[참조결정] 조심2017지1075
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2017.9.28. OOO 외 건물 59,110.22㎡(국제학교 건물로서 이하 ‘쟁점건축물’이라 한다)을 신축하고, 과세표준을 OOO원으로 하여 취득세 등 OOO원 중 제주특별자치도세 감면조례(제주특별자치도조례 제2065호, 2018.7.13. 일부개정 이전의 것) 제24조의4의 OOO가 제주특별법제170조 제1항 제2호 나목 및 다목에 따른 사업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 사유로 감면신청을 하여 위 취득세의 100분의 70을 감면받은 후 취득세 등 OOO원을 2017.12.1. 기한 후 신고․납부하였다.
- 나. 처분청은 청구법인의 위 신고·납부 건에 대하여 2018.2.27. 같은 세액을 결정통지를 하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.23. 이의신청을 거쳐 2018.11.23. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 개정된 조례의 시행 이전에 개발사업시행자로 지정되고, 부지를 매입하여, 건축계획 승인 등의 원인행위를 하였으므로, 종전 규정의 취득세 면제에 관한 신뢰는 기득권에 갈음하는 것으로 보호되어야 할 것이고(대법원2008두15039, 2011.01.27.), 이 신뢰보호는 특정한 행위(착공)만을 기준으로 판단하는 것이 아닌 일련의 원인행위를 통하여 취득과 밀접하게 관련된 법적지위나 법률관계를 형성해 나갔는지로 판단하여야 할 것이다. 제주특별자치도 감면조례가 2009년 5월 신설되고, 4번의 개정을 통해 최초 일몰기한이 2010.12.31.에서 2015.12.31.까지 계속 연장되었으며, 2012.7.4.과 2016.12.15. 두 차례의 제주특별자치도 고시(제2012-84호 등)를 통해 국제학교 사업이 조세감면사업에 해당하고 취득세가 100% 감면됨을 명시하였으며, 국제학교사업은 국비·지방비가 투입되고 사회 경제적으로 파급력이 큰 대규모 국가정책 사업으로서 세제감면혜택에 대한 신뢰보호가 높게 요구된다 할 것이다. 또한, 2008.10.2. 청구법인은 OOO 개발사업시행자로 지정되었고, 2012.11.29. OOO 국제학교 설립 협력사업 계약을 체결하였으며, 2014.9.25. 학교용지를 취득하고 2015.9.25. 제주특별자치도지사로부터 건축계획 심의결과통지서를 수령하여2015.11.11. 처분청에 건축허가를 접수하였는바, 비록 2017.9.28. 쟁점건물의 취득 당시에는 면제대상이 아니나, 개정조례 시행 전에 부지의 매입이나 건축계획승인·건축허가 접수 등 일련의 원인행위를 한 경우에는 취득세 면제에 관한 신뢰는 기득권에 갈음하는 것으로 보호되어야 할 것이다. 따라서, 2016.1.1. 투자진흥지구에 대한 감면이 개정되기 이전에 이 건 취득에 대한 원인행위를 함으로서 제주특별자치도세 감면조례(2015.12.31. 제주특별자치도조례 제1526호로 개정된 것) 부칙 제3조에 따라 舊 제주특별자치도세 감면조례(2015.12.31. 제주특별자치도조례 제1526호로 개정되기 이전의 것) 제24조를 적용하여 쟁점건축물의 취득세는 면제되어야 할 것이다.
(2) 청구법인은 2016.7.4. OOO국제학교의 사업자등록증을 발급받는 등 영어교육도시의 사업시행자이자 OOO 국제학교를 운영하는 입주기업에 해당하고, 실제로도 국제학교를 직접 운영 및 사업에 관여하고 있으며, 제주특별법제170조에서 국제학교의 유치ㆍ설립ㆍ운영 및 지원이 청구법인이 수행할 사업으로 규정되어 있다. OOO협력사업계약상 청구법인은 학교 위탁 운영회사인 주식회사 OOO와 동일한 위치에서 국제학교 운영의 권리 및 의무를 행사(학교 운영위원회 임명권, OOO의 사업 의무 위반시 통제권 행사 등)하고 있고, 주식회사 OOO의 정관상 청구법인은 사업 운영에 직접 관여하여 예산편성·사업계획·경영실적·이사회 인사 의사결정시 청구법인이 사전에 검토 및 이행을 하고 있으나, 국제학교 운영 사업의 특성상 전문성 및 자율성의 보장이 필요하고, 관계 법령인 제주특별법제227조에서 별도 법인의 위탁 운영방식을 허용하고 있어 위탁운영을 할뿐, 실제는 청구법인이 국제학교 운영에 직접 관여하고 있는바, 쟁점건축물은 개정된 감면조례 제24조의2에 따라 청구법인은 입주기업으로써 학교건물인 쟁점건축물을 직접 사용하는 것으로 보아야 할 것이다(대법원 2011.1.27. 선고, 2008두15039 판결, 같은 뜻임).
