8년 이상 자경농지에 대한 과세기간별 양도소득세 감면한도를 1억원으로 축소하도록 부칙이 2016. 1. 1. 시행되었으므로 감면한도는 1억원으로 봄이 타당함.
8년 이상 자경농지에 대한 과세기간별 양도소득세 감면한도를 1억원으로 축소하도록 부칙이 2016. 1. 1. 시행되었으므로 감면한도는 1억원으로 봄이 타당함.
심판청구를 기각한다.
(1) 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도 축소 및 이에 대한 경과조치와 관련한 조특법 및 그 부칙 등의 개정내용을 요약하면 다음과 같다. (가) 2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 조특법(이하 “구 조특법”이라 한다) 제133조 제1항 제1호 나목은 같은 법 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 2억원으로 규정하고 있었는데, 2015.12.15. 개정된 조특법이 2016.1.1.부터 시행되어 그 감면한도가 1억원으로 축소되었다. (나) 개정된 조특법 부칙 제63조에 위 개정에 대한 경과조치로 법 제69조에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 경우로서 이 법 시행 전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제22조에 따라 사업인정 고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017.12.31. 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 제133조 제1항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용하도록 규정되어 있다. (다) 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 조특법 시행령(이하 “개정된 조특법 시행령”이라 한다)의 부칙 제39조에 개정된 조특법 부칙 제63조에서 ‘대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역’이란 해당 공익사업의 시행자가 2015.12.31. 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다고 규정되었고, 개정된 조특법 시행령의 부칙 제1조에 이 영의 시행일이 2016.2.5.로 규정되어 있는바, 2016.1.1.부터 2016.2.4. 사이의 기간에 공익사업시행자에게 자경농지를 양도한 경우 이에 대한 양도소득세 감면한도에 관한 경과규정은 없다.
(2) (주위적 청구) 조세법률주의 및 납세자의 신뢰보호원칙 등에 따라 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 2억원의 감면한도가 적용되어야 한다. (가) 개정된 조특법의 부칙 제63조의 입법취지는 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 2016.1.1. 이후 양도하는 경우부터 종전의 2억원에서 1억원으로 축소하되 공익사업용 토지의 경우 비자발적으로 수용되는 것을 고려하고, 비슷한 시기에 수용당한 동일 사업지역 내의 납세자 간에 양도소득세 감면 한도가 달라지는 등의 형평성 문제도 감안하여 경과규정을 두어 일정한 요건이 충족되는 경우 양도소득세액을 종전과 같이 2억원까지 감면받을 수 있도록 한 것이다. 그런데, 개정된 조특법 부칙은 위 경과규정의 구체적인 내용을 대통령령에 위임하여 정하도록 하였으나, 관련 조특법 시행령이 2016.2.5.에야 개정·시행되었고, 이를 소급적용할 수 없으므로 청구인과 같이 2016.1.1.부터 2016.2.4. 사이의 기간에 공익사업시행자에게 자경농지를 양도한 경우, 해당 공익사업시행자의 토지 취득비율 등에 관계 없이 자경농지에 대하여 종전과 같이 2억원의 양도소득세 감면한도가 적용되어야 한다. (나) 또한 쟁점토지가 소재한 지역 일원이 2011.12.8. 보금자리주택건설 등에 관한 특별법에 근거해 OOO로 지정되어 청구인의 입장에서는 사업시행자와의 협의취득 절차가 진행되기를 기다릴 수밖에 없음에도 알 수 없는 이유로 사업시행자가 해당 사업을 지연하여 2015.8.2. 지구계획변경승인 고시가 이루어졌고, 청구인은 개정된 조특법의 시행일(2016.1.1.) 이전에 사업시행자와 보상협의 절차를 진행하였으며, 청구인의 쟁점토지 양도가 지연되어 이를 2016.1.22.에야 양도하게 된 것은 청구인의 귀책이 아니고, 쟁점토지의 양도가 비록 상기 사업시행자와의 협의에 의해 이루어졌다고는 하나 이는 강제수용을 전제한 절차의 일환이므로 일반적인 사인간의 매매와는 달리 보아야 하는바, 청구인이 쟁점토지 양도에 대하여 개 정된 조특법 부칙 제63조의 경과조치를 적용받아 종전과 같이 양도소득 세를 2억원 감면받을 수 있을 것으로 믿은 신뢰는 보호되어야 한다. (다) 그리고 청구인이 쟁점토지를 양도하는 시점에 양도소득세 납세의무에 관한 법적인 예측 가능성이 있어야 함에도 개정된 조특법 부칙 제63조는 납세자의 입장에서 명확하게 해석하기 어려우므로 처분청의 동 규정에 대한 해석은 세법의 해석기준에도 반하는 것으로 보아야 한다.
