청구법인(창업중소기업)이 쟁점토지를 취득일부터 2년 이내에 해당사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2016지0942

[주 문] OOO이 2018.10.1. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.2.24. 다음의 ＜표1＞과 같이 OOO 외 13필지 토지 15,530.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고 지방세특례제한법(2015.5.18. 법률 제13288호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업이 해당 사업에 사용하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산으로 하여 취득세 등을 면제받았다. ＜표1＞ 쟁점토지의 취득현황
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업에 직접 사용하지 하니하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아 2018.10.1. 청구법인에게 쟁점토지의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “취득세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2015.2.24. 쟁점토지를 취득한 후 그로부터 2년 이내에 공장용 건축물의 건축공사에 착공하였고 1년 이상 공사를 중단한 적도 없으며, 4년 이내에 공장건축을 완료하였는바, 청구법인은 취득세 등의 부과에 대해서는 예상할 수 없었으므로 청구법인에게 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 받아들이기 어렵다. 청구법인이 토지사용승락서를 받은 OOO 소재 묘 450㎡(이하 “묘지 등”이라 한다)는 청구법인의 공장부지를 조성하기 위하여 포함되어야 하는 토지이므로 매입하고자 하였으나, 해당 토지내에 관리되지 아니하는 묘지 2기가 있어 해당 묘지의 후손들을 일일이 확인하고 찾아내어 묘지를 이장하고 동 묘지를 매수하여 공사를 진행하기 위하여는 상당한 시일이 소용될 수 밖에 없었다. 청구법인은 해당 토지에 대한 매매대금을 지급하였음에도 소유권이전등기조차 할 수 없어 결국 그 후손들을 찾아 토지사용승낙서를 받았던 것인바, 해당 토지사용승낙서 중 OOO의 인감증명서 발급일자를 보면 2016.4.5.임을 알 수 있어 청구법인이 해당 일자까지 토지사용 승낙을 받기 위하여 노력한 사실을 알 수 있다. 청구법인의 공장 건립에 대한 지역주민의 반대민원은 2016.2.15. 합의로 해결되었다고 판단하였으나, 청구법인과 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)은 합의한 이후에 해당 합의서에 합의금 OOO을 마련하여 OOO 등에게 지급하였으나 위 지역주민들은 그 이후에 청구법인과 OOO이 각각 OOO원을 지급하기로 하였다는 억지 주장을 하면서 공사진행을 방해하여 공사가 지연되었다. 청구법인은 이상에서 언급한 바와 같이 토지사용 승낙 및 지역주민 민원 등 공사방해가 해결된 이후에 공장 건립을 위한 부지조성공사 중 토공사 및 보강토 옹벽공사를 하였던바, 이에 의한 흙쌓기 64,009㎡, 토사운반(DT 25ton) 45,661㎡, 보강토 옹벽 1,660㎡ 공사를 하기 위해서는 수 천대의 흙을 매입하고 운반하여 이를 매우는 등 상당한 시일이 소요되기는 하였으나, 청구법인은 위와 같이 토지사용 승낙 및 지역 주민들의 민원 등 공사방해가 해결된 이후로는 지속적으로 공사를 진행하여 유예기간(2년) 내에 착공하여 정상적으로 공사를 완공하여 이를 해당 용도에 맞도록 사용하였는바, 그 취득일부터 2년 이내에 해당 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다. 처분청은 청구법인이 인용한 조세심판원 선결정례는 개별적이고 구체적인 사실관계를 달리하는 경우이므로 이를 받아들일 수 없다고 하나, 해당 결정례(조심 2016지942, 2016.12.22.)를 보면 취득세 취소 결정의 판단근거는 이 건 사실관계에 대해서도 동일하게 적용되므로 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제58조의3 제7항 제1호에서 “정당한 사유없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우” 경감된 취득세를 추징한다는 규정은 법률 제14477호로 개정되어 2017.1.1. 시행되었으며 그 부칙 제18조 제1항을 보면 종전의 규정에 따라 감면된 취득세 추징에 관하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있고, 종전의 규정은 유예기간을 2년으로 규정하고 있는 바, 쟁점토지에 대한 처분청의 취득세 부과처분이 부당하다는 청구법인의 주장을 차례로 살펴보면 다음과 같다. 