실제 청구법인이 개발활동 또는 이와 유사한 활동 등을 통하여 국내에서 원종 등을 가공․생산하였는지 여부, 원종 등을 국내외 위탁채종농가에 제공하여 실제 청구법인의 책임과 계산하에 나원종을 생산하여 매입․판매하였는지 여부 등을 재조사하고, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
실제 청구법인이 개발활동 또는 이와 유사한 활동 등을 통하여 국내에서 원종 등을 가공․생산하였는지 여부, 원종 등을 국내외 위탁채종농가에 제공하여 실제 청구법인의 책임과 계산하에 나원종을 생산하여 매입․판매하였는지 여부 등을 재조사하고, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
OOO세무서장이 2019.3.28. 청구인에게 한 법인세 OOO원의 환급경정청구 거부처분은, 청구법인이 2016∼2017사업연도 법인세 신고시 소득금액으로 신고한 OOO 중 종자 및 묘목 도소매업에 해당하는 OOO을 제외한 OOO에 대하여, 종자업등록증과 품종생산·수입판매신고증명서 등 품종생산 관련 증빙자료를 토대로 청구법인이 실제 작물재배업을 영위하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 영위하는 사업은 종자 및 묘목 생산업으로 작물재배업에 해당한다. 농업이란 농작물 재배업, 축산업 그리고 임업으로 구분되고, 농작물이란 농업활동으로 생산되는 산물을 말하며, 농작물 재배업은 식량작물재배업, 채소작물재배업, 과실작물재배업, 약용작물재배업, 버섯재배업, 양잠업 및 종자 및 묘목재배업으로 구분되는데, 이는 농업의 하위 분류에 속하는 업종으로 노지 또는 특정시설물 내에서 작물 및 종자 를 재배 생산하는 산업 활동을 말하므로 종자재배업을 영위하는 회사는 작물재배업을 하는 농업회사 법인에 해당하여 법인세 감면 대상이다. 청구법인은 농림수산식품부가 인정하는 종자 재배업자로,종자산업법제2조(정의) 제8호에서는 ‘종자를 생산․가공 또는 다시 포장하여 판매하는 행위를 업으로 하는 것’을 ‘종자업’으로 규정하고 있고, 종자업에 해당하기 위해서는 같은 법 시행령 제13조에 의한 시설․인적기준을 갖추어 관할 지방자치단체에 등록하여야 하며, 같은 법에 따른 종자업의 행위는 원원종의 생산에서 원종의 생산, 나종자의 생산, 상품종자로 가공․포장, 판매 등의 절차로 이루어져 있는데, 청구법인의 경우, 종자업의 등록자격요건을 갖추어 관할 지방자치단체에 등록하고, 위 종자업의 행위(활동)를 하고 있으므로 종자업에 해당하며, 종자업을 경영하고 있으므로 같은 법 제2조 제9에 의한 종자업자로 인정된다고 할 것이다(아래 <표> 참고). ※ 한국표준산업분류표에 정의된 종자관련업 분류표 분류코드 분류명 설명 011 작물재배업 노지 또는 특정시설 내에서 작물 및 종자를 재배·생산하는 산업활동을 말한다. 01123 종자 및 묘목생산업 노지 또는 시설에서 농작물의 종자, 버섯종균, 묘목 등을 생산하는 산업활동을 말한다. <예시> 채소, 화초, 과수 종자생산 46202 종자 및 묘목도매업 곡물, 채소, 과실 등의 종자나 묘목을 도매하는 산업활동을 말한다. 01411 작물재배지원서비스업 수수료 또는 계약에 의하여 밭갈기, 작물심기, 농약뿌리기, 가지치기, 작물 수확하기 등 작물재 배에 수반하는 활동을 제공하는 산업활동을 말한다.
