추계결정한 경우에도 청구법인이 장부 및 증빙자료 등을 제시한 이상 이를 근거로 실지조사함이 타당함.

OOO세무서장이 2019.3.11. 청구법인에게 한 2017사업연도 법인세 OOO부과처분은 청구법인이 제시한 장부 및 법인통장 거래내역, 신용카드 사용내역, 전표, 계정별 원장, 재무제표 등을 근거로 실지조사에 의하여 소득금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 OOO소재지에서 실내건축 등 건설업을 영위하고 있는 업체로, 2017사업연도 법인세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 이에 따라 청구법인의 부가가치세 신고내용을 근거로 2017사업연도 소득금액을 추계결정하여 2019.3.11. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO결정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.6.3. 이의신청을 거쳐 2019.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 적격증빙을 근거로 작성한 장부 및 증빙서류가 존재하므로 이를 근거로 실지조사에 의하여 소득금액을 경정함이 타당하다. 청구법인은 당초에 심각한 경영난으로 2017사업연도 법인세를 신고하지 못하였으나, 이전부터 세무대리인이 복식부기에 의하여 적법하게 장부를 작성하였을 뿐만 아니라 2017년 제1기․제2기 부가가치세를 정상적으로 신고하였고, 2019사업연도 법인세 신고기한에 이르러 2017사업연도 법인세 기한 후 신고를 준비하던 중 2019.6.3. 이 건 무신고에 따른 결정․고지를 송달받은 사실을 인지하게 되었다. 법인세법 제66조 제3항 에 따르면 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 때에는 장부를 근거로 삼아야 하고 추계과세를 예외로 인정하고 있는바, 청구법인은 이 건 이의신청 과정에서 장부가 존재하므로 장부에 따른 실질과세를 주장하였으나, 처분청이 거부하여 이를 제출할 수 없었다. 청구법인은 수년 동안 선임된 세무대리인이 성실하게 작성한 장부가 있고, 동 장부에 따라 2017년 제1기 및 제2기 부가가치세를 정상적으로 신고하였으며, 매입세금계산서, 신용카드 사용내역, 일용직지급명세서도 제출․신고하였고, 처분청도 이를 근거로 법인세 소득금액을 추계결정한 것이다. 즉, 장부가 미비하다면 추계결정이 타당하다 할 것이나 청구법인의 경우 세무대리인이 적격증빙을 근거로 성실하게 작성한 장부 및 증빙자료 등을 갖추고 있고, 2017사업연도 외에 다른 사업연도의 경우 신고기한 내에 정상적으로 정기신고를 수행하였다. 따라서 청구법인의 장부는 그 내용이 허위이거나 미비하지 아니하고 사실에 부합하여 법인세법 시행령 제104조 제1항 각 호의 경우에 해당하지 아니하므로 추계결정한 이 건 처분은 부당하다. 또한 청구법인은 이미 완성된 원시장부를 구비하고 있다. 즉, 청구법인은 OOO회계프로그램을 사용하고 있는데, 전표의 입력일자를 확인하면 청구법인이 사후에 장부를 작성하지 아니하였음을 알 수 있고, 청구법인이 제시한 재무제표를 살펴보면 2017사업연도 이익잉여금처분계산서의 차기이월미처분이익잉여금이 2018사업연도 동 계산서의 전기이월미처분이익잉여금과 일치함을 확인할 수 있으며, 2018사업연도 법인세는 2017사업연도의 장부를 기초로 신고한 것이므로 2017사업연도의 장부를 인정하지 아니한다면 2018사업연도 법인세 신 고내역도 인정할 수 없다는 결론에 이른다. 즉, 처분청이 2018사업연도 법인세 신고내역을 인정하면서도 2017사업연도에 작성된 원시장부를 부인하는 것은 불합리하다. 따라서 추계과세는 장부를 비치․기장하지 않은 경우 또는 장부의 허위․누락으로 인하여 신뢰할 수 없는 경우에 한하여 적용할 수 있으므로 청구법인과 같이 장부를 신뢰할 수 있는 경우에는 원칙적으로 실지조사의 방법에 의하여 소득금액을 경정함이 타당하다. 한편, 청구법인이 제시한 장부 및 증빙자료 등을 근거로 실지조사에 의하여 소득금액을 경정할 수 없다 하더라도 신용카드매입전표에 의하여 확인되는 주요매입비용은 손금으로 인정되어야 한다. 