이 건 시행령 조항의 산식으로 인하여 재산세 일부가 공제되지 않는 것은 아니고, 공정시장가액비율만큼 종합부동산세 과세표준이 줄어듦과 동시에 해당 과세표준에 대하여 공제되는 재산세액 역시 줄어들도록 하려는 것임을 분명히 하고 있으므로 처분청이 이 건 시행령 조항의 산식에 따라 공제되는 재산세액을 계산하여 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없음
이 건 시행령 조항의 산식으로 인하여 재산세 일부가 공제되지 않는 것은 아니고, 공정시장가액비율만큼 종합부동산세 과세표준이 줄어듦과 동시에 해당 과세표준에 대하여 공제되는 재산세액 역시 줄어들도록 하려는 것임을 분명히 하고 있으므로 처분청이 이 건 시행령 조항의 산식에 따라 공제되는 재산세액을 계산하여 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
(1) 재산세액을 공제하도록 한 취지 2005.1.5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고, 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산 가격 안정을 도모하고자 하는 데에 있다. 이와 같이 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005.1.5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 이 건 법률 조항을 두어 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다.
(2) 관련 규정의 개정 경과 (가) 2008.12.26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법과 2009.2.6. 법률 제9422호로 개정된 지방세법의 재산세 관련 규정은 부동산 보유세인 종합부동산세와 재산세 과세에 있어 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되, 부동산 시장 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 공정시장가액비율 제도를 도입하였으며, 그에 따라 과세표준은 종전의 ‘과세기준초과금액’에서 ‘과세기준초과금액 × 공정시장가액비율’로 축소되었고 종전의 연도별 적용비율은 폐지되었다. (나) 위 개정에 따라 하위법령인 종합부동산세법 시행령 (2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되고, 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 종합부동산세법 시행령”이라 한다) 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항 및 제2항에서는 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법을 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 따라 계산하도록 규정하였고, 종합부동산세법 시행규칙(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것, 이하 “구 종합부동산세법 시행규칙”이라 한다) 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성방법 7항에서는 ‘⑨ 과세표준 표준세율 재산세액’을 ‘(감면후 공시가격 – 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식(이하 “종전 시행규칙 산식”)에 따라 계산하도록 규정하였다. (다) 그런데, 종전 시행규칙 산식을 적용한 2009년 귀속 종합부동산세부터 공제할 재산세액이 감소하였고, 이에 대하여 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결은 2009년 법률 개정으로 연도별 적용비율이 폐지되고 공정시장가액비율이 도입되었지만, 양자는 동일한 기능을 하는 것이고 과세기준초과분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 변화가 없는데도 종전 시행규칙 산식 중 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분의 공제를 배제하여 결과적으로 재산세가 중복 부과되도록 한 것은 상위 법령의 취지에 위배되고 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 것이므로 위법하다고 판단하였다. (라) 위 대법원 판결 선고 후, 정부는 납세자가 불복을 한 경우에 한하여 중복과세된 부분을 환급하였으나, 2015.11.30. 종합부동산세법 시행령을 개정하여 종전 시행규칙 산식을 그대로 이 건 시행령 조항에 규정하였다. 이에 2016년 귀속분부터는 위임입법의 문제는 시정되었지만, 종전 시행규칙 산식과 마찬가지로 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분의 공제를 배제하고 있으므로 이중과세는 여전히 존재한다.
(3) 이 건 시행령 조항의 위법성 이 건 시행령 산식은 공제할 재산세액을 종전 시행규칙 산식과 같이 ‘(감면후 공시가격 – 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식으로 계산하도록 하고 있으므로 상위 법령인 이 건 법률 조항의 취지에 반한다.
(1) 청구법인의 주장은 대법원의 판결 내용을 형식적으로 이해하고, 종합부동산세법의 개정취지, 위임입법의 범위 등을 정확히 파악하지 못함에 기인한 것이다. (가) 종합부동산세법 시행령의 개정 배경은 아래 그림과 같다. (나) 위 그림에서 확인할 수 있는 바와 같이 입법자는 종합부동산세를 적게 부과하고자 법 개정을 통하여 종합부동산세 과세표준을 축소하였고, 이에 따라 종합부동산세 부과시 공제되어야 하는 재산세액 계산식 규정도 개정하였다. (다) 이에 따라 과세관청은 입법자의 의사를 “종합부동산세 과세표준이 줄어든 ‘비율’만큼 공제되어야 하는 재산세액의 ‘비율’ 역시 축소되어야 한다.”는 것으로 이해하였다. (라) 그런데, 대법원은 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법을 규정한 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 개정 취지에 관하여 “종전 시행령 산식의 분자에 기재된 ‘주택 등의 과세표준’으로 변경되었다고 하더라도, 과세기준을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없으므로, 공제되는 재산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 이 건 시행령 조항의 산식으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.”고 판단하였다. (마) 대법원 판결에 대하여 입법자는 “종합부동산세 과세표준이 줄어든 ‘비율’만큼 공제되어야 하는 재산세액의 ‘비율’ 역시 축소되어야 한다.”는 것이었음을 분명히 하고자, 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 종합부동산세법 시행령”이라 한다) 제4조의2의 ‘주택분 과세표준’을 ‘[(법 제8조에 따른 주택의 공시가격을 합산한 금액 - 6억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령 제109조 제2호 에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법 제111조 제1항 제3호 에 따른 표준세율’로 개정하였으며, 마찬가지로 제5조의3 제1항의 ‘종합합산과세대상인 토지분 과세표준’을 ‘[(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령 제109조 제1호 에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법 제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율’로, 제2항의 ‘별도합산과세대상인 토지분 과세표준’을 ‘[(법 제13조 제2항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율’로 각 개정하였다. (바) 위와 같이 종합부동산세법 시행령 개정을 통해 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 공제 산식을 명확히 하여 법집행의 안정성과 예측가능성을 통한 납세자의 재산권 침해의 소지를 제거하였다. 종합부동산세법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 종합부동산세에서 기납부 재산세액으로 공제하여 줌으로써 종합부동산세 과세기준 초과금액에 대한 재산세 과세표준 구간을 명확히 하여 재산세액의 과다공제 방지를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다.
