[요지] 이 건 토지를 취득한 후, 설계용역(2013.6.7.), 농지전용허가 신청(2013.10.11.), 농지전용허가 불허(2013.10.14.), 사업계획 변경(2013.10.29.), 사업계획 승인(2013.12.22.), 건축허가(2014.4.4.), 공사입찰(2014.4.8.), 공사재입찰(2014.5.27.), 공사착공(2014.7.29.), 공사업체 부도(2014.10.), 공장신축(2016.7.21.)에 이르기 까지의 전반적인 과정을 종합하여 살펴볼 때, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 1년 이라는 비교적 짧은 기간 내에 공장신축을 위해 진지한 노력을 다한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[주 문] OOO이 2018.6.8. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 법인 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 본점소재지를 OOO으로 하고, 목적사업을 OOO 사료의 제조, 판매, 사료의 보관 및 운송업 등으로 하여 2012.11.20. 설립된 것으로 나타난다. (나) 청구법인과 처분청은 2013.4.9. 공장설립 투자협정 양해각서(MOU)를 다음과 같이 체결하였다. 본 투자양해각서는 청구법인이 OOO 지역 투자와 관련하여 사업이 원활히 추진될 수 있도록 상호 협조하여 OOO를 비롯한 OOO지역의 고용창출을 유도하고 지역경제를 활성화 하는 데 그 목적이 있다.
1. 처분청은 본 사업의 성공적 수행을 위하여 청구법인이 진행하는 인‧허가 등 행정적 업무를 적극 지원한다.
2. 처분청은 유치기업에 대하여 입지‧시설투자보조금, 고용보조금 등 재정적 지원이 될 수 있도록 적극 노력한다.
3. 처분청은 청구법인의 사업이 원활하게 추진될 수 있도록 기반시설의(진입로 등) 지원에 적극 노력한다.
4. 청구법인과 처분청은 본 사업이 성공적으로 수행될 수 있도록 공동이 노력을 다한다. (다) 청구법인(매수인)과 OOO(매도인)간에 2013.4.10. 체결한 이 건 토지의 매매계약서를 보면, 계약금으로 2013.4.10. OOO원을, 중도금으로 2013.5.10. OOO원을, 잔금으로 2013.8.2. OOO원 합계 OOO원을 매수인이 매도인에게 지급하는 것으로 나타나며, 위 매매계약서의 부속서류인 토지매입내역서상에 이 건 토지의 용도가 계획관리지역, 농림지역, 농업진흥구역, 가축사육제한구역 등으로 기재되어 있다. (라) 청구법인은 2013.4.29. 이 건 토지를 매매로 취득하고, 그 취득비용 OOO원(매매대금 OOO원, 수수료 등 OOO원 포함)을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 지방세특례제한법제11조 제2항에 따른 농업법인이 영농․유통․가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세를 감면(50%) 받았다. (마) 청구법인이 2013.4.29. 작성하여 처분청에 제출한 부동산사용현황확인서를 보면, 소재지를 이 건 토지 소재지로, 지목 및 용도를 전․답․대지, 목장용지로, 사용면적을 27,263㎡로, 사용계획 현황을 가공공장 신축예정이라고 기재되어 있다. (바) 청구법인이 2013년 10월경에 작성한 사업계획서를 보면, 부지매입비․공장건축비 등으로 OOO원, 생산제품은 완전혼합사료인 것으로, 공장 편입토지 조서에서 용도지역을 농림지역․계획관리 지역인 것으로, 농지의 전용신고와 관련하여 해당사항 없음으로, 농지의 용도변경 승인과 관련하여 해당사항 없음으로 기재되어 있다. (사) 처분청은 2013.10.11. OOO에게 이 건 OOO로 인한 농지전용과 관련하여 농지전용심사의견서를 첨부하여 이 건 토지(25,621㎡)의 농지전용 협의요청 공문을 발송하였다. 처분청이 작성한 농지전용심사의견서 주요 내용은 다음과 같다. ＜처분청이 심사한 농지전용 관련 주요 심사내용＞ 심사사항 의견 용도구역 행위제한
