청구법인이 이 건 토지를 유예기간(1년) 이내에 고유 업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2016지0064

[주 문] OOO이 2018.9.28. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.5.29. OOO 5필지 토지 7,928㎡ 및 그 지상 건축물 1,935.82㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후,지방세특례제한법제14조 제3항에 따라 농업협동조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 날부터 1년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 정당한 사유 없이 그 고유 업무에 직접 사용하지 않았다고 보아 2018.9.28. 청구법인에게 이 건 부동산의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 OOO(이하 “이 건 OOO”라 한다)를 신축하기 위해서는 사업부지를 우선 확보하여야 하므로 청구법인은 이 건 OOO 신축을 위한 ‘국․도비 보조금’(이하 “보조금”이라 한다) 지원을 신청(사업계획서 제출)하려면 우선 그 사업부지를 확보하여야하므로 보조금 지원이 결정되기 전에 사업부지인 이 건 부동산을 취득한 것이고, 보조금을 신청한 후에도 처분청․OOO의 심의를 거쳐 OOO으로부터 보조금 지원 대상으로 결정되기까지 수 개월이 소요되었으며, 보조금 지원 대상으로 결정된 후 이 건 OOO용 건축물의 신축공사를 착공할 때까지 설계․감리․시공업체 선정을 위한 공개 입찰, 설계도면에 대한 OOO의 검토 및 민원발생을 최소화하기 위한 주민설명회 개최 등 생략하거나 그 기간을 단축할 수 없는 각종 절차를 이행하는 데 상당한 시일이 소요되어 유예기간을 5개월 정도 경과한 2018.10.15. 이 건 OOO용 건축물을 착공한 것으로 청구법인은 유예기간 내에 이 건 부동산을 고유 업무에 직접 사용하고자 정상적인 노력을 다하였으나, 시간이 부족하여 유예기간을 넘긴 것으로 이와 같은 사유는 대법원 판례(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결) 및 조세심판원 결정(조심 2016지64, 2016.4.15.)에 비추어 정당한 사유에 해당한다 할 것임에도 처분청이 이러한 사유는 전혀 고려하지 않고, 청구법인이 유예기간을 경과한 데에 정당한 사유가 없다고 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2017.5.29. 이 건 부동산을 취득한 후, 바로 이 건 OOO 신축을 위한 건축허가를 신청하여 조기에 건축물을 착공하여야 함에도 6개월 이상 경과한 2018.2.20.에서야 설계용역 계약을 체결하였을 뿐만 아니라 처분청(기술지원과장)이 유예기간 종료일(2018.5.28.)을 며칠 앞둔 2018.5.11. 청구법인에게 통보한 ‘2018년도 OOO 건립현황 진단 컨설팅 추진 결과 송부’를 보면, 컨설팅의 목적을 ‘2018년 OOO 건립사업자 중 집행부진 및 애로 발생 사업자(청구법인)를 대상으로 건립현황 진단 및 개선 컨설팅을 지원하여 OOO 건립이 적기에 원활히 추진될 수 있도록 유도하고자 함’이라고 기재되어 있으며, 처분청 담당공무원이 2018.7.4. 이 건 부동산을 현지 확인하고 작성한 출장복명서에는 아직까지 이 건 부동산에서 건축공사가 이루어지지 않고 있다고 기재되어 있는 것으로 보아 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 정당한 사유 없이 그 유예기간이 경과할 때까지 직접 사용하지 않았다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 유예기간(1년)내에 이 건 부동산을 그 고유 업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 이 건 OOO 건축물을 신축하기 위하여 2017.5.29. 이 건 부동산(폐교된 OOO의 교사 및 교지)을 취득한 후, 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다. (나) 이 건 OOO용 건축물을 신축하기 위한 청구법인의 주요 진행사항은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 이 건 OOO용 건축물 신축을 위한 주요 진행 사항 (다) 이 건 OOO용 건축물은 연면적 3,574.27㎡ 창고시설(딸기 선별장, 저온창고)로서 그 사업비는 OOO 청구법인 부담 OOO원)인 것으로 나타난다. (라) 처분청의 세무공무원이 2018.7.6. 이 건 부동산을 현지 확인하고 작성한 출장복명서에는 유예기간을 경과할 때까지 고유 목적에 직접 사용하지 아니하였으므로 면제한 취득세 등은 추징 대상이라고 기재되어 있으며, 청구법인은 유예기간 종료일부터 약 5개월 정도 경과한 2018.10.15. 이 건 OOO 건축물을 착공하여 현재 신축 중에 있다. (마) 한편, OOO는 2012.7.27. OOO 등에 OOO이 OOO 신축을 위한 보조금을 신청하는 경우 반드시 OOO(사업자) 명의로 사업부지를 확보하여야 한다고 통보하였다OOO

(2) 지방세특례제한법제14조 제3항에서농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2017.12.31.까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 본문 및 제1호에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있으며, 여기에서 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다고 할 것이다(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결, 같은 뜻임).

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, OOO를 신축하기 위해서는 행정관청에 사업계획서를 제출하기 전에 그 사업부지를 반드시 확보하여야 하므로 청구법인으로서는 이 건 부동산을 취득한 후 OOO 건축물의 신축을 준비할 수밖에 없었다고 보이는 점, 지방자치단체 등의 심의를 거쳐 최종적으로 OOO이 OOO 사업자를 결정하므로 이에 대한 심의 및 추천 과정도 상당한 시일이 소요된다고 보이는 점, 이 건 OOO 건축물의 신축을 위한 설계․감리 및 건축물 신축업체 등은 입찰을 통해 선정하므로 수의계약보다 그 선정 과정이 더 길고 복잡한 점, 이 건 OOO 건축물의 경우 기본설계와 실시설계를 별도로 하여야 할 뿐만 아니라 청구법인의 내부 규정에 따라 OOO로부터 실시설계도면에 대한 검토 및 승인을 받아야하므로 설계과정에서도 더 많은 시간과 노력이 필요하다고 보이는 점, 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후, 내․외부의 규정과 절차에 따라 이 건 OOO용 건축물의 신축을 위한 각종 업무를 지속적으로 수행한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이 건 부동산의 취득일(2017.5.29.)부터 1년이 경과한 2018.10.15.에서야 이 건 OOO용 건축물의 신축 공사를 착공하였다 하더라도 이를 청구법인이 불필요한 준비절차를 거치면서 시간을 허비하였다거나 유예기간 내에 이 건 부동산을 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하지 않았다고 볼 수는 없는 이상, 청구법인이 이 건 부동산의 유예기간을 경과한 데에는지방세특례제한법제178조 제1호에서 규정한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항,국세기본법제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정되기 전의 것) 제14조[농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면] ③ 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다. 제178조[감면된 취득세의 추징] 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우