신성장동력연구개발비는 “연구·인력개발비”의 한 부분으로서 쟁점해외위탁개발비를 신성장동력연구개발 세액공제 대상에 해당하지 아니한다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
신성장동력연구개발비는 “연구·인력개발비”의 한 부분으로서 쟁점해외위탁개발비를 신성장동력연구개발 세액공제 대상에 해당하지 아니한다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
OOO세무서장이 2019.7.9. 청구법인에게 한 2014사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 청구법인이 미합중국 소재 해외자회사의 기업부설연구소에 ‘주행상황인지 스마트자동차’에 대한 기술개발비용으로 지출한 금액을조세특례제한법제10조 제1항 제1호에 따른 신성장동력연구개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 그 세액을 경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 신성장동력연구개발 관련 위탁연구 대상기관을 국내 소재 기관으로 한정한다는 규정은 2017.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용되는 것이므로, 2014년에 발생한 쟁점위탁연구개발비에 대해서는 적용할 수 없다. 2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부 개정된 조특법 시행령 제9조 제1항 및 2017.3.17. 기획재정부령 제614호로 일부 개정된 같은 법 시행규칙 제7조 제6항에 따라 신성장동력연구개발 관련 전담부서등에 대한 위탁연구개발비는 국내에 소재한 기업의 전담부서등에 대한 위탁연구개발비만을 세액공제 대상으로 개정되었고, 그 시행시기는 2017.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용된다. 따라서 2017.1.1. 이전에 개시한 사업연도에 발생한 비용인 쟁점쟁점해외위탁연구개발비는 위 개정된 법령의 적용대상이 아니다.
(2) 2012년 개정된 조특법 및 같은 법 시행령에서는 신성장동력연구개발을 위한 위탁비용의 범위는 [별표 6]에 따르는바, [별표 6]에서는 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등”과 관련된 비용도 세액공제 대상에 포함하고 있다. (가) 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부 개정된 조특법 시행령 제9조 제1항은 신성장동력연구개발비를 규정함에 있어 “자체기술개발비용만 해당한다”라는 종전의 문구를 삭제한 취지는 기업의 위탁 및 공동연구개발에 대한 현실을 반영하여 신성장동력연구개발 관련 위탁 및 공동연구개발비도 세액공제 적용대상으로 인정하기 위한 것이다. (나) 2012.2.2. 개정된 조특법 시행령 제9조 제1항의 개정취지는 다음과 같다. 상기 개정 내용 및 개정 이유와 같이 기업의 위탁 및 공동연구개발에 대한 현실을 반영하기 위하여 “자체기술개발비용만 해당한다”라는 문구를 삭제하였으며, 이를 통해 신성장동력연구개발 관련 위탁 및 공동연구개발비도 세액공제 적용대상으로 인정하게 되었음을 알 수 있고, 그 개정취지에 부합하도록 2012.2.28.에 조특법 별지 서식도 개정하여 신성장동력연구개발비 명세서에 ‘위탁 및 공동연구개발비’ 란을 추가한 것을 보더라도, 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터는 위탁 및 공동연구개발비도 신성장동력연구개발비 세액공제 적용대상에 포함되는 것임을 알 수 있다. (다) 조특법 제10조의 “연구·인력개발비(=신성장동력·원천기술연구개발비 + 일반연구·인력개발비)” 개념에 의할 때, 위탁 신성장동력·원천기술연구개발비에 대한 구체적 세액공제 적용범위에 대해서는 조특법 시행령 [별표 6]의 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용을 기준으로 판단한다. 2014년에 적용되는 조특법 제10조 제1항에 따르면, “연구·인력개발비”는 ① 신성장동력연구개발비, ② 원천기술연구개발비, ③ ①과 ②에 해당하지 아니하는 ‘일반연구·인력개발비’로 구분된다. 이때 “연구·인력개발비”는 조특법 제9조 제2항 제1호 및 2019.2.12. 대통령령 제29527호로 일부 개정되기 전의 같은 법 시행령 제8조 제1항에 따라 [별표 6]의 비용으로 정의되고, 조특법 시행령 [별표 6]은 제목이 ‘연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조제1항)’으로 규정되어 있다. 2014년에는 신성장동력·원천기술 연구개발비 세액공제 대상이 되는 위탁비용에 대한 구체적 범위를 상기 조문 체계를 통해 규정하고 있었고, 이후 신성장동력·원천기술연구개발비 세액공제 대상이 되는 위탁비용의 구체적 범위에 대한 규정이 2017.2.7. 조특법 시행령 제9조 제1항 제2호로 신설되었다. 상기의 내용을 종합하면, 신성장동력연구개발비는 “연구·인력개발비”의 한 부분으로서 2014년에 발생한 신성장동력연구개발을 위한 위탁비용의 범위는 구 조특법 시행령 [별표 6]에 따르는 것이다.