① 법 제32조(진흥지역행위제한) 저촉여부
② 법 제37조(농지전용허가제한) 저촉없음 농지전용의 적정성
③ 농지가 전용목적사업에 적합하게 이용되는지 여부
④ 전용목적사업의 실현을 위하여 적정한 면적 여부 적합 전용농지의 보전 필요성
⑤ 경지정리 등 농업생산기반정비사업 여부
⑥ 지역농지의 집단화 정도
⑦ 농지의 잠식 가능성 미정비 분산 낮음 종합의견 적합함 (아) OOO는 2013.10.11. 처분청에게 이 건 공장건축과 관련한 이 건 토지의 농지전용 협의요청에 대하여, 농지법 시행령제29조에 따라 농업생산자단체가 농업진흥구역에서 시설물 등을 설치하려는 경우에는 부지 면적이 1만㎡ 미만인 시설로 제한한다는 규정이 있는 바, 이 건 토지의 총 면적은 27,173㎡로 1만㎡를 초과하므로 농지전용이 불가하다면서, 동 공장건축을 위해서는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 도시관리계획으로 용도지역을 변경하거나 사업계획을 변경하여 추진하는 것이 타당하다는 의견을 회신하였다. (자) 처분청(민원봉사과장)은 2013.12.9. 처분청(경제기업과장)에게 농지전용 협의조건(전용면적 17,119㎡) 요청 문서를 발송하였다. (차) 처분청은 2013.12.22. 청구법인에게 이 건 토지상에서 공장창업 사업계획을 승인하는 내용의 공문(경제기업과-35528)을 통보하였다. 주요 승인조건 및 협의조건(발췌)은 다음과 같다. ＜공장설립 승인조건＞
1. 공사는 사업계획승인일부터 3년 이내(농지전용 허가 의제된 경우 2년)에 착공, 4년이내에 완공하여야 한다.
2. 건축법제11조 규정에 의한 건축허가를 득하여야 한다.
3. ~ 16. (생략) ＜개발행위 허가 협의내용＞ 대상지 이 건 토지 소재지 지역 계획관리지역 사업목적 동물용사료 및 조제식품 제조공장설치 신축부지 조성 지목 전, 대, 목 허가면적 18,671㎡ ＜농지전용허가 협의내용＞
1. 시행자: 청구법인
2. 위치: 이 건 토지 소재지
3. 면적: 17,119㎡
4. 목적: 공장(OOO) 건립 (카) 처분청은 2014.4.4. 청구법인에게 이 건 토지상에 공장설립을 허가하는 건축허가서를 통보하였다. (타) 청구법인은 2014.4.8. 이 건 토지상에 공장건축을 위한 공사입찰공고(OOO)를 다음과 같이 하였다.
○ 입찰일시: 2014.4.30.(유찰시 재입찰 2014.5.7.)
○ 입찰참가 자격: 최근 10년 이내 농․수․축협, 공공기관, 지방자치단체로부터 연면적 4,500㎡ 이상인 공장용도의 단일 건축물 실적이 있는 업체 등 (파) 처분청(축산유통과)은 2014.4.13. 이 건 토지상 공장건축과 관련하여 청구법인에게 “입찰참가 자격이 까다로워 처분청 관내 공사업체가 입찰에 응찰할 수 없어 불합리하므로 응찰자격 조건을 완화하여 달라”는 내용의 공문(축산유통과-10076)을 발송하였고, 이에 청구법인은 2014.4.14. “입찰공고 참가자격 관련 민원발생으로 의사결정을 위한 조정” 등의 사유로 입찰공고를 취소한다는 내용으로 내부결재를 득하였다. (하) 청구법인이 2014.4.13. 작성한 공사입찰공고 관련 민원발생 내부 문서를 보면, 이 건 토지상에 공장건축과 관련하여 입찰참가자격 조건이 OOO지역 건설업체 응찰참여를 배제하고 있으며, 제한 사유로 덩핑예방․우량업체 참여를 유도한다라는 내용으로 기재되어 있으며, 주요 민원내용으로 2014.4.10. 지역국회의원으로부터, 2014.4.11. OOO로부터, 2014.4.11. 처분청 및 OOO로부터 각각 지역업체 참여기회를 제고하여 달라는 내용으로 민원사항이 발생되었다고 기재되어 있다. (거) 청구법인은 2014.5.27. 이 건 토지상에 공장건축을 위한 재 공사입찰공고OOO를 다음과 같이 하였다.
○ 입찰일시: 2014.6.17.(유찰시 재입찰 2014.5.7.)
