쟁점부동산의 실제취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO, OOO 소재 토지 2,479㎡ 및 그 지상 건물 710.85㎡[A동(주택, 제조업소 및 창고로 사용)과 B(제조업소로 사용)으로 구성된 것으로, 토지와 함께 이하 “쟁점부동산”이라 한다]에서 OOO 및 (주)OOO을 영위하던 중 2016.11.15. 파산선고를 받았고, 쟁점부동산이 2017.7.18. 임의경매(2016.9.9. 개시결정)로 OOO원에 매각되자, 처분청에 2017.10.12. 양도가액, 취득가액 및 납부할 세액이 없는 것으로 기재하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산은 청구인의 파산선고일(2016.11.15.) 이전인 2016.9.9. 임의경매 개시 결정되어 매각된 것으로 소득세법제89조 제1항 제1호의 ‘파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득’에는 해당하지 아니하는 것으로 보고, 2019.2.25. 쟁점부동산에 대하여 양도소득세를 부과하면서, 쟁점부동산 중 주택 및 그 부수토지는 같은 법 제89조 제1항 제3호의 ‘1세대 1주택 비과세’에 해당하여 비과세 대상이고, 나머지 토지 및 건물 중 실지 취득가액이 확인되는 A동 중 제조업소로 사용된 부분을 취득가액을 실지거래가액으로 하되, 이를 제외한 나머지는 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 적용하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.5.23. 이의신청을 거쳐 2019.9.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산에서 식품가공업을 영위하던 중 사기피해를 당해 파산결정을 받았고, 파산진행과정에서 쟁점부동산이 경매로 매각되자 2017.10.12. 처분청 세무공무원의 안내를 받아 양도소득세를 비과세대상으로 신고하였는데, 신고서 작성시 세무공무원에게 사실관계를 설명하고 추후 있을 것을 문의하였으나 모든 것이 종료되었다는 안내를 받고 모든 서류를 소각하고 생업에 종사하였다. 그러나 1년이 지난 2018년 11월에 이르러 청구인에게 아무런 소명기회를 주지 아니하고 쟁점부동산의 실지 취득가액이 불분명하다고 하여 갑자기 과세예고통지를 하였고 2019.2.19. 이 건 양도소득세를 부과한바, 처분청 세무공무원이 당초 청구인의 신고 당시 제대로 안내하였거나 잘못된 부분을 찾아내었다면 쟁점부동산의 실제취득가액을 소명할 수 있었을 것이다. 청구인은 쟁점부동산에 대하여 2002.10.2. 그 소유권이전등기를 마쳤고 그 직후인 2002.10.9. 근저당권자를 ㈜OOO으로 한 채권최고액 OOO원, 2002.10.14. 근저당권자를 OOO(주)로 한 채권최고액 OOO원의 근저당권설정등기가 마쳐졌으며 이는 한국감정원의 감정평가에 따른 것이다. 당시 쟁점부동산 소재지역(OOO)의 담보대출비율이 감정가액의 50%이라는 사실은 은행, 세무서, 감정원, 변호사 등이 숙지하고 있는 주지의 사실이자 일반적인 금융기관의 공통사항인바, 상기 근저당권설정등기의 채권최고액의 합계액인 OOO원과 관련하여 청구인은 2002년 10월경 실제 OOO원을 대출 받았는데 그렇다면 담보대출비율(50%)로 역산한 OOO원이 실제 취득가액으로 확인된다고 할 것이고 처분청도 이러한 사실을 알고 있음에도 이를 임의로 쟁점부동산의 실제취득가액으로 인정하지 않는 것은 상거래에 대한 신의성실 원칙 전체를 부정하는 것으로 위법·부당하다. 또한 청구인이 쟁점부동산을 취득할 2002년경에는 다운계약서가 관행적으로 이루어지고 있었고 건축비 역시 무자료 거래가 관행으로 최소의 세금계산서만을 교부 받았는데, 처분청 납세자보호담당관에게 그 전소유자 및 중개인을 대면 하에 그 실지거래가액이 OOO원임을 확인시켜준 바 있고 실제 건축업자와 레미콘 회사의 성명을 밝혀 확인시켜 주는 등 그 입증을 다한 바 있다.
