처분청에서는 청구종중이국세기본법제13조 제2항에서 규정하는 법인으로 보는 단체의 요건을 충족하는지 여부 및 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부 등에 대한 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨
처분청에서는 청구종중이국세기본법제13조 제2항에서 규정하는 법인으로 보는 단체의 요건을 충족하는지 여부 및 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부 등에 대한 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2019.6.18. 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 청구인이 국세기본법 제13조 제2항 에서 규정하는 법인으로 보는 단체의 요건을 충족하는지 여부 및 청구인이 OOO임야 27,802㎡를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]
2. 청구종중 주장 및 처분청 의견
(2) 청구종중의 최초사업연도 개시일은 원칙적으로 법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호 라목에 따라 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 2018.12.27.이지만, 청구종중은 최초사업연도 개시일 전에 생긴 손익인 쟁점토지 양도이익을 사실상 법인으로 보는 단체에 귀속시켰고, 조세포탈의 우려가 없으며, 쟁점토지 양도일을 최초사업연도의 개시일로 보더라도 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하므로, 쟁점토지 양도이익을 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 비영리내국법인인 청구종중이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산인 쟁점토지를 처분함으로써 발생한 이익은 법인세법상 과세대상인 각 사업연도 소득의 범위에서 제외되므로, 청구종중은 양도소득세 및 법인세 납세의무가 없다.
(1) 소유권이전등기의 추정력에 의하여 쟁점토지의 취득시기는 등기원인일로 기재된 1984.12.16.로 추정되는데 청구종중이 이와 다른 시기에 쟁점토지를 취득하였다는 주장을 인정할 증빙을 제출하지 못한 점, 쟁점토지의 분할 전 본 번지인 OOO외 5인이 1971.2.27. 소유권보존등기를 한 것으로 확인되는바, 1971년 취득하여 종중원에게 명의신탁하였던 쟁점토지의 등기명의를 특별조치법에 따라 청구종중 앞으로 회복한 것으로 보이는 점, 특별조치법은 1985.12.31. 이전에 매매 등의 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산에 대하여 적용되는 점 등에 비추어 쟁점토지의 취득시기가 1984.12.16.(의제취득일 1985.1.1.)임을 전제로 이루어진 경정청구 거부처분은 정당하다.
(2) 청구종중은 쟁점토지 매매계약일인 2017.12.11.로부터 1년이 경과한 2018.12.27. 법인으로 보는 단체로 승인받은 것으로 확인되는바, 쟁점토지를 처분함으로써 발생한 이익을 사실상 법인으로 보는 단체인 청구종중에 귀속시킬 수 없다.
① 쟁점토지의 취득시기가 의제취득일(1985.1.1.)인지, 등기접수일(1995.6.28.)인지 여부
② 종중이 법인으로 보는 단체로 승인 받기 전에 양도한 부동산이익에 대하여 법인세 납세의무자로 법인세법을 적용하는지 여부
(1) 소득세법 제98조[양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 부칙 제8조[양도자산의 취득시기에 관한 특례] 제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조 제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다. (2) 소득세법 시행령 제162조[양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
6. 민법 제245조 제1항 의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해부동산의 점유를 개시한 날 (3) 국세기본법 제3조[세법 등과의 관계] ① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법에서 이 법 중 다음 각 호의 규정에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법에서 정하는 바에 따른다.(각 호 생략) 제4조[기간의 계산] 이 법 또는 세법에서 규정하는 기간의 계산은 이 법 또는 그 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민법에 따른다. 제13조[법인으로 보는 단체] ② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (4) 국세기본법 시행령 제8조[법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등] ① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(괄호 생략)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령제12조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 법인세법 제111조 에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (5) 법인세법 시행령 제3조[사업연도의 개시일] ① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.
(6) 부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법 제1조[목적] 이 법은 부동산등기법에 따라 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행 당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부의 기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 따라 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다. 제4조[적용범위] ① 이 법은 부동산으로서 1995년 6월 30일 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다.
② 제1항에도 불구하고 소유권의 귀속에 관하여 소송이 계속 중인 부동산에 관하여는 이 법을 적용하지 아니한다.
