쟁점토지의 양도가「조세특례제한법 시행령」제66조 단서규정에 해당하지 않는다고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2018.10.30. OOO 2분의 1 지분(이하 “쟁점토지”라 한다)을 OOO 사업시행자인 OOO에게 협의매도(수용)한 후 2018.10.30. 쟁점토지의 양도차익에 대하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가 2018.12.30. 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 기납부한 양도소득세 OOO원을 환급하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 이에 따라 청구인의 위 경정청구 내용을 검토한 결과, 쟁점토지의 양도는 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호 단서규정 가목 또는 다목에 해당하지 아니한다고 보아 2019.2.21. 청구인에게 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.5.9. 이의신청을 거쳐 2019.9.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 에 따르면 주거지역 등에 편입된 자경농지에 대하여 예외적으로 감면을 적용하도록 규정하고 있는바, 가목은 사업시행 면적이 기획재정부령이 정하는 규모(택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 또는 주택법에 따른 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터) 이상인 개발사업지역 안에서 대규모개발사업의 시행으로 주거지역 등에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우를, 다목은 주거지역 등으로 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정)를 각각 예외로 규정하고 있다. OOO는 OOO 쟁점토지를 1종 지구단위계획구역OOO으로 결정․고시OOO하면서 주거지역에 편입시키고, 이후 사업시행자로 OOO을 선정하여 OOO 및 OOO 두 차례에 걸쳐 사업인정고시를 한 후 개발사업을 시행하였다면 위 규정 중 다목을 적용받을 수 있었음에도 OOO이 정당한 사유 없이 사업을 지연시킴으로써 개발사업시행 시점에 이르러서는 이미 주거지역에 편입된 후 3년이 경과되어 적용받을 수 없게 되었다. 또한, OOO에 의하면 쟁점토지가 속해 있는 OOO 내에 공동주택지OOO는 103,253㎡로 10만제곱미터를 초과하여 OOO가 사업계획승인권자임에도 인허가 행정의 편의상 OOO이 블록별로 10만제곱미터 미만으로 나누어 각각 사업계획승인을 하였으므로 감면여부 판정시 OOO 내 공동주택지 전체OOO를 하나의 사업시행구역으로 보아 판단함이 합리적이라 할 것이다. 한편, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제54조 에서 “지구단위계획구역에서 건축물을 건축 또는 용도변경하거나 공작물을 설치하려면 그 지구단위계획에 맞게 하여야 한다. 다만, 지구단위계획이 수립되어 있지 아니한 경우에는 그러하지 아니한다.”고 규정하고 있는바, 쟁점토지의 경우 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 OOO가 지정한 사업시행자 이외에는 OOO으로부터 주택 등을 신축하기 위한 어떠한 건축허가도 받을 수 없었으므로 주거지역 편입으로 인한 혜택을 누릴 수 없으나, 지구단위계획구역으로 지정되지 아니한 자연녹지인 농지의 경우는 그 소유자가 농지전용분담금을 부담하면 주거용 건물을 신축할 수도 있고 자경농지로 그대로 양도하면 양도소득세를 감면받을 수도 있다. 일반적으로 자연녹지에 속해 있던 농지가 주거지역으로 편입되면 농지로서의 기능보다 토지의 효율적 사용을 위해 대지로서의 기능과 가치를 더하게 되므로 토지소유자가 재산권을 자유롭게 행사할 수 있다는 전제를 바탕으로 유예기간이 경과한 자경농지에 대하여 감면적용을 배제하는 것은 타당하다 할 것이나, 토지소유자가 재산권을 자유롭게 행사하기 어려운 경우 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 와 같이 예외적으로 감면을 허용하고 있는데, 쟁점토지와 같이 청구인의 의지와 무관하게 지방자치단체의 장이 정당한 사유 없이 지구단위계획구역 내 개발사업을 지연시키고, 인허가업무의 편의상 사업시행구역을 작게 나누어 사업승인을 한 경우 위 감면을 적용받을 수 없게 된다. 예컨대, 대기업이 같은 사업지구 내의 여러 블록을 하나로 묶어 10만 제곱미터 이상으로 만든 후 사업시행을 하는 경우는 세액감면대상이 되고, 자본력이 부족한 사업시행자가 그 중 하나의 블록만 사업시행을 하는 경우는 감면이 배제된다면 과세형평에 부합하지 아니하며, 지구단위계획구역 내 주거지역으로 편입된 농지는 농지소유자가 건축행위를 할 수 없으므로 농지로 밖에 이용할 수 없고 계속 보유할 경우 최종적으로 사업시행자에게 수용되게 된다. 