[요지] 지방세법 시행령제11조 제2항에서 이미 과점주주가 된 주주가 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다고 규정하고 있으므로 취득 후의 보유지분율을 계산함에 있어 총발행주식수와 보유주식수를 의결권이 제한된 자기주식을 제외하여 계산하였다면, 취득 전의 보유지분율도 자기주식을 제외하고 계산하는 것이 합리적인 반면, 법인의 자기주식 취득으로 과점주주 지분비율의 증가가 있은 이후 과점주주가 주식을 추가로 취득한 경우 주식 취득시점의 과점주주 지분비율에서 자기주식 취득 전의 과점주주 지분비율을 차감한 비율을 지분비율 증가분으로 계산할 법령상 근거가 없는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점주식을 취득하여 증가한 과점비율 증가분은 8.19672%(1,250주/15,250주)로 봄이 타당하다고 판단됨.
[주 문] OOO이 2018.12.20. 청구인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 과점비율 증가분을 8.19672% OOO로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 취득 후의 보유지분율을 계산함에 있어 총발행주식수와 보유주식수를 의결권이 제한된 자기주식을 제외하여 계산하였다면(OOO주/OOO주=100%), 취득 전의 보유지분율도 자기주식을 제외하고 계산(OOO=91.0833%)하여야 함에도 불구하고 자기주식을 포함한 총주식수로 계산(OOO주=70%)한 것은 명백한 오류이다.
(2) 대법원 판례에 의하면 “법인이 자기주식을 취득함으로써 주주가 과점주주가 되는 경우에는 주주가 주식을 취득하기 위한 어떠한 행위가 있었다고 보기 어려운바, ‘법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때’에 해당되지 아니하는 것”인바, 쟁점법인의 자기주식 취득에 따른 지분비율의 증가(21.8033%)에 대해서는 간주취득세 납세의무가 없음이 명백(대법원 2010.9.30. 선고 2010두8669 판결)하다.
(3) 처분청의 계산방식에 따른다면, 대주주가 취득한 주식수가 OOO주인 경우와 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞의 경우와 같이 대주주가 취득한 주식수가 크게 차이가 있는 경우에도 모두 동일하게 지분비율 증가분이 계산되는 오류가 발생한다. ＜표1＞ 자기주식 취득 OOO주, 대주주 취득주식수 OOO주인 경우 ＜표2＞ 자기주식 취득 OOO주, 대주주 취득주식수 OOO주인 경우
(4) 또한 처분청의 계산 방법으로 증가율을 계산한다면, 만약 향후 청구인이 추가로 회사의 자기주식 OOO주 중 일부 또는 전부를 취득한다면 그 취득에 따른 의결권 주식수의 증가가 있었음에도 불구하고 이미 30%에 대한 취득세를 납부하였으므로, 추가적인 취득세 납부의무는 없게 되는, 결과적으로 OOO주 자기주식에 대한 취득세까지 미리 납부하는 결과가 되는 오류가 발생한다.
(1) 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 그 과점주주는 간주취득세 납세의무가 있는 것이고, 과점주주 간주 취득세 과세 법리에 대해 살펴보면, 법인의 과점주주가 되면 법인 자산에 대해 사실상 지배력을 취득하게 되는 것이므로, 과점주주가 되거나 과점비율이 증가하는 시점에 법인과 과점주주가 과점비율만큼 “동일시” 되는 것으로 보아 취득세를 과세하는 것이다.
(2) 과점주주 본인이 주식 또는 지분을 취득한 경우가 아니라면 과점주주 지분비율이 증가한다고 하더라도 간주취득세 납세의무는 발생하지 않는 것이므로, 의결권 없는 자기주식의 취득으로 과점주주가 되거나 과점주주 지분비율이 증가한 경우라면 간주취득세 납세의무는 없다고 할 것이나, 그 이후(과점주주가 주식 취득 없이 과점주주 지분비율이 상승하여 취득세 납세의무를 부담하지 아니한 이후)에 과점주주가 유상증자 등으로 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주 지분비율이 증가한 경우에는, 주식 또는 지분 취득시점의 과점주주 지분비율에서 자기주식 취득 전의 과점주주 지분비율을 차감한 비율에 대해서 취득세 납세의무가 성립한다고 할 것이고, 다만, 자기주식 취득 등으로 동일시 된 시점 이후에 추가로 취득한 자산에 대해서는 그 시점의 과점주주 지분비율을 상회하는 비율에 한하여 납세의무가 성립한다고 할 것(행정안전부 지방세운영과-3860, 2015.12.11.)인바, 청구인의 주식 취득시점의 과점주주 지분비율(100%)에서 쟁점법인이 자기주식을 취득하기 전의 과점주주 지분비율(70%)을 차감한 비율에 대하여 간주취득세를 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세기본법 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
(2) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제47조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기․등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는지방세기본법제44조를 준용한다.
(3) 지방세법 시행령 제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.
② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.
(1) 청구인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 법인등기부등본에 의하면, 쟁점법인은 대표이사를 청구인으로, 반도체 및 LCD 제조관련 장비 제조업, 동 장비의 생산에 소요되는 부품의 수입 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 2003.11.26. OOO에서 설립되었다. (나) 쟁점법인의 2012～2016사업연도 주식등변동상황명세서상 주식변동상황은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점법인 발행주식 거래 및 지분비율 변경 내역 (다) 처분청은 2018.10.23. 쟁점법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 과점주주 취득세 납세의무가 성립된 날(2016.3.24.) 현재 쟁점법인의 취득세 과세대상 물건의 장부상 가액 OOO원에 주식증가비율(30%)에 해당하는 금액을 과세표준으로 하여 이 건 취득세 등을 부과하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점주식을 취득하여 증가한 과점비율 증가분을 기존 간주취득세를 부담하였던 과점비율(70%)보다 증가한 비율로 보아야 한다는 의견이나, “법인이 자기주식을 취득함으로써 주주가 과점주주가 되는 경우에는 주주가 주식을 취득하기 위한 어떠한 행위가 있었다고 보기 어려운바, ‘법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때’에 해당되지 아니하는 것”인바, 쟁점법인의 자기주식 취득에 따른 지분비율의 증가(21.8033%)에 대해서는 간주취득세 납세의무가 없는 것(대법원 2010.9.30. 선고 2010두8669 판결, 같은 뜻임)인 점, 지방세법 시행령제11조 제2항에서 이미 과점주주가 된 주주가 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다고 규정하고 있으므로, 취득 후의 보유지분율을 계산함에 있어 총발행주식수와 보유주식수를 의결권이 제한된 자기주식을 제외하여 계산하였다면(OOO주=100%), 취득 전의 보유지분율도 자기주식을 제외하고 계산(OOO=91.0833%)하는 것이 합리적인 반면, 법인의 자기주식 취득으로 과점주주 지분비율의 증가가 있은 이후 과점주주가 주식을 추가로 취득한 경우 주식 취득시점의 과점주주 지분비율에서 자기주식 취득 전의 과점주주 지분비율을 차감한 비율을 지분비율 증가분으로 계산할 법령상 근거가 없는 점, 처분청의 계산방식에 따른다면, 대주주가 취득한 주식수와 법인이 취득한 자기주식수가 상이한 경우에 경제적 실질이 같지 아니함에도 모두 동일하게 보유지분 증가분이 계산되는 오류가 발생하는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점주식을 취득하여 증가한 과점비율 증가분은 8.19672%(OOO주)로 봄이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 취득세 부과처분은 과점비율 증가분을 8.19672% (OOO주)로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.