재산세가 경감되는 비율에 해당하는 감면토지를 과세표준에서 제외하여 감면한 후 나머지 과세토지를 별도합산과세대상으로 구분하여 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 2018년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 OOO 외 30필지 토지(이하 “이 건 토지”라 한다)가 지방세특례제한법제37조 제1호에 따른 청구법인이 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 재산세의 75% 감면대상임에 따라 이 건 토지 중 재산세의 75%의 경감비율에 해당하는 토지(이하 “감면토지”라 한다)에 대하여는 재산세 과세표준에서 차감하였고, 나머지 25%에 해당하는 토지 24,498.73㎡(이하 “과세토지”라 한다)에 대하여는 지방세법제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상으로 구분하여 산출한 2018년도분 재산세(토지) OOO원, 재산세 도시지역분 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 2018.9.12. 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지방세법 제106조 제1항에서 재산세 과세대상 토지를 종합합산과세대상·별도합산과세대상·분리과세대상으로 각각 분류하도록 규정하고 있으므로 재산세 과세대상 토지 중 재산세가 경감되는 부분의 감면토지 역시 위 규정에 따른 종합합산과세대상·별도합산과세대상·분리과세대상 중 어느 하나에 반드시 포섭되어야 하고, 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목에서 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지에 대하여는 종합합산과세대상으로도, 제2호 단서에서 별도합산과세대상으로도 보지 않는다고 규정하고 있다. 따라서 감면토지에 대하여는 같은 항 제3호에 따른 분리과세대상에 명시적으로 해당하지 않더라도 정책적인 고려에 따라 마련된 같은 항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서의 규정으로 인하여 별도합산과세대상이나 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 간주되어야 할 것(대법원 2018.11.29. 선고, 2018두 45725 판결, 같은 뜻임)인바, 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지의 경우 종합합산과세대상과 별도합산과세대상이 아니라고 명백히 규정하고 있는 이상, 쟁점규정의 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 감면토지는 분리과세대상에 포섭되는 것으로 해석될 수밖에 없으므로, 지방세특례제한법 제37조 제1호에 따라 감면토지에 대하여는 우선 재산세 과세대상구분을 분리과세대상으로 하며, 나머지 과세토지에 대하여 별도합산과세대상으로 구분하여 재산세 등을 부과하여야 함에도 처분청은 우선 이 건 토지 중 재산세의 75%의 경감비율에 해당하는 감면토지를 과세표준에서 제외하여 재산세를 감면하고, 나머지 과세토지에 대해서는 별도합산과세대상으로만 구분하는 방식으로 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세법령에서 분리과세대상 토지를 한정적·열거적으로 규정한 입법취지 등을 고려할 때, 쟁점규정은 그 경감비율에 해당하는 감면토지를 분리과세대상으로 보겠다는 것이 아니라, 재산세를 경감하고 남은 과세표준액에 대해서만 종합 또는 별도로 분류하여 합산하고 경감한 금액은 합산하여 과세하지 않는다는 취지로 해석(대법원 2013.7.26. 선고 2011두19963 판결, 같은 뜻임)하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 토지 중 재산세의 75%의 경감비율에 해당하는 감면토지를 우선하여 과세표준에서 제외하고, 나머지 과세토지에 대하여는 지방세법 제113조 제1항 제2호에서 규정하는 별도합산과세대상으로 구분하는 방식으로 하여 이 건 재산세 등을 부과․고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 재산세가 경감되는 비율에 해당하는 감면토지를 과세표준에서 제외하여 감면한 후 나머지 과세토지를 별도합산과세대상으로 구분하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 OOO 설치법에 따라 설립된 대학병원으로서, OOO 외 30필지 토지 중 일부 수익사업을 위한 용도로 사용되는 면적을 제외한 부분인 이 건 토지를 의료업에 사용하고 있다. (나) 청구법인은 지방세특례제한법 제37조 제1호에서 규정한 OOO으로서 2017.1.1.부터 2018.12.31.까지 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 의료업에 직접 사용하는 이 건 토지 중 재산세의 75%의 경감비율에 해당하는 감면토지는 과세표준에서 제외하여 재산세를 경감하고, 나머지 과세토지에 대해서는 건축물의 부속토지로서 별도합산대상으로 구분하여 부과·고지되었다. (다) 쟁점규정과 관련하여 지방세법, 종합부동산세법의 입법연혁을 살펴보면, 쟁점규정은 1989.6.1. 처음 신설된 후 정부의 재산세제 개편에 따라 2005년부터 종합토지세가 재산세(지방세)와 종합부동산세(국세)로 이원화되어 있다. 2005.1.5. 이전까지는 쟁점규정이 “종합합산 또는 별도합산 과세표준에 합산하지 않는다”고 규정되어 있었으나, 2005.1.5.부터는 이를 “종합 또는 별도합산대상 토지로 보지 않는다”고 규정되어 있다. (라) 2018년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 지방세법령에 따른 재산세과세대상 구분은 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제101조에서 별도합산과세대상 토지를, 같은 법 제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조에서 분리과세대상 토지를 열거하고 있고, 위 별도합산과세대상과 분리과세대상 토지를 제외한 모든 토지를 종합합산과세대상으로 구분하고 있다. 한편, 청구법인이 소유하고 있는 의료사업용 건축물의 부속토지인 이 건 토지는 건축물부속토지로서 별도합산과세대상이고 이 건 토지 중 감면토지는 지방세법령상 분리과세대상 토지로 열거되어 있지 아니하다. (마) 최근 개정된 지방세법(2019.12.3., 법률 제16663호로 개정된 것) 제106조의 입법이유, 국회 회의록(행정안전위원회 검토보고서 등) 등을 보면, 토지분 재산세를 경감할 때 그 비율에 해당하는 부분의 감면토지가 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한다고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 토지 중 재산세의 75%의 경감비율에 해당하는 감면토지는 분리과세대상으로 구분하고, 나머지 과세토지는 별도합산과세대상으로 구분한 후 각 부분 토지에 해당하는 재산세의 75%를 경감하는 방식으로 경정되어야 한다고 주장하나, 지방세법 제106조에서 재산세 과세대상인 토지를 종합합산, 별도합산 및 분리과세대상으로 구분하고, 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외하고는 모두 종합합산과세대상으로 구분하도록 규정하고 있고, 다만, 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 또는 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 제외하도록 규정하고 있는바, 위의 분리과세대상은 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세함으로써 종합 또는 별도합산과세에서 오는 불합리함을 보완하고자 하는 것으로, 그 대상은 지방세법 제106조 및 같은 법 시행령 제102조에서 한정적으로 규정하고 있다 할 것(대법원 2013.7.26. 선고 2011두19963 판결, 같은 뜻임)인 점, 지방세법 제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정에서 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있을 뿐 이에 해당되지 않는 경우 바로 분리과세대상이 된다고 규정하고 있지 아니한 점, 지방세법 제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정의 의미를 종합 또는 별도합산과세대상이 아니면 분리과세대상이라는 의미로 해석을 한다면 이 건 토지 중 경감되는 비율의 감면토지는 위 법령에서 구체적으로 분리과세대상으로 열거되어 있지 아니하여 분리과세대상으로 볼 수 없고 종합합산 또는 별도합산과세대상에도 해당하지 아니하여 과세대상 구분체계 어디에도 속할 수 없는 논리적 모순이 발생하거나 중복적인 혜택이 부여되어 감면 정책의 취지에 맞지 아니한 점, 2019.12.3. 지방세법이 개정되면서 재산세가 경감되는 감면토지는 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한다고 입법이유서 등에 나타나는 점, 각 지방자치단체에서는 종합토지세가 신설된 1989년부터 현재까지 약 30년간 재산세 경감비율을 먼저 과세표준 합산에서 제외하고 나머지 부분에 대해 종합합산․별도합산․분리과세대상 중 어느 하나를 적용하여 재산세를 부과하는 것으로 운영하였던 점 등에 비추어, 2018년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 시행 중인 지방세법령에서 이 건 토지 중 재산세의 75%의 경감비율에 해당하는 감면토지를 분리과세대상으로 열거하여 규정하고 있지 아니하므로 별도합산과세대상에 합산하지 아니하고 과세표준에서 제외한 후, 나머지 과세토지는 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상으로 구분하여 과세하는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제37조(공공의료기관에 대한 감면) 다음 각 호의 법인이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 100(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 75)을, 과세기준일 현재 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 100(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 75)을 각각 경감한다. 1.서울대학교병원 설치법에 따라 설치된 서울대학교병원 제179조(토지에 대한 재산세의 경감율 적용) 이 법 또는 다른 법령에서 토지에 대한 재산세의 경감 규정을 둔 경우에는 경감대상 토지의 과세표준액에 해당 경감비율을 곱한 금액을 경감한다.