(3) 국외 소재 기업의 연구기관 또는 전담부서등에 지출하는 위탁연구개발비는 구 조특법 시행령 [별표 6] 제1호 나목 1) 마)에 규정된 세액공제대상 위탁비용 기관의 하나인 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등”에 지출한 비용에 해당한다는 것이 유권해석의 일관된 입장이다. “신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서등”에서 “전담부서등”의 정의와 관련된 조문규정 체계를 정리하면 아래와 같다. 상기의 조특법 시행령 및 시행규칙 등의 조문 체계를 보면, 결론적으로 “전담부서등”의 정의는 조특법 시행규칙 제7조 제1항에 따라 판단해야 하는 것이다. 그런데 [별표 6] 제1호 나목 1) 마)에서는 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등”과 관련된 위탁비용 또는 공동연구개발비는 세액공제 대상에 해당하는 것으로 규정하고 있는 반면, 조특법 시행규칙 제7조 제1항에서는 국내법에 따른 한국 정부의 인정을 받은 “전담부서등”만 세액공제 대상 전담부서등으로 규정하고 있는바, 국외 소재 기업의 연구기관 또는 전담부서등에 연구개발용역을 위탁하거나 해당 기관 등과 공동연구개발을 수행하는 경우에 관련 비용이 세액공제 대상에 해당하는지 여부에 대한 상반된 입장이 있을 수 있다. 이에 대하여 과세관청은 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등”과 관련된 위탁비용 또는 공동연구개발비는 구 조특법 시행규칙 제7조 제1항에 따른 “전담부서등”에 대한 위탁비용 또는 공동연구개발비에 해당한다는 입장, 즉 세액공제 대상비용에 해당한다는 입장을 견지하고 있다(국세청 법인세과-609, 2010.6.29., 기획재정부 조세지출예산과-488, 2007.6.26., 기획재정부 조세특례제도과-423, 2019.5.30. 참조).
(4) 처분청의 의견에 대한 항변내용은 다음과 같다. (가) 처분청은 관련 법령의 개정 연혁 및 취지(2012.1.1. 이후 자체연구개발에서 (재)위탁 및 공동연구개발까지 추가되었고, 2017년에 신약 임상 위탁연구개발에 한해 국외 기관 포함 등으로 확대되었으며, 2019년 세법개정시 내국법인이 직간접으로 지배하고 있는 외국법인까지 대상에 포함)에 비추어볼 때, 청구법인이 2014년 국외 소재 연구소 및 전담부서에 지출한 쟁점해외위탁연구개발비는 세액공제 대상에 해당되지 않는다는 의견이나, 이 건의 경우 개정 전인 2014년 사업연도에는 국내기관에 한정한다는 문구가 존재하지 않다가 국내기관에 한정한다는 문구가 2017.3.17. 법령 개정시 추가되었고, 부칙에 이 법을 공포한 날부터 시행한다고 명확히 규정하고 있다. 세법에 대한 합리적 수준의 지식을 가진 납세자가 2014년 당시 신성장동력 연구개발비 세액공제 대상 여부를 판단해야 했다면, 당시 법률의 문언자체 및 개정취지를 통해서는 해외위탁연구개발비를 세액공제 대상에서 배제해야 한다고 판단하지는 못했을 것이고, 2017년부터 배제하는 것으로 판단하였을 것이 자명하다. 따라서 2017년 개정 전 법문 및 부칙에 의해 쟁점해외위탁연구개발비가 신성장동력 연구개발 세액공제 적용 여부를 다투는 본 사안에 대해 개정취지를 충실히 반영하지 못한 법문에 대한 개정세법 해설을 근거로 유추해석하여 2014년 해외위탁개발비 공제를 부인하는 것은 타당하지 않다. 