[요지]
① 이 건과 같이 국가로부터 독립한 법인격을 가지고 법률행위 및 경제행위의 독립한 주체가 되는 공법인인 청구법인이 국가로부터 공유수면매립 사업을 위탁받아 시행하고 위탁시행자로서 매립지를 양여받아 그 소유권을 취득한 경우, 그 토지의 소유권은 법률상으로나 사실상으로나 청구법인에게 있는 것이라고 할 것이므로 청구법인 명의로 등기된 쟁점토지를 국가 소유지로 볼 수는 없다 할 것임.② 청구법인도 인정하는 바와 같이 이 건 새만금사업의 시행자는 농림수산식품부장관이고, 청구법인은 그 업무를 위탁받은 자이므로 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 산정한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지는 비록 청구법인 명의로 소유권이전등기가 이루어졌지만 그 조성 및 유지ㆍ관리 재원이 모두 농림축산식품부 장관이 관리하는 국고이고, 실질적인 지배·관리·처분권도 국가에 있으며, 관련한 수익금도 모두 국고에 귀속되는 등 실질과세원칙상 국가 소유의 토지에 해당하므로 국가나 지방자체단체 등의 소유에 속하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 않는다고 한 지방세법 제109조에 따라 비과세 대상에 해당한다. 청구법인은 국가가 농어촌공사법에 따라 자본금 전액을 출자하여 설립한 공법인으로 농림축산식품부장관으로부터 농지관리기금 관리 및 OOO을 위탁받은 수탁시행자일 뿐이므로 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과함은 부당하다.
(2) 쟁점토지는 청구법인이 OOO 시행자로서 소유하는 것이므로 지방세법 제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제7항 제3호에서 분리과세대상으로 정한 농어촌정비법에 따른 농어촌정비사업 시행자가 같은 법에 따라 다른 사람에게 공급할 목적으로 소유하고 있는 토지에 해당함에도 이에 대하여 종합합산과세를 함은 부당하다.
(1) 청구법인은 농어촌공사법 및 OOO 추진 및 지원에 관한 특별법(이하 “OOO”이라 한다)에 따라 국가로부터 OOO 시행의 전반적인 업무를 위탁받아 집행하는 법인으로, 그 사업시행을 위해 쟁점토지를 국가로부터 양여받은 것인바, 조세법령에서 특별히 달리 정하고 있지 않는 한 국가와 별개 법인격을 가진 공법인인 청구법인이 소유하는 쟁점토지를 국가 소유의 토지로 보아 재산세 등을 비과세할 수는 없다.
(2) 쟁점토지에 대한 OOO의 사업시행자는 국가(농림축산식품부)이고 청구법인은 단지 이를 위탁받아 대행한 위탁사업시행자에 불과하므로 청구법인이 소유한 쟁점토지를 농어촌정비법에 따른 농어촌정비사업 시행자가 소유한 토지로 보아 분리과세하기는 어렵다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 국가로부터 OOO 시행을 위탁받아 취득한 OOO 내 쟁점토지가 실질적으로 국가소유의 토지로서 재산세 등이 비과세되는지 여부
② 쟁점토지가 ‘농어촌정비사업 시행자가 다른 사람에게 공급할 목적으로 소유하는 토지’로서 분리과세대상인지 여부
(1) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정되기 전의 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
(2) 지방세특례제한법 제13조(한국농어촌공사의 농업 관련 사업에 대한 감면) ② 한국농어촌공사가 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2019년 12월 31일까지 감면한다.
1. 한국농어촌공사가 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제18조·제20조·제24조 및 제44조에 따라 취득·소유하는 부동산과 농지법에 따라 취득하는 농지에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 경감한다.
(3) 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제1조(목적) 이 법은 한국농어촌공사를 설립하고 농지관리기금을 설치하여 농어촌정비사업과 농지은행사업을 시행하고 농업기반시설을 종합관리하며 농업인의 영농규모적정화를 촉진함으로써 농업생산성의 증대 및 농어촌의 경제ㆍ사회적 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제3조(설립) 제1조의 목적을 달성하기 위하여 한국농어촌공사(이하 "공사"라 한다)를 설립한다. 제4조(법인격) 공사는 법인으로 한다. 제6조(자본금 및 출자) ① 공사의 자본금은 5조원으로 하고, 전액을 국가가 출자(出資)한다. 제10조(사업) ① 공사는 다음 각 호의 사업을 한다.
1. 농어촌정비법에 따른 농어촌정비사업(농업생산기반정비사업 지구에서의 하천 정비사업을 포함한다)
14. 국가ㆍ지방자치단체 또는 그 밖의 자로부터 위탁받은 사업 제31조(농지관리기금의 설치) 정부는 영농규모의 적정화, 농지의 집단화, 농지의 조성 및 효율적 관리와 해외농업개발에 필요한 자금을 조달ㆍ공급하기 위하여 농지관리기금(이하 "기금"이라 한다)을 설치한다. 제44조(조성토지의 처분 특례) 국가는 농어촌정비법 제14조 제1항에 따라 국가가 시행한 농업생산기반정비사업으로 조성된 재산 중 농업기반시설에 제공되지 아니하는 재산은 공사에 무상으로 양여(讓與)할 수 있다.
