청구인이 8년 이상 직접 경작한 후 양도한 쟁점토지가 제1종일반주거지역에 편입된 것으로 확인되는 이상, 쟁점토지의 취득일부터 주거지역에 편입된 날까지 발생한 소득에 한하여 감면되어야 하는 것으로, 처분청에서 쟁점토지의 취득일부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 대해서만 감면을 적용하여 감면세액을 안분하여 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다
청구인이 8년 이상 직접 경작한 후 양도한 쟁점토지가 제1종일반주거지역에 편입된 것으로 확인되는 이상, 쟁점토지의 취득일부터 주거지역에 편입된 날까지 발생한 소득에 한하여 감면되어야 하는 것으로, 처분청에서 쟁점토지의 취득일부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 대해서만 감면을 적용하여 감면세액을 안분하여 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1996.12.23. 증여받아 취득한 쟁점토지를 2017.7.20. OOO양도한 후, 2017.9.29. 양도소득세를 신고·납부하면서 조세특례제한법 제69조 에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 같은 법 제133조에 따른 양도소득세 감면의 종합한도(OOO억원)를 적용하여 감면세액을 OOO으로 계산하였다. (나) 심리자료에 따르면 쟁점토지는 2003.3.31. 주거지역에 편입된 것으로 나타나고, 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경한 사실 및 양도당시 쟁점토지가 농지인 사실에 대하여는 처분청에서도 인정하고 있다. (다) 처분청은 2019.4.22.부터 2019.5.11.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지는 2003.3.31. 도농복합지역의 주거지역으로 편입되었으므로 조세특례제한법제69조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호에 따라 쟁점토지 취득일부터 주거지역 편입일까지의 양도소득은 감면대상으로, 편입일 다음날부터의 양도소득은 과세대상으로 신고하여야 한다는 이유로 다음 <표1>과 같이 감면세액을 안분계산하여 2019.6.10. 청구인에게 다음 <표2>와 같이 2017년 귀속 양도소득세 OOO경정·고지하였다. <표1> 감면세액 계산내역 (단위: 원) <표2> 양도소득세 부과내역 (단위: 원)
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지가 도농복합지역 중 읍·면지역에 소재한 토지로서 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 적용대상에 해당하지 아니하므로 처분청에서 같은 법 시행령 제66조 제7항에 따라 감면대상 양도소득금액을 안분한 것은 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 8년 이상 자경농지가 주거지역 등에 편입되는 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득에 한하여 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있고, 그 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항 은 양도소득금액 중 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득을 안분하는 산식을 규정하고 있으며, 이는 2001.12.29. 조세특례제한법을 일부개정하면서 2002.1.1. 이후부터는 주거지역 등에 편입된 시점까지 발생한 양도차익에 대하여만 비과세 받을 수 있도록 하여 편입(지정)일 이후부터 발생되는 개발이익 상당액에 대하여 양도소득을 감면하지 않겠다는 취지로 자경농지에 대한 양도소득세 감면제도를 개정한 데 따른 것인바, 청구인이 8년 이상 직접 경작한 후 2017.7.20. 양도한 쟁점토지가 2003.3.31. 제1종일반주거지역에 편입된 것으로 확인되는 이상 위 조세특례제한법제69조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제66조 제7항에 따라 쟁점토지의 취득일부터 주거지역에 편입된 날까지 발생한 소득에 한하여 양도소득세가 감면되어야 하는 것으로 판단된다. 따라서 처분청에서 쟁점토지의 취득일부터 주거지역 편입일(2003.3.31.)까지 발생한 양도소득에 대해서만 감면을 적용하여야 한다는 이유로 감면세액을 안분계산하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
(2) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부개정되기 전의 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 일부개정되기 전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
② 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.
③ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금"이란 농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정 제4조에 따른 경영이양보조금을 말한다.
④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.
1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준
2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준
3. 광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준
⑥ 소득세법 제89조 제1항 제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환·분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환·분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다.
⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다. 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 – 취득당시 기준시가) 양도당시 기준시가 – 취득당시 기준시가
⑧ 법 제69조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업·폐업하거나 해산하는 경우
2. 당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우
⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.
⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다.
⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.
1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)
2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간
⑫ 제11항에도 불구하고 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하지 아니하더라도 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하거나 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 제11항 제1호 및 제2호의 경작기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.
1. 택지개발촉진법 제3조 에 따라 지정된 택지개발지구
2. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제6조·제7조·제7조의2 또는 제8조에 따라 지정된 산업단지
3. 제1호 및 제2호 외의 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역
⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.
⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.