조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지의 양도는 1세대 1주택 양도소득세 비과세 대상에 해당함.

사건번호 조심-2019-중-1668 선고일 2019.07.03

보상금을 지급할 예산이 부족하여 쟁점주택에 대한 보상을 중단하여 청구인은 일방적인 결정에 따를 수 밖에 없었던 것으로 보이고, 쟁점토지가 수용되고 6개월 후 쟁점주택을 양도한 것으로 보이는 점 등으로 볼 때 1세대 1주택 비과세대상으로 판단됨.

OOO세무서장이 2019.1.2. 청구인에게 한 2017년 귀속 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2007.5.14. OOO 대지 330㎥(이하 “쟁점토지①”이라 한다), 같은 OOO 주차장 200㎥(이하 “쟁점토지②”라 한다), 같은 OOO 답 108㎥(이하 “쟁점토지③”이라 한다), 같은 OOO 잡종지 10㎥(이하 “쟁점토지④”라 하고, 쟁점토지①~④를 합하여 “쟁점토지”라 한다) 및 쟁점토지① 및 쟁점토지② 지상의 주택 연면적 199.52㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2017.8.16. 쟁점토지에 대하여 수용을 원인으로 OOO에 양도한 후, 2017.10.30. 쟁점토지의 양도로 발생한 소득에 대하여 주택의 부수토지 양도로 보아 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목에 따라 1세대1주택(고가주택) 비과세 양도소득으로 신고(쟁점주택이 2018.2.26. 매매를 원인으로 양도됨에 따라 2018.4.30. 쟁점주택의 양도로 발생한 소득에 대하여 수정신고함)하는 한편, 소득세법 제95조 제2항 표2의 장기보유 특별공제율(80%)을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
  • 나. 처분청은 2018.10.4.~2018.10.23. 청구인에 대한 양도소득세 조사를 하여, 쟁점토지가 2017.8.16. 수용을 원인으로, 쟁점주택이 2018.2.26. 매매를 원인으로 각 양도되어 청구인이 쟁점토지 및 쟁점주택을 하나의 매매단위로 양도하지 아니하였다고 보아 1세대1주택 양도소득세 비과세 적용을 배제하고, 소득세법 제95조 제2항 표1의 장기보유 특별공제율(30%)을 적용하여, 2019.1.2. 청구인에게 2017년 귀속 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.3.25. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) OOO는 2016.12.9. OOO 고속도로 건설공사OOO 결정․고시OOO에 따라, 당초 쟁점토지(보상금 OOO원) 뿐만 아니라 쟁점주택(보상금 OOO원)도 보상하기로 하였다가, 2017.8.16. 쟁점토지에 대한 보상금을 먼저 지급한 뒤, 예산부족을 이유로 2017.9.12. 전면적인 보상중단을 통보하여 쟁점주택은 협의매수에서 제외될 수밖에 없었다OOO. OOO는 향후 구체적인 보상일정 조차 알려주지 않은데다가 청구인으로서는 이주 목적으로 건축하고 있던 건물의 공사대금 조달이 급하여 부득이 쟁점주택을 2018.2.26. 개인(OOO)에게 양도하게 된 것이다. 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행령(2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제154조 제1항 제2호, 같은 법 시행규칙(2018.3.21. 기획재정부령 제670호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제72조 제2항에 의하면, 일정기간 이상 보유한 1세대1주택으로서 “주택 및 그 부수토지의 일부”가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우의 당해 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 양도소득세 비과세대상에 포함하는 것으로 규정하고 있다. 이와 관련한 거래유형은 아래와 같이 세분할 수 있으며, 그 비과세 여부에 대하여 보면, 유형A․B․C의 경우는 최초 양도와 이후 5년 내 양도가 모두 비과세에 해당된다는 점을 분명하나, 반면 유형D․E의 경우 부수토지의 양도가 비과세 대상인지에 대하여 다툼이 있을 수 있어 살펴본다. 