청구법인은 처분청 소속 허가부서의 창업사업계획 승인에 관한 공문을 근거로 취득세 추징은 신의칙을 위배한 것이라고 주장하지만, 청구법인이 주장의 근거로 삼은 공문은중소기업창업지원법에 따른 창업사업계획승인과 관련한 승인 조건과 제반 법규를 통지한 것인 반면, 이 건 취득세 등의 부과처분은 지방세특례제한법에 따른 것으로 쟁점토지에 대하여 취득일부터 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니하면 취득세가 추징된다는 사실을 알려주지 못하였다고 하더라도 감면된 취득세 등을 추징하지 아니하겠다는 처분청의 공적인 견해표명이 없었으므로 신의칙에 위배된다 할 수 없다. 청구법인은 쟁점토지를 유예기간 내에 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 공장부지 조성에 꼭 필요하다고 주장한 묘지 등은 현재 공장부지의 일부로 사용되고 있으나 당초 건축허가시 부속지번에서 제외하여 허가를 받아 공장을 신축한 사실이 첨부된 건축물 관리대장에서 확인이 되는바, 묘지 이장과 매입에 관련된 사항들은 쟁점토지에 공장 신축을 지연시킨 직접적인 원인으로 볼 수 없고, 통상 공장 건립에 따른 인근 주민의 반대 민원발생은 빈번한 사안이나 주민들의 공사 진행 방해가 계속되었음에도 합의금 지급 외의 다른 대책마련을 하는 등의 적극적인 조치가 없었으며, 청구법인이 토지사용 승낙 및 지역주민 민원이 해결된 이후에 공장건립을 위한 부지 조성공사를 하면서 토공사 및 보강토 옹벽공사 등으로 상당한 시일이 소요되는 등 예측하지 못한 시공자의 사정으로 인해 공장 준공일이 예정보다 늦어지게 된 것은 정상적인 노력을 다했음에도 시간적 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이하게 유예기간을 넘겼다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인(창업중소기업)이 쟁점토지를 취득일부터 2년 이내에 해당사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다. (가) 창업사업계획승인서(2015.1.13.)의 주요 내용은 다음과 같고, 해당 승인서는 부지면적만 일부조정되어 2015년 6월에 확정되었다. (나) 건축공사표준계약서(2015.3.10.) 등에 따르면 청구법인은 2015.3.10. OOO과 쟁점토지 조성공사를 도금금액 OOO원에 하는 공사계약을 체결하였고, 공사착공일은 2015.3.10.로 되어 있다. (다) 토석반입동의서(2015.3.26.)를 살펴보면 청구법인 및 OOO은 OOO이 OOO 증축공사 등에서 발생한 토량을 이 건 공장부지조성을 위한 성토매립용으로 사용하도록 하는 토석반입에 동의하였다. (라) 쟁점토지 인근의 마을 주민들은 2015년 4월 OOO 폐처리공장에서 발생한 ‘폐주물사’를 사용하여 쟁점토지에 대한 부지조성공사를 한다는 내용으로 처분청에 민원을 제기하였다. (마) 처분청 공문내역(2015.4.10.)에 따르면 처분청은 OOO에게 해당 법인이 창업사업계획의 승인을 득한 후 공장설립을 추진 중에 있으나 공장부지 조성시 성토매립용으로 폐주물사를 반입하여 사용하는 것은 창업사업계획 승인조건을 위반하는 것이므로 이를 중단할 것을 요구한 것으로 되어 있다. (바) 청구법인 등의 회신내역 등(2015.4.28.)에 따르면 청구법인과 OOO은 처분청에게 이 건 토지조성공사시 성토매립용으로 폐주물사를 반입하였다는 민원에 대하여 폐주물사를 반입ㆍ성토하지 않았고, 정식 허가를 득한 중간처리업체인 OOO에서 처분청 환경관리과에 정식절차에 따라 재생사를 반입한 것으로 회신하였다. (사) 출장결과보고서(2015.8.20.)에 따르면 처분청은 2015.8.20. 공장부지 조성관련 민원에 따라 쟁점토지에 방문하여 직접 확인한 결과 당시 공장부지 조성용으로 반입하는 성토용토사는 폐주물사가 아니며 OOO 복합빌딩 신축공사 현장에서 반입되는 토사로 나타난다. (아) 확인서(2016.2.15.)에 따르면 OOO 이장 OOO은 2016.2.15. 청구법인과 OOO으로부터 향후 공장설립에 협조하고 민원을 제기하지 않기로 하고 해당 단체들의 발전기금으로 일금 OOO원을 수령한 것으로 되어 있다. (자）토지사용승낙서(2015년, 2016년)에 의하면 OOO 등은 2015년 및 2016년에 OOO 토지(묘지 등) 450㎡의 지분권자로서 청구법인이 해당 토지를 영구적으로 사용하는 것에 대하여 승낙하는 의미로 이 건 토지사용승낙서를 작성하고 인감증명서(발급일 2015.4.30.∼2016.4.5.)를 첨부하였다. (차) 청구법인은 2016.10.2. OOO 주식회사를 시공자로 하여 쟁점토지에 공장을 신축하도록 하는 도급공사계약(공사금액 OOO원)을 체결하였고, 과세전적부심사결정서에 따르면 이 건 공장건물의 착공일은 2016.11.11.이다. (카) 지방세 과세예고문(2018년 7월) 등에 따르면 처분청은 2018년 7월 청구법인이 지방세특례제한법 제58조의3 제1항 및 부칙 제14조에 따른 창업중소기업으로서 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산으로 취득세를 감면받고 정당한 사유없이 취득일부터 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 않아 감면세액을 추징한 것으로 되어 있고, 쟁점토지의 취득일은 2015.2.24., 이 건 사업용 건축물 사용승인일은 2017.10.26.