(4) 농어촌정비법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
5. "농업생산기반 정비사업"이란 다음 각 목의 사업을 말한다.
1. 임대
2. 매각
3. 직접 사용
4. 일시 사용
(5) 구 공유수면매립법(1997.4.10. 법률 제5337호로 개정되기 전의 것) 제10조의2(농업진흥공사의 공사대행) ① 건설부장관이 정부사업으로 시행하는 매립사업 중 농업목적의 매립사업에 대하여는 특별한 경우를 제외하고는 농업진흥공사로 하여금 그 시행에 관한 업무를 대행하게 한다.
(6) 지방세법 시행령 제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. (단서 생략)
3. 농어촌정비법에 따른 농어촌정비사업 시행자가 같은 법에 따라 다른 사람에게 공급할 목적으로 소유하고 있는 토지
(1) OOO에 관한 법령, 농림수산부고시 등에 의하여 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 국가가 농어촌공사법에 따라 농어촌정비사업 및 농지관리기금 관리를 위탁하기 위해 자본금 전부를 출자하여 설립한 공법인이다. (나) 1991.8.19. 농림수산부 고시 제91-23호 OOO 시행계획 등에 의하면 농림수산부(현 농림축산식품부)는 OOO 축조하고 방조제 내 공유수면을 매립하여 간척지 28,300haㆍ담수호 11,800ha를 조성하는 내용의 OOO 사업을 시행하기로 하되, 사업시행자는 농림수산부장관으로 정하고, 그 시행업무 전반을 청구법인에게 위탁하였고, 사업비는 농지관리기금을 재원으로 하되, 청구법인에게 그 농지관리기금 관리를 위탁하였다. (다) 위 사업으로 조성된 매립지는 매립지등의 관리ㆍ처분에 관한 규정(농림축산식품부 훈령 제183호)등에 따라 농업기반시설(제방ㆍ도로)은 국유로, 농업기반시설 외 용지는 청구법인에게 양여(소유권이전등기)하되 청구법인이 양여받은 토지는 그 사용ㆍ처분시 농림수산식품부 장관의 승인을 받고, 그 수익금은 농지관리기금에 납입하여 OOO 유지관리에 사용하도록 하였으며, 이에 따라 청구법인이 쟁점토지를 국가로부터 양여받았다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 지방세법제109조에서 국가 소유에 속하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 ‘국가의 소유에 속하는 토지’라 함은 공부상의 명의 여부에 관계없이 국가의 사실상 소유에 속하는 토지를 가리킨다고 할 것이지만, 타인으로부터 업무를 위탁받은 수탁자가 그 업무 수행을 위해 수탁자 명의로 자산을 취득하는 경우에 수탁자산의 소유권은 대내외적으로 수탁자에게 있는 것이고, 이러한 경우에까지 실질과세원칙을 적용하여 대내외적으로 수탁자를 소유자로 하여 형성된 법률관계를 부인하고 위탁자에게 수탁자산에 대한 납세의무를 지우기는 어렵다 할 것이다. 이 건과 같이 국가로부터 독립한 법인격을 가지고 법률행위 및 경제행위의 독립한 주체가 되는 공법인인 청구법인이 국가로부터 공유수면매립 사업을 위탁받아 시행하고 위탁시행자로서 매립지를 양여받아 그 소유권을 취득한 경우, 그 토지의 소유권은 법률상으로나 사실상으로나 청구법인에게 있는 것이라 할 것이고, 비록 청구법인이 국가가 설치한 정부투자기관으로서 그 사업비용 전액을 국고로부터 지원받아 시행하였고 그 관리 처분에 있어서 국가의 감독을 받으며 그 수익금을 청구법인의 회계와 구분된 농지관리기금에 납입하여 관리한다 하더라도 청구법인 명의로 등기된 쟁점토지를 국가 소유지로 볼 수는 없다 할 것이다. 그러한 전제에서 지방세특례제한법에서도 청구법인이 농어촌공사법 제44조에 따라 취득ㆍ소유하는 부동산에 대하여 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 경감한다고 규정하고 있는 것으로 보여진다. 따라서, 쟁점토지를 국가 소유의 토지로서 재산세 비과세대상이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 지방세법 시행령 제102조 제7항 제3호에서 농어촌정비법에 따른 농어촌정비사업 시행자가 같은 법에 따라 다른 사람에게 공급할 목적으로 소유하고 있는 토지를 분리과세대상으로 규정하고 있는바, 청구법인도 인정하는 바와 같이 이 건 OOO의 시행자는 농림수산식품부장관이고, 청구법인은 그 업무를 위탁받은 자이므로 청구법인을 농어촌정비법에 따른 농어촌정비사업 시행자로 보아 지방세법 시행령 제102조 제7항 제3호를 적용하기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 산정한 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.