(2) 또한, 청구법인은 자기 책임하에 종자를 해외에 위탁생산하여 판 매하였으므로 심판례와 같이 도매업을 영위하였다고 볼 수 없고, 기 존 국내 농가와 의 계약을 통해 종자를 생산, 수매, 판매하였으므로 여기 에서 발생하는 소득은 법인세 감면대상 소득인 종자재배업 발생 소득이
(3) 청구법인은 자체적인 원원종을 개발 육성하여 생산 및 판매하고 있는 업체로, 농업회사법인이 원원종을 개발 및 재배하여 원종을 생산한 후 이를 국내외에 위탁하여 채종한 나종자를 매입 가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 조특법 제68에 의한 감면대상 소득에 해당한다고 한 선결정례(조심 2017중3086, 2018.3.19.)에 따르더라도 쟁점소득은 법인세 감면대상 소득이다. 원원종과 원종은 실제로 같은 의미로, 원원종은 처음 생산한 종자를 말하고, 원종은 그 같은 종자를 증식한 것을 말하는데, 즉 원원종이 충분한 양이 되면 그것을 원종으로 표현하고 있고, 판매용 종자 위탁 생산을 원원종을 가지고 생산하는 경우도 많으며, 유전적 차이로 구분하는 것이 아니므로 청구법인과 같은 회사가 소유하고 있는 원종을 생산회사에 보내서 위탁 채종하여 매입 가공한 후 상품종자를 만들어 판매하는 행위는 작물 재배업에 해당하는 것이다. 또한, 처분청은 원원종의 개발에 2∼7년, 원원종 생산에 3년의 시간이 소요된다고 하는데, 이는 일반적인 원종 육성의 학문적 정의를 말하는 것으로, 실제 종자재배에 있어서 7년의 시간적인 개념이 중요한 것이 아니라 육성 소재 자체의 유전적 순도를 가지고 있느냐가 중요한 관건이고, 수집한 소재 자체가 바로 품종을 만들 수 있는 유전적 순도를 가지고 있으면 순도 확인 후 일반적으로 1년 후에 판매용 종자를 위한 소재로 사용할 수 있으며, 즉 같은 종자이므로 원원종을 가지고 바로 판매용 종자 생산을 진행하거나, 판매용 종자 생산과 원원종 생산을 같이 진행하는 경우도 있는데, 이는 원원종과 원종이 바로 같은 종자이기 때문이다. 아울러 청구법인의 대표자는 2011년부터 개인사업자로 등록하여 품종 육성 및 개발을 진행하여 왔고, 국내의 경우 개발된 신품종들을 국립종자원 품종등록 절차를 거쳐 등록 후 판매를 해왔으며, 수출용 품종의 경우 품종등록의 의무가 없고 브랜드 판매가 아닌 관계로 품종등록하지 않고 수출을 진행시켜 왔으며, 사업이 확대되어 회사를 개인사업자에서 농업법인으로 전환한 2016년부터는 농업법인의 책임하에 생산 후 수출을 진행하여 왔는바, 이처럼 청구법인의 대표자가 2011년부터 실제 현장에서 연구하여 왔던 품종육성 및 개발활동을 기초로 2016년부터는 청구법인이 육성 및 생산을 하였던 것이므로 원원종의 개발 및 생산기간 등이 짧은 것도 아니다.
(4) 마지막으로 처분청에서는 원원종을 개발·재배하여 원종을 생산한 후 이를 국내·외에 위착하여 채종한 나종자를 가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득이 농업소득에 해당한다고 한 기획재정부 유권해석(법인제세과-1014)에 따라 원원종의 개발이 수반되어야만 농업소득에 해당한다고 의견을 제시하고 있으나, 청구법인은 위어서 언급한 바와 같이 자체적인 원원종을 개발 육성하여 생산 및 판매하고 있는 업체일 뿐만 아니라 농업소득(작물재배업) 해당 여부는 한국표준산업분류에 따르게 되어 있고, 배추 모종이나 채소작물을 보더라도 노동인력을 투입하여 작물을 생산하는 것에 따라 작물재배업을 판단할 뿐이어서, 원원종의 개발과 같은 연구개발이 선행되어야만 작물재배업에 해당된다는 처분청 의견은 타당하지 아니하다.
(2) 청구법인은 자기책임 하에 종자를 해외에 위탁하여 생산하였으므로 선결정례에 따라 쟁점소득을 면제대상 소득으로 보아야 한다고 주장하나, 선결정례를 보면, 단순히 자기의 계산과 책임하에 위탁생산한 종자재배 소득에 대하여 감면을 적용한다는 것이 아니고, 농업회사법인이 원원종을 개발․재배하여 원종을 생산한 후 이를 국내·외에 위탁하여 채종한 나종자를 매입․가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득이 조특법 제68조에 의한 감면대상 소득에 해당한다고 하였으므로 청구주장은 타당하지 아니하다.
