청구법인이 양도소득세로 잘못 신고 후, 법인세 환급 요청하여, 특례제척기간을 근거로 법인세 부과 및 환급할 양도소득세와 상계한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO로 2008.9.25. 법인으로 보는 단체로 승인 받았음에도, OOO 외 2필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고 2012.3.28. 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가, 6년여 경과된 2018.3.29. 법인세 신고대상을 양도소득세로 잘못 신고하였다는 이유로, 기 신고․납부한 양도소득세를 환급하라는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 2018.8.28. 국세환급금의 소멸시효가 완성되었다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부(이하 “1차거부”라 한다)하였고, 이에 청구법인이 제기한 심판청구에서 조세심판원은 청구법인의 환급요청액은 국세환급금 소멸시효의 적용대상이 아니라면서 인용(조심 2018중4657, 2019.1.24.) 결정하였다.
• 다. 처분청은 2019.3.5. 조세심판원 결정에 따라 1차거부는 취소하지만,청구법인이 (무신고한) 법인세로 납부하여야 할 세액이 환급받을 양도소득세액을 초과한다는 이유로 청구법인의 경정청구를 재차 거부(이하 “2차거부”라 한다)하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.3.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인에게 법인세를 부과하여 그 세액과 환급할 양도소득세를 상계하였다는 의견이나, 법인세는 부과제척기간(5년)이 도과된 처분이어서 위법하다.

(2) 처분청은 ｢국세기본법｣ 제26조의2 제2항 제1호 (이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 특례제척기간을 적용하여 법인세를 부과하였다고 하나, 쟁점규정은 불복대상 처분이 다툼 중에 부과제척기간이 도과하여 결정되더라도, 그 결과에 따라 처분할 수 있다는 것인데, 이 건에서 불복대상은 양도소득세이며 법인세는 당초 불복대상이 아니었던바, 특례제척기간을 적용하여 법인세를 과세할 수는 없다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 법인격을 승인받았음에도, 승인받기 전 사용하던 종중번호로 양도소득세를 신고ㆍ납부하고, 돌연 법인세 부과제척기간만료(2018.3.31.)를 앞두고 잘못 신고․납부하였다며 양도소득세를 환급하라고 주장하는데, 이는 정상적인 조세징수를 방해함은 물론, 공평과세와 조세정의에도 반하는 행동이다.

(2) 비록 법인세의 일반부과제척기간은 도과하였지만, 동일 사안에 대한 연결된 처분으로서 당초 잘못된 신고를 바로 잡아야 했기에 특례제척기간을 적용하여 청구법인이 잘못 신고한 양도소득세는 취소하되, 그를 대신하여 법인세를 고지한 것으로, 법인세 부과는 새로운 처분이 아닌 부수적 처분에 해당하여 특례제척기간이 적용될 수 있다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 법인세로 신고하였어야 할 토지양도차익을 양도소득세로 잘못 신고한 후, 법인세 부과제척기간 만료를 앞두고 환급을 요청하였으나, 처분청이 특례제척기간을 근거로 법인세를 부과하여 환급할 양도소득세와 상계한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체 등) ② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다. 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. (이하 생략)