(2) 청구법인은 대법원 판결을 근거로 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과된다고 이해하고 있으나, 동 판결이 전제하고 있는 중복 부과 영역인 ‘(공시가격-과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 재산세가 부과된 영역이 아니므로 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역이 정확하게 특정될 수 있음을 전제로 한 청구주장은 그 자체로 타당하지 아니하고, 설령 이 건 시행령 조항이 중복 부과되는 재산세액을 완벽하게 공제해 주지 못한다고 하더라도 이 건 법령 조항의 위임범위를 벗어났다고 보는 것은 입법자의 재량을 간과한 것이다.
(3) 또한, 대법원 판결은 이 건 시행령 조항의 산정방식 자체가 위법하다고 판단한 것이 아니라, 그 의미를 다르게 해석하였던 것뿐이므로, 비록 대법원이 제시한 공제방법을 따르지 않고 ‘공제되는 재산세액’을 축소하더라도, 그러한 사실 자체만으로 입법자가 입법형성의 한계를 넘어서는 입법을 하였다고 단정지을 수 없다.
(4) 종합부동산세법은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였고, 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하였는바, 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 공제한다고만 하였지, ‘전부’ 공제하여야 한다고 규정하지 않았고, 대통령령으로 위임한 ‘재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항’에는 공제의 범위도 포함되어 있다고 해석하는 것이 합목적적이므로 이 건 시행령 조항을 무효라고 볼 수 없다.
② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.
⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.
⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법 제112조 제1항 제1호 에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율× 지방세법 시행령 제109조 제1호 에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법 제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액
② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법 제112조 제1항 제1호 에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제2항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율× 지방세법 시행령 제109조 제1호 에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법 제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액
(1) 청구법인은 2016～2018년 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 보유하고 있는 과세대상 물건에 대하여, 법정신고기한 내에 종합부동산세(농어촌특별세 포함)를 신고하였으며, 그 과정에서 종합부동산세법 제13조 및 같은 법 시행령 제2조의4에 따라 공정시장가액비율 80%를 적용하여 과세표준을 산정하고, 법 제14조에 의해 세액을 산정한 다음, 이 건 시행령 조항 및 산식에 따라 (공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율 × 재산세 공정가액비율 × 재산세율의 방법으로 ‘공제할 재산세액’을 계산하여 차감하였다가, 이 건 경정청구를 하였으며, 처분청은 이를 거부하였다.
(2) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 관련 규정의 개정경위는 다음과 같다. (가) 구 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제세액의 계산식을 ‘주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’으로 정하였다. (나) 한편, 종합부동산세법 시행규칙 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 작성방법에 기재된 계산식은 ‘(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율) × 재산세율)’이었다. (다) 그런데, 시행령 산식 중 분자에 기재된 ‘주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’ 부분이 시행규칙 별지에 기재된 산식과 같은 내용을 의미하는 것인지, 아니면 ‘(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세 의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율)’을 의미하는지 여부에 관하여 과세관청과 납세의무자 사이에 다툼이 있었고, 대법원은 2015.6.23. 선고 2012두2968 판결 등에서 위 두 내용 가운데 후자를 의미한다는 법리를 선언하였다. (라) 대법원이 공제할 재산세액을 위와 같이 제시하자, 정부(기획재정부)는 2015.11.30. 위 시행령 산식 중 분자에 기재된 부분을 아래와 같이 개정하였는바, 개정세법 해설책자(2015 간추린 개정세법)에 의하면, 동 규정의 개정취지는 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제를 방지하기 위하여 계산식을 명확히 한 것으로 나타난다. 종전 개정
□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액
□ 공제액 산식 명확화 재산세로 부과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 종합부동산세법은 공정시장가액비율이 반영된 과세표준 금액을 기준으로 하여 그에 관하여 부과된 재산세액을 공제하도록 규정하고 있으므로(제13조 및 제14조), 이에 따라 (공시가격 합산금액 - 과세기준금액) × (1 - 공정시장가액비율)에 관하여 납부된 재산세액이 공제되지 않게 되는 것이지 이 건 시행령 조항의 산식으로 인하여 재산세 일부가 공제되지 않는 것은 아니므로, 이 건 법률 조항에 대하여 위헌 여부를 주장할 수 있음은 별론으로 하더라도, 이 건 법률 조항이 유효한 이상 그 위임 취지에 따른 내용을 규정한 이 건 시행령 조항을 위법하다고 할 수는 없고, 더욱이 정부는 대법원 판결 이후인 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 위와 같이 재산세 공제액 산식을 개정하면서, 그 개정이유를 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것이라고 밝힘으로써 공정시장가액비율을 반영한 과세표준 제도에 따라 공정시장가액비율만큼 종합부동산세 과세표준이 줄어듦과 동시에 해당 과세표준에 대하여 공제되는 재산세액 역시 줄어들도록 하려는 것임을 분명히 하고 있으므로, 처분청이 이 건 시행령 조항의 산식에 따라 공제되는 재산세액을 계산하여 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.