청구종중은 법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인에 해당한다고 보는 것이 타당하므로 처분청에서 청구종중이 신고·납부한 양도소득세 및 8년 자경농지감면을 부인하고 이 건 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
청구종중은 법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인에 해당한다고 보는 것이 타당하므로 처분청에서 청구종중이 신고·납부한 양도소득세 및 8년 자경농지감면을 부인하고 이 건 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구종중 주장 및 처분청 의견
(1) 청구종중은 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로서소득세법에 의한 소득신고를 할 수 있다고 보아야 한다. 소득세법제62조의2 [비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례]에 따르면 비영리법인이 수익사업을 하지 않는 경우 법인세 신고를 하지 아니하고 개인처럼 소득세법에 의한 소득신고를 할 수 있는 것으로 보아야 하며, 청구종중은 2013.12.26. OOO로부터 토지보상금을 받은 후 조특법 제69조에 따른 감면을 적용하여 양도소득세를 납부하였다.
(2) 이 건 임야는 양도가 이루어진 2013.12.27.을 기준으로 3년 이상 청구종중의 묘가 소재하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용되었으므로 이 건 임야 양도에 따른 수입은 “고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입”으로서 과세소득 대상에서 제외되어야 한다. OOO에서 작성한 분묘보상비 지급 지출결의서에 의하면 분묘는 모두 종중 소유토지 내 종중묘이나, 1기를 제외한 나머지 3기는 정확한 매장자 확인이 불가하여 종중회장이 연고자로서 개장신고를 일괄 득하여 처리하고, 분묘가 위치한 상기 임야는 장기간 해주OOO종중에서 소유한 종중토지라고 되어 있다. 따라서 이 건 임야를 과세대상에서 제외하면 청구종중의 이 건 농지 양도에 따른 소득금액은 OOO으로서 이에 따라 납부하여야 할 법인세는 OOO이므로 기납부세액 OOO에서 과다납부한 OOO을 환급해 주어야 한다.
(3) 처분청은 이 건 법인세 과세처분에 필요한 사전절차를 준수하지 않았고, 청구종중이 2014.2.20. 양도소득세를 신고･납부한 후 5년이 경과한 시점에 자경농지 감면규정 적용을 부인하고 법인세를 경정･고지하면서 납부불성실가산세 OOO까지 부과한 것은 부당하다.
(1) 청구종중은 2012.11.26. OOO을 대표자로 처분청에 법인격을 신청한 사실이 확인되고,국세기본법제13조 제2항에서 종중과 같은 법인격 없는 단체는 신청에 따라 법인으로 인정되는 것으로 규정하고 있고, 청구종중이 법인격을 신청하여 승인받은 이상 법인세를 신고·납부하여야 한다. 청구종중이 2014.2.27. 양도소득세를 신고한 것은법인세법제62조2에 의하여소득세법상 규정을 준용하여 계산한 금액을양도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서서식에 의하여 법인세 정기 신고한 것으로 보아야 한다.
(2) OOO의 이 건 임야 분묘보상비 지출결의서에 의하면 묘소 4기 중 1기는 종중회장 OOO의 조부 묘이며 나머지 3기는 매장자 확인이 불가하므로 이 건 임야를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다. 종중이 관리하는 묘소는 보통 분파 시조의 묘소를 관리하면서 정기적으로 제사를 지내며 묘소를 관리하는 재실이 있어 공동의 선조 분묘를 관리하는 것이 임무인바, 2013년 항공사진에 의하면 이 건 임야에 종중 시조의 묘소가 확인되지 않으며, 청구종중은 이 건 임야 양도시 분묘이장비를 법인명의 계좌가 아닌 종중회장 OOO의 개인계좌로 지급받았고, 무연고묘 3기를 포함한 4기의 분묘에 대한 이장이 어떻게 진행되었는지 확인되지 않아 종중이 고유목적사업을 어떻게 하였는지 확인되지 아니하므로 청구종중이 법인의 고유목적사업을 영위하였다고 볼 수 없으며, 설령, 이 건 임야를 고유목적 사업에 사용하였다고 하더라도 환급 신청은 경정청구를 통해서 하여야 하는 별개의 건으로 보아야 하므로 당초 결정은 정당한 것이다.
(3) 처분청은 2014.5.7. 청구종중에게 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정 적용에 대해 부적정 의견으로 보정 요구하였고, 2016.6.29. 청구종중에게 조특법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정 적용을 부인하고 2013년 귀속 양도소득세 OOO을 과세예고통지한 사실이 있어 과세 사전구제절차를 이행하였다.