처분청은 소득금액을 추계결정하면서 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 가목에 따라 신용카드로 결제한 주요매입액을 손금으로 공제하지 아 니하였다. 비록 청구법인은 자금난으로 인하여 법인 명의의 신용카드를 사용하지 못하고 실무자 명의의 신용카드로 매입액을 결제하였으나, 그 매입액은 청구법인이 부담하였고 이러한 사실은 청구법인 명의의 금융계좌를 통하여 객관적으로 확인되며, 2017년 제1기 및 제2기 부 가가치세신고서에 의하더라도 신용카드 등 매입세액으로 신고한 내역이 포함되어 있을 뿐만 아니라 그 거래처도 확인할 수 있으므로 사업과 무관한 매입이나 허위매입으로 볼 수 없다. 따라서 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 가목은 매입액의 결제방법을 특별히 제한하고 있지 아니하므로 실무자 명의의 신용카드로 결제한 매입비용이라 하더라도 주요매입액에 해당한다면 손금에 산입하여 사업수입금액에서 공제함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 실제 장부가 존재하므로 과세관청의 무신고 결정을 취소한 후 기한 후 신고로써 과세표준을 결정하여 줄 것을 요구하고 있으나, 국세기본법 제45조의3 제1항 에서 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 과세표준과 세액을 결정․통지하기 전까지 기한 후 신고서를 제출할 수 있다고 규정하고 있음에도 청구법인이 기한 후 신고를 이행하지 아니함에 따라 적법하게 과세표준 및 세액을 결정․통지한 것이므로, 이 건 이후에 이루어지는 기한 후 신고는 인정할 수 없다. 또한 청구법인은 당초 결정을 취소하지 않는다면 장부대로 경정을 하 여야 한다고 주장하나, 심판청구일 현재까지 계정별 원장을 제시하지 아니한 점을 감안하면 청구법인이 평소 장부를 비치․기장하였다고 보기 어렵고, 추후 장부를 제시한다 하더라도 이를 신뢰하기 어려우므로 청구법인이 제시한 원시장부의 내용대로 소득금액을 경정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다. 한편, 법인세법 제66조 제3항 은 세무서장이 법인세의 과세표준을 결정 혹은 결정할 경우 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야한다고 규정하면서 단서 조항으로 같은 법 시행령 제104조 제1항에서 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 및 기장의 내용이 허위임이 명백한 경우에는 예외적으로 추계할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구법인이 제시한 자료는 청구법인의 통장, 신용카드 사용내역, 신용카드 매출전표, 계정별 원장, 재무제표 등으로 추정되는데, 이 중 계정별원장과 재무제표는 평소 기장을 성실하게 수행하였다면 이미 결산서의 형태로 갖추고 있어야 하고, 청구법인이 2019.10.4. 이 건 심판청구시 자료를 제시하지 못하고 2019.10.30. 송부한 사실로 미루어 볼 때 결산서 등이 준비되지 아니한 상태에서 사후에 장부를 작성한 것으로 추정할 수밖에 없으므로 동 장부 등을 신뢰할 수 없다. 따라서 법인세법 제66조 제3항에 의하여 추계조사의 방법으로 소득금액을 결정한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 장부 또는 증빙의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 것으로 보아 소득금액을 추계결정하여 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제66조[결정 및 경정] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 제104조[추계결정 및 경정] ② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

