청구인이 특별조치법에 소유권이전등기를 경료한 쟁점부동산의 취득시기를 의제취득일(1985.1.1.)로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 <별표> 기재 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 1994.4.28.부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법(이하 “특별조치법”이라 한다)에 따라 ‘1983.5.10. 매매’를 원인으로 소유권이전등기를 경료하였다가, 2015.2.5. 이를 주식회사 OOO양도하고, 2015.4.30. 그 양도차익에 대한 양도소득세 OOO예정신고․납부하였는데, 그 취득가액을 소득세법제97조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제163조 제12항에 따른 환산가액인 OOO으로 산정하면서 그 취득시기를 의제취득일인 1985.1.1.로 보았다.
• 나. 청구인은 2019.4.19. 처분청에 ‘쟁점부동산의 취득시기는 등기부상 소유권이전등기를 경료한 1994.4.28.로 그에 따라 취득가액을 환산가액인 OOO으로 산정하여야 하고 그에 따라 2015년 귀속 양도소득세 OOO환급하여야 한다’는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2019.6.19. ‘청구인이 의제취득일(1985.1.1.) 이전부터 쟁점부동산을 보유하고 있었던 사실이 확인되므로 소유권이전등기를 경료한 1994.4.28.을 취득시기로 보아 양도소득세를 환급할 수 없다’는 내용으로 이를 거부통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.8.16. 심판청구를 제기하였음.

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구인이 의제취득일(1985.1.1.) 이전부터 쟁점부동산을 보유하고 있었다는 의견이나, 부동산의 등기부상 명의자의 등기추정력이 인정되는 것으로 이러한 등기추정력은 이를 부정하는 자가 이를 입증할 책임을 지는 것으로 처분청이 등기부상 소유자가 아닌 청구인이 의제취득일 이전부터 쟁점부동산을 보유하고 있었던 사실을 입증하지 못한 이상 명의신탁으로 볼 수 없고 청구인 명의로 1994.6.28. 소유권이전등기가 경료된 것을 명의신탁해지로 볼 수 없다고 할 것이다. 대법원 판례(2010.2.25. 선고 2009다98386 판결)에서 ‘특별조치법에 따라 마쳐진 등기는 실체적 권리관계에 부합하는 등기로 추정되고 특별조치법에 따라 등기된 부동산의 취득원인을 다른 취득원인에 따라 권리를 취득하였음을 주장하는 때에는 특별조치법에 따른 등기를 마칠 수 없음이 명백하거나 그 주장하는 내용이 구체성이 전혀 없다든지 그 자체로서 허구임이 명백한 경우 등 특별한 사정이 없는 한 특별조치법에 따라 마쳐진 등기의 추정력이 깨어진다고 볼 수 없다’고 판시하고 있다. 이에 대법원 판결(2012.9.13. 선고 2012두10567 판결)과 조세심판원 결정(2013서792, 2013.10.16. 등)에서도 ‘특별조치법에 의하여 등기된 부동산의 취득 및 양도시기에 대하여 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 특별조치법에 의하여 등기된 부동산의 경우라도 그 취득시기 등을 판정함에 있어서는 소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라야 하는 것’이고 ‘특별조치법은 1995.6.30. 이전에 매매․증여․교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산에 대한 등기부의 정리를 간편한 절차에 의하여 할 수 있도록 한 것에 불과하므로 특별조치법에 의한 소유권 이전등기가 있었다고 하더라도 동법에 의하여 소유권 이전등기가 된 법률행위가 언제나 1995.6.30. 이전에 이루어진 것이라고 보아야 하는 것은 아니며, 특별조치법에 따른 소유권이전등기시 기재된 등기원인일은 확인서 발급신청서 및 인근주민의 보증서에서 확인되는 매매일이기는 하나 이날 매매대금이 청산되었다고 보기 어렵다’고 판단한 바 있다. 따라서 쟁점부동산이 당초부터 청구인이 명의신탁한 부동산임이 객관적으로 입증되지 않는 반면, 매매를 원인으로 등기한 사실이 확인되고 그 대금청산일이나 잔금지급약정일이 확인되지 아니하므로 소득세법 시행령제163조 제1항 제1호에 따라 그 등기접수일을 취득시기로 보는 것이 타당함에도 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법․부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 ‘등기상 명의자가 아닌 실제 소유자인 청구인이 의제취득일 이전부터 쟁점부동산을 보유한 사실’을 처분청이 입증하지 못한 이상 명의신탁해지로 볼 수 없고 쟁점부동산의 취득시기는 특별조치법에 따른 등기접수일인 1994.4.28. 이라 주장하나, 특별조치법에 따른 소유권이전을 위해서는 읍․면장이 위촉한 보증인 3인의 보증서를 첨부하여 서면신청하면 대장소관청장의 현장조사 실시 후 신청사실을 2월 이상 공고한 확인서를 발급받아야 한다. 처분청이 OOO에 조회하여 회신받은 청구인의 보증서에는 대장상 소유자 OOO외 2인으로부터 쟁점부동산의 모번지였던 OOO 1983.5.10. 매수하여 소유하고 있다는 내용을 OOO외 2인이 보증하고 있고, 청구인의 쟁점부동산의 소유권이전확인서 발급신청과 관련하여 1994.1.13. OOO대장상 소유자 OOO외 2인에게 1994.1.13.～1994.3.12.까지 2월간의 공고를 통해 확인서발급신청사실을 통지하였으나 이에 대한 이의가 제기된 사실은 없었다. 따라서, 특별조치법에 따라 1994.4.28. 소유권이전등기가 경료된 쟁점부동산은 청구인의 소유권이전관련 보증서, 대장소관청장의 확인서, 확인서발급신청사실통지서 등에 의해 의제취득일(1985.1.1.) 이전부터 청구인이 소유하고 있었던 사실이 확인된다 할 것이므로, 쟁점부동산의 취득시기를 소유권이전등기 접수일로 보아야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 특별조치법에 따라 1994.4.28. ‘1983.5.10. 매매’를 원인으로 소유권이전등기를 경료한 쟁점부동산의 취득시기를 의제취득일(1985.1.1.)로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 참조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 등기부에는 아래 <표1>과 같이 특별조치법에 따라 청구인이 ‘1983.5.10. 매매’를 등기원인으로 1994.4.28. 소유권이전등기를 경료한 것으로 기재되어 있고, 쟁점부동산의 임야대장 중 소유자 부분에는 아래 <표2>와 같이 OOO외 2인에게 1981.5.9. 소유권이전되었다가, 청구인에게 1994.4.28. 소유권이전된 것으로 기재되어 있다. <표1> 쟁점부동산의 등기부등본상 기재내용 <표2> 쟁점부동산의 임야대장 중 소유자 부분의 기재내용

