대도시내에서 중과업종과 중과 제외업종을 겸업하는 법인의 본점을 각 업종별 매출실적을 기준으로 중과대상면적을 안분하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.10.28. 서울특별시 내 신규지점 설치를 위하여 서울특별시 강남구 OOO 외 1필지 토지 832.8㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)을 유상취득한 후, 같은 날 처분청에 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법제13조 제2항의 중과세율(8%)을 적용하여 산정한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 2014.10.1. 이 건 토지상에 건축물 4,071.39㎡(지하 3층～지상 6층, 이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축한 후, 2014.11.17. 처분청에 신축비용 OOO원을 과세표준으로 하고 이 건 건축물 중 1～5층 부분과 그 공유면적에 대하여는 지방세법제13조 제2항의 중과세율(4.4%)을 적용하여 산정한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을, 지상 6층과 그 공유면적 및 부속토지에 대하여는 지방세법제13조 제1항 및 제2항의 중과세율을 적용하여 산정한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 각각 신고․납부하였다.
• 다. 청구법인은 2018.10.4. 이 건 부동산은 유통산업에 직접 사용하기 위하여 취득한 것이므로 취득세 중과세대상에 해당되지 아니한다는 사유로 경정청구를 하였고, 처분청은 2018.11.30. 이 건 부동산 중 자동차 판매전시장 및 판매영업사원 사무실로 사용하는 1～4층 부분(해당 지하 주차장면적 포함)은 일반세율을 적용한 세액으로 경정하고, 사실상 본점을 전입하여 본점으로 사용하고 있는 5～6층 부분(해당 지하 주차장면적 포함, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)은 유통산업 외에 다른 업종(서비스업)에 겸용하고 있으므로 경정대상에 해당되지 아니한다고 보아 2013.10.28. 신고․납부한 취득세 등 OOO원은 OOO원으로, 2014.11.17. 신고․납부한 취득세 등 OOO원은 OOO원으로 일부 감액경정하고, 이러한 경정청구결과를 2018.11.30. 청구법인에게 통보하였다.
• 라. 처분청은 경정청구결정통보일 이후인 2018.12.10. 이 건 부동산 중 본점으로 사용한 5층 부분에 대하여 지방세법제13조 제1항의 세율을 적용하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 추가로 경정․고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 인천광역시내에 본점을 두고 자동차 도소매, 자동차부품 도소매, 자동차 전자상거래, 자동차정비업을 영위하던 법인으로서, 이 건 토지를 취득하면서 대도시내 지점설치에 따른 부동산으로 중과세율을 적용한 취득세를 납부하였고, 이 건 건축물을 신축하고서 영업소로 사용하는 부분(1～5층)에 대하여는 지점전입에 따른 중과세율을, 6층 부분에 대하여는 본점 사업용 부동산에 해당하는 중과세율을 적용하여 취득세 등을 신고납부하였는바, 청구법인과 같이 지점에서 서비스업인 자동차수리업과 유통산업인 판매업을 겸업하고 있는 경우 본점 건축물도 두 가지 업종에 겸용으로 사용되고 있다고 보아야 할 것이고, 이를 공간적으로 구분할 수 없으므로 등록면허세 중과세율 관련규정에 따라 매출액 비율로 쟁점 부동산을 중과업종과 중과제외업종 면적으로 안분하는 것이 가장 합리적이라 할 것이며, 이와 달리 해석하는 경우 주업이 대형백화점 운영인 법인이 1구의 오피스텔을 임대하는 경우 극히 일부 중과대상업종의 매출을 근거로 본점이 모두 중과세 대상에 해당하는 불합리한 해석이 가능한 점을 고려하면, 청구법인의 경우와 같이 중과업종과 중과제외업종을 겸업하는 경우에 있어서 2014년～2016년 중 상품매출비율이 가장 낮은 년도의 매출액 비율로 쟁점부동산을 중과면적과 중과제외면적으로 각각 안분하고 이를 기준으로 산정한 세액으로 경정되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 대도시내로 전입한 법인에 관하여 지방세법에서는 법인이 본점을 대도시로 전입함에 따라 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용할 목적으로 대도시의 부동산을 취득하는 경우에는 취득세 표준세율을 적용하나, 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용할 목적으로 취득한 부동산을 2년 이상 해당 업종에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종에 사용·겸용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 지방세법제13조 제2항의 취득세 중과세율을 적용한다고 규정하고 있는 바, 대도시내로 전입한 법인이 취득한 부동산을 대도시 중과 제외 업종이 아닌 다른 업종에 사용하거나 다른 업종과 겸용하는 경우 그 사용 또는 겸용하는 부분은 취득세 중과세율이 적용되어야 할 것이며, 다른 업종과 겸용한다고 하여 임의의 안분기준에 따라 그 겸용부분을 중과 제외 업종과 다른 업종에 사용하는 부분으로 나누어 중과세율을 적용할 수는 없다 할 것으로서, 이 건의 경우 대도시 중과 제외 업종인 자동차 도소매업 등과 중과 대상 업종인 자동차 정비업을 영위하는 청구법인이 이 건 부동산을 취득하여 쟁점부동산을 대표이사실, 경영지원본부, 총무팀, 인사팀 등 청구법인의 목적사업을 위한 중추적 의사결정을 수행하는 장소인 본점으로 사용하고 있고, 쟁점부동산의 사용현황이 공간적으로 중과 제외 업종에 사용되는 면적과 중과대상업종에 사용되는 면적으로 구분되어 있지 아니한 채 일괄하여 업종구분없이 겸용하고 있음이 처분청 현장조사에서 확인되고 있으므로 그 전체가 취득세 중과세율 적용대상이라 할 것이고, 대도시로 전입한 법인이 취득한 부동산을 대도시 중과 제외 업종과 다른 업종에 겸용하는 경우 그 겸용하는 부분에 대하여 취득세를 중과세하도록 지방세법제13조 제2항 및 제3항에서 규정하고 있음에도 불구하고 법인등기에 관한 등록면허세 중과세 규정인 같은 법 시행령 제45조 제5항의 규정을 준용하여 쟁점부동산을 중과부분과 중과제외부분으로 안분하여야 한다는 청구주장은 인정할 수 없다 할 것이므로, 청구법인의 경정청구를 일부 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시내에서 중과업종과 중과 제외업종을 겸업하는 법인의 본점을 각 업종별 매출실적을 기준으로 중과대상면적을 안분하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 자동차 도소매, 자동차 정비업 등을 목적사업으로 하고, 법인등기부상 본점소재지는 인천광역시 미추홀구 OOO인 것으로 법인등기사항전부증명서에서 나타난다. (나) 처분청 담당공무원이 2018.11.20.