쟁점부동산의 양도를 「조세특례제한법」 제69조의2에 따른 축사용지에 대한 양도소득세 감면대상으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] OOO 세무서장이 2019.8.1. 청구인에게 한 2018년 귀속 양도소득세의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다 [이 유]

• 가. 청구인은 1988.3.15.부터 2000.1.5.까지 취득한 OOO 외 1필지 목장용지 합계 1,246㎡ 및 그 지상 축사 및 퇴비사 2동 합계 434㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)와 같은 OOO 전 1,480㎡(이하 “쟁점농지”라 하고 쟁점부동산과 합하여 “양도부동산”이라 한다)를 2018.5.28. OOO 외 2명에게 OOO원에 양도하고, 2018.7.2. 쟁점부동산은 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조의2에 의한 축사용지에 대한 감면을, 쟁점농지는 같은 법 제69조에 의한 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 각각 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다가 2018.11.26. 쟁점부동산은 축사용지에 대한 감면을 배제하여 이에 대한 양도소득세 OOO원을 납부할 세액으로 하여 수정신고하였다.
• 나. 이후 청구인은 2019.7.19. 쟁점부동산이 조특법 제69조의2에 의한 축사용지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보아 수정신고한 2018년 귀속 양도소득세 OOO원의 취소를 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 양도일 현재 쟁점부동산은 축사용지에 해당하지 아니한다는 이유로 2019.8.1. 이를 거부하였다
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.8.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 고향인 OOO에서 40여년간 농업에 종사한 농민으로, 1991년부터 2012년까지 20년 넘게 OOO을 병행하였는바, 축사가 마을 안에 있어 각종 민원이 자주 발생하였고, 건강(2012년 6월 발목인대 파열 사고)과 경제적인 이유로 2013.4.26. 폐업신고를 하였으며, 거액의 투자금이 들어간 축사건물과 시설을 그대로 두고 양수자를 계속 찾다가 천신만고 끝에 거의 5년 만인 2018.5.28. 쟁점부동산을 양도하였다. 청구인은 축산업을 그만두면서 매수인이 없어 폐업신고 후 시간이 경과하였을 뿐, 양도시까지 쟁점부동산은 축사의 기능과 형태를 유지하고 있었고, 매매계약시에도 매매당사자 간에 쟁점부동산이 축사시설임을 확인하였으며, 8년 이상 자경한 경우 양도 당시 농지라면 조특법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하는데 반해, 폐업신고 후 시간을 경과하여 양도하였다는 이유로 쟁점부동산을 축사용지로 보지 아니하는 것은 축산농민을 차별하는 확대해석이라 할 것이므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인의 가축사육업등록증과 청구이유서, ‘사육지별 소 개체 현황 및 이동정보’ 등을 보면, 청구인은 1991년부터 2012년 12월까지 축산업을 영위하다가 2013.4.26. 폐업하였고, 이후 쟁점부동산에서 청구인은 축산업을 등록한 사실이 없으며, 처분청이 2019.8.19. 쟁점부동산의 양수인인 OOO과 유선통화한 결과, 양수인은 쟁점부동산의 건물을 축사가 아니라 감자나 농기계를 보관하는 농업용 창고로 사용하고 있고, 양수시에도 축사 건물이 필요하여 매수한 것은 아니라고 진술하였는바, 청구인이 축산업을 중단하고 2013.4.26. 폐업신고 후 5년 이상 쟁점부동산을 축사용도로 사용하지 아니한 것이 명백하므로 이를 양도일 현재 축사용지로 보기 어렵다. 청구인은 부득이한 사유로 축산업을 폐업하고 매수자를 찾기까지 상당한 시일이 걸렸으므로 조특법 제69조의2 제1항에 따른 양도소득세 감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 엄격해석의 원칙상 축산업 악취 등으로 불가피하게 폐업하였다는 이유로 조특법상 축사용지에 대한 양도소득세 감면을 적용하는 것은 타당하지 아니하고, 계절적 사유 등으로 일시적 휴경상태로 볼 수 없는 경우에는 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 아니라고 해석(기획재정부 재산세제과-397, 2011.5.31.)하는 점을 고려하면, 일시적 휴업도 아닌 폐업 이후 5년 이상 축산업에 사용하지 아니한 쟁점부동산을 양도일 현재 감면대상인 축사용지로 보기는 어려우므로 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도를 조세특례제한법 제69조의2 에 따른 축사용지에 대한 양도소득세 감면대상으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정된 것) 제69조의2(축사용지에 대한 양도소득세의 감면) ① 축산에 사용하는 축사와 이에 딸린 토지(이하 이 조 및 제71조에서 "축사용지"라 한다) 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 축산에 사용한 대통령령으로 정하는 축사용지를 폐업을 위하여 2020년 12월 31일까지 양도함에 따라 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 해당 축사용지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대하여만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 양도소득세를 감면받은 거주자가 해당 축사용지 양도 후 5년 이내에 축산업을 다시 하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다. 다만, 상속 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 축사용지의 보유기간, 폐업의 범위, 감면세액의 계산방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정된 것) 제66조의2(축사용지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조의2 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 8년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(축산 개시 당시에는 그 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자로서 축사용지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 축산에 사용하는 축사와 이에 딸린 토지(이하 이 조 및 제68조에서 "축사용지"라 한다)가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 축사용지로부터 직선거리로 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조의2 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 축산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유 축사용지에서 축산법 제2조 제1호 에 따른 가축의 사육에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유 축사용지에서 축산작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 수행하는 것.