(3) 청구법인은 자체적인 원원종을 개발·육성하여 생산·판매하고 있는 업체라고 주장하면서 원원종과 원종에 대한 차이에 대하여 논하고 있으나, 이는 이 건 쟁점의 본질과 관련이 없는 내용이고, 설령 관련이 있다 하더라도 청구법인의 주장에 불과할 뿐, 그에 대한 근거를 제출하지 않고 있으며, 원원종의 개발에 걸리는 시간이 일반적인 원종 육성의 학문적 정의이고, 일반적으로는 1년 후에 판매용 종자를 위한 소재로 사용할 수 있다는 주장의 경우, 청구법인이 2016.4.1. 사업을 개시하였음에도 2016∼2017사업연도에 귀속되는 쟁점소득에 대하여 100% 감면을 신청하였는바, 이는 1년의 육성기간이 소요된다는 청구 주장에도 반하는 것이고, 사회통념적인 시각이나 물리적인 요건 을 고려하더라도 청구법인이 고유한 작물품종을 개발하여 육성, 판매 하여 발생한 소득에 대한 감면신청이라고 보기에는 무리가 있다.
(4) 마지막으로 종자재배업에 있어 자체적 원원종 개발이 필수 조건이 아니라는 주장의 경우, 선결정례에서 원원종을 개발․재배하여 원종을 생산한 후 이를 국내․외에 위탁하여 채종한 나종자를 가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로서 얻은 소득을 조특법 제68 조에 해당하는 감면소득으로 본 것이므로, 조특법 제68조에 해당되는 소득이 원원종 개발과 무관하다는 청구주장은 타당하지 아니하다.
② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업 등 소득"이라 한다)을 말한다. 1.농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득 2.농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령제19조 제1항 에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득
3. 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득 (3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제19조 【부대 사업의 범위】① 농업회사법인의 부대사업의 범위는 다음 각 호와 같
2. 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업
(4) 종자산업법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "종자"란 증식용 또는 재배용으로 쓰이는 씨앗, 버섯 종균(種菌), 묘목(苗木), 포자(胞子) 또는 영양체(營養體)인 잎·줄기·뿌리 등을 말한다.
2. "종자산업"이란 종자와 묘를 연구개발·육성·증식·생산·가공·유통·수출·수입 또는 전시 등을 하거나 이와 관련된 산업을 말한다.
8. "종자업"이란 종자를 생산·가공 또는 다시 포장(包裝)하여 판매하는 행위를 업(業)으로 하는 것을 말한다.
9. "종자업자"란 이 법에 따라 종자업을 경영하는 자를 말한다. (5) 통계법 제22조 【표준분류】① 통계청장은 통계작성기관이 동일한 기준에 따라 통계를 작성할 수 있도록 국제표준분류를 기준으로 산업, 직업, 질병·사인(死因) 등에 관한 표준분류를 작성·고시하여야 한다. 이 경우 통계청장은 미리 관계 기관의 장과 협의하여야 한다. <한국표준산업분류 일부> 분류코드 분류명 설명 011 작물재배업 노지 또는 특정 시설 내에서 작물 및 종자를 재배, 생산하는 산업활동을 말한다. 01123 종자 및 묘목 생산업 노지 또는 시설에서 각종 농작물의 종자, 버섯종균, 묘목 등을 생산하는 산업활동을 말한다. <예시> 채소, 화초, 과수 종자 생산 46202 종자 및 묘목 도매업 곡물, 채소, 과실 등의 종자나 묘목을 도매하는 산업활동을 말한다. 01411 작물재배지원 서비스업 수수료 또는 계약에 의하여 밭갈기, 작물심기, 농약뿌리기, 가지치기, 작물 수확하기 등 작물재배에 수반하는 활동을 제공하는 산업활동을 말한다.
(1) 청구법인의 2016∼2017사업연도 법인세 신고서 및 경정청구서 등에 의하면, 아래 <표1>과 같이 쟁점소득을 조특법 제68조 제1항의 작물재배업 외의 소득으로 보아 세액감면(감면율 50%)을 적용받은 것으로 나타나며, 2018.12.3. 쟁점소득이 같은 법 제68조 제1항의 작물재배업에서 발생한 소득이라고 주장하며 기납부한 법인세를 환급OOO해 줄 것을 청구한 것으로 나타난다.
(2) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구법인은 2016.4.1. 상호를 주식회사 농업회사법인 OOO로 하고, 본점 사업장 소재지를 OOO로 하여 개업한 후, 현재까지 농업/작물재배업(주업종)을 영위하는 것으로 나타나고, 청구법인 대표자인 OOO은 2011.9.1. 상호를 OOO로 하고, 청구법인 본점 사업장 소재지를 사업장 주소로 하여 개인사업자등록을 한 후, 현재까지 제조업/채소저장연구업(주업종)을 영위한 것으로 나타나며, 대표자 OOO은 1994년부터 2011년까지 농산물재배업을 영위한 OOO 유한회사와 종자도매업을 영위한 주식회사 OOO로부터 적게는 OOO원에서 많게는 OOO원의 근로소득을 수령한 것으로 나타난다(아래 <표2> 참조).