즉 과거 법조문에 대한 해석을 그 당시 이후의 개정취지 및 문답자료 등을 통해 명확히 하고자 한다면 조세법률주의의 원칙에 위배될 뿐 아니라 납세자의 신뢰보호를 침해할 수 있어 신의성실의 원칙에도 위배된다. (나) 처분청은 조특법 시행규칙 제7조 제1항에 따르면, 국외소재 기업의 연구기관 또는 전담부서는기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(이하 “기초연구진흥법”이라 한다)에 따른 즉, 국내 법령에 따라 국내 장관이 인정하는 전담부서 등에 해당하지 아니한다는 의견이나, 기획재정부 유권해석(조세특례제도과-423, 2019.5.30.)에 따르면, 조특법 시행령 [별표 6]의 ‘국내외 기업의 연구기관’ 즉 기초연구진흥법 제14조 제1항 제7호의 그 밖의 연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준인 과학기술정보통신부장관이 인정하는 기관이 국내에만 한정되는지 여부가 쟁점이 되었는바, 기획재정부에서는 해당 법률에 따른 국내외 연구기관에 한정하는 것은 아니며 국내외 기업의 연구기관에 해당하는지 여부는 해당 기관의 연구 인력ㆍ시설현황, 연구실적 등 구체적인 사실관계를 고려하여 종합적으로 판단할 사항이라고 해석하였다. 즉 조특법 시행령 [별표 6]의 ‘전담부서 등’은 기초진흥연구법에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 전담부서 등에 한정되지 않는 것이다. 따라서 조특법 시행령 [별표 6]에서 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등’이라고 규정하면서 국내 또는 국외 기업의 연구기관 등에 위탁한 연구개발비가 세액공제 적용대상임을 명시하고 있고, 국외 기업의 연구기관 등이 국내 법령에 따라 국내 장관의 인정을 받는 일은 드문 경우일 것이므로 위 기획재정부 유권해석을 통해 법문의 의미를 더욱 명확히 한 것이다.
(1) 조특법 제10조 제1항에서는 ‘내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우 해당 과세연도의 법인세에서 이를 공제한다’고 규정하면서, 같은 법 시행령 제9조 제1항에서는 연구소 또는 전담부서에서 영 [별표 7]에 따른 신성장동력사업 분야별 대상기술의 연구개발업무 관련 인건비, 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 등을 세액공제 대상으로 나열하였고, 같은 법 시행규칙 제7조 제2항에서는 연구소 및 전담부서에 관하여 기술하고 있다. 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부 개정된 조특법 시행령 [별표 6]의 제1호 나목 1) 마)에서 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(신성장동력산업 연구개발업무 또는 원천기술연구개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서 등만 해당한다)’으로 규정하고 있고, 2013.2.15. [별표 6] 같은 조항을 비전담부서에서 발생한 연구개발비용을 세액공제 적용 배제하기 위해 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)’로 개정한 바 있다. 개정 전 단서인 ‘신성장동력산업 연구개발업무 또는 원천기술연구개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서등만 해당한다’를 삭제하고 ‘전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다’로 개정한 이유는 일반 연구개발비까지 위탁 및 공동연구개발비용에 대해서 기획재정부령이 정하는 전담부서 등 요건이 확대되고, 전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정하는 것으로 요건이 강화된 것이며, 신성장동력산업 연구개발업무의 전담부서 요건이 삭제되거나 완화된 것은 아니다.