유형 최초 협의매수(수용) 이후 5년 내 양도 비고 양도물건 구분 양도물건 구분 A 주택 일부, 부수토지 일부 비과세 잔존주택, 잔존부수토지 비과세 B 주택 일부, 부수토지 전부 비과세 잔존주택 비과세 C 주택 전부, 부수토지 전부 비과세 잔존부수토지 비과세 D 주택 전부 비과세 부수토지 전부 E 부수토지 전부 주택 전부 비과세 쟁점토지 (가) 1세대1주택자의 주택만 수용된 후 5년 내 부수토지 전부가 양도된 경우(유형 D) 국세청은 1세대1주택자의 주택이 먼저 수용되고 그 부수토지가 수용일로부터 5년 내 양도되는 경우에, 비과세 대상에 포함된다는 입장을 지금껏 견지하고 있다(서면 2016-부동산-4712, 2016.12.30. 등). 이는 최초 수용시 주택과 그 부수토지가 동시에 수용된 것이 아니라 주택만 수용되었더라도, 이후 5년 내 양도되는 부수토지까지 양도소득세 비과세 대상에 포함한다는 뜻임을 알 수 있다. 또한, 대법원은 1세대1주택자의 주택이 먼저 수용되고 그 부수토지가 수용일로부터 2년[ 소득세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것, 이 후 시행령에는 5년으로 개정) 제154조의1 제1항 제2호]이 지나 양도된 사건에서 부수토지의 양도는 비과세 대상에 해당되지 않는다고 판시하면서 그 이유를 양도시기가 주택의 수용일로부터 2년 이상 경과하였기 때문이라고 하였다(대법원 2013.11.14. 선고 2013두12782 판결). 여기서도 분명한 점은 최초에 주택만 수용되었더라도 이후 양도되는 부수토지는 그 양도시기가 최초 수용일로부터 5년 내에 있다면 비과세 대상이 된다는 것이다. 이와 같이 유형 D의 경우와 같이 1세대1주택자의 주택만 먼저 협의매수(수용)된 후 5년 내에 양도되는 부수토지는 1세대1주택 비과세 대상에 해당되는 것이다. (나) 1세대1주택자의 부수토지만 수용된 후, 5년 내 주택이 양도된 경우(유형 E) 다음으로, 1세대1주택자의 부수토지가 먼저 수용되고 그 주택이 수용일로부터 5년 내 양도되는 경우에 최초 부수토지의 양도가 비과세 대상에 해당되는지에 대해 보면, 국세청은 처음에는 1세대1주택자의 부수토지만 수용된 경우에도 비과세를 적용할 수 있다고 해석하여 왔으나(부동산거래관리과-832, 2011.9.30. 등), 2012.9.10. 주택과 그 부수토지가 동시에 수용되어야 비과세되는 것으로 해석을 변경하였는데(부동산거래관리과-489, 2012.9.13. 등), 그 근거로 수원지방법원 2011.9.1. 선고 2011구합7114 판결(상고포기, 이하 “쟁점판결”이라 한다)을 제시하였다. 이에 따라 쟁점판결을 보면, “주택 및 그 부수토지의 일부”라 함은 그 문언 자체의 의미로도 그러하고, 그 뒤의 법문에도 주택이 협의매수․수용되는 것을 전제로, 협의매수․수용된 “당해 주택(그 부수토지를 포함한다)”이라고 명시되어 있는 점에 비추어 보아도 주택과 부수토지의 일부가 동시에 수용되는 경우를 의미하는 것으로 해석되고, 이와 달리 주택 “또는” 부수토지의 일부라고 해석하는 것은 문언의 의미를 벗어나는 것으로 엄격해석의 원칙에 어긋나므로 이 사건 토지의 양도가 위 규정에 따른 양도소득세 비과세대상이 되는 것은 아니라고 판시하고 있다. 그러나, 위 법리를 그대로 적용하면 유형 E의 경우뿐만 아니라, 앞서 살펴본 유형 D의 경우도 주택과 그 부수토지가 동시에 수용된 것이 아니기 때문에 부수토지의 양도는 1세대1주택 비과세 대상이 되지 못한다는 결론에 이르게 된다. 이는 대법원 2013두12782 판결은 물론, 최근 국세청 예규(서면 2016-부동산-4712, 2016.12.30. 등)에서 최초에 주택만 수용되고 나중에 부수토지가 양도된 경우에도 모두 비과세 대상이 된다고 한 취지에 어긋나는 것이다. (다) 쟁점토지의 양도는 앞서 살펴본 유형 E와 같은 경우에 해당하는 바, 처분청은 쟁점판결에 근거하여 최초에 주택과 그 부수토지가 동시에 수용되어야만 비과세 대상이 된다는 전제 아래, 쟁점토지의 양도는 주택이 함께 수용된 것이 아니라는 이유로 비과세를 배제하였으나, 쟁점판결은 이 건과 사실관계가 전혀 달라 그대로 적용하는 것은 적합하지 않다. 쟁점판결의 기초가 되는 사실관계를 보면 아래 <표>의 토지 취득, 분할 및 양도내역과 같이, 토지 분할 후 부수토지 중 1필지OOO만 수용된 후에 또 다른 필지OOO를 양도한 것이다. 즉, 부수토지가 수용된 후 2년(2013.2.15. 이후 5년, 그 이전 2년) 내에 또 다른 부수토지를 양도한 것일 뿐, 어느 경우에도 주택의 양도는 포함되어 있지 않다. 이와 달리 청구인은 1세대1주택의 부수토지 전부인 쟁점토지를 협의매수에 응하여 양도하였고, 그로부터 5년 이내에 쟁점주택까지 양도한 것이다. 따라서 국세청 예규(서면 2016-부동산-4712, 2016.12.30. 외) 및 대법원 2013두12782 판결의 취지와 같이 쟁점토지의 양도는 양도소득세 비과세 대상에 해당되는 것으로 보아야 할 것이다. 그럼에도 처분청이 쟁점토지가 쟁점주택과 함께 수용되지 않았다는 이유로 비과세를 부인한 것은 부당하다.

