청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 청구인이 2016.4.6. OOO 제조업을 주된 목적사업으로 하여 설립된 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 2016.4.6. 유상증자(보통주 OOO주)로 인하여 주식소유 비율이 50%에서 53.19%로 증가함에 따라 과점주주가 되었으나 과점주주 취득세 등을 신고․납부하지 아니한 것으로 보아 2017.7.10. 청구인에게 쟁점법인의 장부가액의 53.19%인 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법 제15조 제2항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2019.7.10. 이의신청을 거쳐 2018.12.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 구 지방세법 제105조 제7항에 대한 헌법재판소 결정(2008헌바139)으로 볼 때 과점주주라 함은 실질적으로 법인 자산에 대하여 관리, 처분권 더 나아가 법인의 지배권을 장악하고 법인의 주식을 50%이상 소유한 주주집단으로 해석할 수 있다. OOO는 쟁점법인의 창업중소기업 감면관련 과세전적부심사 결정에서 쟁점법인은 주식회사 OOO의 사업확장으로 주식회사 OOO의 지점이므로 새로운 사업을 최초로 개시하는 창업에 해당하지 않는다 하여 취득세를 납부하였는바, 이 결정에 따르면 쟁점법인의 실질적인 경영권은 모기업인 주식회사 OOO가 가지고 있으므로 굳이 과점주주 취득세를 부과해야 한다면 주식회사 OOO나 이와 경제적 연관관계가 있는 자에게 부과되어야 합당할 것이나 주식회사 OOO의 지점으로 경영권은 없고 단지 지점법인의 형식적인 대표자인 청구인이 소유한 지분을 기준으로 취득세를 부과한 것은 헌법재판소의 결정례에 정면으로 배치된다. OOO의 이 건 이의신청 결정서에서 쟁점법인과 주식회사 OOO를 특수관계자로 본다 하더라도 법인과 그 대표자는 각각 별개의 주체로 보아야 하여 주식회사 OOO의 대표이사 OOO을 특수관계인으로 볼 수 없다고 결정하였는바, 이는 위 과세전적부심사 결정례와 배치되는 결정이다. 이와 같이 동일한 쟁점법인을 두고 당초 창업중소기업 감면관련 취득세를 추징할 때에는 주식회사 OOO가 경영권을 지배하는 지점으로 보아 창업이 아니라고 판단하여 쟁점법인에게 취득세를 부과하였고, 과점주주 취득세를 부과할 때에는 주식회사 OOO가 경영권을 지배하는 지점이 아니라 쟁점법인의 대표자가 경영권을 지배하는 독립된 법인으로 인정하여 쟁점법인의 과점주주에게 취득세를 부과하는 것은 서로 논리가 상반되고 모순된다. 따라서, 2011년 8월 쟁점법인을 설립할 당시부터 주식회사 OOO(대표 OOO)의 지점으로서 경영을 지배받은 특수한 관계이기 때문에 실질적인 과세원칙에 따라 형식상 대표이사인 청구인에게 과점주주에 따른 취득세를 부과하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 창업중소기업 감면 관련 과세전적부심사 결정서와 같이 쟁점법인이 주식회사 OOO의 지점으로서 사실상 실질적인 경영권은 OOO가 가지고 있다고 주장하나, 쟁점법인의 주식이동명세서를 보면, 청구인의 주식비율이 설립당시에는 없다가 2013년 30%, 2015년 50%, 2016년 53.19%로 점진적으로 증가하고 있고, 법인의 자본금을 증자할 때는 정관 및 이사회 회의록 또는 주주총회 의사록 등이 있어야 하는바, 청구인의 지분이 타 주주에 비해 늘어난 것은 주주간의 협의가 있었음을 추정할 수 있는데 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력이 전혀 없다고 주장하는 것은 타당하지 않다. 지방세기본법 시행령 제2조 제3항은 주식회사 OOO와 청구인간의 특수관계 여부를 판단하는 것이므로 주식회사 OOO가 쟁점법인의 주식을 소유했을 경우에만 성립한다고 보아야 할 것이나, 주식회사 OOO의 지분은 없고 주식회사 OOO의 대표자였던 OOO이 쟁점법인의 주주로 등재되어 있어 청구인과 주식회사 OOO가 주주, 출자자 등 경영지배관계라고 주장하는 것은 타당하지 않다. 또한, 쟁점법인 설립 당시인 2011년 최대주주가 주식회사 OOO의 대표자 OOO(주식 100% 소유)이었으며, 업종 또한 두 법인 모두 동일하였고 주식회사 OOO의 지점 형식으로 운영되고 있었기에 사업확장으로 보아 창업에 해당하지 아니한 것으로 추징한 것이며, 청구인이 쟁점법인의 과점주주인지 여부는 2016년 4월 증자시점을 기준으로 판단하는 것으로서 두 사안은 별개의 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구인은 2011.8.29. OOO 제조업을 주된 목적사업으로 하여 설립된 쟁점법인의 대표이사로서, 2016.4.6. 유상증자(보통주 OOO주)로 인하여 주식소유 비율이 50%에서 53.19%로 증가함에 따라 과점주주가 된 것으로 나타난다. (나) 쟁점법인이 2015년 1월 및 7월 취득한 부동산에 대하여 지방세특례제한법 상 창업중소기업이 취득하는 사업용부동산으로 취득세 등을 감면받았으나 처분청은 2017.1.5. 감면대상 부동산에 해당하지 아니한 것으로 추징예고하였고, 이에 쟁점법인이 과세전적부심사를 신청하여 2017.3.9. 쟁점법인은 사실상 주식회사 OOO의 OOO지사로서 창업중소기업에 해당하지 아니한다는 취지로 불채택결정하였다. (다) 주식등변동상황명세서 등에 의하면, 쟁점법인 설립시(2011년) 주식회사 OOO이 100%(OOO주), 2012년 OOO 30%, 청구인 30%, 2014년 OOO 20%, 청구인 50%, 2016년말 OOO 12.74%, 청구인 53.19%의 주식을 소유한 것으로 나타나며, 세부적인 내용은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 쟁점법인의 주식 발행 및 소유 현황