(2) 기획재정부령이 정하는 전담부서는 조특법 시행규칙 제7조 제1항 제1호에서 ‘ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(이하 “기초연구진흥령”이라 한다) 제16조 제1항 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서’에 한정되므로 국외소재 기업의 연구기관 또는 전담부서는 기초연구진흥령에 따른 전담부서 등에 해당하지 않는다. 또한, 청구법인이 제출한 국세청 질의회신(국세청 법인세과-609, 2010.6.29.)은 신성장동력산업 분야의 연구개발비가 아닌 일반 연구･인력개발비에 관한 내용이며, 조특법 별지 제3호 서식(2) ‘신성장동력산업 및 원천기술 연구개발비명세서 개정서식의 경우, 2012.1.1. 이후 국내 (재)위탁 R&D 및 공동연구개발비가 추가되면서 개정된 것으로 해외위탁연구개발비 추가와는 관련이 없다.
(3) 처분청은 청구법인의 당초 경정청구를 처리함에 있어, 2019.5.17. 국내에 소재한 주식회사 OOO현지방문하였고, OOO구성된 총 200여명의 인력이 근무하고 있는 것을 확인하여 전담부서내의 인건비 및 재료비 등 총 OOO인정, 법인세 OOO환급결정한 바 있으나, 청구법인의 해외자회사 OOO산하 기업부설연구소인 OOO그러한 전담부서가 존재하는지 여부조차 확인되지 않는 상태에서, 조특법 시행규칙에서 정한 미래창조과학부장관 및 기획재정부장관에 대한 신고라는 형식적 요건도 갖추지 않은 비용에 대해 세액공제를 적용함은 조세공평이라는 원칙에도 부합하지 않는다. 그러나 신기술 관련 국내 연구여건이 확보되지 않은 국내기업의 경우, 외국과의 위탁⋅공동 연구개발이 필요한 점을 감안하여, 2020년 세법개정 시 같은 법 시행규칙 제7조 제6항 8호를 신설하면서 비로소 외국법인에 부설된 연구기관을 포함하게 되었고, 2020년 세법개정 문답자료에 따르면, “신성장⋅원천기술 R&D 비용 세액공제는 위탁⋅공동연구비의 경우 신성장⋅원천기술의 국내 개발 촉진 및 기술 확보를 위해 국내기관에 위탁한 금액만 공제대상으로 인정하였으나, 내국법인이 지배하는 국외법인(연구소)의 연구역량은 궁극적으로 내국법인에 귀속되므로 신성장⋅원천기술의 국외 유출 우려가 크지 않아 적용 확대에 부작용을 일부 방지할 수 있는 점도 감안된다”라고 그 배경을 설명하고 있다. 이렇듯 2020년 개정세법 취지 및 당초 법령에 대한 문구 등을 감안한다면, 청구법인이 주장하고 있는 해외위탁연구개발비에 대한 신성장동력 연구개발비는 세액공제 대상이 될 수 없어 당초 처분은 정당한 것이다.
(4) 국세청의 2012년 개정세법 해설에서 알 수 있는 바와 같이 신성장연구개발 세액공제 대상이 당초 자체연구개발에서 2012.1.1.이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 (재)위탁 R&D, 및 공동연구개발까지 추가되었고, 2017년에 이르러 위탁·공동연구개발기관 범위를 국내 대학 또는 전문대학, 국공립연구기관, 정부출연연구기관, 국내 비영리법인, 신약에 대한 임상 1․2상 및 희귀질환의약품 임상의 위탁연구개발에 한해 국외 기관 포함 등으로 확대하였으며, 2019년에는 내국법인이 직‧간접적으로 지배하고 있는 외국법인까지 세액공제 대상에 포함되었으므로, 청구법인이 주장하는 2014사업연도에 발생한 해외위탁연구개발비는 신성장동력산업 분야의 연구개발비에 해당되지 않는다.
