천재지변 등으로 인한 기한의 연장) ① 천재지변, 사변(事變), 화재(火災), 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 신고ㆍ신청ㆍ청구 또는 그 밖의 서류의 제출ㆍ통지나 납부를 정하여진 기한까지 할 수 없다고 지방자치단체의 장이 인정하는 경우와 납세자가 기한연장을 신청한 경우에는 지방자치단체의 장은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다.

(4) 지방세기본법 시행령(2014.11.19. 대통령령 제25751호로 개정된 것) 제5조(기한의 연장사유 등) 법 제26조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 납세자가 재해 등을 입거나 도난당한 경우

2. 납세자 또는 그 동거가족이 질병으로 인하여 위독하거나 사망하여 상중(喪中)인 경우

3. 권한 있는 기관에 장부ㆍ서류가 압수되거나 영치된 경우

4. 정전, 프로그램의 오류, 그 밖의 부득이한 사유로 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 정보처리장치나 시스템을 정상적으로 가동시킬 수 없는 경우

• 가. 지방자치단체의 금고가 운영하는 정보처리장치
• 나. 지방재정법 시행령 제103조 제1항 및 제2항에 따라 지방자치단체 금고업무의 일부를 대행하는 금융회사 등(이하 제61조 및 제112조의2에서 "지방세수납대행기관"이라 한다)이 운영하는 정보처리장치
• 다. 지방재정법 시행령 제103조의2에 따른 세입금통합수납처리시스템

5. 납세자가 그 사업에 심각한 손해를 입거나 그 사업이 중대한 위기에 처한 경우(납부의 경우에 한정한다)

6. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

(5) 서울대학교치과병원 설치법(2014.1.7. 법률 제12180호로 개정된 것) 제1조(목적) 이 법은 서울대학교치과병원을 설치하여 치의학(齒醫學)에 관한 교육·연구와 진료를 함으로써 치의학의 발전을 도모하고 국민의 구강보건(口腔保健) 향상에 기여함을 목적으로 한다. 제6조(사업) 치과병원은 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 국립대학법인 서울대학교(이하 "서울대학교"라 한다) 치의학계 학생의 임상교육(臨床敎育)

2. 전공의(專攻醫)의 수련과 의료 요원의 훈련

3. 치의학계 관련 연구

4. 임상연구

5. 진료사업

6. 공공보건의료에 관한 법률 제2조제2호에 따른 공공보건의료사업

7. 그 밖에 국민의 구강보건 향상에 필요한 사업