(3) 청구법인은 쟁점소득이 조특법 제68조 제1항의 작물재배업에서 발생한 소득이라고 주장하며 그 근거로 국립농산물품질관리원장이 OOO 발급한 농업경영체등록(변경등록)확인서와 OOO가 2019.4.11. 발급한 종자업 등록증, 청구법인이 농지OOO 임대인인 OOO와 작성한 농지 임대차계약서, 국내 채종농가인 OOO과 2017.3.24. 작성한 2017년 원원종 및 원종증식 관리계약서 및 2017.1.3. 작성한 2017년도 고추 위탁채종계약서, OOO 소재 해외 채종농가와 2016.3.8. 작성한 해외 채종위탁계약서 및 수입 인보이스, 청구법인 대표자 OOO의 개인사업자의 품종 생산·수입판매 신고증명서 등을 제출하였는바, 농업경영체등록확인서에는 청구법인이 2017.11.3. OOO 소재 농지(전) 3,302㎡에서 재배품목(마늘)을 재배하는 것으로 하여 농업경영체 등록이 된 것으로 나타나고, 종자업 등록증에는 청구법인이 2019.4.11.종자산업법제37조 제1항 및 같은 법 시행령 제14조 제2항에 따라 OOO를 주시설의 소재지로 하여 종자(채소) 생산·판매업등록을 한 것으로 나타나며, 농지임대차계약서에는 청구법인이 OOO 농지(전) 3,302㎡의 소유자인 OOO와 2017.3.23.부터 2022.3.23.까 지 연 임차료 OOO원에 농지를 임대하기로 한 것으로 나타나고, 2017년 원원종 및 원종증식 관리계약서에는 청구법인이 2017.3.24. 채종농가인 OOO과 원원종 및 원종증식 관리계약을 체결한 것으로 나타나며, 2017년도 고추 위탁채종계약서에는 청구법인이 위탁채종에 소요되는 원종을 채종농가인 OOO에게 무상으로 제공하고, OOO은 원종을 계약 이외의 목적에 사용할 수 없으며(위반시 손해배상), 청구법인이 채종과정에 대한 생산관리 및 관리감독을 하는 것으로 나타나며, 이러한 사항은 해외 농가와의 채종위탁계약서에도 동일하게 명기된 것으로 나타나고, 품종생산·수입판매 신고 증명서(국립종자원장 발급)에는 OOO고추 작물 OOOa 품종에 대하여, OOO 고추 작물 OOO 품종에 대하여종자산업법제38조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제27조 제1항에 따라 품종의 생산·수입판매 신고를 하였음을 증명한다고 기재되어 있다. 그 밖에 청구법인은 자신이 자체적으로 원원종을 개발·육성하였다 고 주장하며, OOO 연구개발 농장 시설물 사진과 육성 관련 자료를 제출하였다. (4) 조특법 제68조의 신설․개정 이력 및 취지(법제처 ‘국가법령정 보 센터’ 홈페이지의 제정․개정이유)를 보면, 1989.12.30. 법률 제4165호 로 일 부 개정된 구조세감면규제법 제40조의 7(1993.12.31. 전부개정시 제53조로 이동)에서 위탁영농회사[구 농어촌발전특별조치법 제7조 로 설립(농업노동력의 부족 등으로 농업경영이 곤란한 농자의 영농 편 의 및 농업생산성의 향상 도모)된 것]가 하는 농업경영 및 농작업의 대행사 업 에서 발생한 소득에 대한 법인세를 감면[창업종소기업에 대한 것 (창업 후 3년간 전액, 다음 2년간 50%)에 준함]하는 제도가 도입되었 고(농 업생산성 향상을 위하여 설립되는 위탁영농회사 지원의 취지), 1995.12.29. 법률 제5038호로 일부개정시 농업회사법 인[구 농어촌 발전특별조치법 제7조로 설립(위 위탁영농회사의 설립 취지와 더불 어 기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나 생산된 농산물을 유통․가공․판매함으로써 농업의 부가가치를 높이기 위함)된 것]의 농지소득[구 지방세법 제198조 제1항에 의한 소득(농지에서 농작물 을 재배하거나 농작물을 재배하게 함으로 인하여 얻은 것)]에 대한 법인세 를 면제하고 이외의 소득에 대한 법인세를 감면[창업중소기업에 대한 것(창업 후 5년간 50%)에 준함]하는 것으로 개정되었으며(농지소득에 대한 법인세의 면제로 농업회사법인의 활성화 지원의 취지), 1998.12.28. 법률 제5584호로 전부 개정시(법률명이 조특법으로 개
