[참조결정] 조심2018지0391
[주 문] OOO이 2018.9.10. 청구법인에게 한 취득세 등의 기한 후 신고에 대한 결정통지 처분은 OOO 국민임대주택단지조성사업 1공구 중 체육시설․사회복지시설․근린생활시설(3-1, 3-2, 3-3, 4-1, 4-2)․단독주택 용지에 대한 지목변경 취득세 등 100분의 75를 감면하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2008.11.3. OOO 국민임대주택단지조성사업(이하 “쟁점사업”이라 한다) 부지 504,546.1㎡에 대한 택지개발사업을 착공하였고, 쟁점사업의 1공구용 토지 493,238.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 지목이 주택용 건축물의 사용승인일, 용지분양계약일 등에 변경된 것으로 보아,
(1) 2014.6.13. 처분청에 아래 ＜표1＞의 이 건 제①지목변경에 따른 취득세 등은 서울특별시 시세감면조례(2011.12.29. 조례 제5207호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조에 따른 취득세 등의 면제대상으로 신고하였고,
(2) 이 건 제②지목변경에 따른 취득세 등은 지방세특례제한법(2012.1.1. 법률 제11138호로 개정된 것, 이하 “개정 전 지방세특례제한법”이라 한다) 제85조의2 제1항에 따른 취득세 등의 75% 감면대상으로 보아 취득세 등의 25%에 해당하는 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 2014.6.13. 기한 후 신고ㆍ납부하였으며,
(3) 이 건 제③지목변경에 대한 취득세 등은 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것, 이하 “개정 후 지방세특례제한법”이라 한다) 제85조의2 제1항에 따른 취득세 등의 50% 감면대상으로 보아 취득세 등의 50%에 해당하는 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 2014.6.13. 신고ㆍ납부하였다. ＜표1＞ 쟁점토지의 지목변경 취득세 신고내역
- 나. 청구법인은 2018.7.18. 쟁점토지의 지목변경일은 사실상의 택지개발준공일인 2011.5.7.이므로 이 건 제②ㆍ③지목변경에 대한 취득세 등은 서울특별시 시세감면조례 제8조에 따라 면제되어야 한다고 주장하며 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.9.10. 이를 거부하였다.
- 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.11.21. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 지방세법 시행령제20조 제10항에서 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있고, 청구법인은 2012.3.15. 서울특별시 시세감면조례가 폐지되기 전인 2008.10.13. 쟁점사업 관련 택지개발사업을 착공하여 2011.5.7. 준공하여 지목을 변경하였는바, 쟁점토지의 지목변경 취득세 등은 납세자의 신뢰보호를 위하여 납세의무성립 당시의 서울특별시 시세감면조례제8조를 적용하여 전액 면제되어야 하므로 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이다.
- 나. 처분청 의견
(1) 지방세기본법 제51조 제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자가 경정청구를 할 수 있고, 그 청구도 법정신고기한 후 3년 이내에 할 수 있다고 규정하고 있으므로 청구법인은 역수상 가장 늦은 지목변경일로서 쟁점사업의 준공일인 2013.12.31.로부터 60일이 지난 2014.6.13. 취득세 등을 신고하였으므로 각하대상이다.