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(역외거래의 경우 7년간)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, ｢감사원법｣에 따른 심사청구 또는 ｢행정소송법｣에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 제54조(국세환급금의 소멸시효) ① 납세자의 국세환급금과 국세환급가산금에 관한 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청 제출자료로 확인된 사항은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2008.9.25. OOO장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 후 임대소득에 대하여 매 사업연도마다 법인세를 신고․납부해왔는바, 청구법인이 수익사업을 영위하는 비영리법인에 해당한다는 사실에는 청구법인과 처분청간 이견이 없다. (나) 청구법인은 2012.1.6. 쟁점토지를 양도(임의경매로 인한 매각)하고 양도소득세로 신고ㆍ납부하였음에도, 2018.3.29. 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구법인이 당초 신고납부한 양도소득세는 과오납금에 해당하는데 국세환급금의 소멸시효(5년)가 완성되었다는 이유를 들어 2018.8.28. 청구법인의 경정청구를 거부(1차거부)하였으나, 조세심판원은 이를 취소하는 결정(조심2018중4657, 2019.1.24.)을 하였는바, 주요 인용논거는 다음과 같다. (다) 처분청은 2019.3.5. 조세심판원 결정에 따라 1차거부는 취소하지만, 특례제척기간을 적용하여 법인세를 부과하여 환급할 양도소득세와 상계함에 따라 실질적으로 환급할 세액은 없다는 취지로 청구법인에게 통보하였는바, 해당 통지서의 내용은 다음과 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 환급대상 양도소득세와 상계한 법인세처분은 부과제척기간이 도과되었고, 양도소득세와는 별도의 새로운 처분이어서 특례제척기간이 적용될 여지도 없어 위법하다고 주장하나, 쟁점규정은 불복결정이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지는 필요한 처분을 할 수 있도록 규정하고 있는데, 처분청이 우리원의 당초결정(당초신고는 당연무효가 아니라 경정대상에 해당)에 근거하여 양도소득세를 환급함과 동시에 이 건 법인세처분을 한 것이므로 법인세처분을 우리원의 당초결정과 무관한 별개의 처분으로 보기는 어려우므로, 당초결정 확정일로부터 1년 내에 행한 이 건 처분이 잘못되었다고 단정하기 어려운 점(조심 2019서145, 2020.1.30. 같은 뜻임), 쟁점규정 문언상 “필요한 처분”을 할 수 있다고 규정할 뿐, 결정 등의 주문에 따른 처분만 가능하다고 볼 근거가 없고, 당초처분의 기초사실판단에 따른 처분, 즉 결정의 취지에 따른 처분도 할 수 있다고 봄이 상당하다 하겠고, 세목 등을 달리하더라도 납세자의 법적안정성을 보호할 필요성 보다 공평과세 또는 조세정의의 요청이 강한 경우에는 당초처분과 동일한 사실관계에 기초한 결정 등에 따라 필요한 처분할 수 있도록 특례제척기간을 적용함이 타당한 점(조심 2015서3925, 2016.5.31. 합동회의, 같은 뜻임), 조세법의 법적안정성과 예측가능성 확보를 위해 특례제척기간의 적용범위는 당초처분의 범위를 벗어나지 않는 것이 중요하나, 이 건에 대한 우리원의 선결정은 당초신고의 흠결(법인이 개인으로 잘못 신고)에도 불구하고, 당연 무효로 보지 않고 당초신고의 확정력 자체는 인정하되, 추후 경정하라는 취지였던바, 해당 취지의 일관성을 유지하 기 위해서라도, 양도소득세의 취소 및 환급뿐만 아니라 처분청의 이 건 법인세처분 또한 당초신고를 바로잡기 위한 것으로 보아야 하는 점, OOO 또한 특례제척기간은 당초처분 등의 경정이 필요한 경우로 족할 뿐, 반드시 납세자에게 유리한 경우로 한정되는 것은 아니라는 입장(OOO 2002.12.28. 선고 2002헌바27 결정, 참조)인바, 당초신고를 바로잡기 위한 처분이 납세자에게 불리한 결과라 하더라도 그러한 사유로 특례제척기간의 적용을 배제하기는 곤란한 점, 특례제척기간을 적용한 과세는, 당초처분의 하자나 흠결을 치유하여 실질상 동일한 내용의 처분을 다시 할 수 있는 정도를 의미할 뿐이어서, 증액될 세액은 취소될 세액을 한도로 가능하다 할 것인바(대법원 2005.2.25. 선고 2004두11459 판결, 같은 뜻임), 이 건 법인세처분은 취소할 양도소득세와 상계하되 초과하여 고지된 세액은 없는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인이 당초 잘못 신고한 양도소득세를 취소함과 동시에 이 건 법인세를 부과하여 상계한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.