영농조합법인이 토지를 취득하여 취득세를 감면받고 이를 3년 이상 영농에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.5.7. 서울특별시 강동구 OOO 2필지 토지 3,068㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 현물출자로 취득하고, 2015.6.30. 취득세 신고를 하면서 지방세특례제한법제11조 제1항에 의한 지방세 감면신청을 하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 감면받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 현물출자받은 이 건 토지 중 서울특별시 강동구 OOO에서 분할된 같은 동 OOO필지 토지 1,588㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 국토교통부에 수용되어 2017.10.23. 보상금 OOO원을 수령한 사실을 확인하고 쟁점토지를 3년 이상 영농에 직접 사용하지 아니하고 매각하여 지방세특례제한법제11조 제3항의 규정에 의한 추징대상에 해당되는 것으로 보아 쟁점토지에 대하여 면제한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원을 2018.4.12. 청구법인에게 결정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.13. 이의신청을 거쳐 2018.11.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점토지의 수용과 관련하여 토지와 그 지상의 지장물은 일체가 되어 보상이 이루어져야 하는 것으로서, 쟁점토지에 대하여만 국가로 소유권이 이전되었을 뿐 그 지상의 지장물에 대한 보상과 관련하여 현재 재결신청이 진행중에 있는 상태로서 지장물의 보상이 이루어져야 공익사업에 따른 토지의 수용절차가 완료되었다고 할 것인데, 쟁점토지의 지장물에 대한 보상이 완료되지 아니함에 따라 쟁점토지에 대한 실질적인 소유권은 여전히 청구법인이 행사하고 있으며, 쟁점토지 수용에 따라 토지에 대한 소유권이 국가로 이전되었지만 지장물 보상이 완료되지 아니하였으므로 당해 소유권은 배타적으로 쟁점토지를 사용․수익할 수 없는 제한적인 소유권에 해당된다 할 것으로서, 지장물에 대한 보상이 완료되어야 비로소 사실상의 소유권이 이전되었다고 볼 수 있고, 청구법인의 입장에서는 매각이 완료되었다고 할 수 있으므로, 처분청이 쟁점토지에 대하여 보상금을 수령한 시점을 쟁점토지를 매각한 시기로 보아 기 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 현물출자에 따라 쟁점토지를 취득한 후 취득신고를 하면서 지방세특례제한법제11조에 의한 농업법인이 취득하여 해당용도에 직접 사용할 목적으로 취득한 부동산으로 감면신청을 하여 취득세를 감면받은 사실이 확인되고 있고, 지방세특례제한법제11조 제3항에서는 해당 용도로 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 2015.5.30. 현물출자에 의해 취득한 날로부터 해당용도로 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 2017.9.26. 국토교통부의 공공용지의 협의 취득에 의해 매각한 사실이 확인되고 있는 이상, 처분청이 쟁점토지에 대하여 감면세액을 추징하는 것은 달리 잘못이 없다 할 것이고, 청구법인은 쟁점토지에 대한 지장물을 직접적·배타적·전면적으로 지배하여 경작·관리하고 있고, 실질적인 재산권 및 사용권이 자신들에게 있어, 쟁점토지에 대한 보상만 종결되고 지장물에 대한 보상은 재결 중에 있으므로 매각이 완전히 종료된 것이 아니라는 이유를 들어 감면세액 추징은 부당하다고 주장하고 있으나, 쟁점토지에 있는 지장물은 감면 당시 감면대상 물건에 포함되지 아니하였고, 지방세특례제한법제11조 제1항에서 감면대상은 부동산에 한정하고 있었으므로 입목 및 농작물 등 지장물에 대한 실효적 관리 여부는 감면요건과 관련이 없을 뿐만 아니라 이를 이유로 쟁점토지에 대한 매각여부를 판단할 수는 없는 것이며, 설령 청구법인이 쟁점토지상의 지장물을 직접적·배타적·전면적으로 지배하여 경작·관리하고 있고, 실질적인 재산권 및 사용권이 청구법인에게 있다고 하더라도 매각 이후에는 타인의 토지에 영농을 한 것에 불과하므로 이를 달리 볼 것이 아니라고 할 것이므로 쟁점토지에 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 영농조합법인이 토지를 취득하여 취득세를 감면받고 이를 3년 이상 영농에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 일부개정되기 전의 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.

② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2017년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 공익사업을 위한 토지의 수용 및 보상에 관한 법률 제3조(적용 대상) 사업시행자가 다음 각 호에 해당하는 토지ㆍ물건 및 권리를 취득하거나 사용하는 경우에는 이 법을 적용한다.