(3) (예비적 청구) 설령 이 건 양도소득세 본세의 부과처분은 적법한 것으로 보더라도, 청구인에게 이 건 가산세를 부과한 처분은 부당하다. (가) 다른 납세자가 OOO 내의 토지를 2016.12.6. 수용되어 양도한 후 청구인과 동일한 쟁점으로 OOO에게 제기한 과세전적부심사청구에 대한 2019.7.10.자 결정서OOO를 보면, 해당 사업지역에 대한 고시인 OOO에 의하여 2015.12.31.까지 용지보상 계획 면적이 전체면적 대비 98%에서 55%, 용지 보상을 위한 자금투자 계획도 총자금 대비 98%에서 55%로 예정되어 있었음이 확인되는 점, 양도소득세 신고 기한까지 고시된 내용도 용지보상 계획 면적이 55%로 고시되어 있어 2015.12.31. 현재 시행자의 토지 취득비율이 2분의 1에 미치지 못할 것으로 전혀 예측할 수가 없었다는 점, 시행사의 실제 토지 취득비율은 국가예산이나 사업집행계획의 변경 등 납세자의 의사와 무관한 요소로 결정되는데 납세자는 공식적인 고시 외에는 시행자의 토지 취득 비율을 알 수가 없었다는 점 등을 종합할 때, 납세자에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 인정하여 국세기본법제48조에 따라 가산세를 감면하도록 결정한 것으로 나타난다. (나) 아울러 주위적 청구와 관련하여 전술한 여러 사정에 비추어 처분청이 청구인에게 이 건 가산세를 부과한 처분은 형평과 정의에 반하는 것으로 보아 취소되어야 한다.
(1) (주위적 청구) 2015.12.15. 개정되어 2016.1.1. 시행된 조특법에 따라 청구인이 2016.1.22. 양도한 쟁점토지에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 1억원의 감면한도가 적용되어야 한다. (가) 개정된 조특법 제69조와 제133조 및 관련 부칙에서 2016.1.1. 이후 양도하는 경우부터 8년 이상 자경농지에 대하여 과세기간별로 1억 원의 감면한도를 적용하도록 하여 그 한도가 종전의 2억원에서 축소되었다. (나) 개정된 조특법의 부칙 제63조(자경농지에 대한 양도소득세 감면한도에 대한 경과조치)에 법 제69조에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 경우로서 이 법 시행 전에공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제22조에 따라 사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 ‘토지 취득비율’ 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017.12.31. 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 제133조 제1항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용하도록 규정되어 있다. (다) 개정된 조특법 시행령의 부칙 제39조에 개정된 조특법 부칙 제63조에서 “대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역”이란 해당 공익사업의 시행자가 2015.12.31. 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다고 규정되어 있다. (라) 8년 이상 자경농지에 대한 과세기간별 감면한도를 1억원으로 축소하도록 개정된 조특법은 2016.1.1. 시행되었고, 청구인은 쟁점토지를 2016.1.22. 양도하였으므로 청구인이 이에 대하여 적용받을 수 있는 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도는 원칙적으로 1억원으로 봄이 타당하다. (마) 이에 대한 경과조치로 종전의 감면한도를 적용받을 수 있는 요건을 충족하는 사업지역에 관하여 규정한 개정된 조특법 시행령의 부칙 제39조가 2016.2.5. 개정되어 시행되었다 하여 동 경과조치 적용요건을 충족하지 못하는 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 1억원의 감면한도를 적용한 것을 소급과세로 볼 수는 없다. (바) 위와 같이 조특법의 관련 규정이 개정된 이유는 재정 운용의 효율성을 높이기 위하여 양도소득세 감면한도를 정비하고, 비과세ㆍ감면한도를 합리적으로 조정하며 현행 제도의 운영상 나타난 미비점을 개선 및 보완하려는 것이며, 개정된 조특법 시행령의 부칙은 조특법이 개정됨에 따라 법률에서 위임된 사항을 정한 것인바, 2015.12.15. 개정된 조특법이 2016.1.1. 시행되어 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도가 1억원으로 축소된 이후에도 종전의 감면한도를 적용받을 수 있는 경과규정의 세부적인 요건이 확정되기 전에 양도한 토지에 대하여는 종전의 감면한도(2억원)를 적용받을 수 있을 것으로 청구인이 기대한 것은 보호할 가치가 있는 신뢰가 아니라 관련 법리를 오인한 것에 불과하다. (사) 따라서 청구인이 2016.1.22. 양도한 쟁점토지에 대하여 2015.12.15. 개정되어 2016.1.1. 시행된 조특법에 따른 자경농지에 대한 1억원의 양도소득세 감면한도에 불구하고 이에 대한 경과조치 적용요건 을 충족하지 못하더라도 종전의 감면한도(2억원)를 적용할 수는 없다.
(2) (예비적 청구) 청구인이 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면을 과도하게 적용한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 이 건 가산세 부과를 면제할 수 없다. (가) 청구인이 이 건 가산세 부과를 면제하여야 한다고 주장하는 사유는 관련 법령에 대한 해석상의 착오로 종전의 감면한도를 적용받을 수 있을 것으로 오인한 것이므로 이를 가산세 부과를 면제할 정당한 사유로 볼 수 없다. (나) 또한 쟁점토지의 수용이 지연되었다는 등의 사정 등은 청구인이 세법상의 의무를 이행할 수 없게 된 사정으로 볼 수 없으므로 이를 이유로 이 건 가산세 부과를 면제하여 달라는 청구주장을 받아들일 수 없다.