(1) 개정 전 규정을 적용 받기 위하여는 단순한 기대로는 부족하고, 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에는 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정하며, 납세자가 이를 신뢰하여 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위에 나아간 경우에만, 부칙규정이 납세의무자의 신뢰보호를 위한 것으로 볼 수 있는바, 위 요건 중 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위는 건축물 신축에 대한 취득세의 경우 ‘착공’ 여부를 기준을 직접적인 원인으로 판단을 하고 있다(대법원1994.5.24.선고 93누5666판결, 조심2017지1075, 2017.12.13., 같은 뜻임). 청구법인의 경우는 2015.12.31. 감면조례가 개정될 당시 협력사업의 계약체결·설계용역 착수·건물 공사 기본계획 공시 등은 건축을 하기 위한 “준비단계”로 건축의 실질적인 행위로서 “착공”과는 그 성격이 다르므로, 일반적 경과조치에 대한 부칙규정을 적용하기 어렵다. 또한, 2015.12.31. 개정되기 이전의 조례는 투자진흥지구의 개발사업시행자에 대한 감면은 대단위 규모의 사업자만이 존재하였고, 제주특별법에 따라 사실상 청구법인만이 위 대단위 규모의 투자진흥지구의 사업시행자가 될 수 있어 OOO에 대한 감면규정이었으나, 감면 조례를 개정하면서 사업시행자에 대한 감면을 제외하고, 별도의 OOO에 대한 감면규정을 신설한 것은 결국 제주특별자치도지사는 OOO의 감면대상 사업범위는 넓히면서 그 감면율을 축소하려는 취지의 개정으로 볼 수 있고, 이 건 취득세는 건축의 직접적인 원인행위인 착공이 없는 상태에서 감면조례가 개정되어 쟁점건축물의 납세의무성립일인 원시취득일(2017.9.28.)을 기준으로 개정된 감면조례를 적용해야 할 것이다.
(2) 청구법인은 제주특별법제166조에 따라 설립되고 같은 법 제170조에 따른 사업을 수행하고 있는 공기업으로서 국제학교의 유치·설립·운영 및 지원에 대한 사업을 할 수 있도록 규정됨으로서 국제학교를 직접 운영할 수 있는 지위에 있었으나, 자회사를 설립하여 자회사에 운영을 위탁함으로서 청구법인은 개발사업시행자의 지위만을 유지하였고, 이에 따라 국제학교를 위탁 운영하게 됨으로서 쟁점건축물의 소유자인 청구법인이 이를 직접 사용하는 것으로 보기 어렵다. 또한, 조례에서 “입주기업”에 대한 별도의 정의는 없으나, 특별법상 구 감면조례에 따라 “개발사업시행자”는 해당 지구 등을 개발하기 위하여 기획·금융·설계·건축 마케팅·임대·분양 등 일괄적으로 개발사업을 수행하는 자를 말하고, “입주기업”이란 개발사업자가 제주특별법에서 정한 절차에 따라 지정받은 해당 투자진흥지구의 목적사업에 맞춰 해당 지구로 입주하여 목적사업을 수행하는 자를 말하는 것으로서 “개발사업시행자”와 “입주기업”은 그 구분이 명확한바, 청구법인의 경우는 국제학교 등을 운영하기 위한 목적으로 사업을 수행하는 자가 아닌 영어교육도시의 전반적인 개발 및 지원사업을 수행하는 자로서 “개발사업시행자”에 해당한다고 봄이 타당하다. 가사 청구법인이 입주기업에 해당한다고 하더라도, 청구법인은 쟁점건물을 위탁 운영회사로 하여금 사용토록 함으로서 쟁점건축물은 청구법인이 “직접 사용”하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하지 아니한다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점건축물에 대한 취득세의 감면에 대하여, 제주특별자치도세 감면 조례 제24의4조가 아닌 구 감면 조례 제24조를 적용하여 달라는 청구주장의 당부
② 쟁점건축물이 도세감면 조례 제24조의2에 해당하는지 여부
- 나. 관련 법률 등: ＜별지＞ 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 국제학교 설립 추진 경위에 대하여 살펴보면, 2008.10.2. 청구법인은 OOO 시행자로 지정되었고, 2009년 3월에 제주특별법에 OOO의 국제학교설립 근거가 마련되었으며, 2009.3.28. OOO 사업계획(안) 확정되었고, 2009.8.5. 제주특별자치도 국제학교 설립과 운영에 관한 조례가 공포되었으며, 2010.6.16. 학교운영법인OOO이 설립되었다. 2012.5월에 OOO와 업무협약(MOU)을 체결하여, 2012.7.4. 투자진흥지구가 지정되었고, 2012.11.29. OOO와 본 계약이 체결되었으며, 2013.11.27. 쟁점건축물에 대한 계획 및 설계가 완료되었으나, 2014.3.1. 기 운영 중인 3개 국제학교에 대한 부정적인 영향을 우려하여 OOO 개교가 연기되는 등 설계용역이 일시정지되었다. 