처분청에서 쟁점주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제 및 기본세율의 적용을 구하는 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
처분청에서 쟁점주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제 및 기본세율의 적용을 구하는 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
심판청구를 기각한다.
① 청구인들은 쟁점주택의 양도일 현재 쟁점주택을 포함하여 쟁점외임대주택 및 쟁점외대체주택 등 총 3채의 주택을 보유하였으나, 청구인들은 쟁점주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 쟁점외대체주택을 취득하였고 그로부터 2년 후에 쟁점주택을 양도하였으며, 쟁점외임대주택은 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택에 해당함을 감안하면 쟁점주택의 양도는 같은 영 제155조 제1항 및 제20항에 따라 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되는 점, ② 고가주택에 대한 양도차익 및 장기보유특별공제액의 계산방법을 규정한 소득세법 시행령제160조 등에서 고가주택에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하도록 한 문언이 없는 점, ③ 이 건 경정청구에 대해 관련 법령이 아닌 국세청 예규를 적용한 것은 납세자로 하여금 예측할 수 없도록 하는 것인 점 등을 감안할 때, 쟁점주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.
① 소득세법제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제156조 제1항에서 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 OOO원을 초과하는 고가주택은 1세대1주택 비과세 대상인 주택에서 제외하도록 규정하고 있는 점, ② 같은 법 제95조 제1항 및 같은 법 시행령 제160조에서 1세대 1주택 비과세 대상인 주택에서 제외되는 ‘양도가액 9억원을 초과하는 고가주택’에 대하여 일반주택과 구별하여 양도차익 및 장기보유 특별공제액의 계산방법을 규정하고 있음을 감안하면 이러한 고가주택이 1세대 1주택 비과세가 적용되는 일반주택과 구별됨이 뒷받침되는 점, ③ 조정대상지역 내의 쟁점주택은 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외되는 주택의 범위’를 규정한 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에 해당되지 않는 점 등을 감안할 때, 쟁점주택에 대하여 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 중과세율을 적용하고 장기보유 특별공제를 배제한 이 건 처분은 적법ㆍ정당하다
(1) 경정청구(검토)서, 국세청 전산자료 등의 심리자료에 의하면, 청구인들은 2011.4.15. 쟁점주택을 공동으로 취득하여 2년 이상 거주하던 중, 2014.1.17. 청구인 서OOO이 쟁점외임대주택을 취득하여 2014.2.25. 이에 대한 임대사업자등록(임대주택법제6조에 따라 OOO구청장에게 등록) 및 사업자등록을 하였고, 2017.11.29. 쟁점외대체주택을 취득한 후 2019.6.20. 쟁점주택을 OOO원에 양도(고가주택의 요건 충족)한 것으로 나타나며, 쟁점주택의 소재지(OOO)는 위 양도일 현재 주택법 제63조의2 제1항 에 따른 조정대상지역으로 지정되어 있었다. OOO
(2) 청구인들은 2019.6.26. 쟁점주택의 양도차익에서 OOO원 초과분 중 자기지분(각 50%)에 대하여 장기보유특별공제(공제율: 64%) 및 기본세율을 적용하여 합계 OOO원을 산출세액(납부할 세액과 같음)으로 하여 2019년 귀속 양도소득세 예정신고를 한 후, 2019.8.31. 위 장기보유특별공제을 배제하고 중과세율을 적용하여 산출된 합계 OOO원(OOO원 증액)을 산출세액으로 하여 위 예정신고에 대한 수정신고를 하였다가, 2019.9.10. 청구주장과 같은 사유로 당초 예정신고 적정하다는 이유로 위 수정신고시 증액된 금액의 환급을 구하는 이 건 경정청구를 하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 소득세법제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대3주택 이상에 해당하는 주택의 양도시 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제167조의3 제1항에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위를 규정하면서 각 호에서 이에 해당하지 아니하는 주택(장기 임대주택 등)을 열거하고 있음을 감안하면 양도주택 또는 이외의 보유주택이 그 열거된 항목에 해당하지 아니하여서 양도 당시 3주택 이상을 보유하는 이상 그 양도주택에 대하여 중과세율을 적용하는 것이 타당하다 할 것인바, 쟁점주택은 조정대상지역에 있는 주택인 반면에 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 열거하는 주택에 해당되지 아니하고, 같은 조 각 호 외의 본문 및 이외의 조항에서 쟁점외대체주택과 쟁점외임대주택 등 같은 법 시행령 제155조에 따른 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받는 주택을 주택 수의 계산에서 배제하도록 명시한 명문규정이 없음을 감안하면 쟁점주택은 그 양도 당시 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당되는 것으로 봄이 타당하다 하겠다. 더욱이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에서 1세대 1주택 비과세의 범위를 규정하면서 양도가액이 OOO원을 초과하는 고가주택을 제외하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제160조에서 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제의 계산방법을 별도로 규정하는 등 고가주택을 일반주택과 구분하여 과세대상으로 하고 있음을 감안하면, 설령 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되는 주택을 제외하면 1세대가 양도대상인 고가주택만을 소유하고 있다 하더라도 해당 고가주택의 양도에 대하여 앞서 제시한 ‘조정대상지역 내의 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과규정’과 무관하게 기본세율이 적용된다고 보기는 어렵다 하겠다. 또한 소득세법제95조 제2항에서 조정대상지역 내의 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 포함하여 법 제104조 제7항 각 호의 자산에 대하여 장기보유특별공제를 배제하도록 명확히 규정하고 있는바, 위에서 쟁점주택이 그 양도 당시 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당되는 것으로 본 이상 장기보유특별공제의 적용이 배제된다 하겠다. 따라서 처분청에서 쟁점주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제 및 기본세율의 적용을 구하는 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. (후단 생략)
1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택
4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. (2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 생략) 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (후단 생략)
⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정 어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (후단 생략)
: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다. 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 다라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. (후단 생략
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조 제3항·제4항에 따른 읍·면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조 제3항 에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.
2. 5년 이상 임대하는 것일 것 3) 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것
4. 수도권 밖의 지역에 소재할 것 5) 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시·군에서 5호 이상일 것{가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시·군에 있는 경우에 한정한다)}
3. 조세특례제한법 제97조·제97조의2 및 제98조에 따라 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택(이하 이 조에서 "감면대상장기임대주택"이라 한다)
4. 종업원(사용자의 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 에 따른 특수관계인을 제외한다)에게 무상으로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 당해 무상제공기간이 10년 이상(이하 이 조에서 "의무무상기간"이라 한다)인 주택(이하 이 조에서 "장기사원용주택"이라 한다)
5. 조세특례제한법 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2 및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택
6. 제155조 제6항 제1호에 해당하는 문화재주택
7. 제155조 제2항에 해당하는 상속받은 주택(상속받은 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)
8. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택 8의2. 1세대의 구성원이 영유아보육법 제13조 1항 에 따라 특별자치도지사·시장·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다)의 인가를 받고 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 후 5년 이상(이하 이 조에서 "의무사용기간"이라 한다) 가정어린이집으로 사용하고, 가정어린이집으로 사용하지 아니하게 된 날부터 6월이 경과하지 아니한 주택
10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)
11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택
결정 내용은 붙임과 같습니다.