따라서 청구인에게 귀책사유가 없는 쟁점토지의 양도에 대하여 처분청이 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제4호 를 좁게 해석하여 자경농지에 대한 감면을 배제하여 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목의 예외규정은 ‘사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 “대규모개발사업”이라 한다) 시행으로 인하여 주거지역 등에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 편입된 날로부터 3년이 지난 경우를 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제27조 제3항에서 기획재정부령으로 정하는 규모란 100만제곱미터로 하고, 택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 또는 주택법에 따른 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다고 규정하고 있다. OOO가 OOO 고시한 지구단위계획은 OOO로 전체지구를 합한 규모는 OOO에 해당하여 ‘기획재정부령으로 정하는 규모’인 100만제곱미터에 미달한다. 즉, 위 고시에 따른 지구단위계획구역의 사업시행은 각 지구별로 사업시행자가 별도로 사업을 시행하므로, OOO의 지구단위계획의 규모는 OOO로 보아야 하고 대규모개발지구는 사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역이어야 하나, 이 건의 경우 전체가 하나의 동일한 사업지역이 아니다. 또한, 택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 또는 주택법에 따른 대지조성사업의 경우 10만㎡ 이상을 대규모개발사업의 요건으로 하나, OOO는 OOO블록으로 나누어져 있고, OOO은 OOO 등에 의하여 블록별로 각각 사업계획승인을 하였고, OOO블록의 면적을 합친다 하더라도 OOO에 달하며, 주택법 제15조 제1항 에 의하면 ‘주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만제곱미터 이상인 경우는 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사 또는 지방자치법 제175조 에 따라 서울특별시·광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상의 대도시의 시장에게 사업계획승인을 받아야 하는 것으로 규정되어 있는데, 쟁점토지가 속한 OOO의 경우 OOO에 의하여 OOO이 OOO을 사업주체로 하여 사업계획을 승인하였고, OOO 당시 OOO의 인구는 약 OOO명으로 확인되어 상기 규정을 충족하지 못한다. 한편, 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 다목은 2013.2.15. 개정되면서 신설되었는바, 지방자치단체 등이 도시계획을 수립하면서 대규모개발사업의 시행 전 주거지역 등으로 지정하였다가 대규모개발사업을 시행하는 경우 양도소득세 감면 여부가 불분명한 문제점을 해결하기 위하여 ‘국토계획법상 주거지역에 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행된 농지’에 대하여도 단계적 시업시행 또는 보상지연으로 편입 후 3년 지난 경우에도 감면 적용을 할 수 있게 하였으나, 이 건의 경우 대규모개발사업에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 주거지역 편입일이 OOO로 3년이 훨씬 지난 OOO 개발사업이 시행되어 위 규정에 부합하지 아니하므로 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도가 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서규정에 해당하지 아니한다고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 조세특례제한법 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역 등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다) (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조[농지의 범위 등] ③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제8항 제1호 가목에서 "기획재정부령으로 정하는 규모"란 100만제곱미터로 한다. 다만, 택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 또는 주택법에 따른 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.