① 청구종중이 조특법 제69조의 자경농지 감면규정을 적용하여 양도소득세를 신고·납부한 데 대해 8년 자경감면을 부인하고 법인세를 과세한 처분의 당부
② 이 건 임야는 3년 이상 청구종중의 고유목적사업에 사용되었으므로 과세대상에서 제외된다는 청구주장의 당부
③ 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 국세기본법 제13조 [법인으로 보는 단체] ① 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보 아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인 으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인 이 이행하여야 한다. 제26조의2 [국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는국제조세조정에 관한 법률제25조에서 정하는 바에 따른다.
2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제48조 [가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (2) 국세기본법 시행령 제8조 [법인으로 보는 단체의 신청·승인 등] ① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(법인세법제1조 제1호 및 제3호에 따 른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖 의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소
6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정
② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관 리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내 에 신청인에게 통지하여야 한다.
③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령제12조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 법인세법제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다. (3) 법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 일부개정되기 전의 것) 제1조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. “비영리내국법인‘이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 다.국세기본법제13조 제4항에 따라 법인으로 보는 단체(이하 생략) 제3조 [과세소득의 범위] ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제6조 [사업연도] ① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.
② 법령이나 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 내국법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조 제1항에 따른 법인 설립신고 또는 제111조에 따른 사업자등록과 함께 납세지 관할 세무서장(제12조에 따른 세무서장을 말한다. 이하 같다)에게 사업연도를 신고하여야 한다.
⑤ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 신고를 하여야 할 법인이 그 신고를 하지 아니하는 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 그 법인의 사업연도로 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 법인의 최초 사업연도의 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제60조 [과세표준 등의 신고] ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제62조의2 [비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례] ① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호 부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득" 이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납 부하여야 한다. (후단 생략) 제66조 [결정 및 경정] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다. (4) 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 일부개정되기 전의 것) 제2조 [수익사업의 범위] ② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
(1) OOO가 2013.12.27. 청구종중이 1995.6.29.에 취득한 이 건 농지와 임야를 수용하고 청구종중에게 지급한 토지수용보상금 OOO에 대하여 청구종중은 2014.2.20. 조특법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세 OOO을 신고․납부하였고, 처분청은 2019.3.14. 양도소득세 감면규정 적용을 부인하고 2013사업연도 법인세 OOO을 아래 <표>와 같이 부과하였다. <표> 이 건 처분 내역
(2) 청구종중 및 처분청이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다. (가) 청구종중은 2012.12.22. 법인으로 보는 단체의 승인 신청을 하였고, 처분청이 발급한 고유번호증을 보면 청구종중이 수익사업을 하지 않는 비영리법인 등으로 하여 고유번호OOO를 발급받은 것으로 나타난다. (나) 청구종중이 제출한 정관에 의하면 청구종중의 설립목적은 “조상을 받들고 선영을 가꾸고 회원 상호간에 상부상조 및 종중의 단합 도모와 종중사 논의”인 것으로 나타나고, 회계연도는 매년 12월말까지로 나타난다. <이 건 종중의 정관> 일부 발췌
(3) 청구종중은 OOO에서 2013.11.15. 작성한 분묘보상비 지급 지출결의서에 의하면 이 건 임야에 있는 분묘 4기 중 1기는 종중회장 OOO의 조부 묘이고, 나머지 3기는 정확한 매장자 확인이 불가하여 종중회장이 연고자로서 개장신고를 일괄 득하여 처리하였으며, 폐쇄등기부 및 국가기록원 임야조사부에 근거하여 장기간 청구종중에서 소유한 종중토지라고 기재되어 있으므로 이 건 임야는 처분일 현재 3년 이상 종중의 고유목적사업에 사용된 것이라고 주장한다.