1. 사업수입금액에서 다음 각 목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증명서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 직원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증명서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령 제145조 의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액 제105조[추계결정ㆍ경정 시의 사업수입금액 계산] ② 제1항에 따라 수입금액을 추계결정 또는 경정한 경우에도 법인이 비치한 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 있는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액은 실지조사에 의하여 결정 또는 경정하여야 한다.

(3) 국세기본법 제45조의3[기한 후 신고] ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한 후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 제85조의3[장부 등의 비치와 보존] ① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.

② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2 제1항 제5호에 해당하는 경우에는 같은 호에 규정한 날까지 보존하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2017사업연도 법인세를 법정신고기한 내에 신고하지 아니함에 따라 처분청은 법인세법 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제104조 제2항에 따라 청구법인의 2017사업연도 소득금액을 아래 <표1>과 같이 추계결정하여 이 건 처분을 하였다. <표1> 이 건 처분 내역 (단위: 원) (

2. 처분청은 이 건 추계소득금액을 아래 <표2>와 같이 기준경비율 (10.5%)을 적용하여 산정한 것으로 타나난다. <표2> 추계소득금액 계산 내역 (단위: 천원)

(3) 처분청은 이 건 처분 이후 청구법인이 제시한 ‘일용근로자 지급명세서’를 근거로 인건비 OOO추가로 손금에 산입하여 2017사업연도 소득금액을 아래 <표3>과 같이 재경정하여 법인세를 환급한 것으로 나타난다. <표3> 소득금액 재경정 내역 (단위: 원) (4) 청구법인은 장부를 비치ㆍ기장하지 아니하거나 장부 및 증빙서류의 중요부분이 미비인 경우에 해당하지 아니하므로 법인세의 과세 표준 및 세액을 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 결정하여야 한다고 주장하며 장부, 법인통장내역, 신용카드 사용내역, 신용카드 및 사업용 지출에 대한 전표자료, 계정별 원장, 재무제표 등을 각각 제시하고 있 으나, 처분청은 이 건 처분 이후에 청구법인이 제시한 장부 및 증빙서류 등을 신뢰하기 어렵다는 의견이다.

(5) 그 밖에 청구법인은 이 건 2017사업연도 법인세는 신고하지 아니 하였으나, 2017년 제1기 및 제2기 부가가치세와 2018사업연도 법인세 등은 법정신고기한 내에 신고한 것으로 나타난다. (

6. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2017사업연도 법인세를 무신고함에 따라 부가가치세 신고내역 등을 근거로 소득금액을 추계결정하여 이 건 처분을 하였으나, 법인세법 제66조 제3항 단서 및 같은 법 시행령 제104조 제1항 제1호에서 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 과세관청이 대통령령으로 정한 바에 따라 추계결정할 수 있다고 규정하고 있는 반면, 같은 법 시행령 제105조 제2항에 따르면 과세관청이 수입금액을 추계결정 또는 경정한 경우에도 법인이 비치한 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 있는 경우에는 당해 사업연도의 과세표준과 세액은 실지조사에 의하여 결정 또는 경정하여야 한다고 규정하고 있다. 청구법인의 경우 처분청의 이 건 결정․통지 전까지 기한 후 신고를 이행하지 아니하다가 이 건 심판청구에 이르러 장부 및 증빙서류 등을 제시하며 실지조사에 의하여 소득금액을 경정할 것을 주장하고 있어서 청구법인이 사후에 제시한 장부 등을 전적으로 신뢰하기는 어 렵다 할 것이나, 청구법인이 장부 및 법인통장내역, 신용카드 사용내역, 신용카드 및 사업용 지출에 대한 1년분 전표, 계정별 원장, 재무제표 등을 각각 제시하며 실지조사에 의하여 소득금액을 경정할 것을 주장함에도 처분청은 청구법인이 제시한 자료 등이 사실에 근거하여 작성 된 것인지 여부 등에 대하여 실지조사하지 아니하고 곧바로 소득금액을 추계결정한 점, 청구법인은 이 건 2017사업연도 법인세를 제외한 2017년 제1기 및 제2기 부가가치세 및 2018사업연도 법인세 등은 모두 법정신고기한 내에 신고한 것으로 나타나고, 처분청도 청구법인의 위 부가가치세 신고내용 등을 근거로 소득금액을 추계결정하였을 뿐만 아니라 위 신고서상 금액과 청구법인이 제시한 장부상 금액을 대사한 결과, 그 금액이 서로 일치하는 것으로 나타나는 등 청구법인이 제시한 장부 및 증빙자료 등에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 소득금액을 추계결정한 경우라 하더라도 청구법인이 장부 및 증빙자료 등을 제시한 이상 이를 근거로 실지조사에 의하여 2017사업연도 소득금액을 결정함이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청은 청구법인이 제시한 장부 및 법인통장내역, 신용카드 사용내역, 전표, 계정별 원장, 재무제표 등을 근거로 실지조사의 방법에 의하여 소득금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기 본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.