소득세법제94조 제1항 제3호 가목에 규정의 “대주주”는 주권상장법인의 대주주에 한정하는 것이라고 해석하기는 어렵다고 할 것이므로 처분청이 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세 세율 적용대상이라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
소득세법제94조 제1항 제3호 가목에 규정의 “대주주”는 주권상장법인의 대주주에 한정하는 것이라고 해석하기는 어렵다고 할 것이므로 처분청이 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세 세율 적용대상이라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
심판청구를 기각한다.
(2) 이후 개정된 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제104조 제1항 제11호 및 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것) 제168조의8 제1항 규정에서 주권비상장법인의 대주주에 대한 개념을 신설하여 상장여부에 따른 대주주의 범위를 명확히 규정하고 있음에 비추어 법 개정 이전인 2016년에 양도한 쟁점주식의 양도소득세율은 10%가 적용되는 것이 타당하다.
(3) 위와 같이 비상장 중소기업의 주주인 청구인에게는 대주주의 개념이 적용될 수 없으므로 쟁점주식의 양도소득세율은소득세법제104조 제1항 제11호 나목에 따라 10%를 적용하는 것이 타당하다.
(5) 따라서 비상장주식의 경우에도 소득세법 시행령 제157조 제4항 에 해당하면 대주주라고 봄이 상당하고, 이러한 대주주가 중소기업의 주식 등을 양도하는 경우에는 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목에 따라 20%의 양도소득세율을 적용하는 것이 타당하다.
(1) 청구인이 제출한 양도소득세 예정신고서, 주식양수도 계약서, 금융거래내역에 의하면, 청구인은 2016.12.22. 쟁점주식을 OOO원에 양도하고 양도소득세율을 20%를 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부한 것으로 나타나고, 청구인이 주권비상장 중소기업의 대주주라는 사실에 대해서는 처분청과 청구인 간 이견이 없다.
(2) 처분청의 경정청구 처리 결과 통지서에 의하면, 처분청은 경정청구 거부처분의 사유로 “2016.1.1. 이후 양도하는 주식은 중소기업 대주주의 경우 적용세율이 20%이며, 기타주주는 적용세율이 10%로 대주주의 개념이 중소기업에는 적용될 수 없다는 청구주장과 달리 중소기업도 대주주의 개념이 적용되므로 중소기업 대주주인 청구인의 당초 신고세율이 적정한바 경정청구를 기각하고자 함”이라고 기재하고 있다.
(3) 쟁점주식의 양도소득세 신고와 관련된 2015년 법령 개정사항은 다음과 같다. (가) 2015년 기획재정부가 발간한 개정세법 해설에 나타나는 관련 법령 개정 내용 및 개정이유는 다음과 같다.
1. 양도소득세 과세대상 대주주 범위 확대 및 세율 단일화 (소득세법 제104조 제1항, 소득세법 시행령제157조 제4항)
(1) 개정내용 종 전 개 정
□ 주식 양도차익 과세대상 대주주 범위 ㅇ 유가증권시장, 비상장주식 - 지분율 2% 이상 또는 시가총액 50억원 이상
□ 주식 양도소득세 세율 ㅇ 중소기업: 10% ㅇ 중소기업 외 법인: 20% ㅇ 중소기업 외 법인의 대주주가 1년 미만 보유: 30%
□ 대주주 범위 확대 - 1% - 25억원
□ 대주주 세율 단일화 ㅇ 중소기업 - 대주주 20% - 그 외 주주 10% ㅇ (좌 동) ㅇ (좌 동) (2) 개정이유 ㅇ 자본소득 과세형평성 및 실효성 제고 (3) 적용시기 및 적용례 ㅇ (대주주 범위 확대) 2016.4.1. 이후 양도하는 분부터 적용 * 다만, 비상장주식 대주주의 범위 확대는 2017.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용 ㅇ (세율 단일화) 2016.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용 (나) 2015.12.15. 개정된 소득세법 제94조 및 제104조의 개정 전․후 법률은 다음과 같고, 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되기 전 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가, 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전‧후 모두 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하여 “대주주”에 대하여 규정하면서 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 위 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있다. <개정전․후 소득세법 제94조 및 104조> 소득세법 제94조 개정전 개정후 ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분의 양도로 발생하는 소득 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 (변동 없음) 소득세법 제104조 개정전 개정후 ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30 나. 중소기업의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 10 다. 그 밖의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20 ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다): 양도소득 과세표준의 100분의 10 다. 그 밖의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20 (다) 2016.2.17. 개정된 소득세법 시행령 제157조 의 개정전․후 법령은 다음과 같다. <개정전․후 소득세법 시행령 제157조 > 소득세법 시행령 제157조 개정전 개정후 ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다. 1. 법인의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인 및 그와 국세기본법 시행령 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 특수관계인이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인 또는 코넥스시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 ⑤ 삭제 ⑥ 제4항 제2호에 따른 시가총액은 다음 각 호의 금액에 따른다. 1. 주권상장법인의 주식등의 경우에는 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다. 2. 제1호외의 주식등의 경우에는 제165조제4항의 규정에 의한 평가액 ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다. 1. 