[요지] 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그 중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자에게 세무상 불이익이 없도록 제3자로부터 매입한 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하여야 할 것임.
[주 문]
1. 청구법인이 2017.11.14. 신고․납부한 농어촌특별세에 대한 청구는 각하한다.
2. OOO이 2018.12.10. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지 외에 제3자로부터 추가로 토지를 매입하는 주된 이유는 조합원에게 귀속될 토지가 부족한 한도 내에서 조합원용 토지로 사용하기 위한 것이므로 조합원 외의 자에게 귀속될 토지는 우선하여 제3자로부터 매입한 토지로 구성된다고 보는 것이 신탁의 본지나 당사자들의 의사에도 부합할 것(대법원 2015.10.29. 선고 2010두1804 판결, 같은 뜻임)이고, 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지를 우선적으로 취득세 비과세대상인 조합원용 토지로 사용할 수 있음에도 조합원으로부터 신탁받은 토지를 우선적으로 조합원 외의 자에게 귀속되는 토지로 사용한다든가 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 비례적으로 조합원 외의 자에게 귀속되는 토지로 사용한다고 보는 것은 납세의무자가 여러 가지 선택가능성이 있는 행위 중에서 세무상 더 불이익한 행위를 우선하여 행한 것으로 의제하는 것이어서 합리적이지 아니하다. 따라서, 구 지방세법 제105조 제10항에서 정한 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이겠으나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그 중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 주택조합 등이 제3자로부터 매입한 토지의 면적으로 우선하여 산정하여야 하므로(대법원 2015.10.29. 선고, 2010두1804 판결) 이 건 처분은 부당하다.
(2) 청구법인이 기 신고·납부한 농어촌특별세 OOO원(이하 “이건 농어촌특별세”라 한다)은 전용면적 85㎡ 이하 주택의 취득시에는 면제되는 것이므로 이를 환급하여야 한다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 2017.11.14. 신고․납부한 농어촌특별세에 대한 심판청구가 적법한지 여부
② 청구법인이 제3자로부터 매입한 토지를 일반분양분 토지면적에서 우선 차감하고 나머지 일반분양분 토지면적에 대해서 취득세를 부과하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2006.2.27. 도시 및 주거환경정비법에 따라 이 건 토지상의 건축물을 철거하고 그 토지상에 건축물을 건설하여 조합원 및 일반분양용 아파트를 공급함을 주목적으로 설립되었다. (나) 청구법인은 2014.4.29.부터 2017.6.6.까지 제3자로부터 쟁점토지를 취득한 후 취득세 등을 신고․납부하였고, 조합원이 신탁한 토지와 함께 쟁점사업을 추진하여 2017.6.22. 쟁점사업의 준공 인가를 받고 2017.11.3. 이전고시를 하였으며, 이전고시 전․후 사업부지 면적은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 쟁점사업의 부지 현황 (다) 청구법인은 2017.11.14. 일반분양용 토지면적 6,957.06㎡에 추가분 토지면적 4㎡를 합산하고, 청구법인이 제3자로부터 매입한 쟁점토지면적 966.16㎡를 차감한 토지면적 5,994.9㎡를 과세대상으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였다. (라) 처분청은 2018.12.10. 쟁점사업의 일반분양용 토지면적 6,957.06㎡에서 청구법인이 제3자로부터 매입한 쟁점토지 면적 966.16㎡를 쟁점사업의 전체 토지면적 대비 일반분양분 토지면적 비율에 따라 안분하여 산정한 토지면적 168.17㎡(966.16㎡×6,957.06㎡/39,968.6㎡)를 차감하고, 추가분 토지면적 4㎡도 같은 방식으로 안분한 면적 0.7㎡(4㎡×6,957.06㎡/39,968.6㎡)를 차감한 토지면적 6,789.59㎡(6,957.06㎡-168.17㎡-0.7㎡)를 정당한 과세대상으로 보고, 당초 신고․납부한 토지면적 5,994.9㎡와의 차이 면적인 794.69㎡(6,789.59㎡-5,994.9㎡)에 대하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 부과․고지하였다. (마) 청구법인이 기 신고·납부한 농어촌특별세에는 85㎡이하 주택에 대한 이 건 농어촌특별세가 포함되어 있으며, 처분청은 경정청구 대상으로 보아 경정결정하지 아니하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 지방세기본법 제89조 제1항에서 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제 제50조 제1항에서 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다고 규정하면서 제1호에서 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때로 규정하고 있다. 청구법인은 2017.11.14. 이 건 농어촌특별세를 포함한 취득세 등을 신고·납부하였으나 동 농어촌특별세에 대한 경정청구를 한 사실은 나타나지 아니하는 점, 청구법인이 농어촌특별세를 신고․납부한 것을 심판청구의 대상이 되는 처분으로 보기 어렵고, 이 건 심리일 현재 처분청이 이 건 농어촌특별세에 대하여 처분을 한 사실이 없는 점 등에 비추어, 청구법인이 향후 이 건 농어촌특별세에 대하여 지방세기본법 제50조에 따른 경정청구를 거쳐 심판청구를 제기할 수 있음은 별론으로 하더라도 이 건 농어촌특별세에 대한 심판청구는 그 불복대상이 되는 처분이 없는 상태에서 제기되어 부적법하다고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 지방세법 제7조 제8항에서 주택법 제11조에 따른 주택조합과 도시 및 주거환경정비법 제16조 제2항에 따른 주택재건축조합(이하 이 장에서 "주택조합등"이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 보되 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 "비조합원용 부동산"이라 한다)은 제외한다고 규정하고 있다. 