[요지] 청구종중은 법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인에 해당한다고 보는 것이 타당하고 청구종중이 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세 신고를 하지 아니한 것에 대하여 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어려우므로 처분청에서 청구종중이 신고한 양도소득세 예정신고 및 8년 자경농지감면을 부인하고 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[요지] 청구종중은 법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인에 해당한다고 보는 것이 타당하고 청구종중이 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세 신고를 하지 아니한 것에 대하여 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어려우므로 처분청에서 청구종중이 신고한 양도소득세 예정신고 및 8년 자경농지감면을 부인하고 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구종중 주장 및 처분청 의견
(1) 청구종중은 거주자에 해당하므로 당초 신고한 양도소득세 및 자경농지에 대한 감면을 인정하여야 한다. (가) 청구종중은 1940.2.23. 쟁점토지를 취득한 후 등기사항전부증명서상 종중명칭을 변경OOO하고, 토지매매시 매도자와 매수자 간의 신뢰를 제고하기 위하여 2014.5.16. “법인으로 보는 단체”로 고유번호증을 발급받았으나, 발급 이후 법인으로 보는 단체로서의 권리나 의무를 행사한 사실이 없다. (나) ‘법인으로 보는 단체’의 승인은 민원실에 접수하면 실지조사 없이 고유번호증이 발급되고, 고유번호증에는 “고유번호증의 부여로 인해 민법 기타 특별법에 의한 법인격이 부여되는 것이 아닙니다”라는 유의사항이 명시되어 있으므로 고유번호증을 발급받았다 할지라도 무조건 법인사업자가 되는 것은 아니며, 고유번호증 발급 신청시 제출한 청구종중의 규약(제3조)을 보면, “본 회는 선조의 덕업을 경모현양하고 요묘(撓墓)를 수호관리하며 종중재산의 관리와 보존 및 종중 상호 간의 친목을 돈독히 함을 목적으로 한다”고 명시되어 있을 뿐 종중원 총유의 재산이 종중에 귀속되거나 수익을 구성원에게 분배하지 않는다는 내용은 명시되어 있지 아니하다. (다) 종중은 일반적으로 선조의 분묘보존과 제사 등을 목적으로 구성된 사단으로서 종중의 재산은 종중원들의 총유에 속하며 종중원들은 목적범위 내에서 총유권의 대상인 종중재산을 사용수익할 수 있으며(대법원 1999.7.7. 선고 97누17261 판결 참조) 종중이 해산되는 경우 재산이 종중원 개인에게 귀속되므로, “법인으로 보는 단체”로 고유번호증이 발급되었더라도 종중은 국세기본법제13조 제2항의 요건(사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유․관리할 것, 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 등)에 부합되지 아니하므로 관할 세무서장은 같은 법 시행령 제8조 제4항에 따라 법인으로 보는 단체의 승인을 취소하고, 청구종중을 법인격이 없는 거주자로 보아야 한다.
(2) 청구종중은 거주자로 보아 쟁점토지 양도시 신고기한내 양도소득세를 신고․납부하였고, 처분청도 청구종중을 거주자로 보아 양도소득세 감면과 관련하여 직접 자경을 했는지를 확인할 수 있는 자경관련 서류만 요청하였으며, 이에 따라 청구종중은 자료를 성실하게 제출하였는바, 이는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 경우에 해당하고, 청구종중이 이러한 과세관청의 견해표명을 신뢰하여 자료제출 등의 행위를 한 것이므로 청구종중이 납세의무를 이행하지 아니한데 정당한 사유가 있는 것으로 보아 이 건 처분시 가산된 납부불성실가산세를 취소하여야 한다.
(1) 청구종중은 신청에 의하여 “법인으로 보는 단체”의 승인을 받은 비영리내국법인이므로 쟁점토지의 처분에 따른 수입에 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. (가) 청구종중은 2014.5.13. 처분청에 OOO을 대표자로 하여 “법인으로 보는 단체”의 승인신청을 하였고, 2014.5.16. 처분청으로부터 승인신청을 받았다. (나) 청구종중은 종중 규약에 총유의 재산이 종중에 귀속되거나 수익을 구성원에게 분배하지 아니한다는 내용이 없으므로 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니한다고 주장하나, 청구종중은 그 수익을 구성원에게 분배한 사실이 없고, 종중원들의 증여세 신고내역도 확인되지 아니하는바, 청구종중은 국세기본법제13조 제2항에 따른 ‘법인으로 보는 단체’로서 비영리내국법인에 해당하므로 법인세 납세의무가 있다고 보아야 한다.