법인의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 ⑤ 제4항 제1호 및 제2호에도 불구하고 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재에는 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다. 1. 코스닥시장상장법인의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 2이상이거나 시가총액이 20억원 이상인 경우 2. 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 10억원 이상인 경우 3. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 40억원 이상인 경우 ⑥ (변동 없음) (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 쟁점주식 양도 당시 법령에서 대주주란 주권상장법인의 대주주만을 규정하고 있으므로 비상장중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제94조 제1항 제3호 가목에서 양도소득의 범위에 대하여 “주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있고, 해당 규정의 위임을 받은 같은 법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 것) 제157조 제4항에서는 “대통령령으로 정하는 대주주”의 범위를 규정하면서 주주 1인과 기타주주가 소유하는 주식의 지분율 또는 시가총액을 규정하였을 뿐, 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하고 대주주의 범위를 정하고 있는 점, 같은 조 제6항에서 제4항에 따른 시가총액 계산시 주권상장법인 외 주식의 경우도 별도의 규정에 의한 평가액으로 하도록 명시하고 있는 점, 위 법령에서 대주주의 개념을 거주자의 양도소득에 대한 납세의무에 관한 제3장에서 모두 동일한 뜻으로 해석하도록 정하고 있으므로 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 괄호 속에서 언급하는 대주주라 함은 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 말하는 대주주와 동일한 개념으로 보아야 하는 점 등에 비추어 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에 규정의 “대주주”는 주권상장법인의 대주주에 한정하는 것이라고 해석하기는 어렵다고 할 것이다. 따라서 처분청이 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세 세율 적용대상이라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
(2) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제94조【양도소득의 범위】① (개정전과 동일) 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
(3) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 등의 양도로 발생하는 소득
1. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식 등
2. 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식 등
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)이 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 “코스닥시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다] 또는 코넥스시장 상장법인[ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제11조 제2항 에 따른 코넥스시장(이하 “코넥스시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식 등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.
2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 50억원[코스닥시장 상장법인의 주식 등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식 등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 제167조의8【중소기업의 범위】법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식 등의 양도일 현재 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다. (5) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 것) 제157조【증권예탁증권 및 대주주의 범위】④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.
1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 국세기본법 시행령 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.
2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 제167조의8【중소기업의 범위】법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식 등의 양도일 현재 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다. (6) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부개정된 것) 제157조【주권상장법인 대주주의 범위】④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조 및 제167조의8에서 "주권상장법인 대주주"라 한다)를 말한다.
1. 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 조 및 제167조의8에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.
1. 직계존비속 2) 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 자 3) 국세기본법 시행령 제1조의2 제3항 제1호 에 해당하는 자
2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액(이하 이 조 및 제167조의8에서 "시가총액"이라 한다)이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주
2. 주권비상장법인의 주주로서 제157조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주. 다만, 대주주 여부를 판단할 때 소유주식의 비율은 100분의 4 이상으로 하고, 시가총액은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등에 한정하여 40억원 이상으로 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.