(2) 청구법인은 내부전산출력물인 공사계약체결통보서상의 준공연월일을 근거로 쟁점사업이 2008.10.13. 착공하여 2011.5.7. 준공되었다고 주장하나, 위 공사계약서를 보면, 그 작성일자가 2008.10.10.로 기재되어 있는 바, 위 준공일은 위 서류작성일 기준으로 준공예정일에 불과할 뿐 실제 준공일이 2011.5.7.임을 입증하는 자료라 볼 수 없고, 청구법인이 처분청에 이 건 취득세 등을 신고하면서 제출한 자료 중 OOO 택지개발사업 사업비 집계표에 따르면 쟁점사업지구에 대한 택지조성공사비, 택지조경공사비 등 지목변경공사비용 OOO원이 2012년 이후에도 지속적으로 발생한 사실이 확인되는 바, 2011년 이전에 쟁점토지의 지목변경공사가 완료되었다는 청구법인의 주장은 위 사업비내역과 상반되는 것으로서 납득하기 어려우며, 2014.4.3. 서울특별시 공고 제2014-615호 쟁점사업 1공구 완료 공고에서 준공일이 2013.12.31.로 확인되므로 쟁점토지 중 공동주택의 부속토지는 건축공사가 완공되어 준공검사가 처리된 날이 지목변경일로 보는 것이 타당하고 그 나머지의 경우는 조성공사 준공일이 취득일이 된다고 보는 것이 타당하다. 또한 서울특별시 시세감면조례를 계속 존속시킬 것이라고 공적인 견해표명을 한 사실이 없었고, 과거 20년간 서울특별시 시세감면조례제8조의 적용시한이 연장되었다는 이유만으로 청구법인이 당연히 그 감면조례규정 적용시한이 연장될 것이라고 신뢰한 데 대하여 귀책사유가 없다고 볼 수 없으므로 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 이 건 심판청구가 본안심리대상인지 여부
② 쟁점토지의 지목이 2011.5.7. 변경되었다는 청구주장의 당부
③ 서울특별시 시세감면조례상의 감면조항의 폐지 전에 지목변경 공사를 착공하고, 감면조항 폐지 후 지목을 변경한 경우 종전 감면조항을 적용하여 취득세 등을 면제해야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1989.1.18. 지방공기업법에 따라 서울특별시가 출자하여 설립된 지방공사로서, OOO을 본점으로 하고, 사업목적은 택지개발ㆍ공공주택사업ㆍ산업단지 조성 등을 위하여 부동산을 취득ㆍ공급하는 사업으로 나타난다. (나) 청구법인이 무주택 서민들의 주거안정을 위하여 추진한 쟁점사업의 주요 진행내용은 아래와 같다. (다) 지방공사 등이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 등에 대한 취득세 면제를 규정한 서울특별시 시세 감면조례제8조 제1항은 2012.1.1.지방세특례제한법제85조의2로 이관되면서 삭제되었고, 개정 전 지방세특례제한법에서 감면율이 100%에서 75%(상한선)로 축소되었으며, 2014.1.1. 지방세특례제한법이 법률 제12175호로 개정되면서 감면율이 75% (상한선)에서 50%(상한선)으로 축소되었다. (라) 청구법인이 2008.10.13. 시공사에 발송한 계약체결 통보 공문에 의하면 2008.10.13. 택지개발사업이 착공(토목팀(사업1)-4032)되었으며, 2011.5.7. 택지조성공사를 준공예정임이라고 기재되어 있다. (마) 처분청이 2018.9.10. 청구법인에게 보낸 “지방세 과세표준 및 세액의 경정청구에 따른 결정통보” 문서(재산세과-13246)문서에 의하면 처분청은 취득세 등 OOO원의 경정청구를 거부하고, 이 결과 통지에 이의가 있을시 이 통지서를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구 등을 제기할 수 있다고 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 심판청구가 본안심리대상이 아니라는 의견이나, 청구법인이 이 건 제②ㆍ③지목변경에 대한 취득세 등을 기한 후 신고하였음에도 처분청은 청구법인에게 그 과세표준과 세액을 결정하여 통지한 사실이 없는 점, 청구법인이 이 건 제②ㆍ③지목변경 취득세 등에 대해 경정청구를 하자 처분청은 2018.9.10. 청구법인이 기한 후 신고한 이 건 제②ㆍ③지목변경 취득세 등의 세액 등을 적시하여 그 세액 등이 정당하다는 취지로 청구법인의 경정청구를 거부하면서 이 통지에 대하여 불복청구를 할 수 있다고 명시한 점, 일반적으로 처분청이 납세자가 기한 후 신고한 취득세 등의 경정청구를 거부한 것은 기한 후 신고한 취득세 등은 경정청구의 대상이 아니므로 경정청구 거부처분이 아니라 원칙적으로 민원에 대한 회신 성격으로 보는 것이 타당하나 처분청은 청구법인이 이 건 취득세 등의 기한 후 신고를 하자 그 과세표준 및 세액을 결정·통지하지 아니하였고, 청구법인의 경정청구에 대하여 그 세액 등을 적시하여 거부 취지의 결정․통지를 하였으므로 처분청의 이 건 결정․통지는 민원의 회신 성격뿐만 아니라 기한 후 신고에 따른 세액 등의 결정·통지의 성격도 있어 심판청구의 대상이 되는 처분인 것으로 보이는 점, 청구법인은 2018.9.10. 처분청으로부터 이 건 결정․통지를 받고 그로부터 90일 이내인 2018.11.21. 이 건 심판청구를 제기한 점 등에 비추어, 이 건 심판청구는 이 건 처분일부터 90일 이내에 제기되어 본안심리대상인 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 지방세법 시행령(2014.1.1. 대통령령 제25058호로 개정되기 전의 것) 제20조 제10항에서 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 보되 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다고 규정하고 있다. 