• 나. 처분청 의견 실지거래가액으로 양도차익을 산정함에 있어서 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우, 취득가액은 매매사례가액, 감정가액, 환산가액으로 하는 것이다. 처분청은 쟁점부동산 중 주택 및 부수토지에 해당하는 부분은 1세대 1주택에 따라 비과세하고, 나머지 부분에 대한 양도차익을 산정함에 있어 세금계산서 합계표 등으로 취득가액(신축비용에 취득세 등을 가산하고 감가상각비를 차감한 것)이 확인되는 A동 중 제조업소의 취득가액은 실지거래가액으로 하였으나, 나머지 부분은 실제취득가액이 확인되지 않아 환산취득가액을 적용하였다. 이에 청구인은 쟁점부동산에 설정된 근저당권은 한국감정원의 감정평가에 따른 대출에 의한 것으로 당시 쟁점부동산 소재지역의 담보대출비율은 감정가액의 50%라는 것은 주지의 사실이므로 쟁점부동산의 실제취득가액이 쟁점부동산에 근저당 설정된 채권최고액의 합계액인 OOO원을 50%으로 역산한 금액인 OOO원이라고 주장하나, 청구인이 쟁점부동산을 담보로 하여 대출을 받을 때 감정평가를 받은 것인지 기준시가 등을 기준으로 한 것인지 알 수 없고, 2002년 당시 일반적인 담보대출비율이 감정가액의 몇 %로 이루어졌는지 알 수 없으며, 대출비율은 개별대출마다 다를 수 있다. 또한 근저당권자중 OOO(주)는 청구인이 운영하던 OOO의 매입처로 근저당권설정액이 감정평가액을 근거로 이루어져 있는지도 알 수 없는바, 이에 쟁점부동산 중 실제취득가액이 확인되지 않는 부분에 대하여 환산취득가액을 적용한 당초 처분에 적법하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 실제취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다. 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시 기준시가 양도당시 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점토지의 등기부등본 등에 기재된 내용에 따르면, 쟁점부동산은 아래 <표1>과 같이, 토지는 2002.10.2. 박OOO로부터 매매로 취득한 것이고, 건물은 2002.10.1. 보존 및 2003.10.21. 증축에 따라 취득한 것이다. OOO 쟁점부동산은 채권자 OOO(주)이 신청한 임의경매개시결정(OOO지방법원 2016타경5807, 2016.9.9.)에 따라 2017.7.18. OOO원에 임의경매로 인한 매각되었는데, 매각대금 전액은 OOO유한회사(양도인: OOO은행)이 배당받았고, 경락을 받은 자는 위OOO(청구인의 배우자)이며, 상기 임의경매개시결정에 따라 OOO감정평가법인이 2016.10.31. 쟁점부동산을 감정평가한 내용에 따르면, 감정평가액은 토지 OOO원, 건물 OOO원, 제시외건물 OOO원으로 합계 OOO원이다.

(2) 청구인은 2016.11.15. 파산선고(OOO지방법원 2016.11.15. 선고 2016하단465 결정)를 받았고, 청구인이 운영하던 ㈜OOO도 2016.10.10. 파산선고(OOO지방법원 2016.10.10. 선고 2016하합503 결정)를 받았다. 청구인은 2017.10.12. 처분청에 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 신고하였는데, 양도자산 및 거래일란에 양도자산 종류로 ‘건물, 토지’를, 소재지로 ‘OOO’를, 양도일은 ‘2017.7.18.(경매)’, 취득일은 ‘2002(매매)’ 양도면적은 토지 2,417㎡, 건물 469㎡로 기재하였고, 양도소득세 계산, 취득가액 상세명세서 및 필요경비 계산상세명세서의 양도가액, 취득가액, 필요경비 등은 공란으로 제출하였다.