(2) 처분청은 2019.4.22. 청구인의 경정청구와 관련하여 OOO에게 ‘특별조치법에 따라 소유권이전된 쟁점부동산에 대한 관련자료’를 요청하여 OOO2019.4.29. 쟁점부동산과 관련한 자료를 처분청에 통보한 자료는 아래와 같다. (가) 보증서와 확인서 발급신청서(1994.3.21.): 보증인 OOO외 2인이 작성하여 당시 OOO에게 제출한 것으로, ‘쟁점부동산의 대장상 소유자는 1983.5.10.부터 등록된 OOO외 2인이나 OOO외 2인으로부터 청구인이 매수하여 사실상 소유하고 있음을 보증한다’는 보증서와 함께, 청구인이 OOO대하여 ‘쟁점부동산을 1979.9.13.부터 매수하여 현재 사실상 소유하고 있음을 확인하여 달라’고한 확인서발급신청서를 제출하였다. (나) 확인서 발급사실 통지서 공고(1994.1.13.) 및 확인서 발급(1994.3.21.): OOO1994.1.13. OOO외 2인에 대하여 청구인이 상기 내용과 같이 확인서 발급을 신청한 사실을 공고하였다가, 1994.3.21. 청구인에 대하여 신청내용과 같이 확인서를 발급하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산에 대한 명의신탁 사실이 확인되지 않고, 매매를 원인으로 등기되었음에도 그 잔금청산일 등이 확인되지 아니하므로 소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에 따라 쟁점부동산의 취득일은 그 등기접수일인 1994.4.28.로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 소득세법(법률 제4803호로 1994.12.22. 전부 개정된 것) 부칙 제8조에서소득세법제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 특별조치법 제1조도 “이 법은 부동산등기법에 의하여 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다”고 규정하고 있으며, 제3조에서 “부동산으로서 1985년 12월 31일 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산 등에 대하여 이를 적용한다.”고 규정하고 있다. 청구인이 1994.4.28.을 등기접수일로 한 소유권이전등기는 특별조치법에 따라 경료된 것인데, 청구인이 특별조치법에 따른 쟁점부동산의 소유권이전등기를 하고자 당시 OOO에게 제출한확인서 발급신청서와 OOO외 2인이 작성한보증서에서 청구인이 쟁점부동산을 의제취득일 이전인 1979.9.13.부터 매수하여 현재 사실상 소유한 사실을 확인하고 있다. 소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어 당해 자산의 취득 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일로 하도록 규정하면서 특별조치법에 의하여 등기된 부동산의 취득 및 양도시기에 대하여 별도의 규정을 두고 있지 아니한데, 상기 청구인 등이 OOO등에게 제출한 신청서 등과 대장상 소유자인 OOO등이 아무런 이의를 제기하지 아니한 점 등에 비추어 청구인이 적어도 1984.12.31. 이전에 전 소유자에 대하여 잔금을 청산하고 취득하였다고 인정하는 것이 타당하고, 처분청이 의제취득일 이전의 특정일을 쟁점부동산의 잔금청산일로 특정하지 못하였다고 하여 달리 보기는 어렵다고 판단된다. 따라서 청구인이 쟁점부동산을 1984.12.31. 이전부터 사실상 소유한 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것인바, 처분청이 쟁점부동산의 취득시기를 의제취득일인 1985.1.1.로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련법령