(5) 청구법인의 항변내용에 대한 추가 답변은 다음과 같다. 청구법인은 신성장동력 연구개발비에서 해외위탁연구개발비를 제외하도록 규정하고 있는 조문은 어디에서도 찾아 볼 수 없다고 주장하나, 반대로 해외위탁연구비를 예외 없이 무조건 포함하도록 규정한 조문도 없다. 조특법 시행령 [별표 6] 제1호 나목 1) 마)에서 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등’이라고 규정되어 있어 일응 해외위탁연구개발비도 공제 가능한 것으로 보이나, 마) 단서에는 “전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다”라고 규정되어 있는바, 여기서 전담부서 등이란 앞서 [별표6] 가목 1)에서 정의한 바에 따르면, ‘연구개발 또는 문화산업 진흥을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서’를 의미하기 때문에 모든 해외위탁연구개발비에 대해 공제 적용해야 한다는 식의 청구인의 주장은 잘못된 것이다. 구체적으로 [별표 6] 가목 1)에서 정의한 ‘연구개발 또는 문화산업 진흥을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서’가 무엇인지 문제되는데, 조특법 시행규칙 제7조 제1항에서 “영 별표 6 가. 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서 (이하 전담부서 등이라 한다)를 말하며”라고 하고 있고, 제1호 및 제2호에서 각각 국내법령에 따라 국내 장관이 인정, 고시하는 연구소 또는 전담부서를 말하고 있다. 이러한 논리에 따르면 국외소재 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁하여 소요된 연구개발비도 공제 가능하기는 하나, 다만 그 국외소재 기업의 연구기관 또는 전담부서가 국내법령에 따라 국내장관이 인정하는 것이어야 함을 의미하는데, 청구법인의 경우에는 이러한 경우에 해당하지 않는다.
(1) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부 개정된 것) 제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구·인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.
② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.
1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8
4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다) 100분의 2 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④ 제1항제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부 개정된 것) [별표 6] <개정 2012.2.2> 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용
1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비(소득세법 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 법인세법 제33조 에 따른 퇴직급여충당금은 제외한다)
2. 〜 3) 생략
1. 다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용
2. 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다)에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용 라〜아. 생 략 (3) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 일부 개정된 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액
2. 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
1. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력산업 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장동력산업연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.
2. 신성장동력산업연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비
② 법 제10조 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
1. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 8에 따른 원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “원천기술연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.
2. 원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비
⑧ 법 제10조 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력연구개발비 또는 원천기술연구개발비가 일반연구·인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용 전액을 일반연구·인력개발비로 한다.
⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑩ 내국인이 지출한 연구개발비가 신성장동력연구개발비 및 원천기술연구개발비에 해당되는지에 관한 사항을 심의하기 위하여 기획재정부장관 소속으로 신성장동력산업및원천기술연구개발심의위원회를 둘 수 있다.
⑪ 제10항에 따른 신성장동력산업및원천기술연구개발심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획재정부장관이 정한다. [별표 6] <개정 2014.2.21> 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용
1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. 가) 소득세법 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 나) 소득세법 제29조 및 법인세법 제33조 에 따른 퇴직급여충당금 다) 법인세법 시행령 제20조제1항 각 호에 따른 성과급 등
2. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)
3. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용
1. 다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용
2. 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다)에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용
11. IT융합
1. 주행상황 인지 센서: 주행상황을 인지하는 차량탑재용 비젼(vision) 센서(sensor), 레이더(radar) 센서, 레이져 스캐너(laser scanner) 센서, 초음파 센서를 제작하는 기술
2. 주행상황 인지 기반 통합제어 시스템 기술: 차량탑재 센서를 기반으로 자동주차, 사고회피 및 능동안전주행을 수행하기 위한 센서퓨전(sensor fusion) 기술, 차량 내 통신기술, 통합제어시스템 설계기술
3. 차량외부통신 기반 종ㆍ횡 방향 통합제어 시스템 기술: 도로 주변상황 정보를 제공하는 인프라(infra)와 차량 간 통신 네트워크(network)의 도움을 받아 자동주차ㆍ사고회피 및 능동안전주행을 수행하기 위한 차량 내부ㆍ외부 간 통신 플랫폼(platform) 설계기술, 차량외부 통신기술, 인프라통신 연계 센서퓨젼(sensor fusion) 기술 및 통합제어시스템 설계기술 (3) 조세특례제한법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 일부 개정된 것) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ①영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제18조 제2항 에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 “연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다.
