영농조합법인에게 등록확인서 제출을 요구하는 이유는 농업경영체 육성 및 지원을 위한 융자ㆍ보조금 지원 요건을 충족하였는지 여부와 영농조합법인에 대한 세액 감면요건 충족 여부까지 확인하기 위한 것으로 보여, 농업경영체 등록확인서 제출 여부는 조세지원 측면에서도 해택을 부여하기 위한 전제조건으로 해석되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
영농조합법인에게 등록확인서 제출을 요구하는 이유는 농업경영체 육성 및 지원을 위한 융자ㆍ보조금 지원 요건을 충족하였는지 여부와 영농조합법인에 대한 세액 감면요건 충족 여부까지 확인하기 위한 것으로 보여, 농업경영체 등록확인서 제출 여부는 조세지원 측면에서도 해택을 부여하기 위한 전제조건으로 해석되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 농업경영체로 등록한 사실과 관계없이, 청구법인이 농업경영체법상 영농조합법인의 설립 및 존속요건을 일관되게 충족하고 있다면, 청구법인에게 조특법 제66조의 감면 규정의 적용을 배제하여서는 아니된다. (가) 농업경영체법 제16조 등에 따르면 농산물의 공동출하를 목적으로 농업인이 5인 이상 조합원으로 참여하면 영농조합법인을 설립 및 운영할 수 있다고 규정되어 있고, 이 때 농업인이란 1,000㎡ 이상의 농지를 경영하거나 경작하는 사람, 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람 등을 의미한다. 이와 관련하여, 청구법인은 농업인이 모여 농산물의 공동출하 등을 목적사업으로 영위하기 위하여 설립된 영농조합법인일 뿐만 아니라, 조합원 대부분이 농업인(생산자조합원, 경영체등록자)이고, 이러한 생산자조합원과 계약재배를 통하여 버섯을 조합원으로부터 수매한 후 도소매하는 것을 업으로 하고 있는 실질적이고 완전한 형태의 영농조합법인이다. 게다가 청구법인의 조합원 구성 역시 법인설립시부터 현재까지 큰 변동이 없으므로, 청구법인은 영농조합법인의 설립요건을 충족하고 있다. 즉, 청구법인은 농업경영체법상 영농조합의 존속요건을 계속적으로 충족하고 있었으므로 2018년 1월경 신청과 동시에 농업경영체 등록을 할 수 있었다. (나) 2014.2.21. 조특법 시행령 제63조 제7항을 개정하면서, 2015.1.1.부터는 농업경영체법 제4조에 따른 “농업경영체 등록확인서”를 법인세 과세표준 신고시 세액면제신청서와 함께 제출하도록 규정하였는데, 이는 법인세 면제를 받고자 하는 영농조합법인의 조세감면 신청의 적정 여부에 대한 개연성을 확보할 수 있는 간접적 증거로 활용할 수 있는 보조적 수단일 뿐이다. (다) 농업경영체법에 의하면 농업경영체 등록은 강제사항이 아니고 융자나 보조금 등을 지원받으려는 자에 한하여 농업경영체 등록을 요구하는 것일 뿐이다. 즉, 농업경영체 등록은 청구법인처럼 영농조합의 존속요건을 갖추면 언제든지 신청만 하면 곧바로 등록이 가능한 상황임에도 불구하고 농업경영체 미등록과 등록확인서 미제출 등으로 인하여 법인세 감면이 불가능하다면 조세법률주의의 관점에서 부당한 해석이다.
(2) 청구법인이 2016년도 법인세 신고시 청구법인의 농업경영체 등록확인서가 아니라 조합원의 농업경영체 등록확인서를 제출하게 된 이유는 과세관청의 담당공무원의 착오 때문이었으므로, 수년이 지난 지금에서야 법인세 면제혜택을 부인하는 것은 과세관청이 국세기본법상의 신의성실의 원칙을 위반한 것일 뿐만 아니라, 가산세 감면의 정당한 사유가 인정되어야 하는 사정에 해당한다. (가) 청구법인의 법인세 감면은 관할세무서 담당 직원이 요구한 서류를 근거로 결정되었는데, 만약 당시 관할세무서 담당 직원이 서류를 적정하게 확인하였다면 2016년도 법인세 감면이 부인되어 가산세는 부과되지 않았을 것이다. 또한 2017년도 법인세 신고시 농업경영체 신청을 하여 적정하게 감면을 받았을 것이므로, 이 건 과세처분은 납세자에게 귀책사유가 인정될 수 없다. (나) 조세법률관계에서 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명한 경우로 볼 수 있고, 그에 반하는 과세관청의 소극적 행위로 인하여 납세자가 피해를 입은 것이므로 신의성실의 원칙이 적용될 수 있는 상황이다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 한 2016∼2017사업연도 법인세 부과처분은 조세법률주의에 반하여 조특법 제66조의 감면 규정의 적용을 배제한 것일 뿐만 아니라, 국세기본법제15조의 신의성실의 원칙에 반하는 것이며, 나아가 가산세 감면의 정당한 사유를 인정할 수 있는 경우에 해당한다.
