청구법인이 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 농지 등을 유예기간 이내에 취득 목적대로 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016.9.6. OOO 토지 8,496㎡를, 2017.2.2. OOO 등 3필지 토지 3,003㎡를, 2017.4.6. OOO 등 3필지 토지 246.5㎡(이하 16필지 토지를 모두 합하여 “이 건 토지”라 한다)를 각각 취득하고, 처분청에 지방세특례제한법제14조 제3항에 따라 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 지방세 감면신청을 하여 취득세 등을 감면받았다.
• 나. 처분청은 2018.8.1.〜8.2. 청구법인에 대하여 서면 세무조사를 실시한 뒤 청구법인이 이 건 토지 중 OOO 외 11필지 토지 3,532.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 고유업무에 직접 사용하지 않은 사실을 확인하고 감면한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 2018.11.8. 청구법인에게 결정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.1.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 대법원 판례(92누8750, 1993.2.26.)에서 “고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유란” 법령에 의한 금지‧제한 등 그 법인의 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없이 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하고, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위해 부단한 노력을 다했는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다고 해석하고 있는바, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 이를 고유목적사업에 사용하기 위하여 지속적으로 일련의 과정을 진행하고 있으므로 유예기간 이내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것으로서, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제14조 제3항에서 농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1호에서 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 위 규정의 “정당한 사유”란 그 취득한 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유업무에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 부동산의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 취득한 부동산을 고유업무에 직접 사용하는 것이 지연되거나 포기한 경우에는 이에 해당하지 않는다고 할 것(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결, 같은 뜻임)이고, 처분청에서 조사한 결과, 쟁점토지 중 9필지 토지는 2017.2.9. 토목 인․허가 용역계약 체결을 시작으로 2017.11.28. 벼 보관창고 신축 건축허가서를 처분청으로부터 교부받았으나, 이후 5개월의 기간이 지난 후인 2018.4.20. 현지 확인결과 일부 터파기 작업된 후 공사가 중단된 상태이고, 나머지 3필지 토지의 경우에는 취득 당시 현황대로 방치된 상태에 있었으며, 청구법인이 벼 보관창고 신축 비용을 정부로부터 지원을 받기 위하여 유예기간을 경과하여 친환경농업기반 구축사업 신청 등을 진행함으로써 유예기간을 경과한 것은 내부적 자금사정에 불과하다 할 것이고, 법령의 금지 또는 행정청의 제한 등과 같은 외부적 사유에 해당되지 아니한다 할 것이므로, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 주장은 인정하기 어렵다 할 것으로서, 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 농지 등을 유예기간 이내에 취득목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법률 지방세특례제한법 제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 처분청이 쟁점토지에 대하여 취득세 등을 부과한 내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 취득세 등 추징 내역 (나) 처분청이 2018.4.20. 현지 조사후 촬영한 사진에서 쟁점토지 중 일부 토지상에 토지정지작업이 시행된 흔적이 있을 뿐 본격적인 건축공사는 이루어지지 아니하였고, 3필지 토지는 취득 당시 현황대로 벼농사를 재배하는 농지로 사용 중인 것으로 확인된다. (다) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 그 지상에 친환경 벼보관창고를 신축하기 위하여 아래 ＜표2＞와 같이 사업을 추진하였다고 주장하면서 계약서 및 공문 등 관련 증빙을 제시하고 있다. ＜표2＞ 사업추진 내역

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법제178조 제1호에서 규정한 감면된 취득세 등의 추징 배제사유인 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 목적사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 부동산의 취득 목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 그 사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 하여야 할 것(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 이 건 토지에 임야와 농지가 포함되어 있으므로 이와 관련한 농지전용허가 등 사전 준비과정을 거쳐 2017.11.28. 건축허가를 받고서도 일부 토지에 대하여 토지정지작업만 실시하였을 뿐 본격적인 건축공사에 착공하지 아니한 채 장기간 방치하고 있고, 그 주된 사유가 창고신축과 관련된 보조금을 신청하는 과정에서 11개월 가량이 소요된 것에 기인한 것으로 보이며, 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용한다는 것은 실질적으로 그 용도에 사용하는 것을 말하는 것이고, 정상적인 과정과 노력을 거쳐 유예기간이 경과할 때까지 건축공사가 진행중인 경우라면 이를 유예기간 내에 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 인정할 수 있지만, 청구법인이 일련의 건축준비과정을 거쳐 유예기간 이내에 건축허가를 받고 유예기간을 경과하기 이전에 토지정지작업을 시행하였을 뿐 본격적인 건축공사를 진행하고 있지 아니한 경우에는 정당한 사유가 지속되고 있다고 보기 어렵고, 이와 같이 건축공사를 중단한 것이 외부적인 사유가 아닌 건축자금조달을 위한 보조금을 신청하기 위하여 장기간 건축공사를 중단한 것이므로 결과적으로 청구법인이 유예기간 내에 고유업무에 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점토지에 대하여 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 별다른 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.