위의 규정에서 정한 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그 중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자에게 세무상 불이익이 없도록 제3자로부터 매입한 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하여야 할 것(대법원 2015.10.29. 선고 2010두1804 판결, 같은 뜻임)이다. 처분청은 쟁점토지의 면적을 전체 사업부지에서 비조합원에게 분양된 비율에 따라 안분하여 과세대상이 되는 비조합원 분양분의 면적을 산정하는 것이 타당하다는 의견이나, 청구법인은 2006.2.27. 이 건 토지상에서 쟁점사업을 추진하기 위하여 설립되어 제3자로부터 쟁점토지를 취득한 후 취득세 등을 신고․납부한 점, 청구법인은 쟁점사업을 시행하여 아파트 등을 신축하고 2017.11.3. 소유권이전고시가 됨에 따라 일반분양용 토지 6,961.06㎡를 취득한 후 쟁점토지 면적 966.16㎡를 차감한 5,994.9㎡에 대한 취득세 등을 신고․납부한 점, 청구법인은 쟁점사업의 시행을 위하여 토지의 일부는 조합원으로부터 신탁받고, 일부는 제3자로부터 유상으로 취득한 후 그 지상에 공동주택을 신축하여 일부는 조합원에게 일부는 비조합원에게 이전하였으나, 제3자로부터 취득한 토지가 조합원 또는 비조합원에게 귀속되었는지 여부가 불분명한 점, 위와 같이 제3자로부터 취득한 토지의 실지 귀속이 불분명한 경우 동 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하는 것이 타당한 점, 청구법인이 취득한 토지 중 조합원용 토지는 조합원이 취득한 것으로 의제되어 청구법인은 취득세 등의 납세의무가 없고 비조합원용으로 취득한 토지에 대하여만 취득세 등의 납세의무 있는바, 청구법인은 비조합원용으로 취득한 토지 6,961.06㎡에 대하여만 취득세 등의 납세의무가 있으나, 비조합원용으로 산정되는 제3자로부터 취득한 토지 966.16㎡에 대하여는 이미 취득세 등을 신고․납부하였으므로 청구법인에게 6,961.06㎡에서 966.16㎡를 차감하여 산정한 면적을 초과하는 부분에 대하여 취득세 등을 다시 신고․납부하도록 하는 것은 불합리한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인은 전체 비조합원용 토지 6,961.06㎡에서 제3자로부터 취득하여 취득세 등을 이미 신고․납부한 쟁점토지 966.16㎡를 제외한 나머지 면적에 대하여만 취득세 등을 신고․납부하는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법하거나 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것) 제105조(납세의무자등) ⑩주택법 제32조의 규정에 의한 주택조합과 도시 및 주거환경정비법 제16조 제2항의 규정에 의한 주택재건축조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대·복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 제110조(형식적인 소유권의 취득 등에 대한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.
1. 신탁(신탁법에 의한 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것에 한한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각목의 1에 해당하는 취득. 다만, 주택법 제32조의 규정에 의한 주택조합 및 도시 및 주거환경정비법 제16조 제2항의 규정에 의한 주택재건축조합과 조합원간의 신탁재산 취득을 제외한다.
(2) 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 일부개정된 것) 제7조(납세의무자 등) ⑧주택법 제11조에 따른 주택조합과 도시 및 주거 환경정비법 제16조 제2항에 따른 주택재건축조합(이하 이 장에서 "주택조합등"이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설·복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 "비조합원용 부동산"이라 한다)은 제외한다. 제9조(비과세) ③ 신탁(신탁법에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 신탁재산의 취득 중 주택조합등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합 등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다.
1. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우
2. 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우
3. 수탁자가 변경되어 신수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우
(3) 도시 및 주거환경정비법 제87조(대지 및 건축물에 대한 권리의 확정) ② 제1항에 따라 취득하는 대지 또는 건축물 중 토지 등 소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제40조에 따라 행하여진 환지로 본다.
③ 제79조 제4항에 따른 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은도시개발법제34조에 따른 보류지 또는 체비지로 본다.
(4) 지방세기본법 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때 제89조(청구대상) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 할 수 있다.
(5) 농어촌특별세법 제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
9. 대통령령으로 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면
11. 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세
(6) 농어촌특별세법 시행령 제4조(비과세) ④ 법 제4조 제9호 및 제11호에서 "대통령령으로 정하는 서민주택"이란 주택법 제2조 제6호에 따른 국민주택 규모(건축법 시행령 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다) 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는 한국토지주택공사법에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 다음 표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다.