(1) 쟁점토지 취득시기와 관련하여 청구종중 및 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 부동산 등기부등본에 의하면, 청구종중은 쟁점토지를 1984.12.16. 매매를 원인으로 하여 1995.6.28. 청구종중 명의로 소유권 이전등기하였다가 2018.3.15. 주식회사 OOO양도한 것으로 나타난다. 한편 쟁점토지는 2003.10.9. OOO분할되었는데, 분할 전 번지인 산116번지는 1971.2.27.부터 종중원인 OOO외 5인 명의로 등기되어 있었고, 이후 1995.6.28. 특별조치법에 따라 청구종중 명의로 소유권 이전된 사실이 확인된다. (나) 청구종중은 쟁점토지 양도에 따른 양도소득세를 신고하면서 쟁점토지의 취득가액을 쟁점추정규정에 의한 의제취득일인 1985.1.1.을 기 준으로 산정하여 계산하여 신고․납부하였다. 청구종중은 2019.4.19. 쟁점토지의 취득시기를 당초 기재한 등기원인일이 아닌 이전등기일인 1995.6.28.로 하여 환산취득가액을 산정하여야 하므로, 이를 기준으로 양도차익을 다시 산정하고 그에 따라 산정한 양도소득세와 청구종중이 당초 신고․납부한 양도소득세의 차액에 해당하는 2018년 귀속 양도소득세 OOO환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. (다) 경정청구 검토서, 경정청구 처리결과 통지 등 심리자료에 의하면, 처분청은 쟁점토지의 취득일이 등기부등본상 등기원인일(매매)로 기재된 1984.12.16.이 아니라는 사실을 입증할 증빙이 제출되지 아니하였고, 청구종중은 1971년부터 쟁점토지를 소유하고 있었으나 종중원 OOO외 5인에게 쟁점토지의 명의를 신탁하였다가 이를 해지하고 청구종중 앞으로 소유권을 이전한 것으로 보인다는 이유로 2019.6.18. 청구종중의 경정청구에 대하여 거부처분한 것으로 확인된다.
(2) 청구 종중이 법인으로 보는 단체로 승인 받기 전에 양도한 부동산이익에 대하여 법인세 납세의무자로 법인세법을 적용하여야 한다는 주장과 관련하여 청구종중 및 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 고유번호증에 의하면 OOO세무서장은 2018.12.28. 청구종중을 국세기본법 제13조 제2항 에서 규정하는 법인으로 보는 단체로 승인한 것으로 확인된다. (나) 청구종중은 1994.4.1. 청구종중의 조직과 운영에 관한 내용을 담은 종중 정관을 제정하였는데, 제출된 정관 제7조에 의하면 회장 1명을 포함한 임원 13인을 두도록 규정하고 있으며, 종중규약 제22조 제1호에 의하면 청구종중의 재산은 청구종중 명의로 등기, 등재하여 관리하는 것을 원칙으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3호에 의하면 종중재산의 취득 및 처분은 임원회에서 의결을 거쳐 총회에서 결정하며, 그 집행은 임원회 또는 임시총회나 총회에서 신임된 대표자에게 위임하여 집행할 수 있다고 규정하고 있다. (다) 청구종중은 쟁점토지 양도대금을 청구종중의 계산과 명의로 독립적으로 소유․관리하고 있다고 주장하며 청구종중 명의 OOO계좌 금융거래내역, 부동산등기부등본 등을 제출하였다. 제출된 금융거래내역에 의하면 쟁점토지 양도대금OOO이 2018.2.28. OOO로부터 청구종중 명의 OOO은행계좌로 입금되었다가 같은 날 OOO출금된 사실, 2019.7.19. 같은 계좌에 OOO입금되었고 2019.7.22. 이 중 OOO출금된 사실이 확인되며, 부동산등기부등본에 의하면 청구종중이 2019.7.23. OOO대 562㎡를 양도대금 OOO양수한 사실, 2019.6.29. 및 2019.7.4. 종중회의록에 의하면 청구종중은 회의를 거쳐 위 청주시 토지 및 지상건물을 매입한 사실 등이 확인된다. 다만 제출된 자료에 의하더라도 쟁점토지 양도대금은 청구종중 명의 계좌로 입금된 직후 출금되어 청구종중이 이를 청구종중의 계산과 명의로 독립적으로 소유․관리하고 있다는 점이 입증되지는 않는다. (라) 쟁점토지가 청구종중의 고유목적사업에 사용되어 왔는지 여부와 관련되어 구체적 증빙이 제출되지 아니하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구종중은 쟁점토지 매매의 경우 대금청산일이 분명하지 않으므로, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호 에 의하여 쟁점토지에 관한 소유권이전등기 접수일인 1995.6.28.