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것) 제96조 (양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다. 제97조 (양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 제98조 (양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제162조 (양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 (이하 생략) 제163조 (양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2 (추계결정 및 경정) ② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시 기준시가 양도당시 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시 기준시가)

④ 법률 제4803호 소득세법개정법률부칙 제8조에서 정하는 날(이하 "의제취득일"이라 한다)전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)에 대하여 제3항 제1호부터 제3호까지의 규정을 적용할 때에 의제취득일 현재의 취득가액은 다음 각 호의 가액 중 많은 것으로 한다.

1. 의제취득일 현재 제3항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 가액

2. 취득 당시 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호에 따른 가액이 확인되는 경우로서 해당 자산의 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호에 따른 가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 직전일까지의 보유기간동안의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액 소득세법 (법률 제4803호로 1994.12.22. 전부개정된 것) 부칙 제8조 (양도자산의 취득기간에 관한 의제) 제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조 제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

(3) 부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법 제1조 (목적) 이 법은 부동산등기법에 따라 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행 당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부의 기재가 실제 권리 관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 따라 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다. 제3조 (적용범위) 이 법은 제2조에 규정된 부동산으로서 1985년 12월 31일이전에 매매·증여·교환등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다. 제5조 (지적이동신청) ①부동산의 사실상의 양수자, 상속받은 부동산의 소유자 또는 소유자미복구부동산(臺帳상에 所有名義人이 登錄되어 있지 아니한 不動産을 말한다. 이와 같다)의 사실상의 소유자는 자기명의로 시장·군수·구청장 또는 읍·면장(이하 "臺帳所管廳"이라 한다)에게 토지의 이동 또는 건물표시변경의 신청을 할 수 있다.

② 제1항의 신청서에는 제10조 제2항의 규정에 의한 보증서(이하 "保證書"라 한다)를 첨부하여야 한다.

③ 제1항의 소유자는 지적공부의 등록사항에 오류가 있음을 발견한 때에는 대장소관청에 그 정정을 신청할 수 있다. 이 경우 지적법 제38조 제4항 의 규정에 의한 등기필증등본 또는 등기부등본은 제10조의 규정에 의한 확인서(이하 "確認書"라 한다)로 갈음한다. 제10조 (확인서의 발급) ① 미등기부동산을 사실상 양수한 자와 이미 등기되어 있는 부동산을 그 소유권의 등기명의인 또는 그 상속인으로부터 사실상 양수한 자, 부동산의 상속을 받은 자 및 소유자미복구부동산의 사실상의 소유자는 이 법에 의한 등기를 신청하기 위하여 대장소관청으로부터 확인서의 발급을 받아야 한다.

② 확인서를 발급받으려는 자는 시장·구청장 또는 읍·면장이 당해 부동산소재지 동·리에 대통령령으로 정하는 기간이상 거주하고 있는 자중에서 위촉하는 3인이상의 보증서를 첨부하여 대장소관청에 서면으로 신청을 하여야 한다.

③ 대장소관청은 제2항의 신청서를 접수한 때에는 대통령령이 정하는 사항을 2월이상 공고한 후 확인서를 발급하여야 한다. 그러나 공고기간내에 제11조의 이의신청이 있는 부동산에 관하여는 그 이의에 대한 처리가 완결되기 전에는 확인서를 발급하지 못한다.

④ 제3항의 규정에 의한 공고는 대장소관청이 당해 시·구·읍·면과 동·리의 사무소의 게시판에 하여야 한다. 제11조 (이의신청 등) ① 제10조의 규정에 의한 확인서발급신청에 대하여 이의가 있는 자는 동조제3항의 규정에 의한 공고기간내에 이의신청을 할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의한 이의신청을 접수한 대장소관청은 공고기간만료일부터 2월내에 사실조사를 거쳐 이의신청에 대한 처리를 하여야 한다.