(1) 청구법인은 2016∼2017사업연도 농업경영체로 등록한 사실이 없으므로, 조특법 제66조의 감면 규정을 적용받을 수 없다. (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2004.5.27. 선고 2002두6781 판결 참조). (나) 조특법 제66조 제1항은 “2018.12.31. 이전에 끝나는 과세연도까지 농업회사법인의 식량작물재배업소득 등에 대한 법인세를 면제한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제63조 제7항에서는 “영농조합법인은 과세표준신고와 함께 세액감면 신청서 및 면제세액 계산서와 농업경영체 등록확인서를 제출”하도록 규정하고 있다. 즉, 농업경영체 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와는 달리 감면을 적용하기 위한 요건으로 농업경영체 등록이 없어 확인서를 제출하지 못하는 법인에 대하여 법인세 감면을 적용할 수 없다.
(2) 청구법인이 과세관청의 잘못된 처분을 믿고 그 납부의무를 이행하였다고 하더라도, 관계법령에 어긋난 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 건 처분은 국세기본법이 규정하고 있는 신의성실의 원칙을 위반하였다거나 가산세 감면의 정당한 사유가 인정될 수 없다. (가) 대법원 판례에 의하면, 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해표명이 정당하다고 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 셋째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 1996.1.28. 선고 95누13746 판결 참조). (나) 청구법인의 2016사업연도 법인세 환급신청에 대하여 과세관청이 그 신청 내용대로 환급하여 주었으나, 이는 청구법인이 잘못 적용한 법인세 면제 요건에 대하여 과세하지 않는다는 처분청의 의사표시를 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 할 수 없다. 즉, 이 건의 경우 단순히 세법적용의 판단착오(영농조합법인 법인세 면제요건 적용의 적정 여부)에 대하여 경정한 사항이므로, 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다. (다) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위한한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이어서, 법령의 무지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다. (라) 청구법인이 과세관청의 잘못된 처분을 믿고 그 납부의무를 이행하였다고 하더라도, 관계법령에 어긋난 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없으므로, 청구법인이 주장하는 사정은 가산세 면책사유로서의 정당한 사유에 해당하지 아니한다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 한 2016∼2017사업연도 법인세 부과처분은 조세법률주의에 위반되지 아니하고, 신의성실의 원칙에도 위반되지 아니하며, 가산세 감면의 정당한 사유 역시 인정될 수 없어 정당하다.
① 농업경영체법에 따른 농업경영체로 등록하지 않은 청구법인에 대하여 조특법상의 영농조합법인에 대한 법인세 감면 규정을 적용할 수 있는지 여부
② 국세기본법상 신의성실의 원칙 위반하였거나, 가산세 감면의 정당한 사유가 인정될 수 있는지 여부
1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(2) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제66조[영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "식량작물재배업소득"이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것) 제63조[영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] ⑦ 법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서(이하 "농어업경영체 등록확인서"라 한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다. (4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "농업인"이란 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호 에 따른 농업인을 말한다.
3. "농업경영체"란 농업인과 농업경영체법인을 말한다. 제4조[농어업경영정보의 등록] ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 "농어업경영정보"라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.
1. 농업경영체: 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 "농업경영정보"라 한다) 제16조[영농조합법인 및 영어조합법인의 설립] ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다. (5) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제9조 [조합법인의 설립등기] ③ 제1항에 따른 등기신청서에는 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.
5. 영농조합법인의 경우에는 5인 이상의 조합원이 농업인 또는 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제4호 에 따른 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)임을 확인할 수 있는 서류 (6) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙(2018.12.27. 농림축산부식품부령 제350호로 개정되기 전의 것) 제3조[농업경영정보의 등록] ① 농업경영체는 법 제4조 제1항 각 호 외의 부분 전단에 따라 농업경영 관련 정보(이하 "농업경영정보"라 한다)를 등록하려면 별지 제1호 서식 또는 별지 제2호 서식의 등록신청서를 다음 각 호의 구분에 따른 자에게 제출하여야 한다.
② 읍장·면장·동장은 제1항 제2호에 따라 등록신청서를 제출받으면 농림축산식품부장관이 정하는 기간 내에 등록신청서를 제5조에 따른 농어업경영정보시스템 등을 통하여 국립농산물품질관리원장에게 이송하여야 한다.