(4) 주택법 제15조[사업계획의 승인] ① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 다음 각 호의 사업계획승인권자(이하 "사업계획승인권자"라 한다. 국가 및 한국토지주택공사가 시행하는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에는 국토교통부장관을 말하며, 이하 이 조, 제16조부터 제19조까지 및 제21조에서 같다)에게 사업계획승인을 받아야 한다. 다만, 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만제곱미터 이상인 경우: 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다) 또는 지방자치법 제175조 에 따라 서울특별시·광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상의 대도시(이하 "대도시"라 한다)의 시장

(5) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제57조[지구단위계획구역에서의 건축 등] 지구단위계획구역에서 건축물을 건축 또는 용도변경하거나 공작물을 설치하려면 그 지구단위계획에 맞게 하여야 한다. 다만, 지구단위계획이 수립되어 있지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 양도한 후 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하지 아니하고 양도소득세를 신고․납부하였다가 이후 아래 <표1>과 같이 위 감면을 적용하여 양도소득세 OOO원의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이를 거부한 것으로 나타난다. <표1> 이 건 경정청구 내역

(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 이 건은 청구인이 쟁점토지를 자경한 사실에 대하여는 당사자 간에 이견이 없고, 쟁점토지의 양도를 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목 또는 다목에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부에 대한 다툼이다. (나) 쟁점토지의 매매계약 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 매매계약 내역 (다) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인은 2003.8.4. 매매를 원인으로 쟁점토지를 취득하였다가 OOO에게 양도한 것으로 등재되어 있고, OOO 입주자모집공고 승인신청을 원인으로 OOO는 내용의 금지사항등기가 되어 있다. (라) OOO가 OOO 쟁점토지가 포함되어 있는 OOO을 제1종 지구단위계획구역OOO으로 결정․고시OOO함에 따라 쟁점토지는 OOO로서 주거지역에 편입된 것으로 나타나는바, 당시 게재한 ‘제1종 지구단위계획구역 결정(변경) 사유서’의 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 제1종 지구단위계획구역 결정(변경) 사유서 (마) OOO은 OOO 도시계획시설(도로)사업 실시계획인가에 대하여 OOO 및 OOO를 사업시행자로 지정․고시OOO하였고, OOO 도시계획시설(녹지) 사업에 대하여 사업시행자를 OOO 및 OOO로 지정․고시OOO한 후 OOO 및 OOO 두 차례에 걸쳐 사업인정고시를 함에 따라 이 건 개발사업이 시행되었다. (바) 쟁점토지에 대한 수용(협의매수) 확인서의 주요내용은 다음과 같다. (사) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제3항 에서 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목 등에서 "기획재정부령으로 정하는 규모"란 택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 또는 주택법에 따른 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터를 요건으로 한다고 규정하고 있는데, OOO에 의하면 쟁점토지가 위치하고 있는 OOO 내 공공주택용지OOO는 아래 <표4>와 같이 그 면적이 총 OOO로 10만제곱미터를 초과하는 것으로 나타난다. <표4> 지구단위계획구역OOO (아) 그 밖에 주택법 제15조 제1항 은 “주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만제곱미터 이상인 경우는 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사 또는 지방자치법 제175조 에 따라 서울특별시·광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상의 대도시의 시장을 사업계획승인권자”로 규정하고 있는바, OOO의 사업계획승인권자는 OOO인데, OOO 승인 당시 OOO의 인구는 다음과 같이 약 OOO명으로 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 지방자치단체의 장이 정당한 사유 없이 지구단위계획구역 내의 개발사업을 지연시키고 인허가업무의 편의상 사업시행구역을 나누어 사업승인을 한 경우는 유예기간이 경과한 자경농지라 하더라도 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목 또는 다목을 적용하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지의 경우 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 OOO로 주거지역으로 편입된 이후 OOO 사업시행자가 선정되고 개발사업이 시행되었으나, 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목은 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 주거지역 등으로 편입된 경우를 규정하고 있으므로 쟁점토지의 양도는 위 규정의 적용대상에 해당하지 아니하는 점, 주택법 제15조 제1항 에서 “주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만제곱미터 이상인 경우는 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사 또는 지방자치법 제175조 에 따라 서울특별시·광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상의 대도시의 시장을 사업계획승인권자”로 규정하고 있는바, 쟁점토지가 속한 OOO의 경우 사업계획승인권자가 OOO인데, 2014년 승인 당시 OOO의 인구는 약 OOO명으로 확인되어 위 OOO을 주택법 제15조 제1항 에서 규정한 대지면적 10만제곱미터 이상인 대지조성사업의 사업계획승인권자로 보기 어려워 OOO는 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제11호 및 같은 법 시행규칙 제27조 제3항 단서에 규정된 대규모개발사업(10만제곱미터 이상의 주택법에 따른 대지조성사업)의 대상이라 하기 어려운 점, 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제3항 본문에서 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목 등의 "기획재정부령으로 정하는 규모"를 100만 제곱미터로 한다고 규정하고 있으나, OOO에 의하면 쟁점토지가 속한 OOO의 사업시행면적은 OOO제곱미터로 100만제곱미터에 미달하여 동 도시계획시설사업을 ‘대규모개발사업’으로 볼 수도 없는 점 등에 비추어 쟁점토지는 양도일 현재 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역에 편입된 농지로서 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 해당하여 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 배제함이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도를 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목 또는 다목에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.