(2) 청구인은 처분청의 답변에 대하여 아래와 같이 항변하였다. (가) 처분청이 청구인의 주장대로 법인 운영을 주식회사 OOO의 지점처럼 한다고 하여 경영 지배관계라고 유추해석해서는 안된다고 하였는데, 이는 청구인의 주장이 아니라 OOO의 과세전적부심사 결정통지 내용을 인용한 것이다. (나) 처분청은 쟁점법인 설립당시 최대주주가 주식회사 OOO 대표이사 OOO(100%)이고, 업종 또한 배전반 및 전기자동제어반 제조업이며, 주식회사 OOO의 지점형식으로 운영되었다고 하나, 쟁점법인 설립 당시 주식회사 OOO의 대표이사 OOO이 최대주주였다고 하여 쟁점법인이 주식회사 OOO의 지점으로 운영되었다고 보는 것은 타당하지 않고, 업종도 서로 다른데도 마치 동일한 업종을 하는 것처럼 보는 것은 사업의 확장을 정당화하기 위한 것으로 밖에 볼 수 없다. (다) 이와 같이 창업중소기업 감면 당시에는 지점으로 보아 창업이 아니라고 취득세를 부과하고, 과점주주를 판단할 때에는 독립된 법인으로 인정하여 과점주주 취득세를 부과하는 것은 상반된 논리로 모순이며 부당하다

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 당초 쟁점법인의 창업중소기업 감면 여부를 판단하면서 쟁점법인을 주식회사 OOO의 지점으로 보아 감면을 배제하였으므로 쟁점법인은 창업 당시부터 주식회사 OOO와 특수관계에 해당하여 청구인에게 과점주주에 따른 취득세 등을 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 지방세법 제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조 제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다고 규정하고 있는바, 과점주주의 간주취득세 납세의무와 관련하여 과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 과세관청이 주주명부나 주식등변동상황명세서 또는 법인등기부등본 등의 자료에 의하여 주식 소유를 입증하면 되는 것인 점, 주식등변동상황명세서에 쟁점법인이 창업한 2011년 당시에는 청구인의 지분이 없었으나 2016년 말 현재 쟁점법인의 주식 53.19%를 청구인이 소유하여 과점주주가 된 사실이 확인되는 점, 청구인은 쟁점법인의 과점주주인 반면 주식회사 OOO와는 특수관계에 해당한다고 보기 어려운 점, 쟁점법인이 창업중소기업인지 여부와 과점주주 여부는 판단 근거가 다르고 적용시점도 달라 별개로 보이는 점 등에 비추어 청구인이 2016.4.6. 최초로 쟁점법인의 과점주주가 된 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법 제7조[납세의무자 등] ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다. 제10조[과세표준] ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다. 제20조[신고 및 납부] ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제118조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(2) 지방세법 시행령 제11조[과점주주의 취득 등] ① 법인의 과점주주(지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

③ 과점주주였으나 주식등의 양도, 해당 법인의 증자 등으로 과점주주에 해당하지 아니하게 되었다가 해당 법인의 주식등을 취득하여 다시 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율보다 증가된경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 따라 취득세를 부과한다.

④ 법 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득세 과세자료를 확인한 시장·군수는 그 과점주주에게 과세할 과세물건이 다른 시·군 또는 구(자치구를 말한다. 이하 "시·군"이라 한다)에 있을 경우에는 지체 없이 그 과세물건을 관할하는 시장·군수에게 과점주주의 주식등의 비율, 과세물건, 가격명세 및 그 밖에 취득세 부과에 필요한 자료를 통보하여야 한다.

(3) 지방세기본법 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

34. "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

• 가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계
• 나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계
• 다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계 제47조[출자자의 제2차 납세의무] 법인(주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

(4) 지방세기본법 시행령 제2조의2[특수관계인의 범위] ① 법 제2조 제34호 가목에서 "혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

1. 6촌 이내의 혈족

2. 4촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자·직계비속