(2) (예비적 청구) 설사, 쟁점토지의 양도가 양도소득세 비과세 대상에 해당되지 않는다 하더라도, 이는 보유기간 10년 이상의 80% 장기보유 특별공제율이 적용되는 1세대1주택 부수토지에 해당된다. (가) 장기보유 특별공제제도는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것이고, 특히 1세대1주택을 장기간 보유하는 경우 최대 80%에 이르는 고율의 공제율을 적용하는 취지는 1세대1주택이 국민의 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대1주택의 장기보유자에 대한 양도소득세의 부담을 해소하는 데에 있다(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결 등). (나) 소득세법 제95조 제1항, 제2항 단서 및 표2에 의하면, 대통령령으로 정하는 보유기간이 10년 이상의 1세대1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 80%의 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유 특별공제액으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제159조의3에서는 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조․제155조의2․제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다고 정의하고 있는바, 위 각 규정의 문언적 해석에 의하면, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있고, 그 보유기간이 10년 이상에 해당할 경우 80%의 장기보유특별공제율을 적용하도록 되어 있으며, 여기의 주택에는 소득세법 시행령 제155조, 제155조의2, 제156조의2 등에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택도 포함된다는 것이어서 별도로 소득세법 시행령 제154조 제1항 등에서 정하고 있는 일정기간 이상의 거주요건을 명시하고 있지 아니하다(서울고등법원 2011.5.20. 선고 2010누14178 판결). (다) 청구인은 1세대1주택자로서 쟁점주택을 취득한 후 10년 이상 보유하였고, 그 쟁점주택을 양도할 때까지 장기간 거주하였다. 그러던 중 쟁점주택이 고속도로 부지에 편입되면서 어쩔 수 없이 주소를 옮기게 된 것이다. 앞서 살펴본 바와 같이 소득세법 제95조 제2항 단서의 장기보유 특별공제율이 적용되는 1세대1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택이며, 그 부수토지를 포함한다고 정의하고 있다. 위 조항상의 장기보유 특별공제 대상이 되는 “1세대1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)”이란 문언상 그 부수토지를 포함하는 것이며, 주택과 그 부수토지가 동시에 양도되어야 한다고 규정되어 있지 않다. 이에 1세대1주택과 그 부수토지가 부득이한 사유로 시차를 두고 양도된 경우에 그 부수토지는 여전히 1세대1주택의 부수토지로 보아 위 조항상의 장기보유 특별공제를 적용하여야 한다. 또한, 청구인은 양도일 현재, 국내에 쟁점주택 외에 다른 주택을 소유한 사실이 없는 1세대1주택자이며, 쟁점주택을 실제 거주 목적으로 장기간 보유․사용하였고, 이는 처분청과 사이에 다툼이 없다. 더군다나 이 건의 경우와 같이 공익사업의 협의매수에 스스로 응하였으나, 쟁점토지만 협의매수되고, 쟁점주택은 국가의 예산부족으로 갑자기 보상이 중단되어 협의매수에서 제외된 경우라면, 쟁점주택과 쟁점토지의 양도시기가 달라진 결과에 대해 청구인에게는 아무런 잘못이 없다. 