청구법인의 경우 이 건 과세기간인 2013년 제2기에 과세사업 및 면세사업의 공급가액이 신고되어 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 과세기간에 해당하지 아니하므로 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
청구법인의 경우 이 건 과세기간인 2013년 제2기에 과세사업 및 면세사업의 공급가액이 신고되어 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 과세기간에 해당하지 아니하므로 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 OOO에 관한 교육 및 기술연구 목적으로 설립된 공공기관으로서, 정부출연금으로 수행하는 ‘목적사업’과 정부가 위탁한 ‘수익사업’을 겸하고 있으며, ‘수익사업’은 부가가치세 과세사업과 면세사업으로 구분된다.
(2) 청구법인은 정부의 공기업 혁신도시 이전 방침에 따라 2013년 부터 OOO에 본부건물 신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 진행하였고, 신축한 본부건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)도 종전 본부건물처럼 목적사업과 수익사업에 종사하는 직원들이 함께 사용할 예정이었으나, 2013년 제2기 부가가치세 과세표준 및 세액 신고시 과세사업과 직접 관련 있는 매입세액만 매출세액에서 공제하고 쟁점공사 관련 공통매입세액의 안분계산 및 공제를 누락하였다.
(3) 청구법인의 사업은 과세사업과 면세사업(비과세사업 포함)으로 수입금액이 각각 구분되나 해당 과세기간 종료일(2013.12.31.) 현재 쟁점공사가 진행 중이었으므로 구 ｢부가가치세법 시행령｣(2014.1.1. 대통령령 제25057호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항의 공급가액 기준이 아닌 같은 영 제4항의 예정사용면적을 기준으로 공통 매입세액을 안분하는 것이 적합하다고 판단하였고, 과세사업과 면세 사업이 혼재된 청구법인의 사업특성상 부서별로 과세 및 면세사업 사용면적을 명확하게 구분하는 것이 불가능하여 각 사업별 직원 투입비율을 기준으로 사용면적을 배분하였다.
(4) 따라서 처분청은 청구법인이 부득이하게 적용한 각 사업별 직원 투입비율 기준의 공통매입세액 안분계산 방법이 관계법령상 적절하지 않다고 판단되면 적합한 안분방법을 찾아서 경정해주는 것이 합당하며, 단지 청구법인의 안분방법이 적법하지 아니하다고 하여 공통매입세액 안분공제 자체를 부인한 처분은 부당하다.
(1) 부가가치세법 제40조[공통매입세액의 안분] 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급 가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분 기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分) 하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령(2014.1.1. 법률 제25057호로 개정되기 전의 것) 제61조[매입세액의 안분계산] ① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 면세공급가액 = 공통매입세액 × 총공급가액
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세 사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율
⑥ 제4항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지를 제외한 건물 등에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의2 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다. 제61조의2 [공통매입세액의 정산] 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각 호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정 신고하는 때에 정산한다.
(3) 청구법인이 제출한 쟁점건물의 층별 위치도에 따르면, OOO가 위치한 것으로 확인된다.
(4) 청구법인이 제출한 사업설명서에 의하면, 고유목적사업은 정부출연금으로 운영하는 사업으로서 비과세사업에 해당하고, 수익사업은 정부위탁사업이나 수익이 발생하는 사업으로서 과세사업과 면세사업이 혼재되어 있으며, 그 세부내역은 <표1>과 같다. <표1> 청구법인 각 사업별 세부내역
(5) 청구법인의 2013년 제2기 부가가치세 신고사항 중 매출내역은 <표2>, 매입내역은 <표3>, 매입세액 세부내역은 <표4>과 같다. <표2> 매출 신고내역 <표3> 매입 신고내역 <표4> 매입세액 세부내역 OOO
(6) 청구법인의 경정청구서 및 처분청의 이의신청결정서에 의하면, 청구법인은 본부직원의 총급여액에서 수익사업 및 과세사업 관련 업무를 수행하는 직원의 급여가 차지하는 비율을 기준으로 쟁점건물의 과세사업 면적을 계산하고 공통매입세액도 안분한 것으로 나타난다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법 인은 과세기간 종료일(2013.12.31.) 현재 쟁점공사가 진행 중이었으므로 해당 과세기간의 공급가액이 아닌 예정사용면적(본부직원 총급여액에서 과세･면세사업 수행직원의 급여비율로 계산)을 기준으로 쟁점건물의 공통매입세액을 안분하여야 한다고 주장하나, 구 ｢부가가치세법 시행령｣ 제61조는 제1항에서 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 경우 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에서 과세공급 가액 및 면세공급가액(비과세공급가액 포함)의 비율로 안분하되, 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없어 제1항의 공급가액기준을 사용할 수 없는 경우 에는 예정사용면적 등 제4항 각 호의 순서에 따라 안분하도록 규정하고 있는 점, 청구법인의 경우 이 건 과세기간인 2013년 제2기에 과세사업 및 면세사업의 공급가액이 신고되어 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 과세기간에 해당하지 아니한 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기 본 법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한
결정 내용은 붙임과 같습니다.