○ 입찰참가 자격: ① 최근 10년 이내 농․수․축협, 공공기관, 지방자치단체로부터 연면적 4,500㎡ 이상인 공장용도의 단일 건축물 실적이 있는 업체
② 건설산업기본법령에 의한 건축공사업 및 소방시설관련법령에 따른 전문소방시설공사업 등록업체 (너) 처분청은 2018.5.3. 청구법인이 이 건 토지를 2013.4.29. 취득하여 취득세를 50% 감면받고, 1년이 경과할 때까지 해당용도로 직접 사용하지 아니하여 감면된 취득세를 추징한다는 내용으로 과세예고 통지를 하였으며, 이에 청구법인은 2018년 5월경 처분청에 ① 사업계획 승인의 지연 ② 처분청에서 공사입찰 참여조건을 완화하여 달라는 요청 등의 사유로 청구법인이 이 건 토지를 취득하고 유예기간내 직접 사용하지 못하였다는 내용의 소명자료를 회신하였다. (더) 청구법인은 2013.4.29. 이 건 토지를 취득하고 2016.7.21. 공장 신축을 완료하기 까지의 기간 동안에 소요된 행정절차 등은 다음과 같다. (러) 처분청은 2018.6.8. 청구법인이 이 건 토지를 취득일부터 감면 유예기간(1년)까지 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아, 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법제11조 제2항에서 농업법인이 영농․유통․가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을 2015년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 제94조에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다. 위 조항에서 규정한 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 고려하여 판단하여야 할 것이다(대법원 2009.1.15. 선고, 2006두14926 판결, 같은 뜻임). 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 정당한 사유가 없다는 의견이나, 농지법령상 농업진흥구역내에서 1만㎡를 초과하지 않는 경우에는 농지전용이 가능하다고 규정되어 있는 바, 이 건 토지는 농업진흥구역내 7,240㎡, 나머지 19,339㎡는 계획관리지역에 소재한 것으로 볼 때 청구법인․처분청 모두 법적으로 1만㎡ 면적 판단을 잘못한 것으로 보여지나 처분청이 청구법인을 유치하기 위해 이러한 법적 문제를 면밀히 검토하지 않고 청구법인에게 이 건 토지를 추천하였으므로 이로 인해 공장신축이 지연된 행정관청인 처분청의 귀책사유가 가미되었다는 점에서 외부적인 불가피한 사유가 있었다고 보이는 점, 청구법인이 2014.4.13. 작성한 내부 문건에 따르면, 처분청, 지역국회의원, 관내업체, 지역언론 등으로부터 공사입찰과 관련한 민원사항이 발생하였다고 기재되어 있어 청구법인 입장에서는 관련 민원을 해결하는데 일정 시일이 소요되었다고 인정되는 점, 청구법인은 감면 유예 기간을 3개월 정도 초과하여 공사착공을 하였고, 공사착공 이후에도 업체부도로 1년 6개월이 지나서 최종 공장 신축이 이루어진 부분은 있으나, 전반적으로 이 건 토지를 취득한 후, 설계용역(2013.6.7.), 농지전용허가 신청(2013.10.11.), 농지전용허가 불허(2013.10.14.), 사업계획 변경(2013.10.29.), 사업계획 승인(2013.12.22.), 건축허가(2014.4.4.), 공사입찰(2014.4.8.), 공사재입찰(2014.5.27.), 공사착공(2014.7.29.), 공사업체 부도(2014.10.), 공장신축(2016.7.21.)에 이르기 까지의 전반적인 과정을 종합하여 살펴볼 때, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 1년 이라는 비교적 짧은 기간 내에 공장신축을 위해 진지한 노력을 다한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2013.5.10. 법률 제11762호로 개정되기 전의 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2015년 12월 31일까지 경감한다. 제94조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(2) 농지법(2014.10.15. 법률 제12812호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
7. "농지의 전용"이란 농지를 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배 등 농업생산 또는 농지개량 외의 용도로 사용하는 것을 말한다. 다만, 제1호나목에서 정한 용도로 사용하는 경우에는 전용(轉用)으로 보지 아니한다. 제28조(농업진흥지역의 지정) ① 시ㆍ도지사는 농지를 효율적으로 이용하고 보전하기 위하여 농업진흥지역을 지정한다.
② 제1항에 따른 농업진흥지역은 다음 각 호의 용도구역으로 구분하여 지정할 수 있다.