③ 국립농산물품질관리원장은 제1항 제2호에 따라 등록신청서를 제출받은 경우에는 등록신청서의 내용 중 보조금등의 신청에 관한 사항을 농림축산식품부장관이 정하는 기간 내에 제5조에 따른 농어업경영정보시스템 등을 통하여 읍장·면장·동장에게 알려야 한다.
④ 국립농산물품질관리원장은 제1항 또는 제2항에 따라 등록신청서를 받으면 농업경영정보 등록부를 작성하고, 별지 제2호의2 서식의 농업경영체 등록 확인서를 신청인에게 발급해주어야 한다.
⑤ 국립농산물품질관리원장은 농업경영정보를 등록한 농업경영체가 신청하면 별지 제2호의3 서식의 농업경영체 증명서를 발급해주어야 한다.
(1) 처분청이 과세근거로 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인의 사업자기본사항을 보면, 업태/종목은 농업/농업경영 및 계약재배, 개업일은 2009.11.30., 소재지는 OOO로 나타난다. (나) 국세청통합전산망에 의하면, 청구법인은 2016∼2017사업연도 기간 동안 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니하고 영농조합법인 등에 관한 법인세 면제를 신청한 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 농업경영체 등록 확인서를 보면, 청구법인은 2016∼2017사업연도에 농업경영체 등록을 한 사실이 없고, 2018.1.29. 최초로 농업경영체 등록을 한 것으로 확인된다.
(2) 청구법인은 청구주장에 관한 증빙으로 청구법인 조합원 개인명의의 등록확인서를 제출하였는데, 청구법인 조합원 중 일부는 2009∼2014년경 농업경영체 등록을 한 것으로 나타난다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 농업경영체로서의 실질적 요건 등을 갖추었으므로 농업경영체법에 따른 농업경영체 미등록 및 등록확인서 미제출을 이유로 조특법상 영농조합법인에 대한 법인세 감면을 부인한 이 건 처분이 부당하다고 주장한다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다할 것인바(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결, 같은 뜻임), 조특법 제66조 제1항과 같은 법 시행령 제63조 제7항이 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 받기 위한 요건으로 법인세 신고시 농업경영체법에 따른 농업경영체 등록확인서 등을 제출할 것을 명확히 규정하고 있는 점, 조특법 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제7항에서 영농조합법인에게 세액면제신청서 및 면제세액계산서를 제출토록 하여 과세관청의 감면세액 결정에 협력할 의무를 부여함과 동시에 농업경영체 등록 여부를 확인할 수 있는 등록확인서까지 제출하도록 요구하고 있는 이유는 농업경영체법 제4조 제1항에 따른 농업경영정보를 등록하였는지 여부 등을 확인하여 정부 등으로부터 농업경영체 육성 및 지원을 위한 융자ㆍ보조금 지원 요건을 충족하였는지 여부와 영농조합법인에 대한 세액 감면요건의 충족 여부까지 확인하기 위한 것으로 보여, 농업경영체 등록확인서 제출 여부는 조세지원 측면에서도 혜택을 부여하기 위한 전제조건으로 해석되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 2016사업연도 법인세 신고시 처분청 담당공무원의 착오로 인하여 청구법인 아닌 청구법인 소속 조합원의 농업경영체 등록확인서를 제출하였음에도 영농조합법인 관련 법인세 면제를 받았으므로 2019년에 이르러 처분청이 이를 부인하는 것은 신의성실의 원칙에 위반되거나 적어도 가산세 감면의 정당한 사유가 인정되어야 한다고 주장하나, 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 그 중 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어져야 할 것인바(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 같은 뜻임), 처분청 담당공무원이 영농조합법인 관련 법인세 면제의 전제조건인 청구법인 명의의 농업경영체 등록확인서가 누락되었음에도 불구하고 청구법인 소속 조합원의 농업경영체 등록확인서만으로 청구법인에게 영농조합법인 관련 법인세를 면제하여 준 것은 담당공무원의 착오일 뿐 처분청의 권한 있는 공적인 견해 표명에 해당한다고 볼 수 없으므로 신의성실의 원칙이 적용된다고 할 수 없다 하겠다. 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에서 규정한 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반하는 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 것이고, 다만 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 당해 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 불가피한 사정이 있을 때 등과 같이 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수가 없다 할 것인바(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결, 같은 뜻임), 처분청이 청구법인의 2016사업연도 법인세 감면신청을 받아주었다는 사실만으로는 납세자인 청구법인이 청구법인 명의의 농업경영체 등록확인서를 과세관청에 제출할 것을 기대하는 것이 무리라고 볼 수 있는 불가피한 사정이 인정된다고 할 수 없으므로 가산세 감면의 정당한 사유가 인정된다고 보기 어렵다 하겠다. (다) 따라서, 처분청이 청구법인에 대하여 조특법 제66조에 따른 영농조합법인과 관련한 법인세 면제적용을 배제하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.