따라서, 쟁점토지가 비과세 대상이 되는 1세대1주택의 부수토지에 해당되지는 않는다 하더라도, 소득세법 제95조 제2항 단서 및 표2의 장기보유 특별공제율이 적용되는 1세대1주택의 부수토지에 해당된다고 보는 것이 법문의 엄격해석에도 부합하고, 또한 국민의 주거생활 안정을 위한 1세대1주택 장기보유특별공제의 입법취지에도 부합한다. (라) 덧붙여 소득세법 제95조 제2항 단서의 장기보유 특별공제 대상이 되는 “1세대1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)”에서 그 법문의 해석과 관련하여 같은 법 다른 조항에서의 유사한 해석사례에 대해 살펴보고자 한다. 소득세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제6호는 대통령령으로 정하는 1세대 2주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 주택은 50%의 중과세율을 적용하도록 규정하고 있었다. 이와 관련하여 1세대 2주택자가 소유하는 1주택(주택에 딸린 토지 제외)이 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라서 수용된 후 주택에 딸린 토지가 나중에 수용된 경우, 해당 토지는 소득세법 제104조 제1항 제6호 가 적용되는 것이다(부동산거래관리과-505, 2012.9.21. 등). 여기서 분명한 점은 50%의 중과세율이 적용되는 “1세대 2주택(이에 딸린 토지를 포함한다)”에서 그 법문을 해석할 때 비록 나중에 그 부수토지만 수용되었다 하더라도 단순한 나대지가 아니라 주택부수토지에 포함된다는 것이다. 다시 말해서, 수용과 같은 부득이한 사유로 주택과 그 부수토지가 시차를 두고 양도되더라도 그 부수토지는 여전히 주택 부수토지에 해당된다는 것이다. 따라서, 쟁점토지는 1세대1주택의 부수토지에 해당하므로 소득세법 제95조 제2항 표2의 80%의 장기보유 특별공제율을 적용하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구) 청구인은 쟁점토지가 수용됨에 따라 양도한 쟁점토지를 1세대1주택의 부수토지로 보아야 한다고 주장하나, 소득세법 시행규칙 제72조 제2항 후단에서 주택 및 그 부수토지의 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률등에 의하여 수용되는 경우, 수용되는 당해주택(부수토지 포함)과 수용일로부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(부수토지 포함)에 대해서는 1세대1주택의 부수토지로 보는 것이나, 이 건과 같이 주택의 수용없이 토지만 수용된 경우에는 동 규정이 적용되지 않는다. 같은 법 시행규칙 제72조 제2항의 단서조항에서 말하는 “주택 및 그 부수토지의 일부”라 함은 그 문언 자체의 의미로도 그러하고, 그 뒤의 법문에도 주택이 협의매수․수용되는 것을 전제로 협의매수․수용된 “당해 주택(그 부수토지 포함)”이라고 명시되어 있는 점에 비추어 보아도 주택과 그 부수토지의 일부가 동시에 협의매수․수용되는 경우를 의미하는 것으로 해석되고, 이와 달리 주택 또는 부수토지의 일부라고 해석하는 것은 문언의 의미를 벗어나는 것으로 엄격해석의 원칙에 어긋난다. 또한, 비과세 감면규정 중 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결). 이에 따라 국세청은 종전에는 부수토지만 수용되는 경우에도 비과세를 적용하였으나, 주택과 토지가 동시에 수용되어야 비과세 적용대상이 된다고 유권해석을 변경한 바 있다(부동산거래관리과-489, 2012.9.13.) 따라서, 토지가 먼저 수용되고, 주택은 추후 제3자에게 양도된 이 건의 경우 1세대1주택 비과세 규정을 적용할 수 없다.