1. 농업진흥구역: 농업의 진흥을 도모하여야 하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역으로서 농림축산식품부장관이 정하는 규모로 농지가 집단화되어 농업 목적으로 이용할 필요가 있는 지역
- 가. 농지조성사업 또는 농업기반정비사업이 시행되었거나 시행 중인 지역으로서 농업용으로 이용하고 있거나 이용할 토지가 집단화되어 있는 지역
- 나. 가목에 해당하는 지역 외의 지역으로서 농업용으로 이용하고 있는 토지가 집단화되어 있는 지역
2. 농업보호구역: 농업진흥구역의 용수원 확보, 수질 보전 등 농업 환경을 보호하기 위하여 필요한 지역 제32조(용도구역에서의 행위 제한) ① 농업진흥구역에서는 농업 생산 또는 농지 개량과 직접적으로 관련되지 아니한 토지이용행위를 할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 토지이용행위는 그러하지 아니하다.
9. 농어촌 소득원 개발 등 농어촌 발전에 필요한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 설치 제34조(농지의 전용허가ㆍ협의) ① 농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.
1. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우
2. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역 또는 계획관리지역에 있는 농지로서 제2항에 따른 협의를 거친 농지나 제2항제1호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 전용하는 경우
3. 제35조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하는 경우
4. 산지관리법제14조에 따른 산지전용허가를 받지 아니하거나 같은 법 제15조에 따른 산지전용신고를 하지 아니하고 불법으로 개간한 농지를 산림으로 복구하는 경우
5. 하천법에 따라 하천관리청의 허가를 받고 농지의 형질을 변경하거나 공작물을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우
② 주무부장관이나 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관과 미리 농지전용에 관한 협의를 하여야 한다.
1. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역에 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역을 지정하거나 도시ㆍ군계획시설을 결정할 때에 해당 지역 예정지 또는 시설 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우. 다만, 이미 지정된 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역을 다른 지역으로 변경하거나 이미 지정된 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역에 도시ㆍ군계획시설을 결정하는 경우는 제외한다. 1의2. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 계획관리지역에 지구단위계획구역을 지정할 때에 해당 구역 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우
2. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역의 녹지지역 및 개발제한구역의 농지에 대하여 같은 법 제56조에 따라 개발행위를 허가하거나 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제12조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지의 형질변경허가를 하는 경우 제51조(권한의 위임과 위탁 등) ① 이 법에 따른 농림축산식품부장관의 권한은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 일부를 시ㆍ도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 위임할 수 있다.
(3) 농지법 시행령(2013.12.30. 대통령령 제25042호로 개정되기 전의 것) 제29조(농업진흥구역에서 할 수 있는 행위) ⑦ 법 제32조 제1항 제9호에서 "농어촌 발전에 필요한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 시설을 말한다.
2. 국내에서 생산되는 농산물을 집하·예냉(豫冷)·저장·선별 또는 포장하는 산지유통시설로서 그 부지의 총면적이 3만제곱미터 미만인 시설
3. 부지의 총면적이 3천제곱미터 미만인 농업기계수리시설
4. 부지의 총면적이 3천제곱미터(지방자치단체 또는 농업생산자단체가 설치하는 경우에는 1만제곱미터) 미만인 남은 음식물이나 농수산물의 부산물을 이용한 유기질비료 또는 사료의 제조시설 제71조(권한의 위임) ① 농림축산식품부장관은 법 제51조 제1항에 따라 다음 각 호의 권한을 시·도지사에게 위임한다. 다만, 대상농지가 둘 이상의 특별시·광역시 또는 도에 걸치는 경우는 제외한다.
1. 법 제34조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 농지전용에 대한 허가(변경허가를 포함한다) 및 법 제34조 제1항 제1호 및 제2항 제2호에 따른 협의에 관한 권한 중 다음 각 목에 해당하는 권한
- 가. 농업진흥지역 안의 3천제곱미터 이상 3만제곱미터 미만의 농지의 전용(제2항 제1호 다목에 해당하는 경우를 제외한다)
- 나. 농업진흥지역 밖의 3만제곱미터 이상 20만제곱미터 미만의 농지의 전용(제2항 제1호 다목에 해당하는 경우를 제외한다). 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제36조에 따른 계획관리지역과 같은 법 시행령 제30조에 따른 자연녹지지역 안에서의 농지의 전용의 경우에는 3만 제곱미터 이상으로 한다.