(2) 청구종중은 처분청이 당초 양도소득세 신고를 시인하였으므로 신의성실원칙을 위반하여 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 자료요청에 대해 자료를 제출하고 그 결과 양도소득세 신고내용이 정당하다는 시인을 하였다 하더라도 오류가 있다면 그 오류내용을 바로 잡을 수 있으며(서울행정법원 2015.9.18. 선고 2015구단5552 판결, 같은 뜻임), 납부불성실가산세는 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있으나 법정납부기한과 납부일간의 기간에 대한 이자에 상당하는 금액임과 동시에 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있으므로 납부불성실가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
3. 심리 및 판단
① 청구종중을 법인으로 보는 단체인 비영리법인으로 보아 쟁점토지의 양도소득에 대한 양도소득세 신고 및 8년 자경농지 감면을 부인하고 법인세를 부과한 처분의 당부
② 청구종중에게 납부불성실가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 개정된 것) 제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 소득세법에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.
⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다.
⑦ 법인으로 보는 단체의 신청·승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(2) 국세기본법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27833호로 개정된 것) 제8조(법인으로 보는 단체의 신청·승인 등) ① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
1. 단체의 명칭
2. 주사무소의 소재지
3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소
4. 고유사업
5. 재산상황
6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정
7. 그 밖에 필요한 사항
② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.
③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제12조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 법인세법 제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다.
(3) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정된 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)
(4) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
(5) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제1조의2(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "거주자"란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소(居所)를 둔 개인을 말한다. 제2조(납세의무) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.
1. 거주자
2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인
③ 국세기본법 제13조 제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다.
(6) 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 개정된 것) 제1조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "내국법인"(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.
2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
(1) 청구종중 및 처분청이 제출한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구종중은 2014.5.13. 처분청에 대표자를 OOO으로 하고, 결성일을 2014.4.6.로 하여 “법인으로 보는 단체” 승인신청을 하였고, 2014.5.16. 처분청으로부터 승인을 받은 것으로 나타난다. (나) 청구종중의 규약, 종중회의록의 주요내용은 아래 ＜표1＞, ＜표2＞와 같은바, 종중재산 분배에 관한 규정은 확인되지 아니한다. (다) 등기사항전부증명서, 쟁점토지 매매계약서 등을 보면, 청구종중은 OOO이란 명칭을 사용하다가 1996.4.18. 착오발견을 원인으로 OOO으로 명칭을 변경하였고, 2016.11.28. 다시 명칭변경을 원인으로 OOO으로 변경하였으며, 2017년 아래 ＜표3＞과 같이 쟁점토지를 양도한 것으로 나타난다. (라) 청구종중은 2017년 쟁점토지를 양도하면서, 2017.4.28.․2017.11.30. 양도소득세 OOO원에 대하여 조세특례제한법제69조에 따른 자경농지에 대한 감면을 적용하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였고, 처분청은 OOO국세청장의 종합감사에 따른 시정조치에 따라 청구종중이 법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인에 해당한다는 이유로 자경농지에 대한 감면 및 양도소득세 예정신고를 부인하고 2019.5.8. 청구종중에게 이 건 법인세 부과처분을 한 것으로 나타난다. (마) 청구종중이 2017.9.8. 위 ＜표3＞의 OOO 전 1,044㎡를 양도하면서 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 신고한데 대하여 처분청은 2018.3.13. 아래 ＜표4＞와 같이 “양도소득세 해명자료 제출 안내문”을 송달하였고, 이에 대하여 청구종중은 해명자료를 처분청에 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구종중은 법인으로 보는 단체로서의 권리나 의무를 행사한 사실이 없으므로 소득세법상 거주자로 보아야 한다고 주장하나, 국세기본법제13조 제2항에서 종중과 같은 법인격 없는 단체는 신청에 따라 법인으로 인정되는 것으로 규정하고 있고, 청구법인은 2014.5.13. OOO을 대표자로 처분청에 법인격을 신청한 사실이 확인되는바, 청구법인 스스로 신청하여 법인격을 승인받은 이상, 세법상 법인으로 취급한 것은 정당하며, 이후 청구종중에 대한 법인으로 보는 단체의 승인이 취소된 사실도 없는 점 등에 비추어 청구종중은 법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인에 해당한다고 보는 것이 타당하므로 처분청에서 청구종중이 신고한 양도소득세 예정신고 및 8년 자경농지감면을 부인하고 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 마지막으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구종중은 처분청이 자경 관련 서류를 요청한 사실이 있으므로 법인세 납세의무를 이행하리라 기대하기는 어렵다는 이유로 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다 할 것(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결, 같은 뜻임)인바, 청구종중이 2014.5.16. 법인으로 보는 단체로 승인되어 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세를 신고할 수 있었으나 그러지 아니한 것은 단순히 법령의 무지 또는 오인 등에 해당하는 것으로 보이고, 신고시인 결정은 단순히 사실관계 확인에 따른 신고내용 수리행위이므로 해명자료를 요청하여 신고시인을 하였다는 사실만으로 과세관청에서 쟁점토지가 자경농지감면의 적용대상이 된다는 공적인 견해표명을 하였다고 보기 어려우며, 납부불성실가산세의 경우 납세의무자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 이행하도록 하는 취지 외에 법정납부기한과 납부일간의 기간에 대한 이자에 상당하는 금액임과 동시에 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있는 점 등에 비추어 청구종중이 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세 신고를 하지 아니한 것에 대하여 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어려우므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.