(3) 처분청은 2018.11.21. 청구인에게 쟁점부동산 양도소득세에 대한 과세예고통지를 하면서, 1세대 1주택 비과세로 본 주택 부분을 제외한 쟁점부동산의 양도·취득가액 등은 아래 <표2>와 같이 산정하였는데, 실지취득가액을 산정한 쟁점부동산 중 건물 A동 창고는 청구인이 2002년 제1기∼2002년 제2기 부가가치세 신고시 제출한 매입처별세금계산서합계표상 확인된 금액 합계 OOO원에 취·등록세 OOO원과 감가상각비 OOO원을 차감하여 산정한 것이고 나머지 자산은 모두 실지취득가액이 확인되지 않는 것으로 보아 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 환산한 가액인 환산취득가액으로 산정하였다. OOO

(4) 쟁점부동산의 등기부등본 중 을구에는 아래 <표3>과 같이 2002.10.9.과 2002.10.14. ㈜OOO과 OOO(주)를 근저당권자로 하여 각 채권최고액 OOO원과 OOO원의 근저당권설정등기가 마쳐졌다. OOO 이와 관련하여 청구인은 담보대출시 감정평가액 등에 일정한 대출비율이 적용되는 것은 주지의 사실이고, 당시 쟁점부동산이 소재한 지역의 담보대출비율은 감정가액의 50%이므로 상기 채권최고액의 합계액 OOO원에 담보대출비율을 역산한 OOO원이 쟁점부동산의 실지취득가액이라고 주장하고, 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 담보로 대출 받을 때 어떤 금액이 기준이었는지, 어떤 담보대출비율이 적용되었는지 알 수 없고, 근저당권자 중 OOO(주)는 청구인의 거래처인 점 등에 비추어, 청구인이 제시한 OOO원을 실지취득가액으로 볼 수 없다는 의견이다.

(5) 청구인은 과세전적부심사·이의신청시 청구인은 사기부도 피해를 입은 후 파산선고를 받아 양도소득세 면책·신고납부의무가 없는 것으로 알았고 파산면책 중 기거할 곳이 없어 쟁점부동산 관련서류를 모두 소각하여 실지취득가액을 증명할 수 없으나, 청구인이 취득할 당시 쟁점부동산 토지의 등기부상 명의자는 박OOO이나 실소유자는 임OOO로, 매매대금 OOO원 중 계약금만 지급하고 사용승낙서를 받아 공장 신축하였고 이후 신용보증기금의 보증서를 통해 당시 OOO은행(현 OOO은행)으로부터 2002.10.9. 대출받아, 잔금을 중개업자 박OOO의 사무실에서 현금지급하고 토지의 소유권이전 및 건물의 소유권보존등기를 하였으므로 이를 토지의 실지취득가액으로 인정하여야 하고, 원가 없이 건물을 신축할 수 없으므로 쟁점부동산의 임의경매결정시 OOO감정평가법인이 2016.10.31. 건물을 감정평가한 가액 OOO원에 잔존가기준 감가상각율 4%이 적용된 것으로 보아 2003·2004년으로 역산한 가액 합계 OOO원을 실지취득가액으로 인정하여야 한다고 주장하였다. 이에 처분청은 청구인이 쟁점부동산 중 토지의 취득자금과 관련하여 대출 받았다는 대출금과 관련하여 OOO은행에 확인한바 2002.10.9. OOO원의 대출금 승인된 사실은 확인되나 지급방법 등은 확인되지 않고, 박OOO도 쟁점부동산을 중개한 사실이 있고 당시 시세가 3.3㎡당 OOO원 내외였던 것으로 기억하나 매매대금에 기억이 나지 않는다고 진술하였으며, 청구인이 쟁점부동산의 실소유자라고 주장하는 박OOO는 당시 양도소득세 신고시 양도가액을 기준시가인 OOO원로 신고하였을 뿐 사실확인공문에 회신하지 않는 점 등에 비추어 쟁점토지의 실지취득가액이 불분명하다고 보았고, 건물의 경우 2016.10.31. 감정가액을 기준으로 임의산정한 것이자 취득일 전후 3개월 이내 감정가액이 해당하지 않는 것으로 보아 불채택 결정한 바 있다.