이후 2015.1.22. OOO 국제학교 설치추진 계획이 이사회 보고(제175차)되었고, 2015.3.19. 기획재정부는 예비타당성조사의 면제사업으로 통보하였으며, 2015.7.30. 정원변경에 따른 계획설계 변경(안)에 대하여 OOO 본교와의 협의를 완료하여 2015.9.24. 쟁점건축물의 건축계획심의 완료 및 OOO 국제학교 사업계획을 이사회에서 의결(제184차)하였으며, 2015.10.29. 청구법인은 공사 기본계획을 고시한 후 2015.11.11. 건축허가를 접수하였으며, 2015.12.15. OOO 도시개발사업 개발계획 수립(변경) 및 실시계획(변경) 인가를 신청한 후 2015.12.24. 실시 설계를 완료하였다. 2016.1.20. 처분청은 쟁점건축물에 대한 건축허가를 하였고, 2016.3.15. OOO 도시개발사업 개발계획 수립(변경) 및 실시계획(변경)을 인가하였으며, 2016.5.2. 쟁점건축물에 대한 건축 공사 의 계약을 거쳐 착공되었고, 2017.9.22. 제주교육청은 국제학교를 인가하였으며, 2017.9.28. 처분청은 건축물사용승인 완료하였다. (나) 청구법인은 쟁점건축물의 과세표준을 OOO원으로 하여 취득세 등 OOO원 중에서 제주특별자치도세 감면조례(제주특별자치도조례 제2065호, 2018.7.13. 일부개정 이전의 것) 제24조의4에 따라 취득세의 100분의 70을 감면받은 후 취득세 등 OOO원을 2017.12.1. 기한 후 신고․납부하였다. (다) 처분청은 청구법인의 위 신고·납부 건에 대하여 2018.2.27. 같은 세액을 결정통지를 하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 우선 쟁점①에 대하여 살피건대, 2015.12.31. 제1526호로 개정되기 이전의 제주특별자치도세 감면조례제24조 제1항에서 개발사업시행자가 해당하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정되어 있으나, 2015.12.31. 제1526호로 같은 감면조례 제24조를 삭제하면서, 그 부칙 제3조에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으며, 2016.6.22. 제1628호로 같은 조례를 개정하면서 신설된 제24조의4 제1항에서 청구법인이 사업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 70을 경감한다고 규정하고 있다. 청구법인이 쟁점건축물을 취득하기 이전인 2015.12.31. 개발사업시행자에 대한 감면규정은 삭제되었고, 쟁점건축물 사용승인일(2017.9.28.) 당시의 같은 조례 제24조의4에서 청구법인이 사업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세의 100분의 70을 경감한다고 규정하고 있는 점, 개정 전 규정의 적용에 관한 우리 원의 선결정례는 과세요건의 충족에 대한 직접적인 원인행위를 착공 등 되돌리기 어려운 건축의 실질적 행위 여부를 참작하여 판단하고 있는 반면에 청구인의 경우를 보면 조례의 개정 당시 건축허가를 접수한 상태로 건축인가가 되지 않을 수도 있는 상태에서 협력사업의 계약체결·투자지구의 지정·설계착수·건축계획 심의의 완료 등 건축공사를 위한 사전 준비단계에 머무르고 있었던 점 등에 비추어 이 건 과세요건의 충족을 전제로 하여 일반적 경과조치를 적용하거나 납세자에게 형성된 신뢰가 보호할 정도에 이르렀다고 보기 어려워 구 감면 조례를 적용할 대상은 아닌 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 2017.8.9. 제1898호로 개정된 제주특별자치도세 감면 조례제24조의2 제1항에서 OOO에 2018년 12월 31일까지 최초로 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 감면목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 등에 대해서는 취득세와 재산세를 각각 면제한다고 규정되어 있다. 청구법인은 위 조례에서 규정하는 ‘해당 지구로 입주하여 목적사업을 수행하는 자인 입주기업’에 해당한다기보다는 해당 지구 등에서 기획·금융·설계·마케팅·임대·분양 등을 통하여 일괄적으로 개발사업을 수행하는 ‘개발사업시행자’로 보이고, 또한 국제학교를 직접 운영할 수 있는 지위에 있었으나 자회사를 설립하여 국제학교의 운영을 위탁한 점, 당해 부동산을 ‘직접 사용’한다 함은 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말하는 것이므로 부동산의 소유자가 직접 사용하지 아니하고 이를 제3자에게 위탁하여 경영하게 하거나 임대한 경우에는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점건축물은 입주기업이 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 등