로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제58조의3 제1항 제1호에서 2016년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하되, 다만 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징하도록 규정하고 있다. 위 단서조항에 규정된 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 납세자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등 다수, 같은 뜻임)이다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 못하였으므로 이 건 취득세 등을 추징한 처분이 정당하다는 의견이나, 청구법인은 2015.2.24. 쟁점토지를 취득하기 전인 2014.10.21. 처분청에 쟁점토지상에서 일반제재업 제조업 등을 영위하기 위하여 개발행위허가, 산지․농지․도로 점용, 사전재해환경성 검토 등의 내용이 포함된 창업사업계획 승인 신청을 하였고 처분청은 2015.1.13. 이를 승인한 점, 청구법인은 2015년 1월경 토목설계, 분할측량을 완료하고 2015.3.10. OOO과 도급금액을 OOO원으로 하여 쟁점토지의 부지조성공사 계약을 체결하고 착공한 점, 쟁점토지의 부지조성공사가 2015.4.10. 주변주민들의 민원제기로 중단되었으나 청구법인은 2016.2.15. 주민들과 합의하여 민원을 해결하고 부지조성공사를 계속한 점, 청구법인은 2016.7.1. 처분청으로부터 건축허가를 받았고 2016.10.20. 경 쟁점토지의 토목공사를 완료하였으며 쟁점토지의 취득일부터 2년 이내인 2016.11.11. OOO 주식회사와 공장용 건축물의 건축공사 도급공사계약을 체결한 후 같은 날 착공한 점, 청구법인은 2017.10.26. 쟁점토지상에 공장용 건축물의 사용승인을 받은 후 공장용 건축물을 사용한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인은 2015.2.24. 쟁점토지를 취득한 후 그로부터 2년이 경과한 2017.10.26. 공장용 건축물 등의 용도로 직접 사용하였다 하더라도 취득일부터 2년 이내에 부지조성공사, 공장용 건축물의 건축공사를 착공하는 등 해당 사업에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하여 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 같은 법 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2015.5.18. 법률 제13288호로 개정되기 전의 것) 제58조의3[창업중소기업 등에 대한 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산(지방세법 제127조 제1항 제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

1. 2016년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)

2. 2016년 12월 31일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 “창업벤처중소기업”이라 한다)

(2) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제58조의3[창업중소기업 등에 대한 감면] ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 조세특례제한법 제31조제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 “중소기업간 통합”이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조 제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 “법인전환”이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각·증여하는 경우 부칙 ＜제14477호, 2016.12.27＞ 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. (중략) 제18조[창업중소기업 등에 대한 지방세 감면분 추징에 관한 경과조치 등] ① 이 법 시행 전에 종전의 제58조의3 제1항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 항 각 호에 따라 감면된 취득세의 추징에 대해서는 제58조의3 제7항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 항 각 호의 개정규정에도 불구하고 종전의 제58조의3 제1항 각 호 외의 부분 단서의 규정에 따른다. 다만, 이 법 시행 후 조세특례제한법 제31조 제1항에 따른 통합을 하는 경우와 같은 법 제32조 제1항에 따른 법인전환을 하는 경우에는 제58조의3 제7항 각 호 외의 부분 단서의 개정규정에 따라 취득세를 추징하지 아니한다.