조특법 시행령 제2조 제2항 단서에서 실질적인 독립성기준에 위배되는 기업의 경우 중소기업 유예기간 규정을 적용하지 않도록 규정하고 있으므로 관계기업과의 합산 매출액이 1,000억원을 초과하여 규모기준 및 실질적인 독립성기준에 위배되는 청구법인에 대하여 중소기업 유예기간 규정을 적용하기는 어려움
조특법 시행령 제2조 제2항 단서에서 실질적인 독립성기준에 위배되는 기업의 경우 중소기업 유예기간 규정을 적용하지 않도록 규정하고 있으므로 관계기업과의 합산 매출액이 1,000억원을 초과하여 규모기준 및 실질적인 독립성기준에 위배되는 청구법인에 대하여 중소기업 유예기간 규정을 적용하기는 어려움
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 따라서 청구법인의 2014사업연도 매출액이 OOO초과하여 중소기업에 해당하지 않는 것으로 보는 경우에도 아래와 같은 이유로 2014사업연도에 중소기업 유예기간 적용 대상에 해당한다. (가) 청구법인은 2014사업연도 단독 매출액이 최초로 OOO을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제1항 제1호에서 정한 중소기업 규모기준을 초과하는 동시에 같은 항 단서에 규정된 중소기업 졸업요건에 해당하게 되었고, 이러한 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 같은 조 제2항 본문에 따라 중소기업 유예기간이 적용되는 것임에도, 처분청은 청구법인이 2014사업연도에 관계기업으로서 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하게 된 것으로 판단하고, 이러한 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 유예기간 적용 배제사유에 해당한다는 전제에서 이 건 법인세 과세처분을 한 것으로 이해된다. 그러나 과세 여부가 불명확한 경우에는 납세자에게 유리한 방향으로 해석하여야 한다는 세법상 원칙을 고려하면, 이 건과 같이 각각 다른 사유로 인하여 조특법상 중소기업 유예기간이 적용되는 경우와 적용되지 않는 경우에 동시에 해당하는 사안에서는 납세자에게 유리한 방향으로 해석하여 조특법상 중소기업 유예기간이 적용된다고 해석하는 것이 합리적이며, 두 사유가 충돌하는 경우의 해결 방법에 대하여 조특법에 규정되지 않은 것은 입법미비로서 그로 인한 부담을 납세자에게 지울 수는 없다고 할 것이다. (나) 대법원도 이 건과 유사하게 중소기업에 유예기간 적용 사유와 유예기간 배제사유가 충돌하는 경우 납세자에게 유리한 방향으로 해석하여 중소기업에 적용되는 세액공제 혜택을 유지할 수 있도록 판단하고 있다. 즉 대법원은 2010사업연도 매출액이 처음으로 OOO초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되어 조특법상 중소기업 유예기간 적용 중에 있는 기업이 2012사업연도에 관계기업으로서의 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하게 되어 유예기간 적용 제외사유에 추가로 해당하게 된 사안에서, 이미 적용중인 유예기간이 실효되는 것은 아니고 잔존하는 유예기간은 그대로 적용되어야 한다고 판시하였는바(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결), 이 건에서도 이러한 대법원의 판단 기준이 적용되어야 한다. (다) 또한 관계기업에 대하여도 유예기간이 적용되도록 개정된 조특법령의 개정 취지가 이 건의 판단에 있어서도 적극적으로 고려되어야 한다. 조특법 시행령은 2015.1.1.부터는 관계기업에 대한 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하는 경우에도 유예기간을 적용하도록 개정하여 관계기업에 속하는 기업에 대하여 불평등한 결과가 발생할 가능성을 전면 해소하였다. 이는 관계기업 및 이에 대한 중소기업 유예 배제규정의 도입으로 인하여중소기업 기본법(이하 “중기법”이라 한다)의 혜택을 받아야 할 일부 기업들에게 오히려 지나치게 가혹하거나 불평등한 결과를 가져오는 부작용이 발생하였기 때문인데, 청구법인의 경우 조특법이 위와 같이 유예 배제규정을 개정함으로써 구제하고자 하는 사례와 정확히 일치한다. 따라서 이 건에서 조특법령을 해석함에 있어서는 이러한 법령 개정 취지가 고려되어야 한다.