③ 법 제69조의2 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 축사용지"란 해당 토지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 직접 축산에 사용한 축사용지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.(각 호 생략)

④ 제3항을 적용할 때에는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 축사용지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 축사용지를 기준으로 하며, 환지처분 전에 해당 축사용지가 축사용지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 축산을 하지 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 축사용지를 기준으로 한다.

⑧ 법 제69조의2 제1항 본문에 따른 폐업은 거주자가 축산을 사실상 중단하는 것으로서 해당 축사용지 소재지의 시장(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법에 따른 행정시장을 포함한다)·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다)으로부터 기획재정부령으로 정하는 축산기간 및 폐업 확인서에 폐업임을 확인받은 경우를 말한다.

⑫ 법 제69조의2 제3항에 따라 양도소득세 감면신청을 하려는 사람은 해당 축사용지를 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서 및 제8항에 따른 축산 기간 및 폐업 확인서(축산법 제22조 제3항 에 따른 가축사육업으로서 이 조 제8항에 따른 축산기간 및 폐업 확인을 할 수 없는 경우에는 축산기간 및 폐업 여부를 확인할 수 있는 서류)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙 (2018.3.21. 기획재정부령 제669호로 개정된 것) 제27조의2(축사용지의 범위 등) ① 영 제66조의2 제3항에 따른 축사용지는 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 가축의 사육에 사용한 축사와 이에 딸린 토지로 한다.

② 영 제66조의2 제3항에 따른 축사용지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다.

1. 양도자가 8년 이상 소유한 축사용지임이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인될 것

• 가. 전자정부법 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기사항증명서 또는 토지대장 등본의 확인
• 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상 축사용지 소재지에 거주하면서 직접 가축의 사육에 종사한 사실이 있고 양도일 현재 축사용지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인될 것

• 가. 전자정부법 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 초본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
• 나. 제7항 나목의 축산기간 및 폐업 확인서의 확인
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구인은 1988.3.15.부터 2000.1.5.까지 취득한 양도부동산을 2018.5.28. OOO 외 2명에게 OOO원에 양도하고 2018.7.2. 쟁점부동산은 조특법 제69조의2에 따른 축사용지에 대한 감면을, 쟁점농지는 같은 법 제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 각각 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다가, 2018.11.26. 쟁점부동산은 축사용지에 대한 감면을 배제하여 이에 대한 양도소득세 OOO원을 납부할 세액으로 하여 수정신고하였으나, 관련세액을 납부하지 아니함에 따라 처분청은 2019.6.12. 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 무납부고지 하였다. 이후 청구인은 2019.7.19. 쟁점부동산이 같은 법 제69조의2에 의한 축사용지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보아 수정신고한 OOO원의 취소를 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2019.8.1. 이를 거부하였다.