1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
2. 문화산업진흥 기본법 제17조의3 에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서
② 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 연구소 및 전담부서”란 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 신성장동력산업연구개발업무 및 원천기술연구개발업무(이하 이 항에서 “해당업무”라 한다)만을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업(이하 이 조에서 “신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서등”이라 한다)을 말한다. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 그 내부 조직을 신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서등으로 본다.
③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.
1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자
법인세법 시행령 제43조 제7항 에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주
3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 소득세법 시행령 제98조제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 에 따른 특수관계인. 이 경우 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호 에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부 개정된 것) 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비”란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 “신성장동력·원천기술연구개발비”라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용
2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장동력·원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 부칙 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (5) 조세특례제한법 시행규칙(2017.3.17. 기획재정부령 제614호로 일부 개정된 것) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제18조 제2항 에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 “연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다.
1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 제1항 에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
2. 문화산업진흥 기본법 제17조의3 제1항 에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서
② 영 제9조 제1항 제1호 가목에서 “기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 영 제9조 제1항 제1호 가목에 따른 신성장동력·원천기술연구개발업무(이하 이 항에서 “해당업무”라 한다)만을 수행하는 국내 소재 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업(이하 이 조에서 “신성장동력·원천기술연구개발 전담부서등”이라 한다)을 말한다. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 그 내부 조직을 신성장동력·원천기술연구개발 전담부서등으로 본다.
⑥ 영 제9조 제1항 제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 기관”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 말한다. 다만, 제4호부터 제6호까지의 기관에 신성장동력·원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무를 위탁하는 경우(영 별표 7의 제7호 가목6)에 따른 임상1상 시험과 같은 목 7)에 따른 임상2상 시험 및 희귀질환관리법 제2조 제1호 에 따른 희귀질환의 진단 및 치료를 위한 의약품 개발을 위하여 실시하는 임상시험의 경우는 제외한다)에는 국내에 소재한 기관으로 한정한다.
1. 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학
4. 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)
5. 기업의 연구기관 또는 전담부서등(신성장동력·원천기술연구개발업무만을 수행하는 전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)
6. 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업 (6) 조세특례제한법 시행규칙(2020.4.21. 기획재정부령 제791호로 일부 개정된 것) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ①영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제18조 제2항 에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 “연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다.
1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 제1항 에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
2. 문화산업진흥 기본법 제17조의3제1항 에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서
3. 산업디자인진흥법 제9조 에 따른 산업디자인전문회사(이하 이 조에서 “산업디자인전문회사”라 한다)
② 영 제9조 제2항 제1호가목에서 “기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 영 제9조 제2항 제1호 가목에 따른 신성장ㆍ원천기술연구개발업무(이하 이 항 및 제4항에서 “해당업무”라 한다)만을 수행하는 국내 소재 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술연구개발 전담부서등”이라 한다)을 말한다. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 조직을 신성장ㆍ원천기술연구개발 전담부서등으로 본다.
1. 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우: 그 내부 조직
2. 제1호 외의 경우: 해당업무 및 일반연구개발을 모두 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업
⑥ 영 제9조 제2항 제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 기관”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 말한다. 다만, 제4호부터 제7호까지의 기관에 신성장ㆍ원천기술의 연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)하는 경우(영 별표 7의 제7호 가목 6)부터 8)까지의 규정에 따른 임상1상ㆍ2상ㆍ3상 시험의 경우는 제외한다)에는 국내에 소재한 기관으로 한정한다.