위 규정에 의한 지목변경 시기는 최소한 변경될 지목으로서의 기능을 사실상 발휘할 수 있음이 객관적으로 인정되는 때를 의미하고, 쟁점사업과 같이 대규모의 택지개발사업을 하는 경우로서 준공일 이전에 건축물의 건축공사가 완공된 때에는 그 사용승인일 등에, 나머지 택지 등은 택지조성사업의 준공일에 지목이 변경된 것으로 보는 것이 타당하다 할 것(조심 2018지391, 2019.4.22., 같은 뜻임)이다. 청구법인은 이 건 제②ㆍ③지목변경의 시기가 2011.5.7.이라고 주장하나, 이 건 제②ㆍ③지목변경의 대상이 되는 토지 중 국민임대주택단지 1·2·3·6단지는 동 토지상에 건축물을 신축하여 2012.4.26.부터 2013.2.15. 등에 사용승인을 받았고, 나머지는 토지는 나대지 상태로서 2013.12.31. 택지조성공사가 준공된 사실이 서울특별시장의 국민임대단지조성사업 완료 공고 등에 확인되는 점 등에 비추어, 이 건 제②ㆍ③지목변경은 2012.4.26.부터 2013.12.31.까지에 이루어진 것으로 보는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
(4) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다. 서울특별시 시세감면조례(2011.12.29. 조례 제5207호로 개정된 것) 제8조 제1항에서 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사 또는 지방공단이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 서울특별시 시세감면조례(2012.3.15. 조례 제5277호로 개정된 것)에 의하면 위 조항은 삭제되었으며, 동 조례 부칙에 일반적인 경과조치 조항은 규정되지 아니한 것으로 확인된다. 또한, 개정 전 지방세특례제한법(2012.1.1. 법률 제11138호로 개정된 것) 제85조의2 제1항에서 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다고 규정하면서, 그 제1호에서 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 의 100분의 75에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식 총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(지방공기업법제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다)수의 비율을 말한다.]을 곱한 금액을 경감한다고 규정하고 있다. 청구법인은 서울특별시 시세감면조례상의 위의 감면조항의 폐지 전에 지목변경 공사를 착공하였고, 감면조항 폐지 후 지목을 변경하였으므로 종전 감면조항을 적용하여 이 건 제②ㆍ③지목변경에 대한 취득세 등을 면제해야 한다고 주장하나, 취득세 등의 감면여부는 특별한 사정이 없는 한 납세의무 성립 당시 시행 중인 법령에 따라 판단하여야 하는 점, 청구법인은 2012.4.26.부터 2013.12.31.까지 사이에 이 건 제②ㆍ③지목변경을 한 사실이 확인되고, 이 당시 시행되는 지방세특례제한법상 지방공사가 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 100분의 75를 경감하도록 규정하고 있는 점, 지방공사에 대한 감면규정이 폐지된 서울특별시 시세 감면 조례(2012.3.15. 조례 제5277호로 개정된 것)에 부칙에 일반적인 경과조치 조항은 규정되어 있지 아니하므로 이 건 제②ㆍ③지목변경의 원인행위를 2008년도에 개시하였다 하더라도 개정 전 조례를 적용하여 취득세를 면제할 수 없는 점, 청구법인은 이 건 제②지목변경에 대해서는 취득세 100분의 75를, 이 건 제③지목변경에 대해서는 취득세 100분의 50을 감면받은 점 등에 비추어, 이 건 제②ㆍ③지목변경에 따른 취득세 등은 개정 전 지방세특례제한법 제85조의2 제1항에 따라 100분의 75 감면대상으로 보는 것이 타당하므로 이 건 제②ㆍ③지목변경에 따른 취득세를 면제해야한다는 청구주장을 받아들일 수는 없으나, 이 건 제③지목변경에 따른 취득세는 100분의 75를 감면하는 것으로 하여 그 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 서울특별시 시세 감면조례(2011.12.29. 조례 제5207호로 개정된 것) 제8조(지방공사 등에 대한 감면) ① 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사 또는 지방공단이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 궤도차량에 대하여는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 지방세법제112조 제1항 제2호에 따른 재산세와 같은 법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제하고, 주민세 재산분과 지방소득세 종업원분을 면제한다. 총자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니하다. 부 칙 제1조(시행일) 이 조례는 공포한 날부터 시행한다. 제2조(적용례) 제8조 제2항 제2호의 개정규정은 2011년 1월 1일부터 적용한다. 제3조(적용시한) 이 조례는 2012년12월31일까지 그 효력을 가진다.