이 청구종중이 쟁점토지를 취득한 시기라고 주장한다. 그러나 쟁점토지의 분할 전 본 번지인 산116번지는 종중원인 OOO외 5인이 1971.2.27. 소유권보존등기를 한 것으로 확인되는바, 1971년 취득하여 종중원에게 명의신탁하였던 쟁점토지의 등기명의를 특별조치법에 따라 청구종중 앞으로 회복한 것으로 보이는 점, 특별조치법은 1985.12.31. 이전에 매매 등의 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산에 대하여 적용되는 점, 소유권이전등기의 추정력에 의하여 쟁점토지의 취득시기는 등기원인일로 기재된 1984.12.16.로 추정되는데 청구종중이 이와 다른 시기에 쟁점토지를 취득하였다는 주장을 인정할 증빙을 제출하지 못한 점 등에 비추어 쟁점토지의 취득시기가 1984.12.16.(의제취득일 1985.1.1.)임을 전제로 이루어진 경정청구 거부처분은 정당한 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구종중이 쟁점토지 매매계약일인 2017.12.11.로부터 1년이 경과한 2018.12.27. 법인으로 보는 단체로 승인받은 것으로 확인되는바, 쟁점토지를 처분함으로써 발생한 이익을 사실상 법인으로 보는 단체인 청구종중에 귀속시킬 수 없다는 의견이다. 그러나 법인의 손익에 산입할 수 있는 손익은 그 손익이 발생한 날부터 최초사업연도의 종료일까지의 기간이 1년을 초과하지 않는 경우(대법원 2018.10.11. 선고 2018두46940 판결)로 보아야 하는바, 그 손익이 발생한 날은 쟁점토지 매매계약 체결일(2017.12.11.)이 아닌 잔금청산일 또는 이전등기일(2018.3.15.)이므로, 청구종중이 국세기본법 제13조 제2항 에서 규정하는 법인으로 보는 단체에 해당할 경우, 쟁점토지 양도이익은 청구종중의 최초사업연도 손익에 산입될 수 있는 것으로 판단된다. 만약 청구주장과 같이 청구종중이 국세기본법 제13조 제2항 에서 규정하는 법인으로 보는 단체에 해당하고, 쟁점토지가 비영리내국법인인 청구종중이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당할 경우, 청구종중이 청구종중의 최초사업연도 개시일은 원칙적으로 법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호 라목에 따라 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 2018.12.27.이지만, 청구종중은 최초사업연도 개시일 전에 생긴 손익인 쟁점토지 양도이익을 사실상 법인으로 보는 단체에 귀속시켰고, 조세포탈의 우려가 없으며, 쟁점토지 양도일을 최초사업연도의 개시일로 보더라도 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하므로, 쟁점토지 양도이익을 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있고, 비영리내국법인인 청구종중이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산인 쟁점토지를 처분함으로써 발생한 이익은 법인세법상 과세대상인 각 사업연도 소득의 범위에서 제외되므로, 청구종중은 양도소득세 및 법인세 납세의무가 없는 것으로 판단된다. 다만 처분청에서는 쟁점토지 양도대금을 청구종중의 계산과 명의로 독립적으로 소유․관리하고 있는 등 청구종중이 국세기본법 제13조 제2항 에서 규정하는 법인으로 보는 단체의 요건을 충족하는지 여부 및 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부 등에 대한 조사를 하지 아니한 것으로 보이는바, 이를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.