(3) 적어도 청구법인의 일반연구‧인력개발비에 대하여는 ‘단계적 감소 규정’이 적용되어야 한다. (가) 처분청은 청구법인이 조특법 시행령상 유예기간 배제사유에 해당하여 곧바로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우, 이에 더하여 법률상 규정된 단계적 감소규정의 적용도 배제된다는 전제에서 청구인에게 곧 바로 중견기업에 적용되는 8%의 세액공제율을 적용한 것으로 보인다. (나) 그러나 조특법 제10조 제1항 제3호 나목은 ‘조특법 시행령상 최초로 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우’에 단계적 감소규정을 적용하도록 규정하면서, 동 시행령에 단지 ‘최초로 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우’를 구체적으로 정할 수 있도록 위임하였을 뿐이며, 법률 어디에도 단계적 감소규정을 시행령이 배제할 수 있도록 위임한 부분은 없다. (다) 따라서 중소기업에 해당하지 않게 되는 기업이 조특법 시행령상의 유예기간이 적용되지 않는다고 하여 법률이 정한 단계적 감소규정까지 배제되어야 할 법령상 근거가 전혀 없고, 중소기업에 해당하지 않는 경우에는 유예기간 적용여부와 관계없이 당연히 법률이 정한 바에 따라 단계적 감소규정이 바로 적용되어야 한다.
(2) 청구법인은 판례(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결)를 기준으로 청구법인에 대한 중소기업 유예기간을 배제하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 주장하는 대법원 판례는 청구법인의 경우와 다른 사안이므로 당초 처분은 정당하다. (가) 대법원 판례(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결)의 요지는 조특법 시행령 제2조 제2항 후단의 “유예기간 중에 있는 기업”을 “중소기업”과 별도로 구분하여 표시하고 있다고 보아 “유예기간 중에 있는 기업”은 “중소기업”이 아니므로 “유예기간 중에 있는 기업”은 유예적용 배제 대상이 아니라고 해석한 것이나, 청구법인의 경우에는 규모기준을 초과하는 사업연도부터 관계기업 기준을 위배하여 중소기업에 해당되지 않으므로 대법원 판례에 의한 중소기업 유예기간적용 대상에 해당하지 않는다. (나) 또한 조특법은 중기법의 독립성기준과, 유예기간 제도에 대한 기본 개념도 준용하고 있는바, 이에 대한 중기청 해석은 ‘유예기간 중에 있는 기업’도 유예기간 적용 배제사유에 해당하는 경우 잔여 유예기간이 소멸되는 것으로 보고 있다(중소기업청 발간 ‘2015년 중소기업 범위 해설’ 69쪽 참조). (다) 그 동안 국세청은 예규 등을 통하여 규모 확대 등으로 중소기업 유예기간 적용 중에 있는 기업이 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 일관되게 해석하여 왔다(법규법인 2012-0443, 2013.3.7.).
(3) 청구법인은 일반연구‧인력개발비에 대해서는 ‘단계적 감소규정’이 적용되어야 한다고 주장하나, 청구법인은 2014사업연도부터 중소기업에 해당하지 않으므로 일반연구·인력개발비에 대하여 8%의 세액공제율을 적용하는 것은 정당하다. (가) 청구법인은 조특법 제10조 제1항 제3호 나목 2)에 따라 최초로 중소기업에 해당되지 아니하게 된 경우를 대통령령에 따라 판정하도록 규정하고 있고, 조특법 시행령 제9조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우”가 “조특법 시행령 제2조 제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우”를 말한다고 규정하고 있으므로 단계적 감소규정은 조특령 제2조에 규정된 중소기업 판정 유예기간을 경과한 경우에 한정하여 적용되는 규정으로 보는 것이 타당하다고 주장한다. (나) 그러나 조특법 시행령 제2조 제2항 각 호에서는 중소기업 판정시 유예기간을 적용하지 않는 경우를 규정하고 있고, 그 중 제3호에서 “제1항 제3호 의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우”를 명시하고 있으므로 관계기업을 포함하여 실질적인 독립성 기준을 위반하는 경우 유예기간이 적용되지 않는다. 실질적인 독립성 기준에 적합할 것 (다) 따라서 2012.1.1. 이후 관계기업 기준을 적용함에 따라 중소기업에서 제외되는 경우에는 중기법 시행령의 개정으로 중소기업에서 제외된 것이 아니며, 실질적 독립성 기준 위반에 해당하여 유예기간이 적용되지 않는 것인바(기획재정부 조세특례제도과-165, 2013.2.26., 국세청 법규법인 2012-437, 2013.3.7. 외 다수, 같은 뜻임), 청구법인과 같이 관계기업 기준에 해당되어 중소기업에 해당되지 아니한 경우 연구‧인력개발비 세액공제시 중견기업에 대한 공제율(8%)을 적용하여 법인세를 부과한 처분은 정당하다.