(1) 제주특별자치도세 감면조례(2015.12.31. 제주특별자치도조례 제1526호로 일부개정되기 이전의 것) 제24조(제주투자진흥지구 등 투자유치 지원을 위한 감면) ① 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법(이하 “특별법”이라 한다) 제217조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제36조 제2항에 따른 개발사업시행자가 같은 법 시행령 제36조 제1항에 해당하는 사업(시설을 새로이 설치하는 투자에 한한다)에 직접 사용(관광진흥법제20조제1항에 따라 분양되는 재산을 포함한다)하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 제주특별자치도세를 면제한다.
1. 취득세 면제
(2) 제주특별자치도세 감면조례(2015.12.31. 제주특별자치도조례 제1526호로 일부개정된 것) 제24조 삭제 ＜2015.12.31.＞ 제24조의2(제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 면제) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(건축물은 새로이 건축하는 시설에 한하며, 승계취득한 경우를 제외한다)과 선박에 대해서는 취득세와 재산세를 각각 면제한다.
1. 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법(이하 “특별법”이라 한다) 제162조에 따라 지정되는 제주투자진흥지구(이하 "제주투자진흥지구"라 한다)에 2018년 12월 31일까지 최초로 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 감면목적사업(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 시행령 제36조에 의한 사업을 말한다. 이하 같다)에 대해서는 취득세를 면제하고, 재산세는 제주투자진흥지구 지정일 이후(특별법 제162조 제1항 제2호에 따른 입주기업의 경우에는 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날 이후) 입주기업의 납세의무 최초 성립일부터 10년간 면제한다. 부칙 ＜제1526호, 2015.12.31.＞ 제3조(일반적 경과조치) 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 제주특별자치도세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
(3) 제주특별자치도세 감면 조례(2016.6.22. 제주특별자치도조례 제1628호로 일부 개정된 것) 제24조의4(제주국제자유도시개발센터에 대한 지방세 감면) ① 특별법 제166조에 따라 설립된 제주국제자유도시개발센터(이하 이 조에서 "개발센터"라 한다)가 같은 법 제170조제1항제2호 나목 및 다목에 따른 사업을 하기 위하여 2018년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 70을, 과세기준일 현재 그 사업에 사용하는 부동산에 대해서는 2018년12월31일까지 재산세의 100분의 70을 각각 경감한다. 부칙 ＜제1628호, 2016. 6. 22.＞ 제2조(적용례) 제24조의4, 제24조의5, 제29조의2, 제56조 및 제57조의 개정규정은 2016년 6월 1일부터 적용한다.
(4) 제주특별자치도세 감면 조례(2017.8.9. 제주특별자치도조례 제1898호로 일부 개정된 것) 제24조의2(제주국제자유도시 종합계획 사업을 위한 감면) ① 특별법 제162조 제1항에 따라 지정되는 제주투자진흥지구(이하 "제주투자진흥지구"라 한다)에 2018년 12월 31일까지 최초로 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 감면목적사업(특별법 시행령 제22조에 의한 사업을 말한다. 이하 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(건축물은 새로이 건축하는 시설에 한하며, 지방세법제6조 제6호와 승계취득한 경우를 제외한다)과 선박에 대해서는 취득세와 재산세를 각각 면제한다. 제24조의4(제주국제자유도시개발센터에 대한 지방세 감면) ① 특별법 제166조에 따라 설립된 제주국제자유도시개발센터(이하 이 조에서 "개발센터"라 한다)가 같은 법 제170조 제1항 제2호 나목 및 다목에 따른 사업을 하기 위하여 2018년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 70을, 과세기준일 현재 그 사업에 사용하는 부동산에 대해서는 2018년12월31일까지 재산세의 100분의 70을 각각 경감한다.