농업법인이 자본 증가에 따른 등기를 하는 경우 「지방세특례제한법」제11조 제4항에 따라 등록면허세 면제대상에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018.3.20. 신주 OOO주(1주당 OOO원)를 발행하였고, 자본증가에 따른 변경등기를 하면서 증자가액 OOO원을 과세표준으로 하여 지방세법제28조 제1항 제6호 가목의 세율(1천분의 4)을 적용하여 산출한 등록면허세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 이후 청구법인은 농업법인의 자본 증가에 따른 등기는지방세특례제한법제11조 제4항에 따른 등록면허세 면제대상이므로 기납부한 등록면허세 등을 환급하여야 한다고 주장하면서 2018.8.29. 처분청에 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2018.9.10. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지방세특례제한법제11조 제4항의 규정은 농업법인을 지원하기 위하여 농업법인의 설립 시 설립등기에 대해서 등록면허세를 면제하도록 한 규정인데, 동 입법취지를 고려했을 때 자본 증가에 따른 등기도 등록면허세를 감면하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 농업법인의 설립등기에 대하여 등록면허세 혜택을 부여하는 것은 경쟁력 있는 새로운 농업경영체 설립을 장려하고 육성하기 위한 취지로 자본을 증가시키는 경우에는 이에 해당하지 않는다고 할 것이고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것이며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결, 대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 같은 뜻임)으로서, 민법제49조 및 제52조,상법제180조 및 제183조에서는 설립등기와 자본 증가 등을 포함한 변경등기를 구분하고 있고, 지방세법제28조에서도 법인 등기의 경우, 설립 등기와 자본 증가 등기를 구분하고 있으며, 해당 감면조문에서 설립등기시 등록면허세를 면제한다는 규정만 있을 뿐, 자본 증가에 따른 등기 시에는 면제에 대한 아무런 규정이 없으므로, 청구법인의 자본 증가 등기는 등록면허세 면제대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 농업법인이 자본 증가에 따른 등기를 하는 경우지방세특례제한법제11조 제4항에 따라 등록면허세 면제대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법 제11조(농업법인에 대한 감면) ④ 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 2020년 12월 31일까지 면제한다.

(2) 지방세법 제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “등록”이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다.

• 가. 광업권 및 어업권의 취득에 따른 등록
• 나. 제15조 제2항 제4호에 따른 외국인 소유의 취득세 과세대상 물건(차량, 기계장비, 항공기 및 선박만 해당한다)의 연부 취득에 따른 등기 또는 등록
• 다. 지방세기본법 제38조에 따른 취득세 부과제척기간이 경과한 물건의 등기 또는 등록
• 라. 제17조에 해당하는 물건의 등기 또는 등록 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.

6. 법인 등기

• 가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1. 설립과 납입: 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4(세액이 11만2천5백원 미만인 때에는 11만2천5백원으로 한다. 이하 이 목부터 다목까지에서 같다)

2. 자본증가 또는 출자증가: 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4

(3) 민법 제33조(법인설립의 등기) 법인은 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. 제49조(법인의 등기사항) ① 법인설립의 허가가 있는 때에는 3주간 내에 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 하여야 한다.

② 전항의 등기사항은 다음과 같다.

1. 목적

2. 명칭

3. 사무소

4. 설립허가의 연월일

5. 존립시기나 해산이유를 정한 때에는 그 시기 또는 사유

6. 자산의 총액

7. 출자의 방법을 정한 때에는 그 방법

8. 이사의 성명, 주소

9. 이사의 대표권을 제한한 때에는 그 제한 제52조(변경등기) 제49조 제2항의 사항 중에 변경이 있는 때에는 3주간 내에 변경등기를 하여야 한다.

(4) 상법 제172조(회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. 제180조(설립의 등기) 합명회사의 설립등기에 있어서는 다음의 사항을 등기하여야 한다.

1. 제179조 제1호 내지 제3호 및 제5호의 사항과 지점을 둔 때에는 그 소재지. 다만, 회사를 대표할 사원을 정한 때에는 그 외의 사원의 주소를 제외한다.

2. 사원의 출자의 목적, 재산출자에는 그 가격과 이행한 부분

3. 존립기간 기타 해산사유를 정한 때에는 그 기간 또는 사유

4. 회사를 대표할 사원을 정한 경우에는 그 성명ㆍ주소 및 주민등록번호

5. 수인의 사원이 공동으로 회사를 대표할 것을 정한 때에는 그 규정 제183조(변경등기) 제180조에 게기한 사항에 변경이 있는 때에는 본점소재지에서는 2주간 내, 지점소재지에서는 3주간 내에 변경등기를 하여야 한다. 제372조(설립의 등기) ① 주식회사의 설립등기는 발기인이 회사설립시에 발행한 주식의 총수를 인수한 경우에는 제299조와 제300조의 규정에 의한 절차가 종료한 날로부터, 발기인이 주주를 모집할 경우에는 창립총회가 종결한 날 또는 제314조의 규정에 의한 절차가 종료한 날로부터 2주간 내에 이를 하여야 한다.

④ 제181조 내지 제183조의 규정은 주식회사의 등기에 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2016.3.2. OOO를 본점으로 하고, 농산물의 생산ㆍ유통ㆍ가공ㆍ판매, 영농에 필요한 자재의 생산ㆍ공급 등을 목적사업으로 하며, 자본금을 OOO원(발행주식의 총수: OOO주, 1주의 금액: OOO원)으로 하여 설립되었다. (나) 청구법인은 2018.3.20. 신주 OOO주(1주당 OOO원)를 발행하고 자본증가에 따른 변경등기를 하면서 그 증자가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 등록면허세 등 OOO원을 신고․납부하였다. (다) 주식회사변경등기신청서에 따르면, 2018.2.22. 청구법인의 이사회의 결의로 신주 OOO주의 발행을 결의하고, 2018.3.19. 주금납입이 완료되어 발행주식의 총수와 그 종류 및 각각의 수, 자본의 총액이 변경되었으므로 등기를 OOO법원 OOO등기소에 2018.3.20. 신청한다고 기재되어 있다. (라) 법인등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2018.3.20. 발행주식의 총수와 그 종류 및 각각의 수, 자본금의 액이 OOO주 / OOO원에서 OOO주 / OOO원으로 변경등기 되었다. (마) 이후, 청구법인은 농업법인의 자본금 증가 등기는지방세특례제한법제11조 제4항에 따른 등록면허세 면제 대상이라는 취지로 2018.8.29. 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2018.9.5. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 농업법인을 지원하기 위한 취지를 고려할 때 자본 증가에 따른 등기도 등록면허세를 감면하는 것이 타당하다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것이며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 도 부합한다고 할 것(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결, 대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 같은 뜻임)인 점, 민법제49조 및 제52조,상법제180조 및 제183조에서는 설립등기와 자본증가 등을 포함한 변경등기를 구분하여 규정하고 있고, 지방세법제28조에서도 법인 등기의 경우, 설립등기와 자본증가 등기를 구분하여 규정하고 있는 점, 지방세특례제한법제11조 제4항에서 설립등기시 등록면허세를 면제한다고 규정하였을 뿐, 자본증가 등기의 면제에 대하여 규정한 사실이 없으므로, 청구법인의 자본증가 등기는 등록면허세 면제대상으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.