① (주위적 청구) 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도로 2억원을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 신고 및 납부불성실가산세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액
1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 <부칙> 제1조【시행일】이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다. 제63조【자경농지에 대한 양도소득세 감면한도에 대한 경과조치】법 제69조에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 경우로서 이 법 시행 전에공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제22조에 따라 사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 제133조 제1항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) <부칙> 제1조【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제39조【자경농지에 대한 양도소득세 연간 감면한도가 적용되는 사업지역의 범위】 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제63조에서 “대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역”이란 해당 공익사업의 시행자가 2015년 12월 31일 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다. (4) 국세기본법 제47조의3【과소신고·초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4【납부불성실·환급불성실가산세】① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(1) 청구인은 2016.1.22. 쟁점토지를 OOO을 위한 공공용지의 협의취득에 의하여 사업시행자인 OOO에게 OOO에 양도하였다.
(2) 청구인은 쟁점토지 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면세액을 2억원으로 하여 2016년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였고, 처분청은 동 감면한도로 1억원을 적용하여 청구인에게 이 건 양도소득세 OOO(과소신고가산세 OOO 및 납부불성실가산세 OOO 포함)을 부과하였다.
(3) 쟁점토지가 포함된 OOO 조성사업에 대한 사업인정고시는 2011.12.8. 이루어졌고, OOO에서 해당 사업시행자인 OOO로부터 회신 받은 공문OOO에 의하면, 그 사업지역 전체면적은 OOO이고 2015.12.31. 현재까지 수용(취득) 면적은OOO(27.42%)로서 동 사업지역 전체면적의 2분의 1에 미달하는 것으로 확인된다.
(4) 청구인은 동일한 사업지구 내 토지를 2016.12.6. 양도한 다른 납세자에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도로 1억원이 적용되어야 한다고 판단하여 2억원을 감면하여야 한다는 청구주장은 불채택하되, 가산세는 감면하도록 한 OOO의 과세전적부심사결정서OOO를 제출하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 2016.1.22. 양도한 쟁점토지에 적용되는 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액을 2억원으로 하여야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 개정되어 2016.1.1. 시행된 조특법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)와 제133조(양도소득세 감면의 종합한도) 및 그 시행일에 관한 부칙에 따라 원칙적으로 2016.1.1. 이후 양도분부터 8년 이상 자경농지에 대하여 과세기간별로 1억 원의 감면한도를 적용하도록 하여 그 한도가 종전의 2억원에서 1억원으로 축소된 점, 개정된 조특법의 부칙 제63조(자경농지에 대한 양도소득세 감면한도에 대한 경과조치)는 법 제69조에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 경우로서 이 법 시행 전에공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제22조에 따라 사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017.12.31. 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에 한하여 제133조 제1항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용하도록 규정한 점, 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정·시행된 조특법 시행령의 부칙 제39조는 개정된 조특법 부칙 제63조에서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역이란 해당 공익사업의 시행자가 2015.12.31. 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다고 규정하고 있으나, 쟁점토지가 속한 사업지역은 2015.12.31. 현재 수용비율이 27.42%로서 위 경과조치 적용요건을 충족하지 못하는 점, 청구인의 쟁점토지 양도일(2016.1.22.) 현재 개정된 조특법 시행령의 부칙 제39조가 제정·시행되고 있지 않았다고 하더라도, 경과조치 적용요건을 충족하지 못하는 이상 원칙적으로 8년 이상 자경농지에 대한 과세기간별 양도소득세 감면한도를 1억원으로 축소하도록 개정된 조특법 제69조와 제133조 및 그 시행일에 관한 부칙이 2015.12.15. 개정되어 2016.1.1. 시행된 점 등에 비추어 위 경과조치 적용요건에 관한 위임규정인 개정된 조특법 시행령 부칙 제39조가 2016.2.5. 개정·시행되었음을 이유로 2016.1.1.부터 그 사이의 기간에 양도한 토지의 경우, 위 경과조치 적용요건을 충족할 것으로 예측하거나 이를 불충족하더라도 종전의 감면한도를 적용받을 수 있을 것으로 기대 한 것에 대하여 납세자의 신뢰보호원칙을 적용하거나 처분청의 이 건 부과처분이 세법의 해석기준 등을 위배한 것으로 보아 취소되어야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 부과를 면제하여야 한다고 주장하나, 청구인이 위와 같은 법령 해석상의 착오 등으로 인하여 개정된 법률에 불구하고 경과조치를 적용받아 종전 규정의 양도소득세 감면한도를 적용받을 수 있을 것으로 오인하여 양도소득세를 과다감면받은 것으로 보이는바, 이를 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유로 볼 수 없으므로 이 건 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 부과를 면제하여야 한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.