(2) (예비적 청구) 소득세법 시행규칙 제72조 에 따르면, 토지를 분할하여 양도하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하는 것으로 규정되어 있고, 단서의 요건(주택 및 부수토지가 동시에 수용된 경우)을 충족한 때에 한하여 제한적으로 1세대1주택의 부수토지로서 인정받을 수 있다. 또한, 소득세법 제95조 제2항 표2에 따라 장기보유 특별공제율을 최대 80%를 적용받는 1세대1주택 부수토지의 범위는 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 따른 주택의 부수토지를 말하는 것(재산세과-958, 2009.12.8.)이므로 주택을 제외하고 토지만 수용됨으로써 소득세법 시행규칙 제72조 단서의 요건을 충족하지 못한 쟁점토지는 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따른 주택의 부수토지 범위에서 배제되므로 1세대1주택자의 장기보유 특별공제율 80%를 적용할 여지가 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① (주위적 청구) 쟁점토지의 양도가 1세대1주택 양도소득세 비과세 대상인지 여부

② (예비적 청구) 쟁점토지의 양도가 소득세법 제95조 제2항 표2의 장기보유 특별공제율(80%) 적용 대상인지 여부

  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 4년 이상 5년 미만 100분의 12 5년 이상 6년 미만 100분의 15 6년 이상 7년 미만 100분의 18 7년 이상 8년 미만 100분의 21 8년 이상 9년 미만 100분의 24 9년 이상 10년 미만 100분의 27 10년 이상 100분의 30 표2 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 80 (2) 소득세법 시행령(2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

  • 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. (3) 소득세법 시행규칙(2018.3.21. 기획재정부령 제670호로 개정되기 전의 것) 제72조(1세대1주택의 특례) ② 영 제154조 제1항을 적용할 때 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조 제1항 제3호 가목에 따른 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 해당 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다.
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 쟁점토지와 쟁점주택은 2016.12.9. OOO 고속도로 건설공사OOO의 도로구역으로 결정․고시OOO되었으며, 이에 따라 청구인은 OOO와 협의 결과, 쟁점토지만 2017.8.16. 총 OOO원에 매수하기로 하였고, 쟁점주택은 협의매수에 제외된 것으로 조사하였다.

(2) 청구인이 제시한 심리자료에 의하면, 청구인과 OOO는 쟁점토지 외에 쟁점주택에 대하여도 건물 1층 OOO원, 작업장 OOO원 등 총 OOO원을 손실보상금으로 계산한 내역이 나타나고, 이후 OOO는 토지보상 예산부족으로 보상계약이 체결되지 않은 토지, 지장물 등에 대하여 손실보상 협의 및 보상금 지급을 중지하게 되었다는 사실을 공문OOO으로 관련자에게 통지한 것으로 나타난다.

(3) 등기사항전부증명서에서 쟁점주택은 2017.12.13. 매매를 원인으로 2018.2.26. OOO에게 소유권이전등기가 경료된 것으로 되어 있다.

(4) 처분청이 2019.3.25. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세를 과세한 내역은 아래 <표>와 같다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 이 건의 경우 비록 쟁점토지와 쟁점주택이 약 6개월의 시차를 두고 각 양도되었다고 하더라도,

① OOO가 OOO 고속도로 건설공사의 사업부지에 포함된 쟁점토지 뿐만 아니라 쟁점토지 지상의 쟁점주택에 대하여도 보상하기로 하였다가, 보상금을 지급할 예산이 부족하여 쟁점주택에 대하여 보상을 중단하였는바, 청구인 입장에서는 청구인의 의지와 상관없이 상대방의 일방적인 결정에 따를 수밖에 없었던 특수한 사정이 있었던 것으로 보이는 점,

② 위와 같은 사정에 따라 청구인으로서는 이주 목적으로 건축하고 있던 다른 주택의 공사대금 조달이 필요하여 부득이하게 쟁점주택의 수용을 기다릴 여유가 없이 쟁점토지가 수용된 후 약 6개월 후 쟁점주택을 양도한 것으로 보이는 점,

③ 청구인은 쟁점토지 및 쟁점주택 양도당시 국내에 1주택 및 그 부수토지만을 보유하고 있어 다른 특별한 사정이 없는 한 소득세법 제89조 제1항 가목 및 같은 법 시행령 제154조 제1항에서 규정하고 있는 1세대1주택 양도소득세 비과세 요건을 갖추고 있었던 점,

④ 처분청은 청구인이 쟁점토지 및 쟁점주택의 수용에 따라 부여받은 이축권을 타인에게 고가에 양도하고 그 양도비용도 비과세 받기 위하여 1세대1주택으로 신고하였다는 의견이나, 이축권은 종합소득세의 기타소득 과세대상일 뿐, 양도소득세 과세대상이 아니어서 1세대1주택으로 보더라도 이축권 양도에 따른 소득은 양도소득세 적용대상이 아닌 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도에 대하여 1세대1주택(고가주택) 비과세 적용 대상으로 보는 것이 합리적이라고 판단된다.

(6) 쟁점②는 쟁점①의 청구주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)