1. 고등교육법 제2조 에 따른 대학 또는 전문대학
4. 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)
5. 산업기술혁신 촉진법 제42조 에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관
6. 전담부서등(신성장ㆍ원천기술연구개발업무만을 수행하는 전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다) 또는 국외기업에 부설된 연구기관
7. 국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구ㆍ개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외소재 기업
8. 내국인이 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 50 이상을 직접 소유하거나 100분의 80이상을 직접 또는 간접으로 소유하고 있는 외국법인(외국법인에 부설된 연구기관을 포함한다)
(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나나타난다. (가) 청구법인은 OOO대한 연구를 위하여 OOO에 소재에 OOO설립하였고, 2010.10.6. OOO(미래창조과학부장관으로부터 권한을 위탁받음)으로부터 최초 인정을 받은 기업부설연구소이다. (나) 처분청은 청구법인이 신성장동력산업 연구개발업무 전담부서를 설치하였는지의 여부를 확인하기 위하여 2019.5.17. OOO방문하였고, OOO에는 OOO구성된 총 200여명의 인력이 근무하고 있는 것으로 확인되었으며, 신성장동력 연구개발 전담부서(팀) 주요 연구･개발 내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 신성장동력 연구개발 전담부서 현황 (다) 청구법인이 경정청구시 제출한 신성장동력 연구개발비용, 처분청의 일부 수용․거부처분 및 불복내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 경정청구 등의 내역 (단위: 원) (라) 신기술 관련 국내 연구 여건이 확보되지 않은 경우 외국과의 위탁·공동 R&D가 필요한 점을 감안하여 기획재정부에서 2019.7.25. 확정 발표한 2019년 세법개정안과 문답자료는 다음과 같다.
(2) 청구법인 제시한 증거서류는 다음과 같다. (가) 쟁점해외위탁연구개발비와 관련된 미국 소재 OOO의 조직도, 2015년 OOO인원현황을 제출하고 있다. (나) 청구법인은 2012.2.28. 일부 개정 전․후의 조특법 별지 제3호 서식 ‘신성장동력산업 및 원천기술 연구개발비명세서’를 제시하고 있다. (다) 청구법인이 제시한 국세청 및 기획재정부 유권해석 사례는 다음과 같다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부 개정된 조특법 시행령 제9조 제1항에서 “자체기술개발비용만 해당한다”라는 종전의 문구를 삭제한 취지는 기업의 위탁 및 공동연구개발에 대한 현실을 반영하여, 신성장동력연구개발 관련 위탁 및 공동연구개발비도 세액공제 적용대상으로 인정하기 위한 것인 점, 신성장동력연구개발비는 “연구·인력개발비”의 한 부분으로서 2014년에 발생한 신성장동력연구개발 세액공제 대상이 되는 위탁비용의 범위는 조특법 시행령 [별표 6]에 따르는 것이고, 같은 법 시행령 [별표 6] 제1호 나목 1) 마)에 따라 “국내외 기업의 연구기관”에 위탁 또는 공동연구개발 비용도 세액공제의 대상으로 볼 수 있는 점, 2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부 개정된 조특법 시행령 제9조 제1항 제2호 및 2017.3.17. 기획재정부령 제614호로 일부 개정된 조특법 시행규칙 제7조 제6항에 의하면 국내에 소재한 기업의 전담부서등에 대한 위탁연구개발비만을 세액공제 대상으로 개정되었는바, 동 세법개정 이전에는 국외기업에 대한 위탁비용도 연구개발 세액공제의 대상이었다고 해석할 수 있는 점, 기획재정부 등 유권해석 사례(기획재정부 조세특례제도과-423, 2019.5.30.)에 의하면, 조특법 시행령 [별지 6]의 ‘국내외 기업의 연구기관’은 조특법 시행규칙 제7조에서 규정한 “전담부서등”에 한정하지 아니한다는 취지로 해석하고 있는 점, 처분청은 동 유권해석 사례가 일반연구개발 세액공제에 대한 것으로 신성장동력연구개발 세액공제와는 다르다는 의견이나, 조특법 시행령 [별표 6]에서 연구인력개발비 세액공제를 적용받은 비용을 규정하면서 일반연구개발 세액공제와 신성장동력연구개발 세액공제의 대상을 별도로 구별하고 있지 아니하여 달리 볼 이유가 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점해외위탁개발비를 신성장동력연구개발 세액공제 대상에 해당하지 아니한다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.