(2) 서울특별시 시세 감면조례(2012.3.15. 시조례 제5277호로 개정된 것) 제8조(준공업지역 내 도시형공장에 대한 감면) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제30조에 따른 준공업 지역 내에서 산업직접활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조에 따른 도시형공장을 신설 또는 증설하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 공장용 이외의 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감된 취득를 추징한다. 부 칙 제1조(시행일) 이 조례는 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제11조제2항제1호의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(적용시한) 이 조례는 2012년 12월 31일까지 그 효력을 가진다.
(3) 지방세특례제한법(2012.1.1. 법률 제11138호로 개정된 것) 제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면) ① 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 의 100분의 75(100분의 75의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식 총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(지방공기업법제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다)수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다. 부 칙 제8조(지방공사에 대한 감면 적용특례) 이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 감면한다.
1. 취득세의 100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발생주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(지방공기업법제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 감면한다.
(4) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면) ① 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대해 서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(100분의 50 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(지방공기업법제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다. 부 칙 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
(5) 지방세기본법(2014.1.1. 법률 제12152호로 개정된 것) 제52조(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 지방자치단체의 장이 지방세법에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액(이 법 및 지방세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전에는 납기 후의 과세표준신고서(이하 "기한후신고서"라 한다)를 제출할 수 있다.
② 제1항에 따라 기한후신고서를 제출한 자로서 지방세관계법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 기한후신고서의 제출과 동시에 그 세액을 납부하여야 한다.
③ 제1항에 따라 기한후신고서를 제출한 경우(납부할 세액이 있는 경우에는 그 세액을 납부한 경우만 해당한다) 지방자치단체의 장은 지방세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.
④ 기한후신고서의 기재사항 및 신고절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제51조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때
③ 제1항 및 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 지방자치단체의 장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 것을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 제117조(청구대상) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 할 수 있다.
② 다음 각 호의 처분은 제1항의 처분에 포함되지 아니한다.
1. 이 장에 따른 이의신청, 심사청구 또는 심판청구에 대한 처분. 다만, 이의신청에 대한 처분에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 하는 경우는 제외한다.
2. 제133조의9 제1항에 따른 통고처분
3. 감사원법에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분
4. 제116조에 따른 과세전적부심사의 청구에 대한 처분
(6) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.