1. 토지 및 이에 관한 소유권 외의 권리

2. 토지와 함께 공익사업을 위하여 필요한 입목(立木), 건물, 그 밖에 토지에 정착된 물건 및 이에 관한 소유권 외의 권리

3. 광업권ㆍ어업권 또는 물의 사용에 관한 권리

4. 토지에 속한 흙ㆍ돌ㆍ모래 또는 자갈에 관한 권리 제75조(건축물등 물건에 대한 보상) ① 건축물ㆍ입목ㆍ공작물과 그 밖에 토지에 정착한 물건(이하 "건축물등"이라 한다)에 대하여는 이전에 필요한 비용(이하 "이전비"라 한다)으로 보상하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 물건의 가격으로 보상하여야 한다.

1. 건축물등을 이전하기 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우

2. 건축물등의 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우

3. 사업시행자가 공익사업에 직접 사용할 목적으로 취득하는 경우

② 농작물에 대한 손실은 그 종류와 성장의 정도 등을 종합적으로 고려하여 보상하여야 한다.

③ 토지에 속한 흙ㆍ돌ㆍ모래 또는 자갈(흙ㆍ돌ㆍ모래 또는 자갈이 해당 토지와 별도로 취득 또는 사용의 대상이 되는 경우만 해당한다)에 대하여는 거래가격 등을 고려하여 평가한 적정가격으로 보상하여야 한다.

④ 분묘에 대하여는 이장(移葬)에 드는 비용 등을 산정하여 보상하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2015.5.7. 설립된 영농조합법인으로 2015.5.30. 김OOO 외 1인과 이 건 토지에 대한 현물출자계약을 체결하고, 2015.6.30. 청구법인 명의로 소유권 이전등기된 사실이 등기사항전부증명서에서 확인된다.

(2) 쟁점토지는 2017.6.8. 이 건 토지 중 431에서 분할된 토지로서 청구법인은 2017.9.26. 국가(국토교통부)와 공공용지 협의매수계약을 체결하고 이러한 계약에 따라 2017.10.18. 국가로 소유권 이전등기가 경료되었으며, 청구법인은 이에 따른 보상금을 2017.10.23. 수령한 것으로 토지수용(협의매수)확인서 등에서 확인된다.

(3) 한국도로공사 성남구리건설사업단장은 2017.8.21. 사업부지에 편입된 청구법인 소유의 쟁점토지 외 3필지(427-3, 426-1, 429-1) 토지상의 지장물에 대한 손실보상 협의요청서를 발송하였으며, 당해 문서에 첨부된 손실보상금 사정조서상 쟁점토지에 소재한 지장물의 내역은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 쟁점토지상 지장물 내역

(4) 이상의 관련법령과 사실관계를 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제11조 제3항 제2호에서 농업법인이 제1항 및 제2항에 따라 취득세를 감면받고, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면한 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. (나) 청구법인의 경우를 보면, 2015.6.30. 이 건 토지를 현물출자를 원인으로 취득한 후 쟁점토지가 2017.9.26. 포천세종간 도로구간에 포함되어 협의수용된 사실이 확인되고, 이에 대하여 청구법인은 지장물 보상이 완료되지 아니한 사실을 근거로 수용절차가 완료되지 아니하였고 청구법인이 실질적으로 계속 농지로 사용하고 있으므로 추징대상에 해당되지 아니한다고 주장하지만, 공익사업을 위한 토지의 수용 및 보상에 관한 법률(이하 “토지수용법”이라 한다) 제75조 제1항에서 건축물ㆍ입목ㆍ공작물과 그 밖에 토지에 정착한 물건에 대하여는 이전에 필요한 비용(이하 "이전비"라 한다)으로 보상하여야 하고, 건축물등을 이전하기 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우 등 예외적인 경우에는 해당 물건의 가격으로 보상하도록 규정하고 있는데, 이러한 토지수용법상의 보상과 관련된 규정은 공익사업을 수행하기 위하여 토지를 수용하는 과정에서 토지 이외의 지장물에 대하여 그 소유자의 손실을 보전하기 위하여 일정한 범위내에서 이전비나 보상비를 지급하도록 한 것에 불과하고, 토지수용법의 이러한 보상규정으로 인하여 쟁점토지상의 수목의 소유자인 청구법인에게 쟁점토지에 대하여 점유권이 인정되는 것이라고 보기는 어렵다 할 것이며, 다만 지장물에 대한 보상이 완료되지 아니하면 사업시행자가 지장물을 철거하거나 제거할 수 없다 할 것이므로 일부 토지의 사용에 제한이 있을 뿐이고, 토지와 지장물의 보상은 각각 별개로 이루어지는 것인 점을 고려하면, 지장물 보상이 이루어지지 아니하여 사업시행자가 현실적으로 그 지장물을 철거하거나 제거할 수 없다고 하더라도 쟁점토지에 대한 협의수용이 완료되지 아니하여 매각이 이루어지지 아니한 것으로 볼 수는 없다 하겠다. (다) 따라서, 처분청이 쟁점토지에 대하여 협의수용에 따른 보상이 이루어진 날에 이를 매각한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 별다른 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.