(4) 한편, 처분청은 이 건 임야 분묘의 매장자 4기 중 3기는 매장자 확인이 불가하고, 공동의 선조 분묘를 수호하는 것이 종중의 임무이므로 종중 회장의 조부 묘소 관리까지 종중의 고유목적사업으로 볼 수 없으며, 2013년도 항공사진을 보면 이 건 농지와 임야에 분파 시조의 묘소와 재실이 확인되지 않고, 분묘이장비를 청구종중 회장의 개인명의 계좌로 입금 받아 사용처가 확인되지 않는 점 등에서 이 건 농지 및 임야는 법인의 고유목적사업에 사용되지 않은 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다는 의견을 제시하고 있다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구종중은 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로서 소득세법｣에 의한 소득신고를 할 수 있다고 보아야 한다고 주장하나, 「법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제62조의2의 입법취지는 부동산의 양도로 인한 법인의 소득에 대하여는 원칙적으로 법인세법제14조에 의한 법인세를 납부하여야 하지만, 종중과 같이 사업소득이 없는 비영리내국법인의 경우에는 회계장부 등을 제대로 갖추고 있지 아니하는 등 세법에서 규정하는 제반 절차를 이행할 수 있는 능력이 미약하므로 납세절차를 간소화하고 조기성실신고를 유도하기 위하여, 그 선택에 따라 양도소득세 산정에 관한 규정인 소득세법 (2014.12.23. 법률 제12852호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제92조, 제104조 제1항에 의하여 산정된 금액을 법인세로 납부할 수 있는 길을 열어둔 것이라고 할 것이고, 청구종중과 같은 비영리내국법인의 토지 등의 양도로 인한 소득에 대한 법인세는 그 세액의 산정방법이 양도소득세액의 산정에 관한 소득세법의 관련 규정을 준용하여 같은 방법으로 산정함에 따라 원칙적으로 그 산출세액이 소득세법의 관련 규정에 의하여 산정된 양도소득세의 산출세액과 동일하다는 것일 뿐 이고 그로 인하여 위 법인세가 거주자나 비거주자로서 국내원천소득이 있는 개인에게 부과되는 양도소득세에 해당하게 되는 것은 아니다. 따라서 이 건 청구종중의 대표자였던 OOO이 2012.12.22. 처분청 에게 법인으로 보는 단체의 승인신청을 하여 고유번호증을 교부받은 후 청구종중에 대한 법인으로 보는 단체의 승인이 취소된 사실이 없는 점, 청구종중이국세기본법제13조 제2항에서 법인으로 보는 단체로 보는 요건으로 규정한 세 가지를 모두 갖춘 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때 청구종중은 법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인에 해당한다고 보는 것이 타당하므로 처분청에서 청구종중이 신고·납부한 양도소득세 및 8년 자경농지감면을 부인하고 이 건 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구종중은 이 건 임야는 처분일인 2013.12.27. 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 분묘가 소재하여 청구종중의 고유목적사업에 사용하였으므로 이 건 임야의 양도소득은 과세소득 대상에서 제외되어야 한다고 주장하나, 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입이 비영리법인인 청구종중의 과세소득에 해당하지 아니하기 위해서는법인세법제3조 제3항 및 같은 법 시행령 제2조의2 제2항에 따라 청구종중이 그 처분일 현재 토지를 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하여야 하고, 법인으로 보는 종중이 분묘가 소재한 종중의 임야를 양도한 경우에 해당 부동산을 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 부동산의 용도·면적 등 사용현황, 임대차 여부 등의 제반 사항을 고려하여 판단하여야 할 것인바, 이 건 임야 면적 7,107㎡에 존재하고 있었던 분묘 4기 중 1기는 종중 대표자 조부의 묘이고 나머지 3기는 매장된 자가 확인되지 않아 처분일 현재 3년 이상 계속하여 종중의 정관에서 목적사업으로 정하고 있는 조상 분묘의 유지·보존에 공하는 선산으로서의 기능을 하였다고 단정할 수는 없는 점에서 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구종중은 2014.2.20. 양도소득세를 신고･납부한 후 5년이 경과한 시점에 처분청이 조특법상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정 적용을 부인하고 법인세를 경정･고지하면서 납부불성실가산세까지 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지․착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다 할 것인바(OOO, 같은 뜻임), 소득세법에 따른 양도소득세와 법인세법에 따른 법인세는 각각 별개의 세목이므로 청구종중이 이 건 양도소득세를 신고하였다 하더라도 법인세를 신고한 것으로 보기 어려운 점, 청구종중이 2012.11.26. 법인으로 보는 단체로 승인되어 이 건 부동산의 양도손익을 2013사업연도의 손익에 포함하여 법인세를 신고할 수 있 었으나 이와 같이 하지 않은 것은 단순한 법령의 무지 또는 오인 등에 해당한다고 보이고, 납부불성실가산세는 미납부세액과 기간의 이자 성격을 지니는 점 등에 비추어 납부불성실가산세를 면제할 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.