(2) 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인의 양도부동산 취득 및 양도 내역은 아래 <표1>과 같다.

(3) 처분청이 OOO에게 축산업 등록 및 폐업내역을 의뢰하여 OOO로부터 회신받은 공문OOO에 의하면, 청구인은 2004.12.15. 쟁점부동산 중 같은 OOO에서 축산업 등록을 하였다가 2013.4.26. 경제불황을 이유로 폐업신고한 것으로 나타난다.

(4) 청구인의 주민등록초본에 의하면, 청구인은 1968.10.20.(최초작성)부터 현재까지 양도부동산 소재지인 OOO에 거주하고 있는 것으로 나타난다.

(5) 청구인이 제출한 증빙서류의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구인은 1991년부터 2012년까지 축산업을 영위하다가 2013.4.26. 폐업신고를 하였다고 주장하며, OOO의 ‘사육지별 소 개체 현황 및 이동정보’(2009년 전산이력제가 시행되었고, 2009년부터 2011년까지 청구인이 한우를 양수하거나 양도한 이력이 확인됨), OOO의 조합원 증명서OOO, 청구인의 가축사육업등록증OOO, OOO조합의 거래자별매출상세내역OOO, 1996년 OOO로부터 청구인이 받은 감사패 사진OOO 등을 제출하였다. (나) 청구인의 쟁점부동산 양도계약서(2018.4.13.)의 주요내용은 아래 <표2>와 같다.

(6) 청구인과 심판청구대리인은 2019.10.31. 조세심판관회의에 출석하여, “청구인은 한우사육을 20년 넘게 영위하다가 경영난으로 축산업을 중단하면서 부채를 상환하기 위하여 매매를 결심하고 2013.4.26. 폐업신고를 하였으며, 부동산 중개업자에게 쟁점부동산의 매각을 의뢰하였으나, 축산업이 사양산업이어서 매수자를 찾기 어려웠고, 양도 당시 쟁점부동산은 축사를 그대로 유지하고 있었다”는 취지로 진술하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점부동산이 양도 당시 축사용지에 해당하지 아니하여 쟁점부동산의 양도는 양도소득세 감면대상이 아니라는 의견이나, 조특법 제69조의2에서 축사용지에 대한 양소득세 감면요건으로 축사용지를 ‘폐업을 위하여’ 양도할 것을 규정하고 있고, 축사용지 양도 후 5년 안에 축산업을 다시 하는 경우에는 감면분을 추징하도록 규정하고 있으며, FTA로 어려움을 겪는 축산농가의 구조조정을 지원하는데 동 규정의 입법취지가 있는바, 청구인은 8년 이상 영위한 축산업을 2013.4.26. 폐업신고하였으나, 이후 쟁점부동산을 다른 사람에게 임대하였다거나 축산업에 필요한 축사 등의 건축물을 멸실하였다거나 또는 축산업 외의 다른 용도로 전용하여 사용하는 등의 사정이 나타나지 아니한 점, 축산업 외에 다른 용지로 사용하지 아니한 쟁점부동산은 양도 당시 언제든지 목장용지로 사용할 수 있는 상태에 있는 것으로 보이는 점, 축사용지의 경우 매매나 사용에 제한이 따르는 현실적인 측면과 청구인이 쟁점부동산을 양도하면서 동 건축물을 ‘축사’로 명시하여 매매한 점 등을 감안하면, 축산업의 폐업을 위하여 쟁점부동산을 양도하면서 매수자를 찾는 과정에서 폐업신고 후 부득이하게 상당기간을 경과하여 양도하게 되었다는 청구인의 주장에 신빙성이 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점부동산은 양도일 현재 축사용지에 해당한다고 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.