과 2019.3.4. 이 건 부동산과 청구법인의 등기부상 본점 소재지 부동산에 대하여 현장조사를 하고 작성한 조사복명서상 이 건 부동산과 본점 소재지 부동산의 이용현황은 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같다. ＜표1＞ 이 건 부동산 이용현황 ＜표2＞ 본점소재지 부동산 이용현황 (다) 청구법인은 2013.10.28. 이 건 토지를 취득한 후 취득신고를 하면서 이 건 토지를 지점신축용도로 사용할 예정이라고 기재한 부동산이용계획서를 제출하였다. (라) 청구법인은 2014.10.1. 이 건 토지상에 이 건 건축물을 신축하고, 취득신고를 하면서 지상 6층을 대표이사실 및 경영지원본부로 사용할 계획이고, 나머지는 자동차전시장 및 영업사원 사무실로 사용할 계획이라고 기재한 부동산이용계획서에서 처분청에 제출하였다. (마) 청구법인은 이 건 심판청구를 제기하면서 제출한 이 건 건축물에 배치된 직원 및 사무실 이용현황은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 이 건 건축물의 사무실 이용 현황 (바) 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 이용현황을 조사한 후 이 건 건축물 중 지상1〜4층 부분은 중과제외업종인 유통산업에 직접 사용하는 것으로 인정하여 일반세율을 적용하고, 지상 5․6층 부분은 중과제외대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 일부 감액경정하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법제13조 제1항과 제2항에서,수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우에 취득세 중과세율을 적용하고, 대도시내로 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우에 중과세율을 적용하며, 같은 조 제6항에서 제1항 및 제2항에 모두 적용되는 경우에는 제11조 제1항에 따른 표준세율(4%)의 100분의 300의 취득세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제1호 다목에서 대도시 중과제외업종에 사용할 목적으로 취득한 부동산의 경우 취득일부터 1년 이내에 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종이나 다른 용도에 사용·겸용하는 경우에는 제2항의 중과세율을 적용하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제26조 제1항 제6호에서 유통산업발전법에 따른 유통산업을 대도시 중과제외업종으로 규정하고 있다. (나) 청구법인이 신축한 이 건 건축물 중 쟁점부동산에 대하여 보면, 청구법인이 쟁점부동산에 사실상 본점을 전입하여 본점으로 사용하고 있는 것으로 처분청의 현지조사에서 확인되고 있고, 청구법인도 이를 인정하고 있으며, 청구법인은 쟁점부동산 중 5층에 대하여는 지방세법제13조 제2항의 중과세율을 적용하고, 6층에 대하여는 지방세법제13조 제1항 및 제2항의 중과세율을 적용하여 취득세 등을 신고․납부하였고, 추후에 처분청이 5층에 대하여 추가로 지방세법제13조 제1항의 중과세율을 적용한 취득세 등을 경정․고지하였으며, 이에 대하여 청구법인은 지방세법제28조 제2항 및 같은 법 시행령 제45조 제5항을 근거로 중과업종과 중과제외업종을 겸업하고 있으므로 쟁점부동산에 대하여 지방세법제13조 제2항의 중과세율을 적용하여 신고․납부한 세액 중 각 업종의 매출실적에 따라 면적을 안분하여 일부는 중과대상에서 제외하여야 한다고 주장하고 있으나, 지방세법제13조 제2항 본문 및 제1호에서 법인의 본점을 대도시내로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득하는 경우 중과세하도록 규정하고 있고, 같은 조 제3항 본문 및 제1호 다목에서 “부동산 취득일부터 1년 이내에 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우”에는 제13조 제2항의 중과세율을 적용하도록 규정하고 있으므로, 중과제외업종과 중과대상업종을 겸업하는 법인이 본점으로 사용하는 부동산의 경우에는 지방세법제13조 제2항의 중과세대상에 해당된다고 보아야 할 것이고, 청구법인이 주장하는 지방세법 시행령제45조 제5항의 안분방법은 대도시내 법인전입에 따른 등기, 즉 법인등기에 관련된 규정으로서, 이러한 규정을 대도시내 법인전입에 따른 부동산등기에 준용할 근거가 없다 하겠으므로 이에 대한 청구주장은 인정할 수 없다 하겠다. (다) 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구에 대하여 본점으로 사용하는 쟁점부동산에 대하여 이를 거부한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.12.23. 법률 제12855호로 개정되기 전의 것) 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지·유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 1천분의 20(이하 "중과기준세율"이라 한다)의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적 부동산"이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

1. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 대도시 중과 제외 업종 중 대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용이 금지되는 기간을 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

• 다. 부동산 취득일부터 1년 이내에 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우

2. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 나. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종이나 다른 용도에 사용·겸용하는 경우

⑥ 제1항과 제2항이 동시에 적용되는 과세물건에 대한 취득세율은 제16조제5항에도 불구하고 제11조제1항에 따른 표준세율의 100분의 300으로 한다. 제28조(세율) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기를 할 때에는 그 세율을 제1항 제1호 및 제6호에 규정한 해당 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 대도시 밖에 있는 법인의 본점이나 주사무소를 대도시로 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액이 증가하는 경우를 포함한다)함에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

(2) 지방세법 시행령(2014.12.30. 대통령령 제25910호로 개정되기 전의 것) 제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

6. 유통산업발전법에 따른 유통산업, 농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률에 따른 농수산물도매시장·농수산물공판장·농수산물종합유통센터·유통자회사 및 축산법에 따른 가축시장 제45조(대도시 법인 중과세의 범위와 적용기준) ⑤ 법 제28조 제2항을 적용할 때 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 법 제28조제2항 각 호의 등기에 대한 등록면허세의 과세표준이 구분되지 아니한 경우 해당 법인에 대한 등록면허세는 직전 사업연도(직전 사업연도의 매출액이 없는 경우에는 해당 사업연도, 해당 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 그 다음 사업연도)의 총 매출액에서 제26조제1항 각 호에 따른 업종(이하 이 항에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)과 그 외의 업종(이하 이 항에서 "대도시 중과 대상 업종"이라 한다)의 매출액이 차지하는 비율을 다음 계산식에 따라 가목 및 나목과 같이 산출한 후 그에 따라 안분하여 과세한다. 다만, 그 다음 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 유형고정자산가액의 비율에 따른다.

1. 대도시 중과 제외 업종과 대도시 중과 대상 업종을 겸업하는 경우 ＜대도시 중과 제외 업종과 대도시 중과 대상 업종의 매출액이 차지하는 비율의 계산식＞

• 가. 해당 법인 중과 대상 업종 매출비율(퍼센트) 해당 법인 중과 대상 업종 매출비율(퍼센트) = 해당 법인 중과 대상 업종 산정 매출액 × 100 (해당법인 중과 제외 업종 산정 매출액 +해당 법인 중과 대상 업종 산정 매출액) * 해당 법인 중과 대상 업종 산정 매출액 = (해당 법인 중과 대상 업종 매출액 × 365일)/해당 법인 중과 대상 업종 운영일수 해당 법인 중과 제외 업종 산정 매출액 = (해당 법인 중과 제외 업종 매출액 × 365일)/해당 법인 중과 제외 업종 운영일수
• 나. 해당 법인 중과 제외 업종 매출비율(퍼센트) 해당 법인 중과 제외 업종 매출비율(퍼센트) = 100 - 해당 법인 중과대상 업종 매출비율(퍼센트)