(7) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 처분청이 청구법인의 2016∼2017년 매입처별전자계산서 중 청구법인 대표자의 개인사업자OOO로부터 수취한 공급가액 OOO에 대하여 거래내용을 요청한데 대하여, 청구법인은 개인사업자가 가지고 있던 상품종자를 매입하여 국외에 판매(도소매)하였고, 경정청구시에는 전체 매출액이 작물재배업이라고 하였으나 이의신청 심리시에는 일부 매출액이 아래 <표3>과 같이 도소매업이라고 소명한 사실이 있다고 하고 있다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 한국표준산업분류표에서는 노지 또는 특정시설 내에서 작물 및 종자를 재배·생산하는 산업활동을 작물재배업(011)으로 정의하면서, 노지 또는 시설에서 농작물의 종자, 버섯종균, 묘목 등을 생산하는 산업활동은 종자 및 묘목생산업(01123)으로, 곡물, 채소, 과실 등의 종자나 묘목을 도매하는 산업활동은 종자 및 묘목도매업(46202)으로, 수수료 또는 계약에 의하여 밭갈기, 작물심기, 농약뿌리기, 가지치기, 작물 수확하기 등 작물재 배에 수반하는 활동을 제공하는 산업활동은 작물재배지원서비스업(01411) 등으로 규정하고 있는데, 먼저 쟁점소득 중 청구법인이 전심에서 청구법인 대표이사의 개인사업장으로부터 원종을 단순 구매하여 판매하였고, 종자 및 묘목도소매업 관련 소득으로 소명한 OOO은 작물재배업 에서 발생하는 소득 외의 소득에 해당한다 할 것이므로 작물재배업에 서 발생하는 소득에 대한 법인세 감면을 적용하기는 어렵다 할 것이다. 다만, 농업회사법인이 원원종을 개발․재배하여 원종을 생산한 후 이를 국내·외에 위탁하여 채종한 나종자를 매입․가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 조특법 제68조에 따른 작물재배업에서 발생한 농업소득이라 할 것인데(기획재정부 법인세제과-1014, 2017.8.24. 참조), 쟁점소득 중 위의 종자 및 묘목도소매업 관련 소득을 제외한 소득이 청구법인이 원원종을 개발·재배하여 원종을 생산한 후 국내·외 위탁채종을 거쳐 매입·생산 판매한 것과 관련되었다거나, 청구법인이 대표이사의 개인사업장에서 공급받은 원원종 또는 원종에 연구개발활동을 더하여 재배한 원종을 국내·외 위탁채종을 거쳐 매입·생산 판매한 것과 관련된 것이라면 조특법 제68조에 따른 작물재배업에서 발생한 농업소득으로 법인세 감면 대상이라 할 것인바, 이 건에 있어 청구법인이 주업종을 작물재배업으로 하여 사업자등록이 되어 있고, 농업경영체 등록 및 종자업 등록(채소 종자를 생산하여 판매)이 되어 있으며, 청구법인과 국·내외 채종농가 간에 체결 한 위탁채종 계약서 등에 채종농가 등이 행하는 나종자 의 생산활동이 청구법인의 관리·감독하에 이루어지는 것으로 되어 있고, 청구법인이 대표이사 개인사업장에서 매입한 원원종 또는 원종에 개발활동을 더하여 가공 생산하였다고 주장하고 있으며, 청구법인이 신고자로 되어 있는 품종생산·수입판매 신고 증명서(국립종자원장 발급) 등을 추가로 제출하고 있으므로, 처분청이 청구법인이 제시한 품종생산·수입판매신고증명서 등 품종생산 관련 제반 증빙자료나 주장내용을 토대로 실제 청구법인이 개발활동 또는 이와 유사한 활동 등을 통하여 국내에서 원종 등을 가공·생산하였는지 여부, 원종 등을 국·내외 위탁채종농가에 제공하여 실제 청구법인의 책임과 계산하에 나원종을 생산하여 매입·판매하였는지 여부 등을 재조사하고, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.