이 건 심판청구가 적법한 청구인지 여부

[주 문] 심판청구를 각하한다. [이 유] 본안심리에 앞서 이 건 심판청구의 적법 여부에 대하여 살펴본다.

• 가. 청구법인은OOO에 따라 1981.11.2. 설립된 준정부기관으로, 2013사업연도 법인세 신고시 2008년부터 2013년까지 수취한 국고보조금으로 취득한 의료시설에 대한 감가상각비OOO을 손금에 산입하지 아니하고, 법인세를 신고(소득금액이 전액 전기이월결손금으로 공제되어 과세표준이OOO원임)하였다.
• 나. OOO국세청장은 2017년 2월 청구법인에 대한 세무조사(이하 “2017년 세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 2008년 이전에 국고보조금으로 취득한 의료시설에 대한 감가상각비OOO도 손금불산입대상에 해당한다고 보아 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2017.3.15. 청구법인에게 신고불성실가산세OOO원, 납부불성실가산세OOO원(신고불성실가산세와 합하여 이하 “쟁점가산세”라 한다)을 포함하여 2013사업연도 법인세OOO)을 경정․고지하였으며, 청구법인은 이에 불복하지 아니하고 납부하였다.
• 다. 이후 청구법인은 2019.4.1. 비영리내국법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 병원 건물 또는 의료기기 등을 취득할 목적으로 수령한 국고보조금은 수익사업소득에 해당하지 아니하며, 해당 국고보조금을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우에는 자본의 원입으로 처리하고, 해당 자금을 원천으로 취득한 병원 건물 또는 의료기기 등에 대한 감가상각비는 법인세법제23조에 따라 손금에 산입하여야 하므로, 청구법인이 국고보조금으로 취득한 의료시설에 대한 감가상각비OOO(이하 “쟁점세액”이라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 아래 <표1>과 같이 제기하였으나, 처분청은 2019.6.5. 이를 거부하였다. OOO라. 청구법인은 이에 불복하여 위 손금산입을 요청한 감가상각비 OOO원은 2017년 세무조사에 따른 증액경정처분과 관련이 없으므로 이를 손금산입(당초 경정청구시 요청한OOO원만 손금산입되어도 전액 이월결손금으로 공제되어 과세표준이 0원이 됨)하여 기 납부한 쟁점세액을 환급하여 달라는 취지의 심판청구를 2019.9.3. 제기하였다.
• 마. 처분청은 이 건 심판청구가 제기된 이후 2020.7.2. 청구주장을 받아들여OOO원을 손금산입하여 쟁점세액 및 환급가산금OOO을 청구법인에게 환급한 사실이 국세환급금통지서 등에서 확인된다. OOO
• 바. 청구법인은 경정청구에 의하여 납부할 세액을 감소시키는 결정을 함으로써 미달하게 납부한 세액이 없게 되는 경우에는 당초 미달하게 납부한 세액에 대한 가산세를 적용하지 아니하고 과세관청이 납세자에게 환급하여야 하므로 쟁점세액과 관련된 쟁점가산세 또한 취소되어야 한다고 주장하고 있다.
• 사. 국세기본법제55조 제1항은 “이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 제81조 및 제65조 제1항 제1호에서 심판청구가 적법하지 아니한 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있다.
• 아. 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 처분청의 쟁점가산세 부과처분(2017.3.15.)에 대하여 적법한 경정청구를 제기한 사실이 없고, 처분청은 쟁점세액의 환급을 구하는 청구법인의 경정청구에 대하여 2020.7.2. 청구주장을 받아들여 쟁점세액을 환급하였으므로 이 건 심판청구는 심리일 현재 심판청구 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하는 부적법한 청구로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.