① 청구법인이 중소기업 유예기간 적용대상이 아니라고 보아 청구법인이 신고한 중소기업 연구‧인력개발비 세액공제(세액공제율 25%)를 부인하여 과세한 처분의 당부
② 유예기간 적용을 배제한다 하더라도 연구‧인력개발비 세액공제는 단계적 감소규정이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부
(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에는 아래 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 전자부품, 컴퓨터, 영상, 음향 및 통신장비제조업을 영위하는 법인으로 감사원은 조사청이 2015.10.7.〜2015.12.14. 기간 동안 실시한 청구법인에 대한 법인세 조사와 관련하여 감사한 결과, 청구법인이 2014∼2017사업연도 법인세 신고시 중소기업에 대한 일반연구·인력개발비 세액공제율(25%)을 적용하였으나, 청구법인이 2014년 중소기업에 해당하지 않고, 중소기업 유예기간 배제사유에 해당함에도 중소기업에 적용되는 일반연구‧인력개발비 세액공제를 적용하는 것은 잘못이라고 보아 과세처분할 것을 지시하자, 처분청은 2019.7.15. 청구법인에게 중견기업에 대한 일반연구‧인력개발비 세액공제율(8%)을 적용하여 아래 <표2>와 같이 2014〜2017사업연도 법인세 합계 OOO각 경정ㆍ고지하였다. <표2> 처분청의 법인세 경정‧고지 내역 (단위: 원) (나) OOO연도별 매출액은 아래 <표3>과 같다. <표3> OOO연도별 매출액 (단위: 원) (다) 청구법인과 OOO2014년말 주주내역은 각각 아래 <표4> 및 <표5>와 같다. <표4> 청구법인의 주주내역 (단위: 주, %) <표5> OOO주주내역 (단위: 주, %)
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 중소기업 규모기준(매출 OOO)을 초과한 경우에도 그 다음 3개 과세연도(유예기간)까지는 연구‧인력개발비 세액공제가 허용되어야 한다고 주장한다. 그러나 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에서 실질적인 독립성기준에 위배되는 기업의 경우 중소기업 유예기간 규정을 적용하지 않도록 규정하고 있고, 우리 원 에서도 실질적 독립성 기준에 부적합하여 중소기업에 해당되지 않게 된 경우에는 중소기업 유예기간 규정을 적용하지 않는 것으로 결정(조심 2014중5711, 2015.2.2.)한바, <표1>, <표4> 및 <표5>와 같이 관 계기업인 OOO합산 매출액이 OOO을 초과하여 규모기준 및 실질적인 독립성기준에 위배되는 청구법인에 대하여 중소기업 유예기간 규정을 적용하기는 어렵다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 설령 청구법인에 대하여 유예기간 적용을 배제한다 하더라도 연구‧인력개발비 세액공제에 있어서는 단계적 감소규정(공제율 25%→15%→10%)이 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에서 실질적인 독립성기준에 위배되는 기업의 경우 중소기업 유예기간의 적용을 배제하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 중견기업에 해당하므로 동 유예기간 규정을 적용하지 않을 경우에는 단계적 감소규정을 적용하지 않고 직접 중견기업에 대한 연구‧인력개발비 세액공제율(8%)이 적용되어야 할 것으로 보인다. 따라서 처분청이 청구법인의 일반연구‧인력개발비 세액공제와 관련하여 중소기업 유예기간 규정의 적용을 배제하고 중견기업에 대한 일반연구‧인력개발비 세액공제율(8%)을 적용하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8
4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 4를 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1(이하 생략) (2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ①조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업…(중략)…제2조 제4호 나목에 따른 연구개발지원업, 개인 간병인 및 유사 서비스업, 사회교육시설, 직원훈련기관, 기타 기술 및 직업훈련 학원, 도서관·사적지 및 유사 여가 관련 서비스업(독서실 운영업은 제외한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ③ 법 제10조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우"란 제2조제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우를 말한다.
④ 법 제10조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다.
2. 제2조 제1항에 따른 업종을 주된 사업으로 영위할 것
3. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니할 것
4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액 계산방법은 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제4항에 따른 계산방법과 같고, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것 (3) 중소기업기본법 시행령 제3조(중소기업의 범위) ①중소기업기본법제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업 가.독점규제 및 공정거래에 관한 법률제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원
2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족
1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 제7조의4(관계기업의 평균매출액등의 산정) ① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 평균매출액등의 산정은 별표2에 따른다. 이 경우 평균매출액등은 제7조에 따라 산정한 지배기업과 종속기업 각각의 평균매출액등을 말한다. [별표 2] 관계기업의 평균매출액등의 산정기준 (제7조의4 제1항 관련)
1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 평균매출액등으로 보아야 할 평균매출액등(이하 “전체 평균매출액등”이라 한다)은 다음 각 목에 따라 계산한다.
3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 평균매출액등은 다음 각 목에 따라 계산한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.