청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 다른 용도로 사용한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016.9.30. OOO 및 1150-15 전 3,154㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득한 후, 지방세특례제한법 제11조에 따라 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인 설립일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 면제받았다.
• 나. 처분청은 2018.8.10. 청구법인이 쟁점토지에서 개발행위허가를 받고 공장시설 신축부지로 사용한 사실을 확인하고, 쟁점토지를 해당용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하여 지방세특례제한법 제11조 제3항에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.12. 이의신청을 거쳐 2019.1.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 농업회사법인으로 농산물가공 공장신축 외 부지는 농산물을 재배할 목적으로 하였으며, 쟁점토지 면적을 전부 사용할 목적이었으면 해당 공장에 대한 건축 및 사용 용도가 분명하게 있어야 할 것인데 청구법인은 실질적으로 공장건물 면적인 696㎡를 제외한 2,478㎡에 대해서는 농산물을 재배하려고 땅을 일구어 놓고 있고, 공장건축물의 대지면적이라고 해서 모든 면적에 대해서 공장용도라고 하는 것은 부당하므로 실제 사용면적에 대한 현장실사도 없이 불분명하게 전체면적에 대하여 취득세 등을 부과하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2016.5.24. 농업법인으로 설립된 후 2016.10.12. 지방세특례제한법 제11조 제1항에 따라 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 취득세를 감면 신청하여 면제받은 사실이 있으나, 같은 조 제3항 제2호에 따르면 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제11조의 “영농”이라 함은 농어업·농어촌 및 식품산업기본법 제3조 제1호 및 같은 법 시행령 제2조에서 규정한 농업(작물재배업, 축산업, 임업)을 경영하는 것을 의미하는 것으로 농산물 유통․가공과 구분을 두고 있다. 청구법인의 경우 법인 설립 후 쟁점토지를 영농목적으로 취득하여 취득세 100%를 면제받았음에도 2016.12.21. 공장 신축 건축허가를 받아 2018.4.16. 착공신고를 한 후 공장건축물을 완공한 상태라면 처분청이 청구법인에게 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 다른 용도로 사용한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.

1. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

(2) 지방세법 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 (이하 이 장에서 “산출세액‘이라고 한다.) 또는 그 부족세액에 지방세기본법제53조의2부터 제53조의4까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2016.5.24. 설립되었으며, 2016.10.12. 쟁점토지를 취득한 후 영농에 사용하기 위한 목적으로 하여 취득세 100%를 감면받았다. (나) 청구법인은 2016.11.28. 쟁점토지에 대하여 공장신축부지 조성을 위한 농지전용 허가(허가면적 3,154㎡)를 받고, 2016.12.20. 공장설립을 위한 창업사업계획 승인(부지면적 3,174㎡)을 받았으며, 2018.4.16. 건축물을 착공 신고하였다. (다) 처분청은 2018.5.17. 쟁점토지에 대하여 공장시설 신축부지조성을 목적으로 건축물의 건축 등 개발행위 허가 협의 통보(허가면적 3,174㎡)를 하였으며, 쟁점토지상에 건물이 완공되어 2018.12.21. 건축물 사용승인을 하였다. (라) 처분청은 2018.7.25. 세무과에 접수된 공문을 통해 확인한 결과, 쟁점토지(임야 20㎡ 포함)에 새롭게 공장시설 신축부지를 조성하여 건축물을 신축한 사실을 확인한 것으로 나타난다. (마) 건축물대장에 의하면, 쟁점토지는 생산관리지역으로 대지면적 3,174㎡, 공장건축물 2개동의 건축면적 696㎡(2018.12.21. 신축)으로 되어 있다. (바) 청구법인은 쟁점토지 중 농지예정 토지 지적도 및 사진을 첨부하여 제출하였다. (사) 처분청은 청구법인이 쟁점토지에서 개발행위허가를 받고 공장시설 신축부지로 사용한 것을 확인하고, 쟁점토지가 해당용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용한 것으로 보아 지방세특례제한법 제11조 제2항에 따른 감면(50%)를 적용하고 같은 조 제3항에 따라 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 포함한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점토지상에 신축한 공장건물 면적인 696㎡를 제외한 2,478㎡에 대해서는 영농에 사용하기 위해 땅을 일구어 놓고 있으므로 이를 공장용도라고 하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 그 토지상에 공장신축부지 조성을 위한 농지전용허가를 받은 점, 청구법인은 쟁점토지를 공장부지 면적으로 하여 개발행위 허가를 받은 점, 건축물대장상에 건물면적 696㎡, 대지면적 3,174㎡, 건폐율 21.92%로 하여 2018.12.21. 사용승인을 받은 점 등에 비추어, 쟁점토지 중 건축물 면적을 제외한 면적도 건축물의 부속토지로 용도가 변경되어 다른 용도로 사용된 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점토지를 취득한 날부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하는 것으로 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.