(2) 지방세법(1989.6.1. 법률 제4128호로 개정된 것) 제234조의15(과세표준) ① 종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준·별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다.

② 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액(제111조의 규정에 의한 과세시가표준액을 말한다. 이하 이 절에서 같다)을 합한 금액으로 한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.

1. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 종합토지세가 비과세 또는 면제되는 토지의 가액

2. 제234조의14의 규정에 의하여 종합토지세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가액

③ 별도합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 한다. 다만, 제2항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.

④ 분리과세표준은 제2항 제3호 내지 제6호의 가액으로 한다.

(3) 지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 것) 제234조의15(과세표준) ① 종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준·별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다.

② 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액(제111조의 규정에 의한 과세시가표준액을 말한다. 이하 이 절에서 같다)을 합한 금액으로 한다. 다만, 다음 각호에 해당하는 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.

1. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 종합토지세가 비과세 또는 면제되는 토지의 가액

2. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 종합토지세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가액

③ 별도합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 한다. 다만, 제2항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.

④ 분리과세표준은 제2항 제3호 내지 제6호의 가액으로 한다.

(4) 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정된 것) 제182조(과세대상의 구분) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지
• 나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 1에 해당하는 토지

• 가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지
• 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령이 정하는 임야
• 다. 제112조 제2항의 규정에 의한 골프장(동조동항 각호외의 부분 후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지와 동조동항의 규정에 의한 고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지
• 라. 가목 내지 다목의 규정에 의한 토지와 유사한 토지로서 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지

(5) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
• 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 다. 철거·멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야
• 다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 라. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지
• 마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 바. 에너지·자원의 공급 및 방송·통신·교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(6) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정된 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지.

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지.

(7) 종합부동산세법 제6조(비과세 등) ① 지방세특례제한법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

② 지방세특례제한법 제4조에 따른 시·군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다.

④ 제2항에 규정된 시·군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정 또는 분리과세규정에 따라 종합부동산세를 부과하는 취지에 비추어 적합하지 않은 것으로 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 종합부동산세를 부과함에 있어서 제2항의 규정 또는 그 분리과세규정을 적용하지 아니한다.