(6) 청구인은 이의신청시 위 주장과 더불어, 당초 쟁점부동산의 양도소득세 신고시 처리가 완료되었다고 듣고 관련 근거서류를 소각한 것으로 그러하지 않았다면 이를 소각할 이유가 없고, ‘2002년 쟁점부동산 중 토지를 청구인에게 OOO원에 매각하였음을 확인한다’는 내용의 확인서(중개인 박OOO가 서명한 것)과 2002.6.29. 청구인의 계좌에서 OOO원을 지출된 내역을 제출하였으며, 쟁점부동산의 마당에 레미콘업자로부터 콘크리트포장을 하였는지 그러한 부분이 반영되었는지 궁금하다고 주장하였다. 이에 OOO지방국세청은 청구인이 쟁점부동산 중 토지의 취득가액이라 주장하는 가액은 계약서 등 취득가액을 확인할 수 있는 구체적 증빙이 없고, 건물의 취득가액 역시 취득일 전후 3개월 이내에 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로 그 평균액에 해당하지 않아 이를 인정하기 어렵다고 보아 기각 결정하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 소득세법제114조 제7항, 같은 법 시행령 제176조의2 제1항 내지 제3항에 의하면, 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비한 경우에는 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 소득세법 시행령제176조의2 제2항에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 쟁점부동산의 양도차익 산정시 취득가액으로 실지거래가액이 인정되기 위해서는 그 취득과 관련한 매매계약서, 그 매매대금의 지급증빙 등으로 통해 구체적으로 그 금액이 확인되어야 하고, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 납세의무자로 하여금 입증토록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다 할 것인 점에 비추어 그에 대한 입증책임은 납세의무자에 있다고 할 것(대법원 2007.10.26. 선고 2006두16137 판결 등 참조)이다. 청구인은 쟁점부동산의 실지취득가액을 확인할 수 있는 증빙 등이 있었으나 파산선고나 처분청 세무공무원의 잘못된 양도소득세 안내 등에 따라 이를 파기하여 소명하지 못한 것이라 주장하나, 소득세법제89조 제1항 제1호에 따른 비과세대상에 해당하지 아니하는 쟁점부동산에 대하여 처분청이 국세기본법제26조의2 제1항의 부과제척기간 이내에 그 양도소득세를 부과하면서 취득가액을 청구인이 주장하는 실지거래가액으로 산정하기 위해서는 청구인이 이를 매매계약서, 그 매매대금의 지급증빙 등을 통해 스스로 입증하여야 할 것임에도 청구인이 제시한 쟁점부동산에 설정된 근저당권설정등기내역, 중개업자 등의 진술·확인내용 및 임의경매시 감정평가가액 등은 쟁점부동산의 실지거래가액을 확인하는데 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류에 해당한다고 보기 어렵다고 할 것이다. 또한 청구인은 위에서 제시한 사정과 함께 쟁점부동산에 설정된 근저당권설정등기상 채권최고액의 합계액 등에 담보대출비율 50%을 적용하여 산정한 금액 OOO원, 중개업자 등이 확인하였다는 OOO원 또는 임의경매시 감정평가액을 감가상각율로 역산한 OOO원이 쟁점부동산의 실지거래가액에 해당한다고 주장하나, 위에서 살펴본 바와 같이 실지거래가액이란 당해 부동산과 관련한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류 등에 따라 구체적으로 확인되어야 하는 것이지 부동산 거래와 관련한 통상적인 거래관행 등을 통해 산정할 수는 없는 것이라고 할 것인바, 이에 쟁점부동산 중 실지거래가액이 확인되는 A동 중 제조업소로 사용된 부분을 제외한 나머지 부분에 대하여 그 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.